O que é microbiologia?

A Microbiologia tem como objetivo estudar todos os aspectos que

envolvem os seres de um vasto e diverso grupo de organismos unicelulares
de dimensões reduzidas (microrganismos), que podem ser encontrados
como células isoladas ou agrupados em diferentes arranjos (cadeias ou
massas) – sendo que as células, mesmo estando associadas, exibiriam um
caráter fisiológico independente.
Assim, com base nesse conceito, a microbiologia envolve o estudo de
organismos procariotos (bactérias), eucariotos inferiores (fungos,
protozoários e algas) e, também, dos vírus (Figura 1).

Figura 1 – Os grandes grupos de microrganismos.

Essa ciência (a Microbiologia) estuda, também, a distribuição natural
desses organismos, suas relações recíprocas e com outros seres vivos, seus
efeitos benéficos e prejudiciais sobre os homens e as alterações físicas e
químicas que provocam no meio ambiente.
Ressalta-se que os princípios da Biologia podem ser demonstrados através
do estudo da Microbiologia, pois os microrganismos têm muitas
características que os tornam instrumentos ideais para a pesquisa dos
fenômenos biológicos. Os microrganismos fornecem sistemas específicos
para a investigação das reações fisiológicas, genéticas e bioquímicas, que
são a base da vida. Eles podem crescer de maneira conveniente em tubos
de ensaio ou frascos, exigindo, assim, menos espaço e cuidados de
manutenção quando comparados às plantas superiores e aos animais. Além
disso, crescem rapidamente e se reproduzem num ritmo muito alto –
algumas espécies bacterianas podem apresentar cerca de 100 gerações num
período de 24 horas.
Os processos metabólicos dos microrganismos seguem os padrões que
ocorrem nos vegetais superiores e nos animais; portanto, em
Microbiologia pode-se estudar os organismos em grandes detalhes e
observar seus processos vitais durante o crescimento, a reprodução, o
envelhecimento e a morte.
Modificando-se a composição do meio ambiente, é possível alterar as
atividades metabólicas, regular o crescimento e até alterar alguns detalhes
do padrão genético – tudo isso sem causar a destruição do microrganismo.
Contexto histórico e Evolutivo da Microbiologia
A ciência da microbiologia iniciou a cerca de 200 anos, contudo a recente
descoberta de DNA de Mycobacterium tuberculosis em uma múmia
egípcia de 3.000 anos indica que os microrganismos têm estado por muito
mais tempo ao nosso redor.
Pode-se dizer que a microbiologia começou quando se aprendeu a polir
lentes, feitas a partir de peças de vidro, e a combiná-las até que se
produzisse o efeito de aumento necessário para a visualização dos
microrganismos.
Durante o século XIII, Roger Bacon postulou que a doença era produzida
por seres vivos invisíveis. A sugestão foi novamente feita por Fracastoro
de Verona (1483-1553) e por Von Plenciz, em 1762, mas esses cientistas
não dispunham de provas.
No início de 1658, um monge chamado Kircher se referiu a “vermes”
invisíveis a olho nu nos corpos em decomposição, no pão, no leite e em
excreções diarreicas.
Em 1665, Robert Hooke viu e descreveu células em um pedaço de cortiça.
A descoberta de Hooke marcou o início da teoria celular – a teoria em que
todas as coisas vivas são compostas por células. Investigações
subsequentes a respeito da estrutura e das funções das células tiveram
como base essa teoria.
Esses “pequenos organismos” foram, posteriormente, identificados em sua
maioria como protozoários. Ao decorrer do século XVIII, novos
microrganismos foram identificados com o auxílio dos microscópios,
contudo, ainda não se estabelecia relação biológica desses organismos com
outros seres.
Registros ligados ao estudo da microbiologia são datados desde 1675,
quando, na Holanda, Antonie van Leeuwenhoek escreveu uma série de
cartas para a Sociedade Real de Londres descrevendo “pequenos animais”
encontrados na água da chuva, observados por meio de seu microscópio
caseiro.

Figura 2 - Leeuwenhoek, seu microscópio e suas anotações.

