Disciplina DPA 6206 BIORREMEDIAÇÃO

6ª. Aula
BIORREMEDIAÇÃO E
FITORREMEDIAÇÃO

Profa. Galba Takaki

galba.takaki@unicap.br
1. MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
1.1 INTRODUÇÃO

• É uma subárea da microbiologia, estuda a composição e fisiologia

das comunidades microbianas no ambiente;

• Estudo genética, fisiologia, interações e funções dos microrganismos

no ambiente (solo, água, ar e os sedimentos que cobrem a superfície
terrestre (podem incluir os animais e plantas dessas áreas);

• Combina a aplicação dos princípios químicos, biológicos e

biotecnológicos, voltada para a manutenção da qualidade
ambiental;
1. MICROBIOLOGIA AMBIENTAL

1.1 INTRODUÇÃO

• Os principais temas estudados pela microbiologia ambiental são:

- Síntese de substâncias que auxiliem o cuidado meio ambiente;

- Criar variedades adaptadas para o combate de poluentes;

- Estudar adaptações de microrganismos e sua aplicação no

tratamento de resíduos;

- Utilizar microrganismos como inseticidas biológicos, não

poluentes ao ambiente.
1. MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
1.1 INTRODUÇÃO

• Apesar de microrganismos serem associados a doenças/patologias,

afetando animais e humanos, estes seres minúsculos são
fundamentais para a manutenção do equilíbrio ambiental.

1.2 OBJETIVOS DA MICROBIOLOGIA AMBIENTAL

• Utilizar os conhecimentos
microbiológicos para manter a
qualidade ambiental e contribuir com
o desenvolvimento sustentável da
sociedade moderna.
2. DEFINIÇÕES DE MICROBIOLOGIA

• Microbiologia - Do grego mikros = pequeno, + bio = vida, + logos =

ciência;

• É classicamente definida como a área da ciência dedicada ao

estudo de organismos visualizados ao microscópio;

• Envolve o estudo de organismos procariótico (bactérias),

eucarióticos (algas, protozoários, fungos) e seres acelulares (vírus);

• Microrganismos possuem diversidade bioquímica

o que os torna um grupo complexo e diversificado
entre si, sendo que: uma espécie bacteriana pode
possuir diversas cepas com diferentes metabolismos
químicos e enzimáticos;
3. IMPORTÂNCIA DA MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
• A microbiologia ambiental atua descontaminando água, solo de um
determinado local utilizando microrganismos que fazem a
biorremediação dessa área (líquida ou sólida);

• Microrganismos produzem enzimas que potencializam reações

químicas (denominados biocatalizadores), e o entendimento é
facilitado pelo uso de técnicas de biologia molecular;

• Pragas comuns na agrícolas podem ser combatidas, sem exceder o

uso de venenos;

• Diversas espécies de vírus e bactérias atuam no controle de lagartas,

percevejos e besouros;

• Microrganismos com essa capacidade são denominados

biopesticidas.
4. ATUAÇÃO DA MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
5. PERSPECTIVAS DA MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
• Microrganismos “do bem” ganham espaço, sendo base de diversos
produtos de valor inestimável;

• O Brasil, devido a problemas ambientais crônicos (apesar de grande

diversidade), está expandido sua atuação no setor, mas precisa
interar ecologistas, geneticistas, químicos e biotecnologistas, para
solução de problemas de qualidade ambiental;
5. PERSPECTIVAS DA MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
• Apesar dos avanços alcançados (softwares, algoritmos, etc), são as
ferramentas da biologia molecular baseadas em DNA e novos
métodos para o estudo de proteínas, que trazem compreensão
desses seres;

• Há uma grande ênfase na aplicação de abordagens “ômicas”

(genômica, transcriptômica, proteômica e metabolômica) para
identificar funções microbiológicas das espécies que habitam
diferentes ambientes.
6. BIOPROSPECÇÃO - MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
Busca por micro-organismos com propriedades de
interesse biotecnológico:
• Solo
• Areia
• Plantas
• Outros nichos

Após isolar microrganismo:

• Caracterizar morfologia
• Macro e Micromorfologia
• Identificar taxonômia
• Isolar/caracterizar substância de interesse
• Testar toxicidade
• Patentear
• Comercializar
6. BIOPROSPECÇÃO - MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
7. ATUAÇÃO DA MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
• A Microbiologia Ambiental atua como área de estudos fundamental
em diversos temas (biorremediação, biocatálise, biocombustíveis,
controle biológico, fertilizantes, etc);

