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GENEALOGIA GENÉTICA
SUMÁRIO
5. HAPLOGRUPOS ................................................................................................................................................................05
5.1. Como descobrir o haplogrupo materno (mtDNA)
5.2. Como descobrir o haplogrupo paterno (yDNA)
5.3. Sites para explorar haplogrupos
5.3.1. Para mtDNA e yDNA
5.3.2. Para mtDNA
5.3.2. Para yDNA
6. ANÁLISE DE SEGMENTOS..................................................................................................................................................08
6.1. Como avaliar os segmentos compartilhados com os matches
6.2. Tamanho do segmento mínimo considerado pelas empresas ao identificarem matches
6.3. Probabilidade de você e seu match compartilharem um ancestral em comum dentro de 6 gerações
6.4. DNA Painter
6.5. Tabela de estimativa de parentesco
6.6. Em quais cromossomos/trechos é mais provável encontrar falsos matches?
6.7. Trechos não analisados em um teste Genético
8. TRIANGULAÇÃO................................................................................................................................................................14
9. X- MATCH..........................................................................................................................................................................14
9.1. Probabilidade de X-match vir por determinados ramos
9.2. Total de X-matches
10. CLUSTERS........................................................................................................................................................................16
10.1. Como membros de um Cluster podem estar relacionados?
10.2. Por que alguns membros de um Cluster não compartilham DNA com todos os demais membros?
10.3. Por que alguns membros de um Cluster compartilham DNA com membros de outros clusters?
Esse compartilhamento é mensurado em centimorgans (cM), que é uma unidade de distância genética (e não distância física), e não em por-
centagem. Quanto maior o tamanho (em cM) e a quantidade dos segmentos compartilhados, maior o grau de parentesco.
“Meu primo de quarto grau não consta na minha lista de resultados, sendo que tínhamos certeza desse parentesco. Quem está errado?” É pos-
sível que não haja ninguém errado nesse caso, por mais contraditório que isso possa parecer. Ignorando-se o fato de que pode haver discrepân-
cia na nomenclatura (na definição de “primo de quarto grau”, no caso), há diversos outros motivos para um resultado não ser concordante com
o esperado, normalmente relacionados ao modo pelo qual o DNA é herdado.
Um indivíduo do sexo masculino possui, via de regra, apenas uma cópia do cromossomo X e uma do cromossomo Y. Em seus espermatozoides,
apenas estarão presentes 23 cromossomos (dos 46 totais existentes nas demais células), sendo que um desses é o X ou o Y. A “escolha” de qual
cromossomo sexual estará presente é feita durante a formação de cada espermatozoide, de maneira aleatória. A mesma lógica se aplica aos
demais cromossomos, os autossômicos: se chamarmos, por exemplo, um dos cromossomos do tipo 1 do pai de “A”, e o outro de “B”, há 50% de
chance de um espermatozoide qualquer possuir “A” e 50% de possuir “B”. O mesmo vai ser válido para o par do tipo 2, 3, 4 e assim sucessiva-
mente até o 22.
Por conta disso, é possível, porém absurdamente improvável, que mesmo dois irmãos germanos (ou seja, irmãos de pai e mãe) compartilhem
pouquíssimo DNA entre si, se imaginarmos uma situação em que os pais transmitiram para um apenas os cromossomos A de todos os 22 au-
tossômicos, enquanto para o outro foram os cromossomos B. Notar que, mesmo nesse caso extremo (e estatisticamente desprezível), o DNA
compartilhado não será zero, pois A e B de cada tipo são ainda bastante semelhantes.
Quanto mais nos afastamos na árvore genealógica, comparando parentescos cada vez mais distantes, mais provável se torna essa chance dos
indivíduos testados não compartilharem quantidades significativas de DNA. De maneira geral, podemos dizer que é essencialmente garantido
que primos segundos (que são aqueles que possuem os mesmo bisavós), ou graus de parentesco mais próximos que isto, compartilharão DNA.
A partir daí, as incertezas aumentam rapidamente, de modo que pode-se estimar que primos de quarto grau têm cerca de 30% de chance de
não compartilharem DNA em níveis suficientes para figurarem nos resultados. Para primos de quinto e sexto grau, esse número pode ultrapas-
sar 70% e 90%, respectivamente. Quando isso acontece, podemos dizer que mesmo que eles sejam primos genealógicos, não se tratam de pri-
mos genéticos.