Entretanto, o salto da microbiologia como ciência se deu em 1841,
quando, empiricamente, Ignaz Semmelweis, em Viena, constata a
possibilidade de transmissão interpessoal de agentes microscópicos por
contato direto e a implicação desses em doenças para os seres humanos.
O médico relacionou a falta de higienização das mãos durante a realização
de partos com o grande aumento de infecção pós-parto, sendo que, após
instituir medidas sanitárias, ele observou drástica redução das mortes
também em outros hospitais.
Ainda no século XIX, grandes descobertas contribuíram
significativamente para o conhecimento da microbiologia, como: os
estudos de Pasteur, em 1861, com os estudos do papel dos fungos na
fermentação anaeróbia; a publicação da primeira classificação das
bactérias, em 1875, por Ferdinand Cohn; a identificação da Neisseria
gonorrhoeae como o primeiro patógeno causador de uma doença crônica,
por Albert Neisser em 1879; o desenvolvimento de meios de cultura,
colorações microbiológicas; o isolamento do bacilo da tuberculose por
Robert Kock; e a publicação, em 1884, dos postulados de Koch, os quais
norteiam atualmente o conceito de doença infecciosa. Esse período ficou
conhecido como a idade de ouro da microbiologia.
Vale destacar que os experimentos realizados no século XIX por diversos
cientistas resultaram em muitos avanços para a microbiologia, como:
 o conceito (defendido por Pasteur) de que a vida deveria surgir de
uma vida préexistente (Biogênese);
 o conhecimento do processo biológico da fermentação (Pasteur);
 o desenvolvimento de técnicas de esterilização, como, por exemplo,
a pasteurização – tratamento térmico controlado que mata certos
microrganismos, mas não elimina todas as bactérias presentes,
utilizado para esterilizar alguns alimentos (Leite, queijos) e certas
bebidas alcoólicas (cerveja e vinho). Esse processo foi baseado no
tempo de morte térmica característica das espécies patogênicas
(Mycobacterium tuberculosis) - 60ºC a 15 min.;
 o desenvolvimento da teoria das doenças causadas por germes
(Pasteur e Robert Koch);
 o desenvolvimento de vacinas a partir do bacilo do carbúnculo
(Bacillus anthracis) morto e do vírus da raiva (Pasteur) atenuado ou
enfraquecido;
 o desenvolvimento dos métodos de isolamento de microrganismos e
cultivo na forma de cultura pura em meio nutritivo (Pasteur, Koch,
Julius Petri e Frau Hesse);
 o estabelecimento de um procedimento científico para provar a
teoria das doenças causadas por germes, conhecido como postulados
de Koch.
A partir do século XIX, uma nova fase do desenvolvimento da
microbiologia se inicia com a descoberta da penicilina por Alexandre
Fleming – através do isolamento acidental da substância produzida por
fungos Penicillium, que contaminaram sua cultura de Staphylococcus
aureus e inibiram o crescimento dessa bactéria.
Em 1939, inicia-se a terapia antimicrobiana em humanos com a descoberta
das sulfonamidas, por Gerhardt Domagk. Em 1940, ocorre a produção em
grande escala da penicilina para uso clínico.
Nas últimas décadas, a Microbiologia desenvolveu muitas pesquisas
voltadas para o estudo do potencial biotecnológico dos microrganismos.
Os resultados desses estudos têm mostrado a ampla capacidade de
aplicação desses organismos para propiciar diversos benefícios em
diversas áreas: farmacologia, alimentos, agricultura, indústria e meio
ambiente.
Na área industrial, por exemplo, os microrganismos são utilizados na
síntese de uma variedade de substâncias químicas, desde no ácido cítrico
até nos antibióticos mais complexos e enzimas. Certos microrganismos são
capazes de fermentar resíduos orgânicos, produzindo gás metano que pode
ser coletado e utilizado como combustível.
A biometalurgia explora as atividades químicas de bactérias para extrair
minerais, como o cobre e o ferro, de minérios de baixa qualidade. A
indústria do petróleo tem utilizado bactérias e seus produtos para aumentar
a extração do petróleo.
Na área ambiental, os microrganismos e seus produtos, como as enzimas,
são utilizados no tratamento de efluentes (esgoto) e na biorremediação de
ambientes contaminados por substâncias tóxicas e recalcitrantes, como
agrotóxicos e pesticidas.
O que são microrganismos?
Os microrganismos são seres microscópicos em sua maioria, invisíveis a
olho nu, o que faz com que, nos estudos de microbiologia, seja necessário
o uso de instrumentos específicos – como o microscópio.
Esse grupo de organismos é considerado o de maior diversidade biológica
conhecida – morfológica, fisiológica e ecológica. Podem apresentar
formas celulares das mais variadas, são metabolicamente capazes de
realizar todos os tipos de reações bioquímicas conhecidas e podem ser
encontrados em praticamente todos os ambientes, dos mais simples aos
mais extremos, interagindo com esses e com outros seres vivos.
Cabe ressaltar que todas as células vivas, inclusive os microrganismos, são
basicamente semelhantes, elas compõem-se de protoplasma, um complexo
orgânico coloidal constituído principalmente de proteínas, lipídeos e
ácidos nucleicos. O conjunto é circundado por membranas limitantes ou
parede celular, e todos contêm um núcleo ou uma substância nuclear
equivalente.
Todos os sistemas biológicos têm algumas características comuns, como:
a) habilidade de reprodução; b) capacidade de ingestão ou assimilação de
substâncias alimentares – metabolizando-as para suas necessidades de
energia e de crescimento; c) habilidade de excreção de produtos de
escória; d) capacidade de reagir a alterações do meio ambiente (algumas
vezes chamada de “irritabilidade”); e e) suscetibilidade à mutação.
Os principais grupos de microrganismos são as bactérias, os fungos, vírus,
protozoários e as algas.
A importância dos Microrganismos
Alguns microrganismos habitam o corpo humano, entre eles podemos
destacar os “patógenos oportunistas”. São assim conhecidos porque,
normalmente, não causam doenças em uma pessoa saudável; entretanto,
em condições de baixa imunidade do hospedeiro, esses microrganismos
podem se desenvolver além do normal, causando uma diversidade de