8.1 Microbiologia Agrícola

• Abrange fitopatologia de raízes;
• Qualidade/sanidade de sementes;
• Diagnóstico de doenças de plantas;
• Identificação de populações de fitopatógenos;
• Identificação de resistência dos fitopatógenos;
• Caracterização/seleção de microrganismos fixadores de nitrogênio.
7. ATUAÇÃO DA MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
8.2 Biorremediação
• Compostos tóxicos, introduzidos no ambiente pela atividade
humana e exposição a estes contaminantes causa riscos (ambiente
como à saúde humana);

• Entender os riscos e desenvolver técnicas de remediação é de

extrema importância;

• A Biorremediação é um processo biológico que ocorre naturalmente

(ação de bactérias, fungos e plantas),
degradam/transformam/removem compostos orgânicos sintéticos
de uma matriz ambiental, como água ou solo;

• Utiliza-se métodos químicos/biológicos para avaliar estes processos;

7. ATUAÇÃO DA MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
8.3 Biocatálise
• Área multidisciplinar, aplicações na fabricação de
fertilizantes/defensivos agrícolas, fármacos (química fina), indústria
de processamento de alimentos, petróleo, etc;
• O uso de catalisadores biológicos com novas técnicas de biologia
molecular, vem sendo desenvolvidas na obtenção de catalisadores
com suas especificidades alteradas assim como a exploração da
biodiversidade;
• O maior desafio é o uso de catalisadores biológicos nativos
disponíveis, pois apresentam limitações no uso dos processos
industriais;
• Essas limitações no uso dessas enzimas vem sendo contornadas pela
alteração de termoestabilidade e técnicas moleculares (sítio
mutação dirigida).
7. ATUAÇÃO DA MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
8.4 Microbiologia da Água

• Análise microbiológica da água é muito importante na identificação

de microrganismos patogênicos (bactérias indicam contaminação
fecal de humanos ou animais ou por esgoto);
• Contaminantes em água causam diferentes doenças (diarreia, febre
tifoide e infecção intestinal, induzindo à morte);
• Consumir água contaminada, resulta em novos casos de infecção;
• Uma grande questão de saúde pública mundial é a qualidade da
água oferecida aos consumidores que, associada à falta de
saneamento básico, mata cerca de 1,6 milhões de pessoas/ano;
• No Brasil, o custo para o tratamento de doenças transmitidas pela
água é de US$ 2,7 bilhões/ano (M.S.).
 8. INTRODUÇÃO À MICROBIOLOGIA
- Importância/uso dos Microrganismos
• Ambiental e Aplicada
• Biorremediação
• Controle biológico
• Biocorrosão
• Qualidade da água
• Segurança alimentar
• Biotecnologia
• Diagnóstico
 8. INTRODUÇÃO À MICROBIOLOGIA
Atuações da Microbiologia Ambiental

- Microbiologia ambiental: estudo dos micro-organismos e suas

atividades para entender seu papel na manutenção da biosfera e seu
uso na remediação de locais modificados;

- Microbiologia aplicada: explora micro-organismos, suas

atividades/produtos para o benefício da sociedade;

- Ecologia microbiana: estuda interações entre populações de

microrganismos e entre organismos de outros níveis tróficos.
 8. INTRODUÇÃO À MICROBIOLOGIA
O que se estuda na Microbiologia?
✓ Classificação
✓ Estrutura
✓ Reprodução
✓ Hereditariedade
✓ Atividades bioquímicas
✓ Nutrição
✓ Atividades e relações entre si, com outros seres vivos
✓ Habilidade causar mudanças físicas e químicas no ambiente
 9. HISTÓRICO DA MICROBIOLOGIA
• Primeiro microscópio (Leeuwenhoek, 1632- 1723
identifica seres unicelulares);

• Processo de pasteurização que derruba a teoria

aristotélica de geração espontânea da vida (Pasteur,
1822 – 1895);

• Microbiologia Sanitária ou Saúde Pública, início

em 1880’s, morte de pacientes por infecções
cirúrgicas graves depois cirurgias;

• Joseph Lister, médico cirurgião e pesquisador, usa teoria dos Germes

de Pauster, introduz a antissepsia na rotina dos cirurgiões dos
hospitais;

• Descoberta do ácido fênico/fenólico - C6H5OH, como antisséptico.

9. HISTÓRICO DA MICROBIOLOGIA
9. HISTÓRICO DA MICROBIOLOGIA
 9. HISTÓRICO DA MICROBIOLOGIA

Antes do século XVIII, a que se atribuía as doenças?

