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Primavera B 2021
Bio 345: Evolução
16 de março de 2021

Atividade 1.1: Seleção Natural de Alelos

Primeiros passos

-Digite todas as suas respostas nesta planilha em texto azul. Isso

tornará a classificação muito mais rápida.

- Faça o download dos seguintes três arquivos de modelo:

 Fixação simples de taxas de natalidade 2.0.nlogo
 Taxas de mortalidade simples Fixation.nlogo
 Acasalamento aleatório Diploid Selection.nlogo

Eles estão localizados no Canvas, onde você encontrou essa mesma

planilha. Certifique-se de salvá-los em algum lugar no seu computador
onde você pode encontrá-los mais tarde (por exemplo, Desktop)!

- Acesse o seguinte site: https://ccl.northwestern.edu/netlogo/. Use a

versão Web do NetLogo para executar as simulações. Você pode
encontrar problemas se executá-los no programa baixado.

Exercício 1: Taxas de natalidade

No canto superior direito, clique em "Escolher arquivo" para fazer o

upload de um modelo. Encontre o Simple Birth Rates Fixation 2.0.nlogo
onde você o salvou e carregue-o para NetLogo.

Clique na aba "Informações do Modelo" na parte inferior da página

para acessar informações importantes e responder às seguintes
perguntas sobre a simulação de "Taxas de Natalidade":

1. O que significam as cores vermelha e azul? O vermelho e o azul

representam as duas populações (fertilidade-azul/população de
tartarugas-azuis e vermelho-fertilidade/população de tartarugas-
vermelhas)

2. O que significam os triângulos (também conhecidos como

"tartarugas" em simulação-fala)?
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RESPOSTA: Os triângulos são os indivíduos nas populações.

(Nota para mim, por favor, desconsidere ao classificar

totalmente para mim 😊 muito obrigado!! : Este "tartarugas" é um

termo para a forma do símbolo que aparece no software de
modelagem {este software de modelagem em particular} ou a
forma dos indivíduos que aparecem no modelo que estamos
usando/lidando.) [Esta é a minha nota para si mesmo, por favor,
desconsidere]

3. O que significa capacidade de carga? A capacidade de carga é o

número máximo de indivíduos no terreno, ou o tamanho máximo
das populações, indicando que este é o número máximo de
organismos individuais que podem ser contidos neste modelo de
cada vez.

4. O que faz com que as tartarugas "morram" na simulação? Acaso

faz com que as tartarugas morram nesta simulação

5. É possível uma tartaruga vermelha ter uma chance maior ou

menor de morrer do que uma tartaruga azul? Não, porque nesta
simulação a chance de morrer é completamente aleatória, de
modo que o vermelho e o azul têm uma chance igual de morrer
dentro da simulação, e isso acontece quando o número total de
organismos atinge a capacidade para o terreno.

6. Como a alteração do controle deslizante de fertilidade azul afeta

a simulação?

Ele muda o número de filhotes produzidos por cada tartaruga

azul em cada geração.

Vejamos quão forte tem de ser a diferença na taxa de natalidade numa

população pequena para que uma população seja consistentemente
extinta.

Pôr:
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 capacidade de carga até 100
 fertilidade vermelha para 2,0
 fertilidade azul para 2,1 (dando aos azuis uma vantagem
reprodutiva de 0,05).
 Comece a população inicial a ser metade azul (proporção inicial-
azul = 0,5)

Execute um experimento (pelo menos 10 execuções) clicando em

setup e, em seguida, execute-experiment (que executará o
experimento várias vezes). Os resultados de cada execução
experimental aparecerão na caixa de texto amarela.

7. Quantas vezes o azul se extingue? 1:10 (1 em 10 vezes, ou 10%

do tempo)

Agora defina a fertilidade azul para 2.01 e execute um experimento

(pelo menos 10 corridas). Certifique-se de clicar no botão de
configuração depois de alterar o valor de fertilidade azul.

**Dica: Sempre clique no botão de configuração antes de iniciar um

novo experimento ou depois de alterar quaisquer parâmetros.**

8. Quantas vezes o azul se extingue? 2:10 (2 em 10 vezes, ou 20%

do tempo)

9. Compare seus resultados para as questões 7 e 8. São diferentes?

Por que a alteração da fertilidade afetou a proporção de vezes
que os vermelhos foram extintos? Dica: número aleatório de
cada cor morre a cada rodada. Sim, são diferentes. Ao mudar a
fecundidade de 2,10 filhos para 2,01 filhos, fez com que a
fecundidade da população azul se aproximasse do mesmo
número que a população vermelha, que era de 2,0. Ao fazer isso,
isso mudou a fertilidade azul da população para ser extinta 10%
a mais do que no experimento anterior. Ao passar de 10% para
1% de diferença de vantagem, os vermelhos ainda tinham mais
chances de competição de qualquer maneira, no entanto, quando
estavam com 2,10 crianças, eles tinham uma vantagem de
condicionamento físico maior do que quando mudamos para 2,01.
De qualquer forma, a população vermelha ainda tinha vantagem,
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mas era mais competitiva, já que as crianças estavam mais
próximas do mesmo número. Sim, os modelos eram diferentes.
Quando a vantagem da fecundidade foi reduzida de 10% para 1%,
o número de mortes aleatórias impactou ambas as populações
de forma mais igualitária. Quando a vantagem da fertilidade azul
era maior, o impacto da morte aleatória era menor porque havia
mais deles para começar.

10. Consulte a definição de adaptação no CogBooks. Maior

fertilidade é uma adaptação? Por que ou por que não? "A
adaptação é um conceito central na biologia. A palavra tem dois
significados relacionados. "Adaptação" significa o processo
evolutivo pelo qual, ao longo das gerações, os organismos são
alterados para se tornarem melhorados em relação a
características que afetam a sobrevivência ou a reprodução.
"Uma adaptação" é uma característica de um organismo que
evoluiu por seleção natural. Ambos os significados são difíceis
de definir com precisão[1,2]. Uma adaptação é uma característica
que aumenta a sobrevivência ou reprodução dos organismos que
a carregam, em relação a estados de caráter alternativos."

Acredito que neste experimento que a maior fertilidade não foi

uma adaptação porque nos disseram que as populações e os
resultados foram completamente randomizados. Não houve
vantagens além de ter um ponto de partida para uma das
populações mais altas que a outra. Se nos dissessem que havia
uma mutação, seleção natural para onde uma característica deu
a uma das duas populações uma vantagem ou mesmo uma
desvantagem sobre a outra, então eu diria que acredito que a
maior fertilidade em ter uma adaptação causou um resultado
significativo devido à aptidão (ou falta dela) em uma das duas
populações que estamos experimentando através da simulação.

Vamos examinar o que acontece se um novo alelo vantajoso para

melhor fertilidade entra em uma população, talvez por mutação (ou
seja, é inicialmente raro). Nesse cenário, a população original será
vermelha, enquanto o indivíduo com o novo alelo mais vantajoso será
azul.
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Pôr:
 capacidade de carga até 100
 staring-proportion-blue para 0,01, então há apenas 1 organismo
azul e 99 vermelhos no início.
 fertilidade azul de volta a 2.1

Acerte a configuração e o experimento de execução até que a

simulação atinja um resultado pelo menos 10 vezes.

11. Quantas vezes o azul se extingue? 9:10 (9 em 10 vezes, ou

90% do tempo)

12. Compare seus resultados na questão 11 com sua resposta

para a pergunta 7. São diferentes? Por que a alteração da
raridade do traço vantajoso afetou a proporção de vezes que os
vermelhos foram extintos? Sim, são extremamente diferentes.
Para a questão número 7, o azul foi extinto 1 em cada 10 vezes,
ao contrário desta vez a população azul foi extinta 9 em cada 10
vezes, fazendo uma diferença de 80%, o que é uma diferença
dramática/drástica. O impacto de qualquer um dos indivíduos
com essa característica específica morrer quando há apenas
alguns de vocês tem um impacto enorme, em oposição a ter uma
população muito grande que apenas alguns estavam com essa
característica de morte, provavelmente não afetaria a população
maior imediatamente ou rapidamente, se isso acontecesse
(possivelmente não faria nada ao longo de gerações, ele
simplesmente desapareceria/cairia). Quando a taxa de
fecundidade é alta, isso é uma grande vantagem, mas quando há
muito poucos na população, fica mais difícil competir com a
população vermelha. O impacto das mortes aleatórias é muito
maior na população.

Exercício 2: Sobrevivência

No canto superior direito, clique em "Escolher arquivo" para fazer o

upload de um modelo. Encontre o Simple Death Rates Fixation.nlogo
onde você o salvou e carregue-o para o NetLogo.
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Até agora, temos apenas uma seleção simulada com base em
diferenças reprodutivas/fertilidade. Mas a sobrevivência também é
importante na seleção natural. Neste modelo, você pode definir a
probabilidade de sobrevivência relativa dos azuis em comparação com
os vermelhos. Nota: a vantagem de sobrevivência apenas torna o
indivíduo mais propenso a sobreviver, mas não garante a sua
sobrevivência.