patologias.
Há, ainda, um grupo de microrganismos denominados patogênicos, pois
são potencialmente capazes de provocar uma determinada doença nos
seres humanos. Ressalta-se que, ao longo da história da humanidade,
centenas de milhares de pessoas morreram em epidemias causadas por
microrganismos – como a peste negra, febre tifoide, gripe espanhola,
cólera, AIDS, ebola, gripe H1N1, dengue, febre amarela, entre outras –
que, até então, não eram conhecidos ou, por falta de vacinas e/ou
antibióticos, não tinham como ser combatidos.
A elevada capacidade de biodegradação de alguns microrganismos
também apresenta aspectos negativos quando provoca a deterioração de
alimentos e outros materiais (equipamentos, monumentos, etc.) utilizados
por nós, provocando grandes perdas e prejuízos socioeconômicos.
Por outro lado, grande parte dos microrganismos desempenha um papel
fundamental no equilíbrio e na manutenção da vida na biosfera (planeta
Terra), realizando a decomposição da matéria (orgânica e inorgânica),
propiciando a reciclagem de elementos essenciais para nutrir todos os
seres vivos, independentemente de suas cadeias alimentares.
Considerando que os microrganismos estão presentes em todos os
ambientes (habitados ou não por outros organismos) e que são muito
importantes (tanto nos aspectos negativos quanto nos positivos), estudar
Microbiologia contribuirá para que você (futuro gestor ambiental) possa
propor e aplicar técnicas e processos sustentáveis para a preservação da
qualidade ambiental ou para a remediação de sistemas contaminados.
Classificação dos Organismos
Desde os tempos de Aristóteles, os organismos vivos eram classificados de
duas maneiras: plantas ou animais. Em 1735, o botânico sueco Carolus
Linnaeus apresentou um sistema formal de classificação dividindo os
organismos vivos em dois reinos: plantae e animalia. Utilizou nomes em
latim para estabelecer uma “linguagem” comum para a sistemática.
Contudo, à medida que as ciências biológicas se desenvolveram, os
biólogos começaram a procurar por um sistema de classificação natural –
um sistema que agrupasse os organismos com base nas suas relações
ancestrais e permitisse ver a organização da vida.
Em 1857, Carl Von Nägeli, um contemporâneo de Pasteur, propôs que as
bactérias e os fungos fossem colocados no Reino das Plantas. Em 1866,
Ernest Haeckel propôs o Reino Protista para incluir bactérias,
protozoários, algas e fungos.
Devido às discordâncias sobre a definição de protista, durante os 100 anos
seguintes os biólogos continuaram a seguir a classificação de Von Nägeli,
que colocava as bactérias e os fungos no Reino das Plantas.
Os fungos foram classificados em seu próprio reino em 1959 (o irônico é
que o sequenciamento recente do DNA posicionou os fungos mais
próximos dos animais do que das plantas). Com o advento da microscopia
eletrônica, as diferenças físicas entre as células ficaram evidentes. O termo
procarioto foi introduzido em 1937 por Edward Chatton, para distinguir as
células sem núcleo das células nucleadas das plantas e dos animais.
Em 1961, Roger Stanier apresentou a definição atual dos procariotos:
células nas quais o material nuclear (nucleoplasma) não é envolto por uma
membrana nuclear.
Em 1968, Robert G. E. Murray propôs o Reino Prokaryotae.
Posteriormente, em 1969, Robert H. Whittaker criou o sistema de cinco
reinos, no qual os procariotos foram colocados no Reino Prokaryotae, ou
Monera, e os eucariotos constituíram os outros quatro reinos.
O Reino Prokaryotae foi criado com base em observações microscópicas;
posteriormente, novas técnicas de biologia molecular revelaram que
existem na realidade dois tipos de células procarióticas e um tipo de célula
eucariótica.
Níveis taxonômicos
Todos os organismos podem ser agrupados em uma série de subdivisões
que formam uma hierarquia taxonômica. Linnaeus desenvolveu essa
hierarquia para sua classificação das plantas e dos animais. Uma espécie
eucariótica é um grupo de organismos intimamente relacionados que se
reproduzem entre si.
Um gênero consiste em espécies que diferem entre si em certas
características, mas são relacionadas pela descendência – por exemplo,
Tabebuia, o gênero do Ipê, consiste em todos os tipos de Ipês (branco,
rosa, amarelo) e, mesmo sabendo que cada espécie de Ipê difere das
outras, elas são relacionadas geneticamente.
Como um grupo de espécies forma um gênero, gêneros relacionados
formam uma família. Um grupo de famílias similares forma uma ordem, e
um grupo de ordens similares forma uma classe. Por sua vez, classes
relacionadas formam um filo. Portanto, um organismo específico (ou
espécie) tem um nome de gênero e um epíteto específico, e pertence a uma
família, uma ordem, uma classe e a um filo. Todos os filos ou divisões
relacionadas entre si formam um reino, e os reinos relacionados são
reagrupados em um domínio (Figura 4).
Figura 4 – Os níveis de classificação de um ser vivo (de espécie a
Domínio)
Os três Domínios
A descoberta de três tipos de células teve como base a observação de que
os ribossomos não são os mesmos em todas as células. Os ribossomos
fornecem um método de comparação celular, pois estão presentes em todas
as células. A comparação das sequências de nucleotídeos no RNA
ribossômico (rRNA) de diferentes tipos de células mostrou que existem
três grupos celulares diferentes: os eucariotos e dois tipos diferentes de
procariotos – as bactérias e as arquibactérias.
Em 1978, Carl R. Woese propôs elevar os três tipos de células para um
nível acima de reino, chamado de domínio.
Woese acreditava que as arquibactérias e as bactérias, embora similares
em aparência, deveriam formar seus próprios domínios separados na
árvore evolutiva.
A Figura 5 mostra as relações entre os organismos vivos. As linhas
mostram como cada grupo descende dos seus ancestrais. Destaca-se que os
fundamentos da classificação e da taxonomia são necessários para
entender a suscetibilidade dos diferentes microrganismos a vários métodos
de utilização e controle.
Figura 5- Os três grandes domínios: Bacteria, Archea e Eukarya.

