1.

As moléculas da biologia molecular:

ácidos nucleicos e proteínas

Toda a vida depende de 3 moléculas críticas:

DNA

RNA
Proteína 2
A Biologia Molecular

• Estuda a Biologia ao nível da molécula, com especial foco na

estrutura e função do material genético e seus produtos de
expressão: RNAs e proteínas

• investiga as interações entre os diversos sistemas celulares,

incluindo a relação entre DNA, RNA e síntese proteica

• envolve um campo de estudo alargado, abrangendo outras

áreas: Química, Genética e Bioquímica.

2
Biologia Molecular (BM)

No início, havia duas escolas:

1) Os interessados na conformação de macromoléculas de

importância biológica, especialmente proteínas
(técnica de eleição: cristalografia de raios X)

A 1ª experiência de BM (Asbury, 1929):

demonstração por difração de raios X:

estrutura do cabelo humano mudava quando este era esticado

3
2) Os interessados na informação biológica e sua replicação :
(Delbruck e Luria)

• as duas escolas começaram a ter conexões no início dos

anos 50 (DNA era o material genético)

• um dos membros da escola de informação biológica –

Watson - foi para Cambridge (escola conformacional) e
trabalhou com Crick na estrutura do DNA.

as duas escolas tornaram-se cada vez mais sobrepostas e hoje

as fronteiras entre BM, Bioquímica, Genética e Biofísica
estão cada vez menos definidas.

4
 Depois da Dupla Hélice(1953): há 70 anos
Os biólogos moleculares aprenderam:
isolar, caracterizar e manipular os componentes moleculares
da informação biológica

Sequenciação

Clonagem DNA
Genómica
PCR RNA

Proteína
Proteómica
A cadeia dos ácidos nucleicos

-O DNA: duas cadeias.

A maioria das moléculas de RNA: uma só cadeia

-O tamanho de uma cadeia de ácidos nucleicos é

representado pelo nº de bases (pb); 1 kb = 1000pb;
1 Mb = 1 milhão bp

-alfabeto com 4 letras (T ou U; G; C; A)

- Oligonucleótidos: pequenas cadeias de ácidos

nucleicos (< 50 pb); polinucleótidos: cadeias >50pb
6
Muitas pessoas contribuiram para o
esclarecimento da estrutura do DNA
70 anos

7
Nucleótido:
• unidade constituinte dos ácidos nucleicos

8
Pentoses e bases azotadas

Pentoses (Açucares) Bases azotadas

RNA

DNA

9
 Nucleótidos
• fosfato + (desoxi)ribose + base azotada
açúcar

• 5 bases azotadas diferentes:

• adenina (A)
• guanina (G) ´
• citosina (C) ´ ´
´ ´
• timina (T)
• uracilo (U) RNA
H DNA
DNA vs RNA
H 2’ OH 2'
DNA = Ácido desoxirribonucleico
timina (T) uracilo (U)
RNA = Ácido ribonucleico
cadeia cadeia 10
dupla simples
Nucleósido e Nucleótido

Nucleósido: Nucleótido:
-Pentose -Pentose
-Base azotada -Base azotada 11
-Fosfato
 Nucleósidos e Nucleótidos celulares

Nas células, os nucleótidos livres

podem conter 1, 2 ou 3 grupos
fosfato:
• AMP (adenosina monofosfato)-
1 fosfato
• ADP (adenosina difosfato)- 2
fosfatos
• ATP (adenosina trifosfato)-3
grupos fosfato-Transportador
de energia

(a) AMP (b) Estruturas químicas da Adenosina, ADP e ATP

12
Nucleósidos e Nucleótidos: nomenclatura
NMP = nucleósido monofosfato
RNA NDP = nucleósido difosfato
NTP = nucleósido trifosfato
dNMP = desoxinucleósido monofosfato
DNA dNDP = desoxinucleósido difosfato
dNTP = desoxinucleósido trifosfato

13
 A cadeia dos ácidos nucleicos
• Dois nucleótidos ligam-se por
uma ligação fosfodiéster, a qual
pode ser formada por uma
reação de condensação

• Nas células, este processo

ocorre quando há ligação entre
dois fragmentos de ácido
nucleico

Formação de uma ligação fosfodiéster

• Contudo, a cadeia de ácidos por uma reação de condensação
nucleicos é normalmente
sintetizada pela RNA polimerase ou 14
DNA polimerase (sempre de 5´para 3’).
Orientação da cadeia dos ácidos nucleicos

Os ácidos nucleicos têm orientação:

• a síntese de uma cadeia de ácidos nucleicos

dá-se sempre de 5' para 3‘

• por esse motivo, a sequência de uma cadeia

de ácidos nucleicos é escrita, por convenção,
de 5' para 3' (esquerda para a direita).

