01/09/2021

Centro Universitário Estácio

Bacharelado Em Biomedicina
A Era do BIG DATA
Disciplina: Tecnologia Biomédica § “Grande volume de informação criado e amazenado”
§ Geram impactos em diversas áreas:
• Econômica
• Social
• Política
• Saúde

A análise adequada de tais grandes conjuntos de dados permite

encontrar novas correlações, como por exemplo: "tendências de
negócios no local, prevenção de doenças, combate à criminalidade e
assim por diante"

Profª. Drª.: Samara Rodrigues Bonfim Damasceno Oliveira

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O que fazem os bancos de dados? Níveis de organização e o Dogma Central

1. Organizam, arquivam e distribuem sequências de DNA e § Bancos de dados incluem:
RNA coletadas coletadas de projetos genoma, publicações üSequências de ácidos nucléicos, incluindo genomas
científicas e depósitos de patentes; completos;
2. Revistas científicas exigem como requisito para publicação üSequências de aminoácidos de proteínas;
o depósito das sequências nesses bancos; üEstruturas de proteínas e ácidos nucléicos;
3. Cada entrada tem a forma de um arquivo texto contendo üFunções de genes e proteínas;
dados e anotações para uma sequência.
üPadrão de expressão de genes;
üVias metabólicas e redes de interação e controle;
üPublicações.

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Níveis de organização e o Dogma Central Níveis de organização e o Dogma Central

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Níveis de organização e o Dogma Central

“A importância do dogma central no entendimento da

informação e função biológicas pode ser exemplificada no
fato de que ele aborda os três tipos mais comuns de
moléculas estudadas por técnicas de bioinformática, o DNA, o
RNA e as proteínas, estabelecendo um fluxo de informação
universal à vida como conhecemos.”

Verli, 2014 – Bioinformática: da

biologia à flexibilidade molecular
Para estudar!
Capítulos 1, 2, 3 e 4

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Características fundamentais do DNA e RNA

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Como as informações são depositadas? Como as informações são depositadas?

As sequências de DNA e RNA são depositadas como fita única: As sequências de DNA e RNA são depositadas como fita única:
1º: A fita de DNA depositada é a fita senso: 2º: A fita de RNA depositada não é complementar ao DNA e sim semelhante à fita
senso do DNA:
5´-AATGGCATGCCTA-3´
DNA
3 ´-TTACCGTACGGAT-5’ Fitas se abrem para
DNA ATGCGTTACCTTAGTCAGTCTCATCTCAGGTGTCATCTTTTCTTACTGATC
transcrição
Uma das fitas é usada
Fita não-molde (senso) (+) 5´-AATGGCATGCCTA-3´ como molde mRNA ATGCGTTACCTTCATCTCAGGTTTACTGATC Apenas éxons

Sequências da fita não-molde 5´-AAUGGCAUGCCUA-3´ RNA

e do RNA são iguais
Fita não-molde contêm o significado
da informação genética (seq. de um
gene): fita senso (sense) ou
codificadora
3´-TTACCGTACGGAT-5’
ü O RNA mensageiro constitui apenas os éxons da fita original de DNA;
ü O RNA mensageiro NÃO está na forma de fita complementar;
ü O RNA mensageiro não está depositado com suas bases de uracil (que é o
Fita molde (anti-senso) (-): serve de molde
ü que na realidade ocorre), mas sim com as bases de timina.
para a síntese do RNA.
ü (cDNA).

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Estrutura do Gene Eucarioto Processamento do RNA

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Processamento do RNA

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Sequenciamento Sequenciamento Automático

do DNA
Sanger, Gilbert (Nobel 1980)

Leroy Hood

30kb por corrida

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A nova revolução da Genômica

Nova tecnologia

§ Dispensa clonagem dos fragmentos em sistemas

bacterianos
§ Dispensa a preparação de DNA molde para sequenciamento
§ Reações feitas em paralelo em volume extremamente
454 Solexa - Illumina SOLiD - ABI pequeno - nanotecnologia

~120 MB de DNA ~01 GB de DNA ~03 GB de DNA

por corrida por corrida por corrida

12KB/US$ 100KB/US$ 300KB/US$

Tecnologia de Capilar = 0.5KB/US$

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Aplicações Sequenciamento de novo

