Estudo Dirigido Biologia Sintética e Técnicas de Edição do Genoma – Biotecnologia Vegetal

1) Defina o conceito de Biologia Sintética

Biologia Sintética é um campo da ciência que combina a biologia e a engenharia
genética com o objetivo de projetar, redesenhar e construir organismos para fins
específicos, conferindo-lhes novas habilidades e funcionalidades que não são
encontradas naturalmente na natureza. Essa disciplina utiliza ferramentas da
bioinformática, técnicas de engenharia genética e bioquímica para desenhar circuitos
biológicos modulares, redirecionar rotas metabólicas existentes ou criar novas rotas
metabólicas, e até mesmo criar organismos artificiais. O conceito de Biologia Sintética
não se refere a uma técnica específica, mas sim a um conceito amplo que engloba
diversas abordagens de edição genômica para alcançar seu objetivo final

2) Conceitue blocos e circuitos biológicos

Blocos biológicos são componentes básicos da Biologia Sintética que desempenham
funções específicas em um sistema biológico. Eles são unidades funcionais que
podem ser projetadas e construídas para executar tarefas específicas dentro de um
circuito biológico. Esses blocos podem incluir genes, promotores, operadores,
proteínas reguladoras e outros elementos moleculares que interagem entre si para
controlar o fluxo de informações e realizar funções desejadas dentro de um organismo
vivo

3) A bioinformática é uma das áreas mais próximas da Biologia Sintética. Justifique essa
afirmação
A bioinformática é uma disciplina que combina conhecimentos da Biologia e da
Ciência da Computação, utilizando técnicas computacionais para analisar e interpretar
dados biológicos, como sequências de DNA, RNA e proteínas. Essa análise e
interpretação de dados biológicos é fundamental para compreender a estrutura e a
função dos componentes biológicos que são utilizados na Biologia Sintética.
Na Biologia Sintética, busca-se projetar e construir sistemas biológicos
personalizados, utilizando componentes biológicos básicos para criar novas
funcionalidades em organismos vivos. Esses componentes incluem genes, proteínas,
promotores e outros elementos moleculares. A bioinformática desempenha um papel
essencial nesse processo, pois fornece as ferramentas e os métodos necessários para
analisar e projetar esses componentes. Por exemplo, a análise de sequências de DNA
e proteínas por meio de algoritmos bioinformáticos permite identificar genes de
interesse, projetar sequências de DNA sintético e prever a função e a estrutura das
proteínas.
4) Com base na seguinte frase: “Just as in a computer, data bits and processing bits are
made from the same material, 0 or 1, or A, T, C, G, or U in biology”. Estabeleça uma
relação entre um chip de computador e uma célula.
A frase mencionada estabelece uma relação entre um chip de computador e uma
célula ao comparar a natureza dos bits de informação em ambos os casos. Em um
chip de computador, os bits de informação são representados por estados distintos,
como 0 ou 1, e são processados eletronicamente para realizar operações lógicas e
aritméticas Da mesma forma, em uma célula biológica, os bits de informação são
representados pelos blocos de construção moleculares que compõem o DNA ou RNA,
como as bases nitrogenadas adenina (A), timina (T), citosina (C), guanina (G) e uracila
(U). Essas bases nitrogenadas são os "0s" e "1s" da informação genética [1].
Assim como um chip de computador utiliza transistores feitos de silício para processar
os bits de informação, as células biológicas utilizam componentes moleculares, como
proteínas e enzimas, para processar a informação genética e executar funções
biológicas específicas. Esses componentes moleculares atuam como os transistores
do chip de computador, permitindo que os bits de informação sejam lidos,
interpretados e transformados em respostas biológicas].
Além disso, assim como um chip de computador contém milhões de transistores
interconectados que formam circuitos eletrônicos complexos, uma célula biológica
possui uma intrincada rede de interações moleculares, em que diferentes
componentes comunicam-se e colaboram para realizar as funções celulares.

5) Trace um paralelo entre o conceito de Biologia Sintética e NBT. Elas são

complementares?
Embora a Biologia Sintética e as NBTs tenham focos diferentes, elas compartilham
alguns conceitos e técnicas. Ambas envolvem a manipulação do material genético de
organismos vivos para alcançar objetivos específicos. Ambas as áreas dependem da
engenharia genética e do conhecimento dos mecanismos biológicos para realizar
modificações desejadas.
Enquanto a Biologia Sintética tem como objetivo construir sistemas biológicos
personalizados a partir do zero ou reprogramar sistemas biológicos existentes, as
NBTs concentram-se no melhoramento de características específicas de organismos
por meio de modificações genéticas direcionadas.
Complementaridade entre Biologia Sintética e NBTs:
Embora distintas, a Biologia Sintética e as NBTs podem ser complementares em
determinados contextos. A Biologia Sintética pode fornecer ferramentas e conceitos
inovadores para aprimorar as NBTs, permitindo projetar e construir sistemas genéticos
mais complexos e sofisticados. Por sua vez, as NBTs podem fornecer técnicas de
manipulação genética mais avançadas e precisas que podem ser aplicadas em
projetos de Biologia Sintética.
Essa complementaridade pode levar a avanços significativos em áreas como a criação
de organismos sintéticos, projetos de bioengenharia e desenvolvimento de sistemas
biológicos personalizados para aplicações específicas.
 6) Aponte as principais semelhanças e diferenças entre as Novas Técnicas de
Melhoramento (NBT – New Breeding Techniques) e a produção de um OGM
tradicional.
As Novas Técnicas de Melhoramento (NBT - New Breeding Techniques) e a produção
de organismos geneticamente modificados (OGMs) tradicionais compartilham algumas
semelhanças, mas também possuem diferenças significativas. Vou listar abaixo as
principais semelhanças e diferenças entre essas duas abordagens:
Semelhanças:
​ Manipulação genética: Tanto as NBTs quanto a produção de OGMs tradicionais
envolvem a manipulação do material genético de um organismo.
​ Objetivo de melhoramento: Ambas as técnicas têm como objetivo melhorar
características específicas de um organismo, como resistência a doenças,
aumento do rendimento ou melhoria da qualidade.
​ Aceleração do processo de melhoramento: Tanto as NBTs quanto os OGMs
tradicionais permitem acelerar o processo de melhoramento genético em
comparação com os métodos de melhoramento convencionais, como a seleção
tradicional.
Diferenças:
​ Técnicas utilizadas: As NBTs empregam técnicas mais recentes e avançadas,
como a edição genética usando CRISPR-Cas9, enquanto a produção de
OGMs tradicionais depende principalmente de técnicas como a transferência
de genes por meio de vetores bacterianos.
​ Precisão: As NBTs são geralmente consideradas mais precisas do que os
métodos tradicionais de produção de OGMs, pois permitem modificações
genéticas mais direcionadas e específicas.
​ Regulamentação: As NBTs e a produção de OGMs tradicionais estão sujeitas a
diferentes regulamentações em muitos países. Alguns países têm
regulamentações específicas para os OGMs tradicionais, enquanto outros
consideram as NBTs sob uma perspectiva diferente e podem ter requisitos
regulatórios distintos para sua utilização.
​ Aceitação pública: As NBTs são frequentemente percebidas como mais
aceitáveis do que os OGMs tradicionais por uma parcela da população, pois as
modificações genéticas realizadas por meio das NBTs podem ser consideradas
mais naturais e precisas.
​ Status legal: Dependendo da legislação de cada país, as NBTs podem ser
tratadas de forma diferente dos OGMs tradicionais em termos de patentes,
proteção de propriedade intelectual e rotulagem de alimentos.
 7) Cite as principais técnicas de NBT atualmente utilizadas
As Novas Técnicas de Melhoramento (NBTs - New Breeding Techniques) têm sido
amplamente desenvolvidas e aplicadas nas últimas décadas. Algumas das principais
técnicas de NBT atualmente utilizadas incluem:
​ Edição genética com CRISPR-Cas9: A técnica CRISPR-Cas9 permite a edição
precisa do material genético de um organismo. Com o uso de enzimas Cas9 e
guias de RNA complementares, é possível cortar e modificar sequências
específicas do DNA. Essa técnica tem sido aplicada em diversas espécies para
melhorar características como resistência a doenças, tolerância a estresses
ambientais e qualidade dos produtos.
​ Oligonucleotídeos direcionados: Os oligonucleotídeos direcionados são
pequenos fragmentos de DNA ou RNA sintéticos que são projetados para se
ligar a sequências específicas do DNA. Essa ligação pode induzir modificações
genéticas direcionadas, como correção de mutações pontuais ou inserção de
sequências desejadas.
​ Ativação ou desativação de genes: As NBTs também incluem técnicas que
permitem a ativação ou desativação de genes específicos. Isso pode ser feito
por meio do uso de fatores de transcrição ou de tecnologias como o sistema
CRISPR-dCas9 (versão modificada do CRISPR-Cas9 que não corta o DNA,
mas pode ser usado para modular a expressão de genes).
​ Melhoramento genético assistido por mutações (MAM): Essa técnica utiliza
mutagênicos químicos ou físicos para induzir mutações aleatórias no material
genético de uma planta ou animal. Posteriormente, as mutações desejadas são
selecionadas e incorporadas nas novas variedades através de cruzamentos.
​ Genômica acelerada: A genômica acelerada combina a seleção genômica com
técnicas de sequenciamento de nova geração para acelerar o processo de
melhoramento genético. Essa abordagem permite a identificação rápida de
marcadores genéticos associados a características desejadas e a seleção de
indivíduos com base nesses marcadores, agilizando o desenvolvimento de
variedades melhoradas.

8) Recentemente uma das técnicas de NBT tem ganhado bastante destaque no meio
científico de modo geral. Que técnica é esta? Quais são suas principais características?
Cite caso exista, um exemplo de um organismo modificado por esta técnica liberado
para comercialização.

Uma das técnicas de NBT que tem ganhado bastante destaque recentemente é a
edição genética com CRISPR-Cas9. O CRISPR-Cas9 é um sistema molecular
derivado de bactérias que permite a edição precisa do material genético de um
organismo.
Principais características da edição genética com CRISPR-Cas9:
 ​ Precisão: A técnica CRISPR-Cas9 é altamente precisa e permite a modificação
direcionada de sequências específicas do DNA.
​ Eficiência: O sistema CRISPR-Cas9 tem uma alta taxa de eficiência na edição
genética, permitindo a introdução de modificações com maior facilidade e
rapidez em comparação com outras técnicas.
​ Versatilidade: O CRISPR-Cas9 pode ser aplicado em uma ampla variedade de
organismos, incluindo plantas, animais e microrganismos.
​ Baixo custo: A técnica é relativamente acessível em termos de custo, o que
contribui para sua ampla adoção e aplicação em diferentes áreas de pesquisa.
​ Potencial de aplicação: A edição genética com CRISPR-Cas9 tem sido
utilizada em diversas áreas, como a agricultura, medicina, biotecnologia e
conservação ambiental.
Um exemplo de organismo modificado pela técnica CRISPR-Cas9 e liberado para
comercialização é o cogumelo branco (Agaricus bisporus). Em 2016, foi aprovada nos
Estados Unidos a comercialização de uma variedade de cogumelo branco
geneticamente modificado usando CRISPR-Cas9. Essa variedade de cogumelo foi
modificada para não escurecer após o corte, o que é uma característica indesejada em
cogumelos comercializados frescos. O cogumelo modificado por CRISPR-Cas9 foi
considerado por órgãos reguladores americanos como equivalente aos cogumelos
convencionais e não exigiu regulamentação adicional.

9) Trace um paralelo entre a integração de um gene externo no genoma e o conceito de

expressão transiente. Vantagens e Desvantagens e para qual tipo de
produto/característica cada sistema é mais efetivo.
A integração de um gene externo no genoma é mais efetiva para a produção
sustentada de proteínas ou a manifestação de características ao longo do tempo. É
adequada para a criação de OGMs com características estáveis e hereditárias.
A expressão transiente é mais efetiva quando a produção rápida de proteínas ou a
manifestação temporária de uma característica é necessária. É amplamente utilizada
em pesquisas científicas, desenvolvimento de terapias gênicas e em aplicações onde
a modificação permanente do genoma não é desejada ou regulamentada.
A integração genômica é mais adequada para características sustentadas e
hereditárias, enquanto a expressão transiente é preferível para produção rápida e
temporária de proteínas ou manifestação de características específicas. A escolha
entre essas abordagens depende do objetivo da modificação genética e das
considerações regulatórias e de aceitação pública.

10) . (Universidade de Fortaleza) A CRISPR- CasQ (sigla em inglês para agrupados de curtas
repetições palindrômicas regularmente interespaçadas) e uma nova e revolucionária
técnica para a edição de genomas, que permite identificargenes de interesse, no DNA
 de qualquer espécie, e modifica-Io. É normalmente composto por uma molécula de
RNA e uma proteína e a combinação dessas duas moléculas consegue localizar a
sequência de DNA de interesse dentro do núcleo da célula e a modifica. Assim,
podemos dizer que o uso dessa tecnologia permite
a) Mudanças apenas na programação genética de um organismo, garantindo que não
haja nenhuma alteração na expressão gênica e na produção de proteínas.
b) A modificação de sequências de DNA em células diferentes de um mesmo organismo
de forma seletiva, uma vez que cada tipo celular de um mesmo organismo possui
diferente coleção de genes.

c) Provocar mutações pontuais no genoma na tentativa de silenciar genes defeituosos ou

conserta-los para tornar possível a cura de diversas doenças de origem genética. d) A
adição de novas sequências de DNA para acarretar o ganho de novas características
positivas, haja vista quanto maior o tamanho do genoma, mais complexo o organismo. e)
Aumentar o número de genes e, consequentemente, o número de proteínas produzidas
por uma célula, pois o tamanho do genoma é diretamente proporcional ao número de
proteínas do organismo.