Aminocidos e a Ligao Peptdica: Aminocidos e a Ligao Peptdica:

a base estrutural das protenas a base estrutural das protenas

Os assuntos abordados nessa aula so:
Aminocidos proticos:
- propriedades gerais
- classificao
- ionizao e carcter anfotrico
Ligao peptdica versus ligao amida:
- ressonncia e coplanariedade
BIO10-329 Biofsica de Protenas
Regente: Clia R. Carlini
Ateno ! Use o modo apresentao de slides para ativar as animaes
Protenas podem ser definidas como polmeros compostos de n unidades
monomricas, os aminocidos, ligados entre si por ligaes peptdicas
A ligao peptdica ocorre entre o grupo
e-carboxila de um aminocido e o grupo
e-amino de outro aminocido.
At 100 aminocidos (10 kDa) peptdeo
Mais de 100 aminocidos protena
aminocido
COO COO
C C HH
R R
HH
33
N N
++
e
Frmula geral de um e aminocido:
os grupos amino e carboxila esto
no carbono e
R a cadeia lateral R diferencia os
aminocidos entre si
(monmero)
Protena (polmero)
um dipeptdeo
Aminocido 1 Aminocido 2
Aminocidos proteicos so L- e - aminocidos
Para entender a complexidade estrutural de uma protena necessrio
primeiro compreender as propriedades de seus aminocidos constituintes.
Existem 2 ismeros pticos do Ce: formas L e D
so enantimeros (imagens especulares)
um do outro
no so interconversveis sem quebra de
laos covalentes
L- e D-ismeros de gliceraldedo (um
aucar) e do aminocido alanina
O Carbono e assimtrico, ou seja, tem 4 ligantes diferentes
Essa propriedade define o Ce como um centro quiral
e confere propriedades pticas s molculas.
COO COO
C C HH
R R
HH
33
N N
++
e
+
Fonte
de luz
Filtro
polarizador
1. Um plano de
luz
selecionado
2. Soluo de
substncia
opticamente ativa
causa rotao do
plano da luz
polarizada
3. Plano da luz que
emerge da soluo foi
desviado para a
esquerda ou para a
direita pela substncia
em soluo
4. Observador gira a
escala at coincidir com
a luz emergente, para
determinar o desvio
Isomeria ptica
Substncias pticamente ativas
(possuem C quirais) interagem com a
luz polarizada, girando o plano da luz
para esquerda (levgiros) ou para a
direita (dextrgiros)
Essa propriedade foi inicialmente
descoberta para cidos orgnicos e
acares, com vrios C quirais.
L-e-aminocido
Protenas naturais possuem
somente L-aminocidos
D-Aminocidos ocorrem em
peptdeos antibiticos
Levgiro: indicado por ( - )
giro da luz para esquerda
Dextrgiro: indicado por ( + )
giro da luz para direita
COO COO
C C HH
R R
HH
33
N N
++
e
Um polarmetro
-
D- Gliceraldedo
1 carbono quiral
*
D-glicose
D-manose D-galactose
Glicose:
6 Carbonos quirais
16 ismeros possveis
Carbono 5 define a
configurao D- ou L-
Isomeria ptica: os accares naturais so de srie D
As letras D- e L- indicam apenas
a configurao espacial de um
ismero, e no a sua atividade
ptica.
Existem compostos D que so
levgiros (-) e compostos L que
so dextrgiros (+).
Ex: D (-) frutose
L (+) arginina
a manose
um ismero da
glicose no C2.
a galactose
um ismero da
glicose no C4.
Aminocidos proticos so determinados geneticamente: cdigo gentico
Existem 20 aminocidos que ocorrem
naturalmente em protenas de todos os
tipos de organismos, e que so
determinados por cdons especficos
(triplets de nucleotdeos) no material
gentico dos seres vivos.
Cadeia lateral
amino carboxila
e
os aminocidos se diferenciam entre si
quanto ao tipo de cadeia lateral, ou grupo
radical R, que apresentam.