Os organismos são classificados pelo tipo de células nos três domínios.

Além das diferenças no rRNA, os três domínios diferem na estrutura
lipídica da membrana, nas moléculas de RNA de transferência e na
sensibilidade aos antibióticos.
Nesse esquema amplamente aceito, animais, plantas, fungos e protistas são
reinos do domínio Eukarya.
O domínio Bacteria inclui todos os procariotos patogênicos, assim como
muitos dos procariotos não patogênicos encontrados no solo e na água. Os
procariotos autotróficos (fotossintetizantes) também estão nesse domínio.
O domínio Archaea inclui procariotos que não têm peptideoglicana nas
suas paredes celulares e que, frequentemente, vivem em ambientes
extremos e realizam processos metabólicos incomuns.
Archaea inclui três grupos principais:
1. Os metanógenos, anaeróbicos restritos que produzem metano (CH4 ) a
partir de dióxido de carbono e hidrogênio;
2. Os halófilos extremos, que requerem altas concentrações de sais para
sobreviver;
3. Os hipertermófilos, que normalmente crescem em ambientes quentes.
A relação evolutiva entre os três domínios é assunto atual de diversos
pesquisadores.
Originalmente, achava-se que as arquibactérias eram o grupo mais
primitivo, enquanto as bactérias foram tidas como mais relacionadas aos
eucariotos; estudos de rRNA indicam que o ancestral universal dividiu-se
em três linhagens, e essa divisão levou à Archaea, à Bacteria e ao que
finalmente tornou-se o nucleoplasma dos eucariotos: Eukarya (Figura 6).
Os fósseis mais antigos conhecidos são os restos de procariotos que
viveram há mais de 3,5 bilhões de anos. As células eucarióticas evoluíram
mais recentemente – algo em torno de 1,4 bilhão de anos. De acordo com a
teoria endossimbiótica, as células eucarióticas evoluíram a partir de células
procarióticas vivendo uma dentro da outra, como endossimbiontes. Na
verdade, as similaridades entre as células procarióticas e as organelas
eucarióticas fornecem evidências fortes a favor dessa relação
endossimbiótica (Figura 7).
Figura 6 - Algumas características de Archaea, Bacteria e Eukarya.
Figura 7 - Principais diferenças entre as células procarióticas e
eucarióticas.