Clique na aba "Informações do Modelo" na parte inferior da página

para acessar informações importantes sobre a simulação e responder
às seguintes perguntas:

13. É possível que tartarugas vermelhas e azuis tenham taxas

de fertilidade diferentes nesta simulação? Não, porque na
informação do modelo consta que as populações vermelha e azul
"vão deslocar-se e reproduzir-se com as mesmas taxas de
natalidade", o que significa que as taxas de fecundidade serão
exatamente a mesma coisa. Estamos experimentando um foco
de seleção natural em oposição às taxas de natalidade.

14. É possível que tartarugas vermelhas e azuis tenham

diferentes probabilidades de morte nesta simulação? Sim, porque
estamos usando esta simulação para experimentar as
probabilidades de vantagens e desvantagens do número de
organismos/indivíduos azuis em oposição ao vermelho. Essa
variável não será mantida constante, pois é isso que estamos
tentando experimentar/observar as causas e efeitos das taxas de
mortalidade via seleção natural etc.

15. O que faz com que as tartarugas "morram" na simulação?

As tartarugas nesta simulação "morrem" quando a capacidade de
carga do terreno é excedida.

Pôr:
 proporção inicial de azuis para 0,5 (metade)
 capacidade de carga até 100
 Vantagem de sobrevivência azul para 1,1 (máximo)
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Acerte a configuração e o experimento de execução até que a
simulação atinja um resultado pelo menos 10 vezes.

16. Quantas vezes o azul se extingue? 0:10 (0 em 10 ou

nunca/não se extingue)

Agora defina a vantagem de sobrevivência azul para 1,01, acerte a

configuração e execute-experimento até que a simulação atinja um
resultado pelo menos 10 vezes.

17. Quantas vezes o blues é extinto? 1 :10 (1 em cada 10

vezes, ou 10%)

18. Compare seus resultados para as questões 16 e 17. São

diferentes? Por que a mudança da vantagem de sobrevivência
afetou a proporção de vezes que os vermelhos foram extintos?
Sim, são diferentes. Quando a vantagem de sobrevivência dos
azuis era de 1,1 (o máximo), os azuis nunca foram extintos,
enquanto quando a vantagem de sobrevivência dos azuis era de
1,01 (uma diferença de 0,09), isso cria uma grande diferença,
mesmo que possa não parecer uma grande diferença, mas ir de
zero/não ser extinto de forma alguma para extinguir 10% ou 1 em
cada 10 vezes é uma diferença significativa. Não é enorme, mas
é definitivamente algo que você precisa estar ciente e tomar
nota.

19. Tanto nas simulações de Taxa de Natalidade quanto de

Sobrevivência, a população azul muitas vezes cresceu mais
rápido do que a vermelha, eventualmente empurrando a vermelha
para a extinção. Compare e compare como o aumento da
fertilidade ou sobrevivência afetou a forma como a população
azul aumentou nas diferentes simulações. O aumento da
fecundidade afetou a forma como a população azul aumentou sua
sobrevivência nas diferentes simulações baseadas nos números
com os quais trabalhamos. Por exemplo, dada a menor mudança
na vantagem de sobrevivência, na verdade faz com que uma
grande quantidade de ir de não ser extinto / taxa de
sobrevivência de ser 100% em vez de mudar a taxa de
sobrevivência de 1,10 para 1,01 (uma diferença de 0,09) fez a
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taxa de sobrevivência da população azul ir de 100% para 90%. O
que também mudou a taxa de sobrevivência da população
vermelha. Eles foram extintos 100% do tempo quando a taxa de
vantagem de sobrevivência azul era de 1,10 para sua taxa de
sobrevivência sendo de 10% quando mudamos a taxa de
vantagem de sobrevivência azul para 1,01. Passar de não
sobreviver de jeito nenhum para, pelo menos, sobreviver em 10%
também é muito significativo. Pensando mais sobre isso,
basicamente ou está sendo extinto ou ameaçado são duas
coisas totalmente diferentes. Está existindo ou não. Mesmo
sobrevivendo aos 10%, tecnicamente você pode acabar sendo o
sobrevivente final, possivelmente evoluindo e se adaptando por
mutação, deriva genética ou seleção natural etc. Quem sabe
qualquer coisa pode acontecer, especialmente às vezes com a
sorte do 'sorteio, qualquer que seja a carta que você escolher
você pode ter sorte' tipo como ganhar na loteria.

Exercício 3: Acasalamento aleatório

No canto superior direito, clique em "Escolher arquivo" para fazer o

upload de um modelo. Encontre o Random Mating Diploid
Selection.nlogo onde você o salvou e carregue-o para o NetLogo.