Os aminocidos proticos so classificados
de acordo com as propriedades de suas
cadeias laterais
Os 20 aminocidos
protecos
Aminocidos bsicos
Lisina
(Lys K)
Arginina
(Arg R)
Histidina
(His H)
Aminocidos cidos
cido Asprtico
(Asp D)
cido Glutmico
(Glu E)
Asparagina
(Asn N)
Glutamina
(Gln Q)
Serina
(Ser S)
Treonina
(Thr T)
Aminocidos polares neutros
Aminocidos hidrofbicos - apolares
Alanina
(Ala A)
Valina
(Val V)
Isoleucina
(Ile I)
Leucina
(Leu L)
Metionina
(Met M)
Fenilalanina
(Phe F)
Tirosina
(Tyr Y)
Triptofano
(Trp W)
Aminocidos especiais
Cistena
(Cys C)
Glicina
(Gly G)
Prolina
(Pro P)
Os aminocidos especiais possuem caractersticas intermedirias entre
os grupos dos aminocidos polares e apolares.
Alm disso:
a cistena o nico aminocido cuja cadeia lateral capaz de fazer
ligaes covalentes e com isso pode contribuir para a estrutura da protena.
a prolina no um aminocido tpico, e sim um iminocido, uma vez que
seu Ce e seu Ne fazem parte de um anel heterocclico da molcula.
OBS: A classificao dos aminocidos pode diferir, conforme o autor. O importante em
cada caso entender os critrios para a classificao.
Estudando o slide anterior, identifique o critrio para classificao de:
Histidina, como um aminocido bsico
Valina, como um aminocido hidrofbico
cido glutmico, como um aminocido cido
Visite o site:
http://www.wiley.com/legacy/college/boyer/0470003790/animations/animations.htm
Jogue o Amino Acid Game para aprender a reconhecer a estrutura dos aminocidos.
Identifique o aminocido cujo nome aparece na parte de baixo da tela, direita.
Use as setas para movimentar o foguete e a barra de espao para disparar tiros.
Os acertos valem 2 pontos. Cada erro retira 1 ponto do total.
Alm dos 20, existem mais 2 aminocidos proticos que so determinados geneticamente:
- pirrol-lisina (somente em Archaea)
- selenocistena (presente em animais, algumas bactrias;
mas ausente em plantas e Archaea)
Outros aminocidos, alm dos 20 codificados geneticamente, podem ocorrer em protenas e
peptdeos biologicamente ativos, ou como aminocidos ou derivados livres.
Esses aminocidos so produzidos enzimticamente, por modificao ps-traduo de um
dos 20 aminocidos clssicos. Exemplos:
- 3-hidroxi-prolina
- 4 hidroxi-prolina
(colgeno)
- 3-metil-histidina (actina)
- Ac. K-carboxi-glutmico
(protrombina e fatores
da coagulao)
Em muitas protenas:
- aminocidos glicosilados (Ser, Thr, Asn, Gln)
- aminocidos fosforilados (Ser, Tyr)
Neurotransmissores:
Intermedirio do ciclo da uria
- GABA (c.K-aminobutrico)
- Glutamato
-
OOC-CH
2
-CH
2
-CH- COO
-
NH
3
+
l
-
OOC-CH
2
-CH
2
-CH
2
- NH
3
+
A Citocromo C oxidase Citocromo C oxidase uma
protena integral da membrana
interna de mitocndrias
A Lipase gstrica Lipase gstrica uma
protena solvel em meio
aquoso.
Protenas so molculas tridimensionais.
A forma da molcula determinante de sua funo.
Para entender a relao estrutura X funo de uma protena, como exemplo veremos
a mioglobina, protena armazenadora de O
2
nos msculos dos mamferos.
A mioglobina da baleia cachalote uma protena de forma globular, de 153 aminocidos,
contendo um grupo prosttico heme. A protena bastante solvel em meio aquoso.
O interior da molcula forrado com cadeias laterais de aminocidos apolares, formando
um ambiente hidrofbico.