• Na figura: a 5' - um grupo fosfato livre

a 3' - um grupo hidroxilo 3’

(polaridade: 5'-PO4 → 3'-OH)

15
Cadeias de DNA: complementares e antiparalelas

• Emparelhamento específico: A –T e G - C

• Cadeias complementares: três pontes de H entre G e C e

duas entre A e T

• anti-paralela (5’-3’ : 3'-5')

16
 Estrutura do DNA: 2 cadeias antiparalelas de
nucleótidos formam a dupla hélice

Interações hidrofóbicas e de van der Waals entre

17
bases empilhadas
Estrutura do DNA

• Cada volta da hélice da forma B* do DNA

(o fisiológico) tem 10,5 resíduos (3,6 nm)

• Espaços adjacentes entre voltas da

hélice: sulco profundo e sulco
superficial

*existem outras duas conformações da dupla

hélice, a forma Z e a A

18
Estrutura do DNA

19
DNA desnatura a temperaturas elevadas

• O conteúdo de G-C afeta a temperatura de “melting” (Tm):

a Tm aumenta com a proporção de pares G-C

20
Estrutura primária do RNA
-a mesma estrutura primária que o DNA: uma cadeia açúcar/
fosfato, com bases nitrogenadas ligadas ao C-1 da pentose
-é uma cadeia simples; a base pirimidina uracilo (U) substitui a timina
e o açúcar ribose substitui a desoxirribose

ESTRUTURA DO Estrutura primária do RNA

21
Estrutura secundária do RNA

• Cadeia simples, embora tenha regiões em cadeia dupla

(resultado da complementaridade de bases: A-U e G-C) -
ANSAS – estrutura secundária do RNA:

Estrutura secundária do RNA

22
Estrutura terciária do RNA
De acordo com a sequência de bases, os RNAs podem enrolar-
se sobre si próprios originando as estruturas terciárias:

23
RNAs
Há diferentes tipos de RNA na célula, os + abundantes:

rRNA - RNA ribossómico

-Um dos componentes estruturais do ribossoma

-Complementaridades de sequências com regiões do mRNA,
para os ribossomas se ligarem a um mRNA e originar proteína

tRNA - RNA de transferência

-Pequeno RNA com estrutura secundária e terciária muito

específicas, que pode ligar um a.a. e um mRNA
- Atua como adaptador levando o a.a. para o local apropriado,
como codificado no mRNA 24
RNAs
mRNA - RNA mensageiro

-A cópia de um gene: transcrito de um gene estrutural

-codifica a informação para a síntese de uma proteína
-a extremidade 5´tem uma estrutura capuz (5´Cap: trifosfato de
7-metilguanosina)
-a síntese da cauda poli-A envolve a clivagem de extremidade
3´e adição de ~200 resíduos de adenina
-sequência complementar a uma das cadeias do DNA e idêntica
à outra cadeia
-conduz a informação contida no DNA, do núcleo para o
citoplasma, onde se dá a tradução em proteína. 25
RNAs

Os RNAs menos abundantes incluem: pequenos RNAs

nucleares, pequenos RNAs nucleolares, microRNAs….

snRNA - pequenos RNAs nucleares

Envolvidos no processamento dos RNA's – viajam entre o

núcleo e o citoplasma.

RNAi- hoje conhecem-se, em muitos tipos de células, uma

infinidade de pequenos RNAs, pouco abundantes, que
regulam a expressão génica

26
Proteínas
A forma e o funcionamento das célula decorre directa ou
indirectamente da presença de um grande número de
proteínas:

27
 Proteínas
São sintetizadas sob o comando de instruções específicas
contidas nos genes:

Cada gene codifica uma ou mais proteínas

Mutações nos genes podem causar alterações na estrutura

e na conformação  na ação biológica das proteínas.

28
Ex: Hemoglobina
 Proteínas – estrutura

São cadeias lineares de aminoácidos (20 a.a. essenciais - fazem

parte da estrutura das proteínas)

• A sequência de a.a. determina a

estrutura tridimensional de uma proteína
(conformação)

• A estrutura da proteína determina a sua

função.

29
 Constituintes proteicos: os aminoácidos (a.a.)

• O carbono  de cada a.a. está ligado a 4 grupos químicos:

-um grupo amina 

-um grupo carboxílico
-um hidrogénio
-uma cadeia lateral - grupo R Aminoácido
- R – varia de a.a. para a.a.