A dinâmica da evolução muda ligeiramente em relação aos cenários

anteriores, quando os organismos são diploides e podem ter alelos
recessivos e dominantes. Isso ocorre porque diferentes genótipos
podem criar o mesmo fenótipo, e fenótipo é o que a seleção natural
atua.

Neste modelo, você pode definir a aptidão (ou seja, a prole produzida)
de cada genótipo; AA (vermelho), Aa (azul) ou aa (verde), bem como a
frequência de cada genótipo na população. Desta vez, as cores não
representam populações diferentes, mas sim genótipos diferentes
dentro de uma população. Quando a população atinge a capacidade de
carga, tartarugas azuis, vermelhas ou verdes morrem.

Primeiro, exploraremos quanto tempo leva para que um alelo

dominante com uma vantagem de aptidão atinja a fixação quando é
raro.
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Pôr:
 capacidade de carga até 100
 frequência inicial de AA homozigoto até 0
 frequência inicial dos heterozigotos (Aa) na frequência de 0,01
(isso significa que você está começando com apenas 1 alelo A na
população).
 Aptidão de AA para 1
 aptidão de AA e Aa para 2 para que o alelo A seja dominante e
tenha uma vantagem ENORME

20. Se AA estiver definido como 0 e Aa estiver definido como

0,01, qual é a frequência de aa? 0,99

Acerte a configuração e o experimento de execução até que a

simulação atinja um resultado pelo menos 10 vezes.

21. Quantas vezes o alelo A vai para fixação (ou seja, não há
mais indivíduos Aa ou aa, portanto, o alelo a não está mais na
população)? 8:10 (8 em 10 ou 80% das vezes), aparentemente
tinha que haver alguns na população que ou tinham o alelo
recessivo escondido em algum lugar ou que uma mutação/deriva
genética ocorreu para onde um alelo recessivo apareceu.

Agora defina a frequência inicial de heterozigoto para 0,1 (10%) em

vez de 0,01, para que o alelo A seja menos raro e, portanto, menos
provável de ser perdido devido a mortes aleatórias (ou seja, deriva
genética – aprenderemos mais sobre deriva genética no próximo
módulo). Acerte a configuração e o experimento de execução até que
a simulação atinja um resultado pelo menos 10 vezes.

22. Quantas vezes A vai para fixação nesse caso? 10:10 (10
em 10 vezes, ou 100%)

Compare isso com quando o alelo vantajoso é recessivo.

Pôr:
 aptidão de AA para 1
 aptidão de Aa para 1
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 A aptidão de AA para 2
 a frequência inicial de AA a 0,9
 deixar a frequência inicial de Aa em 0,1

Acerte a configuração e o experimento de execução até que a

simulação atinja um resultado pelo menos 10 vezes.

23. Quantas vezes o alelo a vai para fixação? 6 :10 (6 em 10,

ou 60%)

24. Compare suas respostas com as perguntas 21, 22 e 23. Que

fatores estão em jogo que fazem com que a resposta 21 seja
mais semelhante a 23 do que 22? ou seja, por que um alelo
dominante raro tem o mesmo destino de um alelo mais frequente,
mas recessivo? Se um alelo dominante raro e um alelo recessivo
estão sendo comparados, ambos são raros em si mesmos. O
alelo recessivo tem 20% mais chances de ocorrer do que o alelo
dominante raro, então faz sentido por que esses cálculos vieram:
para o alelo dominante raro foi de 80%, para o alelo recessivo foi
de 60% e para o heterozigoto foi de 100%. Os fatores em jogo são
que os "pop-ups" comuns ou cenários/alelos mais prováveis de
ocorrer são os que aparecem com mais frequência do que não, o
que mais uma vez mostra com os números e experimentos de
simulação.

25. Descrever a evolução de um traço quando ele é conferido

por um alelo recessivo e quando é conferido por um alelo
dominante. A evolução de um traço quando é um alelo dominante
é vantajosa porque ele é dominante, então você só precisa de um
dos alelos para ter esse traço transmitido em oposição ao alelo
recessivo que precisa de dois (ou ambos) dos alelos para ser
recessivo, uma vez que não é dominante. É muito mais difícil que
um alelo e traço recessivo sejam transmitidos e expressos
devido a ser recessivo. Por exemplo, em um Quadrado de Punnett
entre um pai Homozigoto Dominante e o outro pai sendo
Heterozigoto, a possibilidade dos resultados de sua prole seria:
25% Homozigoto Dominante, 50% Heterozigoto e 25%
Homozigoto Recessivo.