A Lógica Molecular da Vida

FUNDAMENTOS DE BIOQUÍMICA

2023/1
• A bioquímica questiona como as extraordinárias propriedades
dos organismos vivos se originaram a partir de
milhares de biomoléculas diferentes.

• O estudo da bioquímica mostra como o

conjunto de moléculas inanimadas que constituem os organismos
vivos interage para manter e perpetuar a vida exclusivamente
pelas leis físicas e químicas que regem o universo
inanimado.
 Os organismos vivos são compostos de moléculas
destituídas de vida

Quando estas moléculas são isoladas e examinadas

individualmente, elas obedecem a todas as leis físicas e químicas

que descrevem o comportamento da matéria inanimada.

Mas quais são essas propriedades peculiares dos organismos
vivos?

1.Alto grau de complexidade química e organização

microscópica
Milhares de moléculas diferentes formam as intricadas estruturas celulares
internas. Elas incluem polímeros muito longos, cada qual com sua
sequência característica de subunidades, sua estrutura tridimensional única
e seletividade muito específica de parceiros para interação na célula.

2. Sistemas para extrair, transformar e utilizar a energia do

ambiente
permitem aos organismos construir e manter suas intricadas estruturas,
assim como realizar trabalho mecânico, químico, osmótico e elétrico, o que
neutraliza a tendência de toda a matéria de decair para um estado mais
desorganizado, entrando assim em equilíbrio com seu ambiente.
3. Funções definidas para cada um dos componentes de um
organismo e interações reguladas entre eles.
Isso é válido não somente para as estruturas macroscópicas, como
folhas e ramos ou corações e pulmões, mas também para as estruturas
intracelulares microscópicas e os compostos químicos individuais.

A interação entre os componentes químicos de um organismo vivo é

dinâmica; mudanças em um componente causam mudanças
coordenadas ou compensatórias em outro, com o todo manifestando
uma característica além daquelas de suas partes individuais. O conjunto
de moléculas realiza um programa, cujo resultado final é a reprodução e
a autopreservação do conjunto de moléculas em resumo, a vida.
4. Mecanismos para sentir e responder às alterações
no seu ambiente.

Os organismos constantemente se ajustam a essas mudanças por

adaptações de sua química interna ou de sua localização no
ambiente.

5. Capacidade para se autorreplicar com precisão

Uma célula bacteriana isolada disposta em meio nutritivo estéril pode dar
origem, em 24 horas, a um bilhão de “filhas” idênticas. Cada célula contém
milhares de moléculas diferentes, muitas extremamente complexas; mas
cada bactéria é uma cópia fiel da original, sendo sua construção totalmente
direcionada a partir da informação contida no material genético da célula
original. Em uma escala maior, a prole de um animal vertebrado mostra uma
semelhança marcante com a dos seus pais, também como consequência da
herança dos genes parentais.
6. Capacidade de se alterar ao longo do tempo por
evolução gradual

Os organismos alteram suas estratégias de vida herdadas, a passos

muito pequenos, para sobreviver em circunstâncias novas.
O resultado de eras de evolução é uma enorme diversidade de formas
de vida, muito diferentes superficialmente, mas fundamentalmente
relacionadas por sua ancestralidade comum.
Essa unidade fundamental dos organismos vivos se reflete na
semelhança das sequências gênicas e nas estruturas das proteínas.
 FUNDAMENTOS DE BIOQUÍMICA

Neste capítulo introdutório, é feita uma revisão dos

fundamentos celulares, químicos, físicos e genéticos
da bioquímica e do importante princípio da evolução –
como a vida emergiu e evoluiu para essa diversidade
de organismos de hoje.
 Fundamentos celulares
As células são as unidades estruturais e funcionais de
todos os organismos vivos
O que limita as dimensões de uma célula?
• O limite superior de tamanho celular provavelmente é
• determinado pela taxa de difusão das moléculas de soluto
nos sistemas aquosos. Por exemplo, uma célula
bacteriana que depende de reações de consumo de
oxigênio para extração de energia deve obter oxigênio
molecular, por difusão, a partir do ambiente através de
sua membrana plasmática.
A produção de energia e seu consumo no metabolismo

-A vida depende de um suprimento constante de energia para

poder se opor à tendência, inexorável da natureza, de queda
para níveis menores de estado energético.

- A vida desenvolveu, durante a evolução, mecanismos

altamente eficientes para capturar a energia do Sol, ou extrai-la
de alimentos oxidáveis, e transferi-la para os processos que
dela necessitam.
Os organismos nunca estão em equilíbrio com
seu ambiente

- As moléculas e os íons contidos no interior

dos organismos vivos diferem em tipo e em
concentração das existentes no meio
ambiente.

A composição molecular reflete um estado

estacionário dinâmico

Embora a composição química de um

organismo possa ser quase constante ao longo
do tempo, as moléculas são sintetizadas e
depois desmontadas por reações químicas
contínuas, envolvendo fluxo constante de
massa e energia através do sistema, refletindo
um estado estacionário dinâmico.
Organismos vivos criam e mantém suas estruturas complexas e
ordenadas usando energia extraída de combustíveis ou luz solar

A primeira lei da termodinâmica foi desenvolvida a partir de

conhecimentos físicos e químicos, mas é totalmente válida para os
sistemas biológicos; ela descreve o princípio da conservação de
energia:

Em qualquer mudança física ou química a quantidade de energia

total do universo permanece constante, embora a forma de
energia possa mudar.

As células são transdutores consumados de energia.