§Sequenciamento de Genomas
• sequenciamento de novo
• re-sequenciamento - variabilidade SNPs e mutações

§Sequenciamento de Transcriptomas
• variabilidade - splicing, poliadenilação
• quantificação de expressão gênica

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Re-sequenciamento Transcriptoma

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Projeto 454 Fapesp/LICR

Genoma Humano do Câncer Projeto 454 Venter/LICR

# sequências 1.2 milhões 520 mil

Participantes: LICR-SP, LICR-NY, Venter Institute
# sequenciadores 05 MegaBaces 01 454
Objetivo: Sequenciamento extensivo dos genes expressos
na linhagem celular HCC1954 (tumor de mama) buscando # corridas ~15,000 01

conhecer, com um único set de dados, alterações genéticas

e epi-genéticas neste tipo Custo (US$)* 12 milhões 10 mil

de câncer.

Sequenciador: 454
* Excluindo o preço dos aparelhos

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Um objetivo a curto prazo Os sequenciadores de nova geração

promovem uma mudança no paradigma

Geração de dados
deixa de ser o fator
limitante Com os bilhões de
datapoints gerados em
horas, o processamento e
análise dos dados tornou-se
o maior gargalo das
pesquisas biomédicas.

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Bioinformática - Importância
Bioinformática
§Poucas pessoas adequadamente treinadas em
Biologia e Computação.
§Desenvolvimento de ferramentas.
§Biologia em larga-escala. Produção de dados em §Forma de explorar novos dados.
massa gera uma demanda para análises §Processamento de dados gerados por
computacionais. projetos em larga-escala.
§Uma nova forma de se fazer ciência dirigida
§Economiza tempo e dinheiro. por hipóteses.

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Bioinformática
O Bioinformata
- Manipula a informação.
- Desenvolve ferramentas
- Bancos de dados locais.
- Local.
- Mta programação.
- Habilidades de TI.
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NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
§ Acesso aos bancos de dados via Entrez
• Medline/OMIM
• Genbank/Genpept/Structures
§ Servidor de BLAST
• Todos os tipos de Blast
§ Portal do Genoma Humano
§ Muito, muito mais……..
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Cinco websites que todos devem
conhecer
§ NCBI (The National Center for Biotechnology Information;
O Usuário • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
§ EBI (The European Bioinformatics Institute)
• http://www.ebi.ac.uk/
- Recursos da Web.
§ The UCSC Genome Browser
- Local ou remoto. • http://genome.ucsc.edu/
- nada de programação. § SwissProt/ExPASy (Swiss Bioinformatics Resource)
- pouca habilidade de TI. • http://expasy.cbr.nrc.ca/sprot/
§ PDB (The Protein Databank)
• http://www.rcsb.org/PDB/
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EBI (http://www.ebi.ac.uk/)
§ Acesso a bancos de dados via SRS
• EMBL, SwissProt, ……
§ Muitas outras ferramentas
• ClustalW, DALI, …
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UCSC Genome Browser

(http://genome.ucsc.edu/)
§ Banco de dados e Browser para genomas de diferentes
espécies
• Humano, camundongo, rato, zebrafish, etc….
§ Muitas outras ferramentas
• SNPs, domínios prtéicos, genômica comparativa, etc….

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SwissProt (http://www.expasy.ch/sprot/)

§ Checagem manual.
• O número de entradas errôneas é bastante reduzido.
§ Cross-link extensivo com outros bancos
§ SwissProt é o ‘gold-standard’ em termos de bancos de dados e
é o melhor lugar para se começar uma análise se vc procura
info para uma ou poucas

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Protein Data Bank – PDB

(http://www.rcsb.org/pdb/)

§ Armazena a estrutura tri-dimensional para milhares de

proteínas

§ Acesso a vários serviços relacionados a biologia estrutural

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Bancos de
Sequência Primários

GenBank (USA)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank

EMBL (Europa)
http://www.ebi.ac.uk/embl/

DDBJ (Japão)
http://www.ddbj.nig.ac.jp/

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Profª. Drª. Samara Rodrigues Bonfim Damasceno Oliveira.

Biomédica
Especialista em Biotecnologia
Doutora e Mestre em Farmacologia
Pós-Doutora em Fisiologia e Farmacologia
samara.damasceno@estacio.br

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