Modelo simplificado Modelo com cadeias laterais dos aminocidos
(somente o esqueleto -N-C-C- da protena)
grupo heme
grupo heme
Mioglobina da baleia cachalote
A forma globular da mioglobina, formando um bolso hidrofbico em torno do
heme, fundamental para o desempenho da funo de armazenamento de O
2
.
Heme
O O
2
liga-se ao tomo de Fe do heme.
No meio apolar proporcionado pela mioglobina, a
ligao do Fe
2+
ao O
2
reversvel e no envolve
oxidao do Fe.
Fe
2+
+ O
2
Fe
2+
.O
2
apolar
Fe
2+
+ O
2
(Fe
3+
)
2
O
3
polar
X
Em um meio aquoso, o Fe
2+
combina-se com O
2
de maneira irreversvel, com oxidao do Fe
2+
a
Fe
3+
, formando xido de ferro.
Mutaes nas globinas que levam a trocas
de aminocidos no bolso do heme por
outros mais polares podem ser letais, pois
afetam a interao da protena com o O
2
.
Mioglobina da baleia cachalote
Por que a mioglobina solvel em gua ?
As cadeias laterais de aminocidos
polares, carregados ou no, voltam-se
para o meio aquoso e fazem contacto
(pontes de H) com as molculas de
gua do meio.
gua
protena
Aminocidos apolares voltados
para o interior da molcula.
Tipos possveis de pontes de H
entre aminocidos e a gua
Ponte de H formada
entre duas molculas
de gua
(+)
(=)
(+)
(=)
(+)
(+)
A gua um dipolo
permanente, devido
diferena de
eletronegatividade
de seus tomos.
As cadeias laterais de aminocidos
polares podem fazer pontes de H entre si e com molculas de gua
do meio, solubilizando protenas.
Protenas organizam molculas de gua em torno de si, formando uma
camada de solvatao, que garante a solubilidade em meio aquoso.
Molculas de gua
interagindo no gelo.
Na gua lquida, a
rede de interaes
menos organizada.
-
-
H
H
O
H +
H +
H

H
O
H +
H
H +
H

H
O
H +
H
H +
H

H
O H
H
O
H
H
H
H
O
H
H
H
O
H H O
H
H
O
H
H
H
O
H
O
H O
H
Camada de solvatao de
um composto aninico
Camada de solvatao de
um composto catinico
O
+ +
H
H H
H
H
H H
H
O
O
O
O
H +
H + H +
H +
H +
H +
H +
H +
H

H
H

H
H
O
H
H O
H
H
O
H
H
O
O
H
H
O
H
H
O
H
H
O
H
O
H
H
O H
O
H
H
H
H
O
H
H
O
H
H
H
H
O
H
H
O
A Citocromo C oxidase uma protena de membrana.
Protenas de membrana possuem uma regio de aminocidos hidrofbicos apolares,
cujas cadeias laterais projetam-se para fora e interagem com a poro lipdica de
membrana celulares. Outras regies dessas protenas ricas em aminocidos
hidroflicos polares polares projetam-se para os meios aquosos extra- ou intracelular, e
podem formar canais hidroflicos que atravessam a membrana, interconectando os
meios separados por ela.
Corte
transversal da
membrana
interna da
mitocndria
Aminocidos Aminocidos
apolares apolares
Aminocidos Aminocidos
polares polares
Como as protenas assumem uma forma tridimensional a partir
de suas estruturas lineares ?
Que tipo de foras fsicas mantm a estrutura tridimensional das
protenas ?
Responda s seguintes perguntas:
Calma ! Voc saber responder a essas questes at o final dessa disciplina.
Estrutura quaternria:
Associao de mais de uma
cadeia polipeptdica
No modelo, um tetrmero
composto de 4 cadeias
polipeptdicas
x 4
Para entender a estrutura 3D das protenas, vamos dissec-la em
nveis organizacionais para facilitar o estudo:
Estrutura terciria:
Enovelamento de uma cadeia
polipeptdica como um todo.
