O DNA

Cromatina é o DNA em forma helicoidal. O genoma é o conjunto de genes de uma célula,

indivíduo ou espécie. Se a célula não está se dividindo, o DNA não está na forma de
cromossomo. Cada cromossomo é uma molécula de DNA. Ao todo, os humanos têm 46
moléculas de DNA. Se o DNA não está compactado, chamamos simplesmente de cromatina.
Se estiver compactado, será um cromossomo. As heterocromatinas são regiões mais densas
do núcleo, onde o DNA se encontra condensado. As regiões onde o DNA está mais solto, são
chamadas de Eucromatina.

Logicamente, estando mais compactado, aquelas regiões produzem menos proteína ou não
estão produzindo nada. A eucromatina é o local onde as proteínas estão sendo produzidas.
Os cromossomos são compostos de 22 pares de mesma informação, porém não idênticos.
São chamados de autossômicos.

O gene é um segmento do DNA que contém uma informação para fazer uma proteína.
Apenas 2 a 3% do DNA codificam proteínas.

Todas as células possuem o mesmo genoma. As estruturas e o trabalho feitos por elas, se
diferenciam na formação do embrião. Contudo, todas as nossas células possuem o mesmo
genoma. O genoma humano tem cerca de 30.000 genes. Cada célula expressa cerca de
10.000 genes, em sua região de eucromatina. Os 20 mil restantes ficam na região da
heterocromatina.

A Duplicação

O DNA é uma dupla fita antiparalela. Enquanto uma fita esta no sentido 5’ 3’, a outra fita está
no sentido 3’ 5’. A replicação ocorre antes da mitose, na fase S da intérfase. É um processo
semiconservativo, pois quando o DNA se replica, duas novas fitas são produzidas, enquanto
as duas originais se conservam. O sentido da formação das novas fitas é sempre 5’ para 3’.
Para que o DNA se replique rapidamente, vários pontos de replicação são abertos na fita.
Como o DNA se replica sempre no sentido 5’ 3’, uma das fitas será replicada continuamente,
enquanto a outra irá por partes. Os fragmentos deixados nas partes são chamados de
fragmentos de Okazaki. Ela tem fragmentos exatamente por ter de “esperar” que a forquilha
de replicação avance.
A duplicação tem início quando a enzima Helicase passa rompendo as ligações de hidrogênio
entre as bases nitrogenadas. Conforme ela rompe, a molécula vai abrindo. Assim que as fitas
se separam, antes da Dna Polimerase começar a replicar, uma enzima chamada primase se
apresenta. Ela apresenta o primer de RNA, se ligando no que será o ponto de iniciação. Sem
o primer de RNA, a Dna Polimerase não consegue iniciar a montagem da nova fita. A partir
do ponto de iniciação, a Dna Polimerase começa a montar a fita líder, no sentido 5’ 3’,
pegando os nucleotídeos e encaixando-os de acordo com a antiga fita (ligação fosfodiéster).
A Dna Polimerase só consegue catalizar nucleotídeos no sentido 5´3´ e ela só cataliza nucleotídeos
em uma fita já iniciada. Na outra fita o primer de RNA vai fazer o mesmo trabalho e ativar a
Dna Polimerase para duplicar a fita. Enquanto isso, a Helicase avança abrindo a fita no sentido
oposto. A primase faz outro primer de RNA e a Dna polimerase se desloca até ele para fazer
mais um pedaço. Por conta disso, essa fita é chamada de fita retardada, ou descontínua. Os
espaços entre esses pedaços, são os fragmentos de Okazaki.

A enzima Topoisomerase faz um papel importante, indo um pouco à frente da forquiha de

duplicação, removendo a tensão e impedindo que o DNA se enrole em sua forma original.

Após o término da duplicação, as enzimas exonucleases vêm remover os primer de RNA, a

Dna Polimerase faz então os preenchimentos da fita retardada. A enzima Dna Ligase fará os
últimos reparos na fita, finalizando assim, a duplicação do DNA.

Ação de exonuclease: Revisão da polimerização. Permite que antes de realizar a adição de

um novo nucleotídeo, a Dna Polimerase verifique se o último nucleotídeo ligado à nova fita,
está corretamente pareado com a fita molde.
A fita não cresce no sentido 3´5´, pois senão ela perderia a capacidade de autocorreção.

Transcrição

A região promotora é a região que inicia a transcrição de um gene. Quando uma proteína
precisa ser sintetizada, um RNA é feito. Porém, nem todas as partes do gene são de fato
material genético. Existem seções do DNA que não codificam nada, chamadas de íntrons. Um
íntron não é a expressão de um códon.

O código genético de um organismo é determinado pela sequência de nucleotídeos que

compõe seu DNA. Os trigêmeos de nucleotídeos codificam aminoácidos específicos, que são
os blocos de construção das proteínas. A seqüência de aminoácidos determina qual proteína
deve ser formada dentro de uma célula. Isso, por sua vez, determina a estrutura e a função
da célula.

Toda a fita do DNA é transcrita em mRNA. Nesse ponto os íntrons são incluídos como parte
da molécula, chamada de transcrito primário. É uma molécula não funcional e tem que passar
por mudanças antes de transcrever uma proteína. Assim, grandes porções do transcrito
primário são removidas, num processo denominado splicing.

As seções do mRNA que não são removidas são chamadas de exons. As porções do gene que
correspondem a esse RNA funcional também são chamadas de exons.

Embora sejam removidos no início do processo, os íntrons são necessários para a criação de
moléculas de RNA. Eles parecem fornecer uma função reguladora ao processo de
transcrições.

A expressão gênica é o processo pelo qual a informação contida em um gene é expressa de

modo a formar um produto gênico funcional, tal qual proteínas ou RNA. A regulação gênica
controla quais genes serão expressos. O conjunto de genes de uma célula determina quais
RNA e proteínas ela expressa, conferindo suas características únicas. Sendo finamente
regulada pela célula, a expressão gênica é a chave para um fenótipo.
Tradução

O processo de tradução consiste em unir aminoácidos de acordo com as informações

contidas no mRNA. Códon é uma trinca de bases nitrogenadas que determina qual
aminoácido entrará na molécula.

A tradução ocorre nos ribossomos. O mRNA é traduzido em proteína pela ação de uma
variedade de moléculas de tRNA, cada uma específica para cada aminoácido. A sequência de
nucleotídeos de uma molécula de mRNA é traduzida na sequência apropriada de
aminoácidos de acordo com as determinações do código genético.

Existem 64 trincas possíveis de nucleotídeos, sendo que apenas 61 codificam a produção de

aminoácidos (2 sinalizam o início da tradução), enquanto 3 trincas correspondem a
sequências de término da tradução.

A tradução tem início no códon de inicialização. O ribossomo então vai se deslocando pela
molécula de mRNA uma trinca de bases por vez. Conforme o ribossomo se desloca os sítios
são ocupados por tRNA com seus aminoácidos correspondentes aos do mRNA. A tradução
termina quando um códon finalizador é encontrado. Apenas 5% do DNA é região codificante,
95% regulam a atividade gênica
Transposons

Transposons são considerados genes “saltadores”, saltam entre sítios específicos. Se inserem
aleatoriamente no genoma, que pode ser na região regulatória ou codificante de um gene, o
que pode acarretar à perda da função do gene e gerar uma nova mutação. Há também os
retrotransposons que são expressos e o RNA é transcrito em DNA e inserido, para isso
codificam uma transcriptase-reversa. Alguns retrovírus são retrotransposons.

Embora antes considerada como DNA "lixo", a importância de elementos intercalados no

genoma tornou-se cada vez mais apreciada nos últimos anos. Em um sentido amplo, estes
são coletivamente referidos como elementos transposáveis, que englobam tanto
transposons quanto retrotransposons. Estes últimos incluem elementos nucleares
intercalados longos (LINEs) e curtos (SINEs).

Polimorfismo de nucleotídeo único

São uma forma muito comum de variação genética em sequências de DNA. Neste tipo de
variação genética, uma única base nucleotídica é substituída ao longo de uma sequência de
DNA. Por isso também são pontos no genoma que diferem por um único par de nucleotídeos
entre uma porção da população e outra. Por convenção, para contar como polimorfismo,
uma diferença genética deve estar presente em pelo menos 1% da população total da
espécie.

A Molécula de DNA

O DNA é um polímero - uma macromolécula formada por unidades que se repetem, os

monômeros. O monômero do DNA e do RNA são os nucleotídeos.

Os nucleotídeos são compostos por três estruturas. Uma vase nitrogenada, um açúcar e um
grupamento fosfato. O açúcar é formado por cinco carbonos (pentose). A Ribose é o açúcar
do RNA e a Desoxirribose é o açúcar do DNA. Os carbonos das pentoses são nomeados de
um a cinco, usando a conotação “linha” ( ‘ ), para diferenciá-los dos carbonos das bases
nitrogenadas. Desse modo o carbono 3’ será sempre o terceiro carbono da pentose. Os
carbonos das bases nitrogenadas recebem os nomes sem a conotação “linha”. Desse modo,
o carbono 2 será sempre o segundo carbono da base nitrogenada.

As bases nitrogenadas sempre se ligam ao carbono 1’. O grupamento fosfato sempre se liga
ao carbono 5´do próprio nucleotídeo e ao carbono 3´do próximo nucleotídeo, formando
assim a estrutura que liga um nucleotídeo ao outro.
O DNA possui quatro bases nitrogenadas, que podem ser dividas em dois tipos. As Purinas,
de anel duplo, e as Pirimidinas, de anel simples. Pirimidinas são Timina e Citosina no DNA, e
a Uracila no RNA. Purinas são Guanina e Adenina. A união de um açúcar com uma base
nitrogenada, é chamada de nucleosídeo. Os nucleosídeos se ligam a grupamentos fosfato
unidos em cadeia. Dessa união podem se formar monofostafos de nucleosídeos, difosfatos
de nucleosídeos ou o trifosfato de nucleosídeo. Somente o trifosfato pode formar o DNA, pois
a Dna polimerase precisa da energia para fazer a ligação fosfodiéster. Na formação do
nucleotídeo, os fosfatos beta e gama se desligam e o fosfato alfa se liga no carbono 3’. Essa
ligação é chamada de ligação fosfodiéster.
Mutação do DNA
O que são telômeros?

São regiões terminais dos cromossomos dos eucariotos formados por sequências
preservadas. O começo e o fim da fita do DNA compactado formam a região telomérica. Toda
região telomérica tem a mesma sequência, que não é codificante. Com o passar do tempo,
essas regiões sofrem um encurtamento. A enzima telomerase tem por função replicar os
telômeros, adicionando sequências repetidas nos locais de retirada de primers. Com o
envelhecimento as células param de produzir telomerase, assim, com o tempo, os telômeros
sofrem encurtamento. Desse modo a célula perde sua capacidade replicativa. Essa é uma das
teorias do envelhecimento.

A telomerase na replicação

Na fita contínua (A), não há problemas na replicação dos telômeros. Contudo, na fita
descontínua, ao chegar ao final da fita, não é possível colocar o primer e replicar o final.
A telomerase tem uma ação de transciptase reversa. Ela tem em seu interior uma molécula
de RNA (B) complementar ao telômero. Ela reconhece a região telomérica e utiliza essa
sequência complementar para crescer a fita descontínua, assim a primase conegue colocar o
primer e a DNA polimerase replicar o restante da fita. Na imagem, telômeros aparecem
como pontos amarelos (C), vistos ao microscópio.

Mutação e Raparo no DNA

Biologicamente, as mutações são alterações ocorridas no DNA. Essa alteração pode ser em
um ou mais nucleotídeos específicos ou em grandes trechos de DNA.

A alteração do material genético de um organismo pode gerar mudanças nas suas

características, chamadas de mudanças fenotípicas.

As mutações ocorrem naturalmente nos organismos, e geralmente ocorrem ao acaso,

sendo um importante fator para garantir melhor adaptação dos indivíduos no meio em
que vivem. Estão, portanto, relacionadas diretamente com os eventos de variabilidade
genética e evolução.

As mutações também podem ser induzidas através de substâncias conhecidas como

agentes mutagênicos ou através de situações que aumentam a probabilidade de
incidência de mutação.
Os agentes mutagênicos podem ser divididos em:

• Agentes biológicos: organismo que podem inocular parte de seu DNA na célula
hospedeira, causando mudanças no material genético. O principal exemplo são os
vírus, embora bactérias também possam desempenhar a mesma atividade.
• Agentes físicos: geralmente, são ondas eletromagnéticas capazes de danificar as
ligações químicas entre os nucleotídeos, como a radiação ionizante e os raios
ultravioletas. Estudos sugerem que eventos de estresse também podem contribuir
para o aumento da incidência de mutações.
• Agentes químicos: substâncias chamadas de mutagênicas ou cancerígenas, que
alteram ou substituem os nucleotídeos presentes no DNA. Os radicais livres e o
elemento Césio 137 são exemplos desses agentes

Mutações cromossômicas são mais graves do que as mutações gênicas, pois elas acometem grandes
regiões de DNA, e acabam impactando de maneira mais prejudiciais do que mutações pontuais.
Alterações podem ser Estruturais (balanceadas e não balanceadas, onde podemos perder ou não
material genético) e Numéricas (poliploidias e euploidias, onde podem ser em todo o conjunto
cromossômico ou apenas em um cromossomo específico)

A mutação gênica, chamada de pontual, ocorre num único nucleotídeo. Trocar uma base púrica por
outra, ou uma pirimídica por uma pirimídica, é chamada de mutação de transição. Tocar uma púrica
por uma pirimídica, é chamada de transversão.

Mutações silenciosas substituem um nucleotídeo, mas não alteram o aminoácido da proteína. O

códon mutado continua codificando o mesmo aminoácido. As mutações de sentido trocado alteram
o códon de modo que ele codifique outro aminoácido, modificando assim, a proteína final. A mutação
sem sentido interrompe a proteína, fazendo proteínas mais curtas.
Lesões

As lesões espontâneas no DNA podem ser por:

- deaminação (perder um grupo amina), sofrendo uma alteração conformacional na molécula.

- depurinação (perder a base nitrogenada)

As lesões induzidas no DNA podem ser:

- Radiação Ultravioleta (formação de dímeros de timina), onde duas timinas em sequência quebram
suas pontes de hidrogênio com suas adeninas e passam a se ligar entre si na mesma fita. Molécula de
DNA sofre alteração conformacional.

- Alquilação (agentes químicos adicionam grupos alquil – metil, etil, propil) a base nitrogenada perde
afinidade e rompe a ligação de hidrogênio, alterando a molécula.

Reparos

Existem 3 tipos principais de reparo no DNA: a reversão direta, a excisão e a recombinação.

Por reversão direta temos:

- Fotorreativação (presente apenas em bacterias e plantas) enzimas que utilizam a energia da luz para
quebrarem os dímeros de timina e reverter a lesão, restabelecendo a ligação de hidrogênio.

- Reparo de alquilação, onde a metiltranferase se liga ao grupo alquil e o remove do material genético.

Por excisão temos:

- Excisão de base, onde proteínas sensoras reconhecem a deformação estrutural e a DNA glicosilase,
remove a base nitrogenada alterada (deixando um sítio AP). A endonuclease AP quebra a ligação
fosfodiéster. A desoxiribose fosfodiesterase remove o açúcar e o fosfato. A DNA polimerase adiciona
o nucleotídeo correto e a DNA ligase liga o nucleotídeo à molécula.
- Excisão de nucleotídeos, onde após o reconhecimento pelas proteínas sensoras, várias proteínas XP
removem um pedaço da fita (sequência de oligonucleotídeos), e a DNA polimerase a ligase fazem a
adesão da sequência correta.

- Reparo de malpareamento. Conforme envelhecemos vamos acumulando marcas epigenéticas no

material genético (adição de vários grupos etil). Após a replicação, a fita velha tem marcas
epigenéticas, mas a fita nova não tem. Também chamado de reparo mismatch, as proteínas sensoras
S, L e H reconhecem bases nitrogenadas malpareadas (G com T, ou A com C) e removem uma
sequência da fita (idêntico a excisão de nucleotídeos, com a diferença de ser sempre na fita recém
formada).

Por recombinação temos:

Ao encontrar um dímero de timina, a replicação é bloqueada pelo DT, a polimerase continua após ele,
deixando um buraco na fita nova. Proteínas reconhecem essa falha e removem um pedaço da fita
parenteral intacta e introduzem na fita recém sintetizada. A DNA polimerase reconhece a falha e refaz
o pedaço da fita parenteral.
Transcrição do RNA e Tradução de Proteínas
Transcrever significa escrever novamente. Copiar uma receita, que neste caso é uma
informação. O RNA é quase igual ao DNA, com a diferença de ser uma cadeia simples, que
utiliza um açúcar Ribose (igual a Desoxirribose, porém sem o Oxigênio no carbono 2’) e ao
invés da Timina como base nitrogenada pirimídica, utiliza a Uracila.