Elas são capazes de, com grande eficiência, interconverter energia

química, eletromagnética, mecânica e osmótica
 Transdução de Energia

Os seres vivos também dependem de fontes de

energia.

Qual é a fonte de energia para os seres vivos?

cadeia transportadora de elétrons, realiza o
transporte de elétrons, a partir de substâncias
aceptoras intermediárias (NAD e FAD)
provenientes da glicólise e do ciclo de Krebs.

- As necessidades energéticas de,

virtualmente, todos os organismos são
providas, direta ou indiretamente, pela
energia solar.
- O fluxo de elétrons nas reações de
oxidação-redução é a base da
transdução e da conservação da energia
nas células vivas.
- Todos os organismos vivos são
dependentes uns dos outros, através da
troca de matéria e energia via meio
ambiente.
 Acoplamento de energia liga reações em biologia

A energia livre de um sistema é a porção de energia capaz de realizar trabalho.

A primeira lei da termodinâmica propõe que em qualquer transformação física ou

química a quantidade total de energia permanece constante.

A segunda lei da termodinâmica afirma que todas as transformações físicas e

químicas tendem a ocorrer em uma direção tal que a energia útil sofre degradação
irreversível para uma forma chamada entropia.

Existem duas formas de energia útil:

1- Energia livre(G), que é a porção da energia total de um sistema que está
disponível para realizar trabalho a temperatura e pressão constantes.
2- Energia calorífica (H), ou entalpia, que pode realizar trabalho apenas através
de mudança de temperatura ou pressão.
 As enzimas promovem reações químicas em cadeia

Hidrolases – São aquelas enzimas que se associam a moléculas de água para

promoverem a quebra das ligações covalentes, como a Peptidases por exemplo;
Ligases – São responsáveis por formar novas moléculas através da união de duas já
pré-existentes, como a Sintetases;
Oxidoredutases – São responsáveis por efetuar a transferência de elétrons, o que
podemos definir como oxi-redução. Exemplo: Desidrogenases;
Transferases – São aquelas enzimas que tem como finalidade realizar a translocação
de grupos funcionais como grupamento amina, carbonila, carboxila, fosfato, de uma
molécula para outra. Podemos citar como exemplo a Quinase.
Liases – Atuam na remoção de molécula de água, gás carbônico e amônia, a partir
da ruptura de ligações covalentes. A Descarboxilase pode ser dada como um
exemplo de liases;
Isomerases – Responsáveis por mediar a conversão de substâncias isoméricas,
sejam eles geométricos ou ópticos, como a Epimerases, por exemplo.
O metabolismo é regulado para ser econômico e equilibrado

As células vivas são máquinas químicas

autoreguladas e ajustadas para uma
economia máxima.

Há 4 tipos de regulação das vias

metabólicas:

Disponibilidade do substrato – É o método de

regulação mais rápido e afeta todas as
enzimas de cada via metabólica.
Basicamente, se existir pouco substrato,
as enzimas não vão poder atuar à sua
velocidade máxima, e se não existir
substrato, as enzimas param.
2. Regulação alostérica – É a forma mais rápida de regulação específica de apenas
determinadas enzimas, as chamadas enzimas regulatórias. Esta forma de regulação
requer a presença de moléculas (moduladores alostéricos) que vão interagir com as
enzimas, levando a alterações estruturais que podem tornar a enzima mais rápida ou
mais lenta (moduladores positivos e negativos, respectivamente).

3. Regulação hormonal – É um processo mais demorado do que a regulação alostérica, e

envolve a produção de hormônios em resposta a um estímulo. Os hormônios são
lançados na corrente sanguínea e vão atuar nas células-alvo. Normalmente a sua ação
culmina na fosforilação ou defosforilação das enzimas regulatórias, alterando a sua
eficiência catalítica (ativa ou inibe, dependendo da enzima em causa). Este efeito
designa-se por modificação covalente reversível.

4. Alterações na concentração das enzimas – Esta é a forma mais lenta de regulação e

pressupõe alterações nas taxas de síntese e degradação das enzimas, alterando a sua
concentração. Por exemplo, se a célula pretender ativar uma via metabólica, pode fazê-lo
aumentando a quantidade das enzimas dessa via. Desde que o substrato não seja
limitante, a velocidade global da conversão de substrato em produto vai aumentar.
O efeito contrário verifica-se fazendo o raciocínio inverso.
 Transferência da informação biológica

A continuidade genética é atribuição das moléculas de DNA

A informação hereditária é preservada no

DNA, um polímero orgânico longo e fino tão
frágil que sua molécula é fragmentada sob a
ação das forças que aparecem em uma solução
quando agitada ou pipetada. O esperma ou o
óvulo humano, carregando a informação
hereditária acumulada por milhões de anos de
evolução, transmite essas instruções na forma
de moléculas de DNA, no qual a seqüência
linear de nucleotídeos unidos covalentemente
codifica a mensagem genética.
Replicação

DNA polimerase
 - A informação genética está codificada na sequência
linear de quatro tipos de subunidades do DNA.

- A molécula em dupla-hélice do DNA contém um

molde interno para sua própria replicação e
reparação.
Mudanças nas instruções hereditárias permitem a
evolução

A despeito da fidelidade próxima da perfeição com que a

replicação genética é feita, erros pouco frequentes e
irreparáveis, no processo de replicação, produzem
mudanças na sequência de nucleotídeos do DNA,
representando uma mutação genética.

O mesmo efeito é obtido por reparação imperfeita dos danos

causados a uma das fitas do DNA.