Referências
https://www.genera.com.br/blog/qual-a-precisao-da-busca-parentes-e-como-ela-funciona/
BETTINGER, Blaine T.. THE FAMILY TREE: guide to dna testing and genetic genealogy. Cincinnati: Family Tree Books, 2019.
BROWNING, Sharon R.; BROWNING, Brian L.. Identity by Descent Between Distant Relatives: Detection and Applications. Annual Review Of Genetics, [s.l.], v. 46, n. 1, p.617-633, 15 dez. 2012.
2. COMO FAZER O DOWNLOAD 02
1) Acesse sua conta. Na página inicial, clique em seu nome ou em sua imagem
2 )Logo abaixo aparecerá a opção “DADOS BRUTOS”. Faça o download do arquivo e siga com os passos abaixo
*Obs 1: apenas os testes realizados pelo GENERA e pela meuDNA precisam ser convertidos.
O arquivo original de testes realizados por demais empresas (My Heritage, FTDNA, 23andMe, Ancestry, etc) podem ser utilizados diretamente
nas plataformas abordadas neste arquivo, não exigindo nenhuma conversão prévia.
*Obs 2: As informações presentes neste arquivo são referentes ao teste GENERA feito utilizando o MÉTODO 2. O MÉTODO 1 é incompatível
com a maioria das plataformas e, consequentemente, não recomendado para os interessantos em genealogia genética.
1) Fazer download do programa DNA Kit Studio (incompatível com MacBook), usando o link abaixo:
*Obs 2: Algumas pessoas experienciam problemas ao realizar o upload do arquivo Genera convertido em outras plataformas, especialmente no My Heritage.
Nestes casos são feitas duas recomendações, nesta ordem: ao converter, usar nomes pequenos no novo arquivo e/ou utilizar a opção
“Template_23andme_v4.txt”.
4. PRINCIPAIS PLATAFORMAS PARA CARREGAR (fazer upload) DO SEU TESTE GENÉTICO 03
•GEDmatch (Utilizar arquivo GENERA ORIGINAL /meuDNA ORIGINAL) - Disponibiliza gratuitamente a lista dos primeiros 3.000
correspondências/matches (termo utilizado para designar pessoas com as quais você possui algum grau de parentesco) e algumas
ferramentas para análise de parentesco e ancestralidade. Ferramentas adicionais custam $10/mês. Após feito o upload, os resultados ficam
prontos em aproximadamente 24 hrs.
*Obs: Ao acessar o site do GEDmatch é possivel optar por duas opções: “Sign in to New”(nova versão da plataforma, lançada em maio de 2021)
e “Sign in to Classic”(antiga versão da plataforma). Todas as informações neste arquivo são referentes à nova versão.
1) Acesse o link:
https://www.gedmatch.com/login1.php
3) Clique em ”REGISTER”.
•My Heritage (Utilizar arquivo GENERA CONVERTIDO/meuDNA ORIGINAL) - A lista de matches é gratuita. Funções adicionais
custam R$ 109,00. Após feito o upload, os resultados ficam prontos em aproximadamente 4 dias.
1) Acesse o link:
https://www.myheritage.com.br/
2) Faça seu cadastro
3) Após finalizar o cadastro, vá até a tela inicial e selecione a opção “DNA” “Carregar dados de DNA”
4) Siga as instruções disponíveis na tela, até finalizar o processo
•FTDNA (Utilizar arquivo GENERA CONVERTIDO/meuDNA CONVERTIDO) - Lista de matches e poucas ferramentas são gratuitas.
Demais funções, incluindo a calculadora étnica, custam $19. Sempre utilizar a versão em inglês (a versão traduzida costuma desconfigurar a
página). Após feito o upload, os resultados ficam prontos em aproximadamente 4 dias.
1) Acesse o link:
https://www.familytreedna.com/
2) Selecione a opção “UPLOAD DNA DATA” “Autosomal DNA”
3) Realize o cadastro e o upload do DNA seguindo as instruções mostradas na tela
•GENI - É necessário apenas habilitar a conexão entre o site do GENI e o FTDNA. Disponibiliza apenas a lista de matches.
•tellmeGen (Utilizar arquivo GENERA CONVERTIDO /meuDNA ORIGINAL) - disponibiliza relatórios de saúde, ancestralidade e
lista de matches. Após feito o upload, o relatório de saúde fica pronto em aproximadamente 4 dias e o relatório étnico não possui um tempo
determinado para ficar pronto (até 1 mês ou mais).
4.1. Outras plataformas para carregar (fazer upload) do teste genético - ancestralidade, genealogia e/ou
saúde
- DNA.LAND Link de acesso: https://dna.land/
- mundo, DNA Link de acesso: https://www.mundodna.com.br/
- Nebula Genomics Link de acesso: https://nebula.org/free-dna-upload-analysis/
- MyTrueAncestry Link de acesso: https://mytrueancestry.com/en
- yourDNAportal Link de acesso: https://yourdnaportal.com/
- Living DNA Link de acesso: https://livingdna.com/int/free-dna-upload
- Genomelink Link de acesso: https://genomelink.io/
- Mendel,MD Link de acesso: https://mendelmd.org/
- Sano Link de acesso: https://sanogenetics.com/
5. HAPLOGRUPOS
Haplogrupos podem ser imaginados como grandes ramos da árvore genealógica Homo Sapiens. Cada haplogrupo agrupa pessoas cujo perfil
genético é semelhante e que partilham um ancestral comum.
Esse homem não é o ancestral de todos os homens, mas é o último homem historicamente relacionado a todos os homens que vivem em
um certo tempo por uma linha ininterrupta de descendentes exclusivamente masculinos. De acordo com as estimativas atuais, este homem
viveu em África há cerca de 60.000 a 90.000 anos. Esse homem continuou a herdar seu cromossomo Y, mas ao longo das gerações mais e mais
mutações foram adicionadas, de modo que o perfil mudou. Foi assim que os haplogrupos foram criados, começando sempre com um único
antepassado, ou seja, o primeiro homem a carregar esta mutação. Com o tempo, o pedigree genético torna-se maior e mais complexo. Novos
SNPs são constantemente adicionados para determinar novos subgrupos.
A distribuição geográfica dos haplogrupos paternos (yDNA) é mais complexa do que a distribuição dos mtDNA, por isso não foi
exemplificado no arquivo. Para maior compreesão, acesse: https://en.wikipedia.org/wiki/Human_Y-chromosome_DNA_haplogroup
*Obs:
- Genera, meuDNA e 23andMe disponibilizam em seus dados brutos as informações necessárias para permitir a extração do haplogrupo
materno e paterno.
- FTDNA não permite extrair nenhum haplogrupo à partir de seu exame autossômico, porque esse é um teste feito e cobrado à parte pela
empresa.
Fontes:
https://www.igenea.com/pt/haplogrupo
https://descubra.genera.com.br/linhagem-materna?_ga=2.65201771.47636811.1625611562-698593492.1603739820
https://descubra.genera.com.br/linhagem-paterna
https://retinatoday.com/articles/2017-may-june/mitochondrial-genetics-in-amd
3) Clique em “PREDICT”
(seta vermelha)
4) Observe o resultado em
“PREDICTED
MTDNA”(círculo vermelho).
1) Acesso o link:
https://dna.jameslick.com/mthap/
Link de acesso:
https://cladefinder.yseq.net/
Link de acesso:
https://ytree.morleydna.com/extractFromAutosomal
*Obs: Vídeo explicativo ensinando a extrair o haplogrupo paterno nos sites Clade Finder e Morley.