Entre os tipos de RNA temos o RNA mensageiro, que contém a informação para a tradução
de uma proteína. Usado para determinar a sequência de aminoácidos. Temos o RNA
transportador, que carrega os aminoácidos. E o RNA ribossômico que forma o ribossomo e
catalisa a síntese das proteínas.

Transcrição

A transcrição se divide em três etapas: Iniciação, alongamento e terminação. Ele ocorre num
gene do DNA. A RNA polimerase (subunidade sigma) reconhece a região promotora, que é
uma região consenso, ou seja, é sempre igual. A região TATA é a região promotora de início
da transcrição na maioria dos genes. Essa sequência localiza-se, normalmente, cerca de 25
nucleotídeos antes do local de início da transcrição.

A RNA polimerase abre a fita de DNA, sendo que a fita molde será sempre a fita 3’. A RNA
polimerase une os nucleotídeos, formando a molécula de RNA até encontrar uma sequência
de término. Após transcrever a região terminal, ela gera um sinal para a RNA polimerase
fazendo com que ela libere a fita de RNA e se solte da fita de DNA.

A terminação é sinalizada por uma região rica em G e C seguida de resíduos AAAA. As

repetições CG formam uma estrutura em grampo causando sua dissociação da fita de DNA.
Essa fita liberada é chamada de pré-mRNA, pois ela ainda contém os éxons e introns copiados
do DNA. Ela vai sofrer o processamento, também chamado de splicing, pela ação dos
spliceossomos. A substância CAP se liga à extremidade 5’ do mRNA, e na extremidade 3’,
temos a poliadenilação (AAAA).

Tradução

Enquanto o DNA e o RNA são códigos de 4 letras, as proteínas se constituem de códigos de

20 letras. Tradução significa pegar a fita de RNA copiada inversamente do DNA e a partir dela
sintetizar uma proteína. Isso acontece por que a cada três nucleotídeos, nós temos o códon,
que é uma região codificante para um aminoácido específico. Um códon sempre gera o
mesmo aminoácido.

A tradução começa sempre com o códon de iniciação AUG, a metionina. Se o AUG sempre
codifica uma Metionina, como é diferenciado o AUG de iniciação do AUG no interior do
mRNA? Pela sequência consenso, uma sequência de nucleotídeos localizada de 8 a 13 pares
de base antes do AUG de iniciação. Ou pela sequência de Kozak, que flanqueia o AUG.
 O código genético é degenerado, ou seja, um aminoácido pode ser gerado (codificado) por
vários códons. Temos ao todo 64 códons, que vão codificar 20 aminoácidos.

O ribossomo é composto por rRNA e proteínas, ele é o responsável por traduzir a mensagem
do mRNA. Além do ribossomo, são necessários os RNA transportadores, que vão trazer os
aminoácidos para serem ligados numa molécula polipeptídica.

Para cada códon do mRNA, o tRNA possui um anticodón, que é sua região ligante (braço do
anticódon). O tRNA carrega a proteína em sua extremidade 3’ (braço aceptor).

O ribossomo vai conter os dois primeiros códons em seu interior. Assim, o primeiro tRNA é
capaz de se ligar no sítio P (o initiation factor 1, IF1, impede que o primeiro tRNA se ligue ao
sítio A). A primeira base do códon pareia com a terceira base do anticódon. Quando o sítio
IF2 reconhece o códon de iniciação, o IF1 libera o sítio A para o próximo tRNA se ligar. Temos
o transporte do aminoácido do tRNA do sítio P para se ligar ao aminoácido do tRNA do sítio
A, formando uma ligação peptídica.

O tRNA do sítio P, já sem seu aminoácido, se desliga e sai do ribossomo. O tRNA do sítio A,
agora com um aminoácido a mais, se desloca para o sítio P, deixando o sítio A livre. O
ribossomo anda na fita do mRNA o espaço de um códon. O próximo tRNA se liga ao sítio A e
o processo se repete até que todos os aminoácidos sejam ligados e a molécula de proteína
esteja completa. Nesse momento é reconhecido um códon de terminação (UAA, UAG, UGA)
e um fator de liberação é ligado ao sítio A, liberando a proteína, o mRNA, o último tRNA e
dissociando o ribossomo.

Diego Garcia