Como resultado da degradação dos aminoácidos nós temos um excesso de amônia a ser eliminado do organismo,isso se dá, principalmente,através da urina, com a eliminação da uréia. O ciclo da ureia começa no interior da mitocôndria dos hepatócitos, mas três dos passos subsequentes ocorrem no citosol. O primeiro grupo amino que entra no ciclo é derivado da amônia originada na matriz mitocondrial pelos passos descritos acima. A amônia é imediatamente reunida com o CO2 (em forma de bicarbonato) produzido pelo ciclo de Krebs para formar o carbamoil fosfato. Essa reação é dependente de ATP e é catalisada pela carbamoil fosfato sintetase I, uma enzima regulatória. A forma I é mitocondrial e a II, citosólica. Inicia-se o ciclo com a ornitina recebendo o grupo carbamoil fosfato, formando citrulina, com a liberação de Pi. Essa reação é catalisada pela ornitina transcarbamilase e a citrulina resultante passa para o citosol. Um segundo grupo amino, originado do aspartato, é adicionado à citrulina, formando argininosuccinato, reação essa catalisada pela argininosuccinato sintase e que consome ATP. No terceiro passo, o argininosuccinato é rompido por uma argininosuccinato liase, liberando arginina e fumarato. Este último entra no conjunto de intermediários do ciclo de Krebs. No último passo do ciclo da ureia, a enzima arginase citosólica hidrolisa a arginina em ornitina e ureia. A ornitina é, então, transportada para o interior da mitocôndria para iniciar uma nova volta do ciclo da ureia. Obs.: no ciclo da ureia, as enzimas citosolicas e mitocondriais parecem estar agrupadas de forma que o produto de uma reação enzimática é passado diretamente para o sítio ativo da enzima seguinte da via destino do esqueleto Carbônico dos Aminoácidos como foi descrito anteriormente, durante a transaminação, há a formação de um alfa-cetoácido análogo ao aminoácido que sofre a transaminação. Exemplos:Alanina (3C) Piruvato (3C) Asparagina e Aspartato (4C) Oxalacetato (4C) Isoleucina, Leucina e Triptofano Acetil CoA (2C). Ainda, alguns aminoácidos não são transaminados, são diretamente transformados em um alfa-cetoácido, levando à liberação de NH4-. Exemplo: serina piruvato + NH4-, treonina alfa-cetobutirato + NH4-. De uma forma ou outra, as 20 vias catabólicas dos aminoácidos convergem para formar apenas cinco produtos, todos eles entram no ciclo do ácido cítrico. Daí, os carbonos podem ser conduzidos para a gliconeogênese ou para a cetogênese, ou podem ser completamente oxidados até CO2 e H2O. Os aminoácidos cetogênicos dão origem a acetil CoA ou Acetoacetato e não formam glicose; enquanto os glicogênicos dão origem a intermediários do CK (piruvato, alfa- cetoglutarato, oxaloacetato, succinil CoA e fumarato), os quais podem formar glicose.