• os a.a. variam no tamanho, forma, carga, hidrofobicidade e

na reatividade. 30
 Aminoácidos

- a.a.: hidrofóbicos (cadeia R apolar) ou hidrofílicos (cadeia R

polar)

- a diferente solubilidade em água é influenciada pela polaridade

das cadeias laterais

- a.a. hidrofílicos: tendem a estar na superfície das proteínas

31
Aminoácidos hidrofílicos

a.a. hidrofílicos: por interação com a água fazem com que

as proteínas sejam solúveis.
32
 Aminoácidos hidrofóbicos

33
-tendem a estar no interior das proteínas
Ligações peptídicas: entre dois a.a.

A síntese proteica faz-se no sentido amina- ac. carboxílico

34
Diferentes estruturas determinam a
conformação das proteínas

• Estrutura Primária: a sequência linear dos a.a.

• E. Secundária: organização localizada de partes da

cadeia peptídica (ex: hélice  ou cadeia )

• E. Terciária: arranjo tridimensional da cadeia

peptídica

• E. Quaternária: associação de 2 ou mais polipéptidos

num complexo 35
Estrutura secundária

hélice  folha 

36
Motivos de uma proteína: combinações
regulares de estruturas secundárias

O motivo enrolado é
formado por 2 ou mais
hélices  enroladas umas
nas outras

37
Exemplos de motivos (proteínas de ligação ao DNA)
Hélice-volta-hélice

Dedos de zinco

38
Proteínas-exemplos

Estruturas primária e secundária da hemaglutinina:

39
Estrutura terciária e quaternária da hemaglutinina:

Domínio
globular

Domínio
fibroso

40
Estrutura proteica
A estrutura 3-D da proteína determina a sua função…

Proteínas – conformação:
• Conformação: o estado nativo de uma dada
espécie proteica ↔ enrolamento mais estável da
molécula

• Uma cadeia polipeptídica sintetizada de novo tem

que sofrer enrolamento (folding) e, muitas vezes,
modificação química para originar a proteína final.

41
Modificações químicas
As modificações químicas e o processamento
alteram a atividade biológica das proteínas:

42
Proteínas:

43
Quais as metodologias usadas para o estudo
das proteínas?

Deteção: Western blotting

Ensaio com
anticorpos
altamente
específicos para
detetar proteínas

44
 Determinação da estrutura proteica

Estrutura primária - determinada por métodos químicos

(sequenciação proteica) ou a partir da sequência génica
(sequenciação do DNA, enzimática ou química)

Degradação de Edman

45
Caracterização proteínas e péptidos:
Espectrometria de massa

46
Determinação da estrutura das proteínas:
Cristalografia de raios X

Técnicas alternativas: espectroscopia por RMN, para certos

tipos de proteína. 47
O rascunho do proteoma humano…
• A sequenciação do genoma humano transformou a investigação
biomédica

• Em 2014, duas equipas de investigadores procuraram proteínas do corpo

humano, utilizando espectrometria de massa, em amostras de: coração,
pâncreas, fígado, pulmão, cérebro, próstata, testículos, ovários, rim,
vesícula, cólon, reto…)
48
M-S Kim et al. Nature 509, 575-581 (2014) doi:10.1038/nature13302
O rascunho do proteoma humano…
• A análise do perfil proteico de 30 amostras (17 tecidos adultos, 7
tecidos fetais e vários tipos de células hematopoiéticas) revelou:

- identificação de 30 000 proteínas (http://www.humanproteomemap.org)

- em 17 294 genes, conseguiu-se estabelecer uma relação com
proteínas codificadas por esses genes (o que corresponde a
84% dos genes codificantes para proteína, anotados no
genoma humano)

• Esta análise proteo-genómica permitiu:

-identificar 193 proteínas totalmente desconhecidas até á data
-descobrir novas regiões codificantes do genoma
(pseudogenes, RNAs não codificantes…)
-não conseguiu localizar  2 000 proteínas que, segundo os
dados de sequenciação do genoma humano, deveriam
existir…(talvez algumas existam no desenvolvimento embrionário,
outras tenham deixado de ser funcionais/evolução?) 49
 Genomas procariótico e eucariótico

O que é um gene?

É uma porção de DNA que pode ser transcrita

num RNA funcional, num momento preciso, de
acordo com as necessidades específicas da
célula, para ser mais tarde traduzido em
proteína ou não.

50
Definição de genoma

Genoma - constituído por uma ou mais

moléculas de DNA que estão organizadas nos:

CROMOSSOMAS
51
Célula procariótica vs eucariótica

52
 Célula procariótica

• Não tem núcleo

• Tem um único genoma, de DNA em cadeia dupla, numa
molécula circular
• E.coli = 4×106pb, 99% de sequências codificantes e 1% de
regiões repetitivas não codificantes

• Os genes estão organizados em operões - unidades

funcionais em que os genes correlacionados estão localizados
perto uns dos outros - transcritos num só mRNA–
policistrónico- e regulados como um todo.