Ocorrem ligaes entre os
tomos dos radicais R de
todos os aminocidos da
molcula
.
Estrutura secundria:
Enovelamento de partes da
cadeia polipeptdica
Formada somente pelos
tomos da ligao peptdica,
atravs de pontes de H.
Ex: alfa-hlices e folhas beta.
Estrutura primria: a sequncia dos
aminocidos na cadeia polipeptdica;
mantida por ligaes peptdicas
aminocido
o esqueleto covalente (fio do
colar), formado pela seqncia dos
tomos (-N-C-Ce-)n na protena.
As caractersticas fsico-qumicas
da ligao peptdica
das cadeias laterais dos aminocidos
Os aminocidos apresentam vrias funes qumicas que podem se ionizar e
conferir carga eltrica molcula.
-COOH -COO
-
+
-NH
3
- NH
2
Exemplo:
Funo carboxila
Funo amina
Todos os aminocidos possuem
um grupo carboxila
cido asprtico e cido glutmico
possuem 2 grupos carboxila
Todos os aminocidos possuem
um grupo amina
Lisina possue 2 grupos amina
determinam como o esqueleto covalente de uma protena vai
se enovelar
determinam os tipos de foras, covalentes e no covalentes,
que iro estabilizar a estrutura tridimensional de uma protena.
H
+
estado de ionizao depende do pH do meio
H
+
Comportamento cido-bsico de aminocidos: ionizao
Meio alcalino
carga (-)
Meio cido
carga (+)
Forma anfotrica (sem carga) Forma anfotrica (sem carga)
presente em pH fisiolgico presente em pH fisiolgico
Abaixo esto 4 formas de um aminocido variando o estado de ionizao do
grupo amino e do grupo carboxila.
Qual dessas formas de um aminocido no pode existir ? Porque ?
Pense
antes de
dar o
prximo
click !
Para entender por que a forma assinalada no pode existir, vamos
relembrar os conceitos de pK e constante de dissociao de um cido.
DISSOCIAO DE UM CIDO DISSOCIAO DE UM CIDO
Considere a equao geral de dissociao de um cido HA dada abaixo:
Quando a velocidade da reao 1 iguala-se a da reao 2, atingiu-se o ponto de
equilbrio. Pode-se dizer que a reao terminou, pois no h mais modificao
das quantidades dos reagentes ou produtos de ambas as reaes.
(quando v
1
igual a v
2
)
Keq = Kd =
[ H
+
] . [A
-
]
HA
A Lei de Ao da Massas permite calcular a constante de equilbrio da reao
de dissociao do cido, ou constante de dissociao, como se segue:
OO pK igual ao logaritmo negativo da Kd pK igual ao logaritmo negativo da Kd
H A H
+
+ A
-
v
1
v
2
Desprotonao (1)
H A H
+
+ A
-
v
1
v
2
Protonao (2)
Valores pK dos grupos ionizveis dos Valores pK dos grupos ionizveis dos ee- -aminocidos a 25 aminocidos a 25
00
CC
e-Amino cido
pK
1
e-COOH
pK
2
e-NH
3
+
pK
R
Cadeia Lateral (R)
Alanina 2.35 9.87
Arginina 1.82 8.99 12.48 (guanidino)
Asparagina 2.1 8.84
cido Asprtico 1.99 9.90 3.90 (0-COOH)
Cisteina 1.92 10.78 8.33 (sulfidrila)
cido Glutmico 2.10 9.47 4.07 (K - COOH)
Glutamina 2.17 9.13
Glicina 2.35 9.78
Histidina 1.80 9.33 6.04 (imidazol)
Isoleucina 2.32 9.76
Leucina 2.33 9.74
Lisina 2.16 9.18 10.79 (I -NH
3
+
)
Metionina 2.13 9.28
Fenilalanina 2.16 9.18
Prolina 2.95 10.65
Serina 2.19 9.21
Treonina 2.09 9.10
Triptofano 2.43 9.44
Tirosina 2.20 9.11 10.13 (fenol)
Valina 2.29 9.74
Observe os valores de pKs da tabela abaixo.
pK dos e-COOH
valor mdio ~ 2.0
pK dos e-NH
3
+
valor mdio ~ 9.0
O que significa a
diferena de 7 unidades
log desses pKs ?
Alguns aminocidos
apresentam grupos
ionizveis em suas
cadeias laterais
R - COOH R - COO + H
+
Para o grupo carboxila, a forma cida sem carga se dissocia no on carboxilato:
Considerando-se o pK mdio de 2,0, no equilbrio dessa reao, teremos:
1 on carboxilato (-) para
cada 100 carboxilas
neutras
1 .
100
Keq =
[ R COO ] [H
+
]
R - COOH
~ 10
-2
=
pK= -log Keq -log (10
-2
) = 2.0
R - NH
3
+
R - NH
2
+ H
+
Keq =
[ R - NH
2
] [H
+
]
R - NH
3
~ 10
-9
=
1 .
1.000.000.000
pK= -log Keq -log (10
-9
) = 9.0
Para o grupo amino, a forma cida catinica se dissocia na forma neutra:
1 grupo amino sem
carga para cada 100
trilhes com carga (+)
Considerando-se o pK mdio de 9,0, no equilbrio dessa reao, teremos:
pK= -log Keq -log (10
-2
) = 2.0
pK= -log Keq -log (10
-9
) = 9.0
Portanto, a diferena de 7 unidades logartmicas entre os pKs dos grupos e-amino e
e-carboxila reflete a diferena de afinidade que as funes qumicas em questo
apresentam pelo prton H
+
.
Observe nas formas possveis do aminocido, que o grupo NH
3
+
s se dissocia se o
grupo COOH j estiver completamente dissociado em COO
-
.
A afinidade por prtons do grupo amino (pk ~ 9) 10
7
vezes maior do que a do
grupo carboxila (pK ~2).
forma bsica forma cida forma neutra
+H
+
+H
+
- H
+
- H
+
Meio alcalino
Meio cido
As formas inicas de um aminocido se
interconvertem, variando a carga da molcula
na dependncia do pH do meio e do pK de
cada grupo:
carga
+1
-1
0
-COOH - COO
-
H
+
+
-NH
3
- NH
2
H
+
0 -1
+1
0
Aminocidos, peptdeos e protenas so bons tampes
Um tampo definido como um composto ou conjunto de compostos que
impedem variaes da concentrao de [H
+
], ou seja do pH, do meio.
Para ter essa propriedade, os compostos devem ter grupos ionizveis
capazes de doar e de receber prtons H
+
Quando Quando [ H
+
]. [ A
-
] = [ HA ]
pH = pK + log 1
zero zero
[ H
+
] . [A
-
]
[ HA ]
= 1 ,,
Temos que Temos que pH = pK pH = pK
substituindo na equao: substituindo na equao:
pH = pK + log
[ H
+
] . [A
-
]
[ HA ]
A faixa de pH em que um composto apresenta poder tamponante depende do pK
de seus grupos ionizveis. A Lei de Henderson-Hasselbach estabelece a
correlao entre o pH do meio e o pK do tampo.
H A A
-
+ H
+
50% 50%
o poder tamponante mximo no pK pK pois h igual
proporo das formas doadora e aceptora de prtons:
Traduzindo:
quando o pH pH do meio igual igual ao pK pK do grupo ionizvel, este est 50% 50%dissociado
Poder tamponante e curva de titulao da glicina
pK e -NH
3
+
= 9.60
pK e -COOH = 2.34
C
NH
3
+
- C - H
H
O
-
O
e
H+ dissociados por mlecula
A curva mostra a variao do pH de uma
soluo do aminocido glicina quando se
adiciona uma base, por exemplo, NaOH.
A glicina vai se dissociando, e libera
H
+
para o meio.
adio de NaOH (volume)
O poder tamponante da glicina pode ser
observado em dois pontos da curva, em
que o aumento de pH mais lento.