Obs.: Os vírus não são classificados como parte de nenhum dos três
domínios. Eles não são compostos por células e utilizam a maquinaria
anabólica dentro da célula hospedeira para se multiplicar (reproduzir).
Nomenclatura dos Organismos
Os organismos vivos (inclusive os microrganismos) são agrupados em
níveis de classificação, ou taxon, de acordo com as características
similares. A cada organismo é atribuído um nome científico.
A ciência da classificação, especialmente a classificação dos seres vivos, é
chamada de taxonomia (do grego: nível de um sistema de classificação ou
arranjo ordenado). O objetivo da taxonomia é classificar organismos vivos
– ou seja, estabelecer relações entre um grupo e outro de microrganismos e
os diferenciar. Devem existir em torno de 100 milhões de organismos
vivos diferentes, sendo que menos de 10% foram descobertos e, muito
menos, classificados e identificados. Ressalta-se que novas técnicas de
biologia molecular e genética têm fornecido uma nova visão para a
classificação e a evolução.
A taxonomia também fornece uma referência comum para identificar
organismos já identificados – por exemplo, quando uma bactéria suspeita
de ter causado uma doença específica é isolada, as características dela são
comparadas com uma lista de características de bactérias previamente
classificadas para identificar a isolada. A taxonomia é uma ferramenta
básica e necessária para os cientistas, fornecendo uma linguagem universal
de comunicação.
Os organismos são classificados de acordo com seus graus de similaridade.
Essas similaridades se devem ao parentesco – todos os organismos são
relacionados pela evolução.
Para classificar (e dar nome) um organismo, não podemos utilizar nomes
comuns porque, muitas vezes, o mesmo nome é utilizado para muitos
organismos diferentes em locais diferentes. Por exemplo, existem dois
organismos diferentes com o mesmo nome: musgo espanhol, sendo que
nenhum deles é realmente um musgo. Além disso, idiomas locais são
utilizados para nomes comuns.
Como os nomes comuns podem induzir ao erro e estão em idiomas
diferentes, um sistema de nomes científicos – denominado nomenclatura
científica – foi desenvolvido no século XVIII.
Esse sistema de nomenclatura (nomeação), utilizado até hoje, foi
estabelecido por Carolus Linnaeus (em 1735). Nesse sistema, cada
organismo recebe dois nomes, ou um binômio, que são o nome do gênero
e o nome da espécie –ambos são escritos sublinhados ou em itálico.
O nome do gênero começa sempre com letra maiúscula e é sempre um
substantivo. O nome da espécie começa com letra minúscula e geralmente
é um adjetivo. Os nomes são latinizados porque o latim era a língua
tradicionalmente utilizada pelos estudantes. Por convenção, após um nome
científico ter sido mencionado uma vez, ele pode ser abreviado com a
inicial do gênero seguida pelo específico.
Os nomes científicos podem, entre outras coisas, descrever um organismo,
homenagear um pesquisador ou identificar os hábitos de uma espécie. Por
exemplo, considere o Staphylococcus aureus, uma bactéria comumente
encontrada na pele humana: Staphylo descreve o arranjo em cacho das
células dessa bactéria; coccus indica que as células têm a forma
semelhante a esferas; e, o específico, aureus, significa ouro em latim – a
cor de muitas colônias dessa bactéria. A figura 8 apresenta outros
exemplos.
Figura 8 - Exemplos de nomes de microrganismos e seus respectivos
significados
Considerando-nos como organismos, os humanos, nosso gênero e a nossa
espécie são: Homo e sapiens – o substantivo, ou gênero, significa homem
e o adjetivo, espécie, significa sábio.