- Maldição divina

- Teoria dos miasmas (vapores ou venenos)

- Mau odores

- O ar como meio de transmissão

 9. HISTÓRICO DA MICROBIOLOGIA

ROBERT KOCH (1843-1910)

✓ Descobriu a etiologia do Antraz;

✓ Fez o primeiro isolamento bacteriano;

✓ Descobriu/isolou o bacilo causador da

tuberculose;

✓ Desenvolveu o primeiro tratamento contra a tuberculose;

✓ Revolucionou a medicina para diagnóstico e tratamento de doenças

(aumentou a expectativa de vida em décadas).
 9. HISTÓRICO DA MICROBIOLOGIA
POSTULADOS DE KOCH (1843-1910)
✓Os microorganismos devem estar presentes em todos os casos de
doenças;
✓ Os microorganismos devem ser isolados em cultura pura no
laboratório

✓ Os mesmos sintomas devem surgir se o microrganismo for

inoculado em um hospedeiro saudável e susceptível;

✓ O mesmo microorganismo deve ser re-isolado do hospedeiro

inoculado
10. CLASSIFICANDO MICRORGANISMOS

5.1 NOMENCLATURA

• Sistema de nomenclatura criado em 1735 por Carolus Linnaeus;

• Primeiro nome: Gênero;

• Segundo nome: Espécie (primeira letra minúscula);

EX: Escherichia coli,
- o primeiro nome homenageia o cientista Theodor Escherich
- coli lembra que o E. coli vive no colo/Intestino Grosso;
10. CLASSIFICANDO MICRORGANISMOS
5.2 HIERARQUIA TAXONÔMICA

• Domínio
• Reino
• Filo
• Classe
• Ordem (Grupo de família similares)
• Família (Gêneros relacionados);
• Gênero (spp. diferem entre si em certas características, mas
relacionam-se pela descendência);
• Espécie
 10. CLASSIFICANDO MICRORGANISMOS

• Procariontes: não apresentam organelas envolvidas por membranas

(Bactéria e Arqueas);

• Eucariontes: apresentam organelas envolvidas por membranas

(Algas, fungos e Protozoários);

• Vírus: não apresentam natureza celular nem atividade metabólica

independente.
11. DIVERSIDADE MICROBIANA
• DIVERSIDADE FISIOLÓGICA

• Fontes de energia: compostos orgânicos, compostos inorgânicos e

energia luminosa;

• Produção de energia apenas na presença de Oxigênio : Aeróbio;

• Produção de energia na ausência de oxigênio: Anaeróbio;

• Fonte de Energia:
• Fototróficos Fonte de Carbono Orgânicos CO2
• Heterotróficos Autotróficos (Produtores Primários)
• Extremófilos, procariontes que necessitam de condições
ambientais extremas para sobreviver.
11. DIVERSIDADE MICROBIANA

● BACTÉRIAS

● FUNGOS

● VÍRUS

● PROTOZOÁRIOS

● ALGAS
11. DIVERSIDADE MICROBIANA
11. DIVERSIDADE MICROBIANA
• A vida microbiana é incrivelmente diversificada, microrganismos
cobrem literalmente o planeta;

• Estima-se que conheçamos menos de 1% das espécies microbianas

da Terra;

• Microrganismos podem sobreviver em alguns dos ambientes mais

extremos do planeta (altas temperaturas acima de 100 ° C, como os
encontrados em gêiseres, fundos de lagos e lagoas quentes e
oceanos, poços de petróleo;

• Alguns são encontrados em habitats extremamente frios, outros em

águas salinas, ácidas ou alcalinas.
 11. DIVERSIDADE MICROBIANA
• Um grama de solo pode conter aproximadamente um bilhão
(1.000.000.000) de micróbios, que contém milhares de espécies;

• Microrganismos impactam toda a biosfera e são fundamentais,

especialmente em zonas de pouca luz (bactérias quimiossintéticas
fornecem energia e carbono aos outros organismos);

• Alguns micróbios são decompositores e têm capacidade de reciclar

outros nutrientes, assumindo papel especial nos ciclos
biogeoquímicos;

• As bactérias são de grande importância no sentido da sua relação

simbiótica (positiva ou negativa) e os efeitos sobre o ecossistema.
11. DIVERSIDADE MICROBIANA
- Micro-organismos e o ambiente
• Micro-organismos estão em todos os lugares
• Dentro e sobre o corpo de animais
• Nos objetos que tocamos, usamos, comemos e bebemos
• Superfícies imersas – biofilmes
• Plantas
• No interior da terra (Extraterrestres?)