Observe tambm que h um ponto da curva
onde o pH varia bruscamente. Nessa regio
ocorre o ponto isoeltrico (pI) da glicina,
em que 100% das molculas apresentam
carga zero, como visto abaixo.
Observe que o pH da soluo na metade
desses trechos da curva coincide com os
valores de pK dos grupos ionizveis da
glicina. O efeito tampo nesses pHs ocorre
por que h duas formas de glicina presentes
na soluo, uma dissociada (50%) e outra
no, como mostra a figura.
Glicina
(forma anfotrica carga zero)
pK pK ee NH NH
33
++
= 9.60 = 9.60
pK pK ee COOH = 2.34 COOH = 2.34
Clculo do ponto isoeltrico Clculo do ponto isoeltrico
pI = pI = 2.34 + 9.6 2.34 + 9.6 = 5.97 = 5.97
2 2
+1
-H
+
+H
+
-H
+
+H
+
+1
50%
C
CH
2
NH
3
+
O HO
C
CH
2
NH
3
++
O
O
++
50%
pH 0 pH 0 - - 22 pH 2,34 pH 2,34 pH 3.0 pH 3.0 - - pH 9.0 pH 9.0 pH 9.6 pH 9.6 pH 10 pH 10 - - 14 14
C
HC-H
NH
3
+
O HO
e
C
CH
2
NH
2
O O
-1
Como o estado de ionizao e a carga eltrica da glicina variam em
funo do pH do meio ?
Para a glicina os valores de pK so:
-H
+
+H
+
-H
+
+H
+
Em pH < 2,34, todos os
grupos ionizveis da glicina
esto protonados. A molcula
apresenta carga +1.
Diminuindo a [H+] do meio, a e-COOH
comea a desprotonar. No pH 2,34,
metade das COOH desprotonaram,
gerando a glicina com carga zero.
Em pH 5,97 ocorre o ponto
isoletrico da glicina. 100% das
molculas esto com carga zero.
Aumentando mais o
pH, at o valor 9,6,
(pK do NH
3
+
), haver
50% de molculas de
glicina com carga -1.
C
CH
2
NH
3
++
O O
Em pH > 10
predomina a forma
de glicina com
carga -1.
C
CH
2
NH
3
+
O O
C
CH
2
NH
2
O O
++
50%
50%
-1
Como o pH do meio afeta a carga de aminocidos com cadeias laterais ionizveis ?
Como exemplo, veremos a
ionizao da Lisina:
O
C
C - NH
3
+
(CH
2
)
4
NH
3
+
HO
H ee
pK pK ee- -COOH = 2.18 COOH = 2.18
pK pK ee - -NH NH
1 1
+ +
= 8.95 = 8.95
pK R pK R- - NH NH
1 1
+ +
= l01 = l01
C
-NH
3
++
NH
3
++
O HO
todos os
grupos
protonados
predomnio
carga +2
pH < 2 pH < 2
pI = 8.85 + 10.53 = 9.69
2
(ponto isoeltrico)
(+2)
H
+
C
-NH
3
++
NH
3
++
O O
predomnio
carga +1
pH 3 pH 3 - - 88
(+1)
H
+
C
-NH
2
NH
3
++
O O
ponto
isoeltrico
pH 9.69 pH 9.69
100% (zero)
todos os
grupos
desprotonados
predomnio
carga -1
C
-NH
2
NH
2
O O
H
+
pH > 11 pH > 11
(-1)
H
+
50% (+1)
C
-NH
3
++
NH
3
++
O O
50% (+2)
pH 2 .18 pH 2 .18
pK e-COOH
pH 8.95 pH 8.95
H
+
C
-NH
2
NH
3
++
O O
pK e -NH
3
+
50% (zero)
50% (+1)
H
+
C
-NH
2
NH
2
O O
pH 10.53 pH 10.53
pK R- NH
3
+
50% (-1)
50% (zero)
Usando os valores de pK tabelados e as frmulas dos aminocidos
apresentados alguns slides atrs, calcule o ponto isoeltrico e desenhe
as formas ionizadas em pH 1, 7 e 12 de um aminocido:
a) Hidrofbico
b) Hidroflico neutro
c) cido
d) Bsico
e) da prolina (grupo especial)
Exerccio:
A ligao peptdica ocorre entre o grupo
e-carboxila de um aminocido e o grupo
e-amino de outro aminocido.