53
Estrutura do operão procariótico
Promotor Operador Terminador

Região regulatória Região codificante

responsável pelo início
da transcrição (um ou mais genes)

operão

Ex: Operão triptofano

(controlado por um promotor e transcrito

num mRNA policistrónico, que codifica
múltiplos produtos génicos, relacionados)

54
O tamanho dos genomas é muito variável
Organismo Pares de bases Tamanho (m)
VÍRUS
SV40 5,000 2
l 50,000 17
Vaccinia 2,4x105 82
PROCARIONTES

M icoplasma 7,6x105 260

E. coli 4,5x106 1,500

EUCARIONTES
Levedura 1,3x107 4,400
Mosca da fruta 1,4x108 48,000
Homem 2,7x109 920,000
Tritão 4,6x1010 16,000,000 55
Célula eucariótica: genoma

• Possui núcleo, genoma nuclear e

organelos

• O genoma é constituído por vários cromossomas lineares:

- Numa só cópia, haploides (S. cerevisiae e células germinais)

- Em cópia dupla, diploides (animais)

- Em cópia múltipla, poliploides (plantas) 56

 57
Modified from Strachan and Read . Source: http://geneticssuite.net/node/33
Organização do genoma no núcleo eucariótico

Núcleos das células eucarióticas:

grande quantidade de DNA,
 2 metros/célula diplóide (Homem)

Para caber no núcleo, com

5-8µm de Ø, o DNA sofre
grande compactação

58
cromatina
 Estrutura da cromatina

- Estrutura fibrosa que constitui a parte não nucléolar do núcleo celular

- DNA + proteínas básicas (histonas) + proteínas não histónicas + algum

RNA

- Durante a mitose encontra-se estruturada nos cromossomas

- No final da mitose, na interfase, o empacotamento da fibra relaxa e o genoma
adquire nova conformação (é neste estado que se dá a síntese de mRNA.

59
MITOSE INTERFASE

60
Empacotamento da cromatina

Cromossoma
em interfase

“pérolas num
colar”

Nucleossoma

- O nucleossoma : DNA + histonas

octâmero de proteínas: duas cópias de

cada histona H2A, H2B, H3 e H4 + DNA. 61
Empacotamento da cromatina nos cromossomas

Cromossoma
em metafase

Fibra de
cromatina
de 30nm

DNA em
interfase “pérolas
(perde-se algum num colar”
empacotamento)

Pequena região de
DNA em dupla hélice 62
Eucromatina e Heterocromatina
Em interfase:
- Eucromatina: DNA no estado difuso
durante interfase - transcricionalmente
ativa.

- Heterocromatina: permanece
condensada durante interfase, encontra-
se na periferia do núcleo e nunca é
transcrita.

Heterocromatina constitutiva: compactada de

forma permanente, presente em todas as
células, inativada durante o desenvolvimento
e a vida do organismo.

63
Eucromatina e Heterocromatina

Nos cromossomas, a heterocromatina

localiza-se no centrómero e à volta
deste (heterocromatina constitutiva, rica
em sequências repetitivas), no braço
distal do cromossoma Y e nos
telómeros.
 Cariotipo
É a organização dos cromossomas de um organismo, de
acordo com normas de classificação internacionalmente
acordadas.

O nº de cromossomas é característico de cada espécie:

Cariotipo Humano – Indivíduo do Sexo

Feminino: 46,XX
Cariotipo 47, XX+21 (Síndrome de
Down). 65
Tipos de Cromossomas

Nas formas de reprodução sexuada, há dois tipos de

cromossomas:

- Autossomas (Homem, 22 pares de autossomas)

- Heterossomas ou cromossomas sexuais (Homem,

1par: XX-♀; XY-♂)

66
Bibliografia recomendada:

[1] Benjamin A. Pierce. “Genetics - A Conceptual Approach”, 7th Edition, 2020. W. H.

Freeman Publisher. (Chap 10,11)

[2] Lodish H, Berk A, Zipursky SL, et al. “Molecular Cell Biology”. 9th Ed . New York: W.
H. Freeman, 2021 (Chap 3,5)

[3] José Luque, Angel Herraez “Biologia Molecular e Ingenieria Genética”- Conceptos,
técnicas y Aplicaciones en Ciencias de la Salud. Elsevier, 2006 (Tema 1-8; 10)

67