Seguir os passos descritos no vídeo. No Clade Finder USAR ARQUIVO GENERA CONVERTIDO/meuDNA CONVERTIDO. No Morley USAR ARQUIVO
GENERA ORIGINAL./meuDNA CONVERTIDO
Link de acesso:
https://www.youtube.com/watch?v=Na8D5CX_wUc
5.3. Sites para explorar haplogrupos 08
5.3.1. Para mtDNA e yDNA
TRACKING BACK
Principais ferramentas do site:
6. ANÁLISE DE SEGMENTOS
Fonte:
https://isogg.org/wiki/Identical_by_descent?__cf_chl_jschl_tk__=552135430a80a5b48f8ba1c45c1b96c8dc42e51b-1615596391-0-AUjrOLVI4Im8eKTCs57TfVdtrAtQRh1PD-PM12uiVqngLW7Kl3i-
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Ao identificar correspondências genéticas (matches) é fundamental distinguir entre segmentos de DNA que são idênticos por descendência
(identical-by-descent ou IBD) e DNA que é meramente idêntico por estado (identical-by-state ou IBS). Os segmentos de DNA que são IBS
podem ser idênticos, mas onipresentes na população, ou seja, estão presentes em um grande número de indivíduos, de forma que diferentes
pessoas podem herdá-los de muitos ancestrais distintos e, finalmente, de um antepassado muito antigo. Dessa forma, segmentos IBS são
considerados com genealogicamente não informativos e não devem ser usados para prever relações de parentesco.
Considerando que a distribuição de tamanho dos segmentos IBD pode ser usada para inferir relacionamentos recentes, é provável que os
segmentos IBS enganem tal inferência se forem erroneamente tratados como IBD. Assim, o desafio da genealogia genética é aproveitar os
segmentos de IBD para prever com precisão relações, enquanto lida com a presença de segmentos IBS.
A maioria dos segmentos IBS tem uma origem muito mais antiga e
Taxa de falsos positivos de acordo com diferentes experimentou muitas meioses que reduziram seu tamanho antes de
comprimentos de segmentos compartilhados entre se espalharem em toda a população. Assim, os segmentos IBS
cumulativos podem potencialmente fazer com que pessoas não
correspondências
relacionadas pareçam ser parentes distantes e podem fazer com que
SEGMENTOS IBD SEGMENTOS IBS E TAXA DE FALSO
cM parentes distantes pareçam mais próximos. Ainda existem os
VERDADEIROS IBC FALSOS POSITIVO
chamados segmentos idênticos por acaso (identical-by-chance ou
IBC) que podem inflar as estimativas de relacionamento.
IBC é o fenômeno pelo qual você herda separadamente um
segmento IBS de cada pai, mas por acaso, eles são adjacentes um ao
outro. Seu comprimento combinado e aparentemente mais longo
pode torrnar os segmentos IBC difíceis de distinguir dos verdadeiros
segmentos IBD.
Fonte: FAMILY FINDER MATCHING 5.0, Matching Algorithm andRelationship Estimation, White Paper 2021-08-18
https://blog.familytreedna.com/wp-content/uploads/2021/08/Family_Finder_Matching_WhitePaper.pdf?fbclid=IwAR1nBJHDibceaXHDO6sXqlTGP-nocAfhAHKz1LymCv4yf5tvVCsqpnXZQSw
6.2. Tamanho do segmento mínimo considerado pelas empresas ao identificarem matches 09
MY HERITAGE 8 cM 6 cM
FTDNA 7 cM 6 cM
GEDmatch aproximadamente 7 cM aproximadamente 7 cM
GENEANET 7 cM 7 cM
*Obs 1: Nenhuma empresa considera segmentos menores que 6 cM ao analisar se duas pessoas são matches.
*Obs 2: Os critérios utilizados pelo Genera, ao estabelecer uma lista de matches, são completamente desconhecidos.
6.3. Probabilidade de você e seu match compartilharem um ancestral em comum dentro de 6 gerações
Tamanho do segmento compartilhado Probabilidade de você e seu match compartilharem um ancestral dentro de 6 gerações
Mais de 30 cM 90%
20 - 30 cM 50%
12 - 20 cM 20%
6 - 12 cM 5%
6 cM ou menos < 1%
Fonte:
https://isogg.org/wiki/Identical_by_descent?__cf_chl_jschl_tk__=552135430a80a5b48f8ba1c45c1b96c8dc42e51b-1615596391-0-AUjrOLVI4Im8eKTCs57TfVdtrAtQRh1PD-PM12uiVqngLW7Kl3i-
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1) Insira o valor (seta vermelha) que deseja identificar e aguarde poucos 2) O site ira destacar (seta rosa) os possíveis graus de
segundos parentesco entre as duas pessoas
Obs: Os valores, em cM, expressos pelo GENERA costumavam ser equivocados. Em agosto de 2021, a plataforma foi atualizada e passou a
exibir valores mais sincronizados com os mostrados em outros sites, entretanto, todos que realizaram exames antes desta data ainda
visualizam os valores antigos. Desta forma, é fundamental fazer o upload do arquivo GENERA em outras plataformas para ter acesso ao valor
real de cM.
•Os trechos dos cromossomos destacados ao lado são conhecidos como "pile up
areas"**. Se você compartilha com um match apenas um trecho em alguma dessas áreas
(especialmente trechos pequenos), é muito provável que o ancestal em comum esteja
longe demais para ser genealogicamente rastreado.
1 )Lista dos 3.000 primeiros matches 5) Matches em comum entre duas pessoas
Lista dos 3.000 primeiros X-matches (vide explicação abaixo)
Vídeo explicativo (em inglês): Vídeo explicativo ( em inglês):
https://www.youtube.com/watch?v=DbGF7bdouE https://www.youtube.com/watch?v=r5Te9klDUqs
2) Compara os kits de duas pessoas, analisando os cromossomos 1-22 6) Diagnóstico do arquivo (avalia se há algum erro)
(DNA autossômico)
Vídeo explicativo (em inglês): 7) Avalia se os pais da pessoa possuem algum grau de parentesco. Se houver
https://www.youtube.com/watch?v=7J2TGtcOYMs algum valor (exemplo: 20 cM), multiplicar o valor por 4 (exemplo: 20 x 4 = 80
cM). O valor resultante (80 cM) é a quantidade aproximada de cM
3) Compara os cromossomos 23 de duas pessoas (avalia se são X-match) compartilhado pelos pais.
Vide vídeo anterior
Vídeo explicativo ( em inglês):
4) Ferramentas de análise étnica https://www.youtube.com/watch?v=pvZQN-OA9Gw
Artigo (em inglês) explicando as características de cada calculadora étnica
disponível. 8) Avalia múltiplos kits ao mesmo tempo (total de segmentos compartilhados,
total de cM (cromossomos 1-22), total de cM(cromossomo 23).
http://genealogical-musings.blogspot.com/2017/04/finally-gedmatch-
admixture-guide.html 9) Comparação com amostras de DNA arcaico
7.2. Como gerar a sua lista de matches 12
1) Na tela inicial do GEDmatch, selecione o kit que deseja analisar (seta vermelha).
2 3
5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
1) Insira o número do kit que deseja analisar
2) Selecione a quantidade de matches que deseja visualizar. Máximo 3.000 na versão gratuita
3) Selecione o tamanho do segmento mínimo
4) Clique em “SUBMIT”
5) Espere alguns segundos, enquanto a sua lista está sendo gerada
5) Número do KIT 16) Overlap é o número de SNPs* que estão sendo usados para
6) Nome do proprietário do KIT comparar dois kits. Quanto mais SNPs, mais confiável é a
7) Tempo que o KIT está na plataforma correspondência. Se a cor for rosa ou vermelha, isto significa que
8) mtDNA (haplogrupo materno) não se trata, necessariamente, de uma excelente comparação. Se
9) yDNA (haplogrupo paterno) não tiver nenhuma cor, isso indica que esse é um match mais
10) Total de cM compartilhado entre as duas pessoas confiável.
11) Tamanho do maior segmento compartilhado entre as duas pessoas Muitas vezes esta coluna aparece rosa ou vermelha em
12) Número aproximado de gerações separando as duas pessoas comparações entre pessoas que realizaram o exame em diferentes
13) Total de cM compartilhado entre as duas pessoas no cromossomo X empresas.
14) Tamanho do maior segmento compartilhado entre as duas pessoas
no cromossomo X *Polimorfismos de base única ou Single Nucleotide Polymorphism
15) Empresa na qual o exame foi realizado são a forma mais frequente de variação na sequência de DNA
encontrada no genoma humano e podem ser definidos como
regiões pontuais do DNA, onde a base nucleotídica seja variável na
população.
1) Na tela inicial, selecione a ferramenta “One - to- one Autosomal” (retângulo vermelho).
5) Clique em “COMPARE”
3) Análise da comparação entre dois kits (duas pessoas) 14
8. TRIANGULAÇÃO
Ocorre quando 3 ou mais pessoas compartilham um mesmo segmento do cromossomo.
Um trecho triangulado indica que aquele grupo de pessoas possui um mesmo ancestral em comum.
As únicas plataformas que disponibilizam as triangulações são GEDmatch ( ferramenta paga, no Tier 1 - $10) e My Heritage (após pagar
R$109,00).
9. X- MATCH
Duas pessoas são X-Match quando compartilham trechos (pelo menos 10 cM, preferencialmente acima de 15 cM) do cromossomo X
(cromossomo 23).
Como as mulheres possuem dois cromossomos X (um herdado do pai e outro herdado da mãe) e os homens apenas um cromossomo X
(herdado da mãe), o padrão de herança é distinto.
Para um homem, todos os X-Match são, necessariamente, ligados ao lado materno. Para mulheres há um maior número de possibilidades,
pois a ligação pode ocorrer em ambos os lados (materno ou paterno).
*Obs 1: cabe ressaltar que X-matches são viáveis quando compartilham, além de um trecho do cromossomo X, também algum 15
segmento em um cromossomo autossômico (1 - 22).
Caso o único segmento compartilhado esteja no cromossomo X, significa que você e o match provavelmente possuem algum
ancestral em comum, mas que está, genealogicamente falando, distante demais para ser identificado.
*Obs 2: Existe a possibilidade de duas pessoas compartilharem apenas um trecho no cromossomo X (por exemplo, pelo lado materno), e que
ao mesmo tempo compartilhem um trecho de DNA autossômico (1-22) pelo lado paterno.
*Obs 3: É relativamente comum que os novos usuários confundam os conceitos de X-match e Haplogrupo, mas é importante salientar que são
heranças distintas.
As empresas de análise genética avaliam todos dos os 23 pares de cromossomos que, geralmente, os seres humanos possuem(salvo raras
exceções). Os homens herdam integralmente um cromossomo Y do pai e uma combinação dos cromossomos X da mãe. Já as mulheres herdam
um cromossomo X do pai e uma combinação dos cromossomos X da mãe. Por isso, existem padrões diferentes pra determinar a herança do
cromossomo X e, consequentemente, as probabilidades de um X-match.
O conceito de haplogrupos está parcialmente ligado ao exposto acima. Como os homens transmitem o cromossomo Y a seus filhos homens
sem nenhuma recombinação e praticamente sem mutações ao longo de séculos, é possível determinar o haplogrupo paterno (yDNA) através
de uma análise do cromossomo Y.
No caso do haplogrupo materno (mtDNA), não é possível fazer a determinação através do cromossomo X, justamente por conta da
recombinação genética dos cromossomos X da mãe. Assim, para fazer esta análise é utilizado o DNA mitocondrial. Isto acontece porque,
durante a fecundação, as mitocôndrias do espermatozoide são degradadas, restando apenas as mitocôndrias do óvulo, o que permite a análise
da herança linear sem interferências.
Fonte:
https://genie1.com.au/x-dnas-helpful-inheritance-patterns/
Fonte:
https://genie1.com.au/x-dnas-helpful-inheritance-patterns/
9.1. Probabilidade de X-match vir por determinados ramos 16
Homens Mulheres
Fonte: Fonte:
http://smithplanet.com/stuff/x-chromosome.htm https://stevemorse.org/genetealogy/beyond.htm
10. CLUSTERS
CLUSTER: 3 PESSOAS
CLUSTER: 12 PESSOAS
MY HERITAGE
CLUSTER: 6 PESSOAS
CLUSTER: 5 PESSOAS
Membro de um Cluster
18
2)Descendentes de um casal ancestral
10.2. Por que alguns membros de um cluster não compartilham DNA com todos os demais membros?
Os grupos do Facebook são o ambiente ideal para solucionar dúvidas gerais sobre o tema.
Link de acesso:
https://www.facebook.com/groups/823557238219810
Link de acesso:
https://www.facebook.com/groups/IBERIA.ADN/