um dipeptdeo
Aminocido 1 Aminocido 2
O lao covalente que liga os aminocidos no esqueleto covalente de
uma protena a ligao peptdica.
Esse fato evidencia ressonncia eletrnica,
com uma nuvem de eltrons oscilando entre o
C e o N. Isso atribue ligao simples C N
um carcter parcial (50%) de dupla ligao
As distncias interatmicas na
ligao peptdica so menores que
as de uma ligao amida comum.
A ligao peptdica uma amida.
O
-C
NH
2
O
C
N
H
O
C
N
H
Carbono e
Assim, o esqueleto covalente de uma
protena, representado pela seqncia linear
dos tomos (-N-C-Ce-)n, apresenta restries
de mobilidade que so importantes
determinantes do enovelamento da molcula.
A figura mostra duas ligaes peptdicas CO N -,
com os tomos alinhados no plano determinado pela
ressonncia da ligao.
O nico ponto de rotao possvel da cadeia peptdica
em torno do Ce, entre as ligaes peptdicas,
definindo dois ngulos de rotao:
+- (psi ) ngulo de rotao entre o Ce e o C
1 (fi) ngulo de rotao entre o Ce e N
Como resultado da ressonncia da ligao peptdica, ela mais rgida
que uma ligao simples, colocando todos os tomos participantes no
mesmo plano espacial.
A B C D
E F
Grfico de Ramachandran
Na dcada de 1950, o fsico Ramachandran fez uma
teoria sobre os ngulos possveis de toro da ligao
peptdica. Sua teoria previa que somente nas reas
sombreadas sombreadas no grfico abaixo poderia ocorrer um
enovelamento estvel das protenas.
Posteriormente, com a determinao
experimental dos ngulos + e 1 (pontos no
grfico) em diversas protenas, a sua teoria
foi comprovada.
Nas regies de A a F ocorrem algumas
formas tridimensionais tpicas de protenas,
como veremos na prxima aula.
A B
Folha 0 paralela
C
F
Colgeno
tripla hlice
Anel
D E
e-hlice
(esquerda)
e-hlice
(direita)
Folha 0 antiparalela
Observe no grfico que nas regies
indicadas pelos crculos vermelhos, em que
Ramachandram previu que no seria
possvel existir estruturas estveis, at hoje
no se descobriu nenhuma protena.
1 2
3
4
Veja no prximo slide o que acontece
com a ligao peptdica nessas regies.
ngulos de rotao da cadeia polipepttica em torno de um carbono alfa
Algumas das restries de rotao da ligao peptdica implicam em coliso da
nuvem eletrnica do O ou N (ex: 2 e 4), ou ainda no posicionamento dos
tomos de tal modo que no possibilita a formao de pontes de H (ex: 1 e 3).
+- (psi ) ngulo de rotao entre o Ce e o C
1 (fi) ngulo de rotao entre o Ce e N
1=180
o
, +=0
o
1=0
o
, +=0
o
1=0
o
, += -180
o
1= -60
o
, +=180
o
(1) (2) (3) (4)
Encerramos aqui a primeira aula da disciplina Biofsica de Protenas.
No ED 1 e na Aula Prtica 1 aplicaremos vrios dos conceitos aprendidos hoje.
Os assuntos abordados nessa aula foram:
Aminocidos proticos:
- propriedades gerais
- classificao
- isomeria ptica
- ionizao
- comportamento cido-base e tamponamento
Ligao peptdica versus ligao amida:
- ressonncia e coplanariedade
- grfico de Ramachandran