21/09/2021

Centro Universitário Estácio

§ Bom dia a todos, como

Bacharelado Em Biomedicina
estão?
Disciplina: Tecnologia Biomédica
§ Vamos já iniciar a aula...
Vamos aguardar 05
minu9nhos de
tolerância para os
demais colegas de
turma entrarem...

§ Vocês gostam de
música? Topam ouvir
uma enquanto
aguardamos esse
tempinho? Se sim,
liguem o som aí. Se não,
é só manter o seu
computador/celular
com o áudio no mudo
;D

Profª. Drª.: Samara Rodrigues Bonfim Damasceno Oliveira

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• Este módulo vai apresentar, através de

exemplos, algumas das Bases de dados
de sequências de nucleo-deos de acesso livre
na internet.

• As Bases de dados de sequências de

nucleoLdeos são grandes repositórios onde são
armazenados grandes volumes de informação
aceitando sequências de nucleoLdeos da
comunidade cienLfica.
•
• Apesar do grande avanço que representa toda
esta informação disponível livremente, a tarefa
de analisar e re9rar informação destas Bases de
dados pode ser diQcil devido não só à grande
quan9dade de informação mas também ao fato
de esta informação não estar apresentada de
uma forma muito uniforme.
•
• De fato as sequências podem ser ob9das de
diferentes fontes (cDNA ou DNA genômico),
apresentar diferentes qualidades (versão inicial
ou final) ou então são ob9das a par9r de
versões completas ou incompletas de um
determinado genoma.

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Ø 1. Abrir um programa de navegação na Internet como o "Microso7 Internet Explorer" ou

o "Mozilla Firefox" (u?lizado neste tutorial). Abrir o site da NCBI (Na?onal Center for
Biotechonology Informa?on), hHp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/.

América: Entrez Nucleo8des database (GenBank), pertence à pubmed

hYp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleo9de&itool=toolbar

Europa: EMBL Nucleó8de Sequence Database

hYp://www.ebi.ac.uk

Ásia: DDBJ (DNA Data Bank of Japan)

hYp://www.ddbj.nig.ac.jp/

Ø O tutorial que segue vai u.lizar a Entrez como Base de dados exemplo. Mas é
importante salientar que as 3 Bases de dados apresentadas acima estão
sincronizadas, exceto para sequências que foram adicionadas nas úl.mas 24
horas.

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Ø 2. Clicar em "All Databases" na barra azul indicada pela seta vermelha.
Ø Ao executar o passo 2 deste tutorial surge o site "Entrez". Este site é uma tenta8va da NCBI de integrar as Bases de
dados mais importantes num só página. Na prá8ca uma procura neste site origina os mesmos resultados do que se
executarmos uma pesquisa no site inicial do NCBI, mas no "Entrez" poderá fazer uma pesquisa em várias Bases de
dados ao mesmo tempo.
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Ø 4. Clicar na Base de dados de sequências de nucleoLdeos "Nucleo9de".
Ø Nesta página podemos observar as sequências de nucleó8dos que já foram de alguma forma relacionadas com o
Syndrome de Down. No momento de execução deste tutorial as sequências são no total "All" 563; das quais 0 em
bactérias "bacteria", 371 são RNAm ("mRNA") e 224 "RefSeq". Quando se inicia uma procura deste género o
problema principal é muitas vezes o número de resultados. Para diminuir este número vamos restringir a pesquisa.
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Ø 6. Clicar em "This search in Gene shows 16 results, including".
Ø Nesta página podemos inspecionar os genes estudados que estão envolvidos de alguma forma no Sindrome de
Down. Repare que mudou de Base de Dados, agora está na Base de Dados Gene onde podemos pesquisar de acordo
com os genes conhecidos. Neste caso e como esperado temos vários genes envolvidos no Sindrome de Down pois
estamos a falar de uma trissomia.
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Ø 3. Digitar "Down Syndrome [Ti]"no campo de procura que se encontra à direita de
"Search across databases", como indicado pela seta azul. Primir "Go".
Ø Como se pode ver na figura, a pesquisa é realizada em várias Bases de dados e o número de resultados é
apresentado à esquerda de cada recurso pesquisado. Por exemplo na Base de dados de sequências de
nucleó@dos "Nucleo@de" ob@vemos 551 resultados. Na imagem temos 705 resultados (seta verde) porque
representa uma pesquisa no ano passado e entretanto a apresentação de resultados foi modificada.
Ø 5. Digitar "Down Syndrome [Ti] Homo Sapiens"no campo de procura. Primir "Go".
Ø Como podemos observar os resultados indicados agora dizem respeito a sequências de nucleoWdeos
de Homo Sapiens ao passo que antes apareciam resultados de Mus musculus (rato) entre outros
organismos. Agora temos apenas 306 resultados.
Ø 7. Escolher o gene PIGP.
Ø Nesta página temos um conjunto de informação muito variada sobre este gene: função, sinónimos (importante
porque um gene pode muitas vezes ter muitos nomes diferentes) bibliografia e vários links para outras bases de
dados. Ao ler o sumário podemos ter uma noção de qual o efeito potencial de exis@r uma cópia a mais deste gene
em casos de Síndrome de Down.
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Ø 8. Procurar o link com o nome NM 153682.2 que corresponde ao gene que estamos a
observar. Ao clicar na sequência escolher opção GENBANK. Deverão observar a seguinte
página.

Estamos agora no base de dados "Nucleo?de" uma vez que selecionamos uma sequência de
DNA, neste caso o gene. A expressão NM_153682.2 corresponde ao código da sequência do
gene e nesta página podes obter informação adicional detalhada sobre a sequência. Nesta
caso diz-se que a sequência está anotada ("Anota?on"). Para esta sequência também
podemos escolher links relacionados com a sequência. Podemos consultar o ar?go onde esta
sequência foi originalmente publicada. Podemos também escolher outra Base de Dados, por
exemplo a "OMIM", onde podemos verificar se esta sequência foi referenciada como estando
relacionada com alguma doença.

Quantos pares de bases tem esta sequência?

E quais os sinônimos deste gene?

Este gene tem mais transcriptos para além do apresentado?

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Ø 9. No top da página onde está seleccionado "GenBank", escolher "FASTA". Ø 10. Clicar em "Download" e escolher opção "FASTA", escolher "Abrir com" e indicar que
quer abrir o ficheiro como o WordPad.

Ø Com esta opção a página de internet com a nossa sequência pode agora ser gravada em formato texto
(txt) e com a informação neste ficheiro em formato FASTA.

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Ø 11. Clicar no menu "Ficheiro>Guardar como...". Escolher uma pasta para guardar o ficheiro e escolher
um nome para o ficheiro. No exemplo demos o nome de "RCAN_sequence.txt". Clicar em Guardar.

Profª. Drª. Samara Rodrigues Bonfim Damasceno Oliveira.

Biomédica
Não é boa ideia u8lizar o Microso] Word pois este so]ware normalmente adiciona formatações. Estas formatações Especialista em Biotecnologia
podem depois alterar a forma como outros programas lêm a sequência de nucleó8dos.Se abrir com o "bloco de notas", a Doutora e Mestre em Farmacologia
sequência guardada no formato FASTA é apresentada numa forma conbnua o que por vezes torna impossível a
Pós-doutora em Fisiologia e Farmacologia
visualização mais correcta da sequência. O WordPad é o so]ware mais adequado para guardar sequências e normalmente
samara.damasceno@estacio.br
existe em todos os computadores. Agora vai u8lizar esta sequência no módulo seguinte "Alinhamento de sequências"

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