- Diversidade dos microrganismos

• Estima-se 5 milhões de micro-organismos
• 100.000 identificados por marcadores (metagenômica)
• Mais de 10.000 espécies de bactérias
• Estima-se 1,5 milhões de espécies de fungos, porém são conhecidas
cerca de 69.000.
12. IMPACTO DOS MICRORGANIMOS NOS SERES VIVOS
• Agentes causadores de doenças: Doenças microbianas são ainda a
principal causa de morte em países em desenvolvimento;
• Agricultura: Fixadores de N2, digestão de ruminantes, ciclos
biogeoquímicos e doenças em plantas;
• Alimentos: Doenças transmitidas por alimentos, Leveduras,
Laticínios;
• Energia e Meio Ambiente: Produção de Metano, Biocombustíveis,
degradação de poluentes persistentes.
• Biotecnologia: Utilização de microrganismos em processos
industriais, organismos geneticamente modificados;

• Importância dos micro-organismos

• Industrial: fermentação – etanol, acetona, ácidos orgânicos;
• Alimentos: Vinho, queijo, iogurte, pão, conservas;
• Biotecnologia: produtos recombinantes – insulina humana, vacinas.
13. TECNOLOGIAS DE IDENTIFICAÇÃO

Métodos genotípicos

1. Tamanho do DNA
2. Índice Citosina-Guanina (C+G)
3. Hibridização de DNA
4. Sondas moleculares: 50-100pb
5. Sequenciamento de DNA
6. Ribotipagem: RNAr 16S
7. Análise plasmidial
 13. TECNOLOGIAS DE IDENTIFICAÇÃO
Métodos fenotípicos
Morfologia

Coco : De forma esférica ou subesférica (do gênero Staphylococcus)

Bacilo ou Bastonete : Em forma de bastonete (do gênero Bacillus)
Vibrião : Em forma de vírgula (do gênero Vibrio)
Espiroqueta : Em forma de espiral (do gênero Treponema e Leptospira)

Espiroqueta

Cocos
Vibrios
Bacilos ou Bastonetes
13. TECNOLOGIAS DE IDENTIFICAÇÃO

Identificação molecular
• Purificação do DNA
• Sequenciamento
13. TECNOLOGIAS DE IDENTIFICAÇÃO
Tipagem enzimática: enzimas do metabolismo

➢ Enzimas respiratórias
• Pesquisa da Catalase

➢ Metabolismo glicídico
A maioria das bactérias utiliza os hidratos de carbono hidrolizando-os
até à formação de ácidos com consequente alteração do pH do meio.
Em alguns casos essa hidrólise conduz à formação de gases.
 13. TECNOLOGIAS DE IDENTIFICAÇÃO
- GENÔMICA

• Corresponde à aquisição dos dados referentes ao genoma, à

sequência completa do material genético, do DNA de um
organismo;

• Possui desafios computacionais ligados à qualidade dos dados

gerados pelos sequenciadores da nova geração (NGS), onde cada
plataforma tem seus próprios desvios sistemáticos que precisam ser
considerados no projeto e análise de dados.
13. TECNOLOGIAS DE IDENTIFICAÇÃO

- TRASCRIPTÔMICA

• É o conhecimento do transcriptoma (RNAs) determinando quais os

genes estão sendo expressos e como o nível de expressão pode
mudar durante a vida do organismo;

• Possui desafios computacionais, já que um maior conjunto de dados

permite uma determinação mais precisa dos níveis de transcrição e
estatísticas associadas, com aumento do risco de dados, além de
visualização, análise e interpretação exigirão níveis significativos de
perícia, e também exige habilidades de programação.
 13. TECNOLOGIAS DE IDENTIFICAÇÃO
- PROTEÔMICA

• Refere-se a análise sistemática de proteínas, complementa outras

tecnologias “Ômicas”, na elucidação/identificação de proteínas de
um organismo;

• Possui desafios computacionais, já que usa de ferramentas de

software no processamento de dados, cujo desenvolvimento está
atrasado em relação aos avanços na instrumentação e metodologias.
 13. TECNOLOGIAS DE IDENTIFICAÇÃO
- METABOLÔMICA

• Envolve análise quantitativa e qualitativa do conjunto completo de

metabólitos presentes nas células, fluidos e tecidos corporais (o
metaboloma);

• Possui muitos desafios computacionais, já que lida com grandes

conjuntos de dados;

• Ferramentas computacionais sofisticadas são vitais para a análise

eficiente e de alto rendimento, para eliminar a distorção sistemática
e explorar resultados biologicamente significativos.
Referências
- M. C. MORAIS FILHO e A. C. F. CORIOLANO.
BIORREMEDIAÇÃO, UMA ALTERNATIVA NA UTILIZAÇÃO EM ÁREAS DEGRADADAS
PELA INDÚSTRIA PETROLÍFERA. HOLOS, Ano 32, Vol. 7.
- Pereira & Freitas, v(6), nº 6, p. 975 – 1006, 2012.
Rev. Elet. em Gestão, Educação e Tecnologia Ambiental. (e-ISSN: 2236-1170).
- Viviane Mallmann; Lucas Wagner Ribeiro Aragãoa, et al. The Advantages of
Bioremediation in Environmental Quality. DOI: http://dx.doi.org/10.17921/1415-
6938.2019v23n1p12-15.

• Vídeos: Biorremediação em industrias petrolíferas

• Métodos de identificação microbiológica

• Duvidas: elidamarnunes@usp.br