A classificação revisada de eucariotos

A classificação proposta por Adl et al. (2005) em nome da The Society estabeleceu a
estabilidade do nome, bem como uma síntese da estrutura geral da classificação dos
eucariotos, com base nas informações disponíveis naquele momento, e após a turbulência
introduzida pelos estudos filogenéticos moleculares nas duas décadas anteriores. No geral, o
sistema proposto era conservador o suficiente para evitar erros ou agrupamentos prematuros,
eliminando sempre que possível grupos polifiléticos conhecidos ou grupos de conveniência,
encorajando a correção de muitos dos erros em livros didáticos.

A revisão atual reflete a necessidade de ter uma classificação de eucariotos protistan que
incorpora avanços recentes forjado tanto pelo uso generalizado de escala filogenômica
análises filogenéticas e pelo aumento maciço da amostragem de táxons em filogenias
baseadas em rRNA, em parte devido a um renascimento na descoberta de novos organismos.
Com a revisão atual, nós tentei novamente encontrar um equilíbrio conservador entre
atualizando a classificação quando necessário e evitando o formal reconhecimento de
agrupamentos incertos onde uma investigação mais aprofundada seria garantido.

Um avanço notável desde 2005 é a consolidação de um classificação baseada em

relacionamento filogenético robusto. O supergrupos formalizados por Adl et al. (2005) são
principalmente retidos, embora alguns tenham sido montados em ainda mais agrupamentos
de pedidos (Tabela 1, veja abaixo). Uma exceção notável é o Chromalveolata, que foi retido
então como útil embora controverso, e com os autores notando preocupações com este
agrupamento de Cryptophyceae, Haptophyta, Stramenopiles e Alveolata. Desde então,
aumentaram as evidências de que os crromalveolatos são provavelmente polifiléticos (Baurain
et al. 2010; Parfrey et al. 2010; Stiller et al. 2009). Em vez disso, estudos filogenéticos e
filogenômicos multigênicos geralmente suportam Stramenopiles e Alveolata como
especificamente relacionados a Rhizaria (Burki et al. 2009, 2010, 2012; Hampl et al. 2009;
Parfrey et al. 2010). As duas linhagens principais restantes que foram anteriormente
designados para os cromalveolatos – Haptophyta e Cryptophyceae / cryptomonads - têm sido
mais difíceis de colocar filogeneticamente (Burki et al. 2010, 2012), e são dois exemplos de
vários em que relacionamentos estáveis e profundos ainda permanecem por estabelecer.
Análises com dados abundantes para cada táxon está sujeito a vieses sistemáticos que podem
levar a alto suporte para clados incorretos (Hedtke et al. 2006; Zwickl e Hillis 2002).
Amostragem taxonômica mais ampla é provavelmente a o fator mais importante para aliviar
esses tipos de sistematização vieses (Heath et al. 2008; Hedtke et al. 2006; Zwickl e Hillis 2002),
embora a adição de mais táxons também possa introduzir dados adicionais de sequências
perdidas (Wiens 2006). Assim, emergente relacionamentos devem ser confirmados por vários
estudos antes propor revisões à classificação. É mais razoável primeiro a propor uma hipótese
filogenética testável.

O número de grupos parafiléticos e polifiléticos é reduzido nesta revisão. Vários novos nós se
estabilizaram com suporte robusto. No entanto, nem todos os nós robustos em um árvore
filogenética precisa ser nomeada e reconhecida em um classificação. Ao contrário de uma
árvore filogenética que tenta refletir corretamente o parentesco das linhagens, uma
classificação tem um propósito utilitário de categorizar a diversidade de uma forma prática
maneiras. Assim, temos resistido nesta classificação criando classificações que não eram
necessárias. As regras sistemáticas usadas por Adl et al. (2005) foram usados novamente sem
modificações, pois ajudaram para abordar questões problemáticas com códigos de
nomenclaturas (Adl et al., 2007).

Essas questões incluíam (i) colocar um foco em agrupar gêneros sem criar fileiras supérfluas;
(ii) fornecer nomes de grupo estáveis, mesmo quando uma classificação muda ou um grupo é
movido para outra linhagem, ignorando assim a classificação terminações; (iii) enfatizando a
estabilidade do nome na classificação sistema apesar das mudanças; e (iv) separar os clados de
nomenclatura da montagem de hierarquias aninhadas - em contraste com a nomenclatura
baseada em classificação que trata essas etapas como parte da mesma processo (Adl et al.,
2007; Cantino, 2004; Kron, 1997; Pleijel e Rouse 2003). Esta abordagem fornece uma
classificação mais estável que preserva os nomes, enquanto permite que as revisões reflitam o
nosso mudança na compreensão da história evolutiva. Temos também baseava-se em ideias
emprestadas da nomenclatura filogenética, distinguindo grupos com definições baseadas em
apomorfias, nós, ramos ou combinações destes. Esses tipos de definições são mais adequados
para uma classificação baseada na filogenética árvores, e podem ser escritos como hipóteses
filogenéticas que podem ser testado.

As mudanças mais significativas introduzidas nesta revisão são do seguinte modo:

Primeiro, reconhecemos o agrupamento de Amoebozoa com Opisthokonta. Desde 2005, este

se tornou um provável clado comumente reconhecido, e atualmente é comumente referido
pelo nome informal "unikont", às vezes traduzido como o soando mais formal “Unikonta”. No
entanto, o subjacente hipótese de uma monociliada (com apenas uma ciliada basal corpo)
ancestral para este agrupamento de organismos (Cavalier-Smith, 2002) é quase certamente
incorreto (Kim et al. 2006; Roger e Simpson, 2009). Não há exigência de que nomes de táxons
refletem o estado ancestral do clado. No entanto, o nome “Unikonts” causa confusão por
causa da apomorfia hipotetizado para o caráter ancestral. Para resolver, isso nós introduzir um
novo nome formal para o provável clado. Nós temos formalizou este clado como um novo
táxon, Amorphea, com uma definição filogenética baseada em nó: