Curso de Graduação em Engenharia de Bioprocessos e

Biotecnologia

Prática de Bioquímica - Relatório I

Fase fotodependente da fotossíntese

Grupo
Estudantes:
Alex Inacio Barreto
Daniel Gené de Faria
Danili Teixeira P. de Oliveira
Guilherme Corrêa Ledo
Stefanilly Souza Leite

Docente Responsável:
Angelo José Magro

Outubro/2022
 Atividade 1

Para executar as tarefas abaixo utilize como referência a estrutura do fotossistema I

(PSI) de Synechococcus elongatus (código PDB 1jb0) e o artigo de Jordan et al. (2001)
disponíveis na plataforma Moodle. Executar esta atividade utilizando o programa PyMol
(arquivo de instalação disponível na plataforma Moodle).

1. Gerar a estrutura do PSI de Synechococcus elongatus (código PDB 1jb0) e verificar

sua distribuição na membrana do tilacóide (informação disponível no site do PDB).
Identifique as cadeias polipeptídicas que compõem o PSI e discuta a importância das
estruturas secundárias encontradas nestas subunidades.

Resposta:

Figura 1: Estrutura do PSI de Synechococcus elongatus no Pymol

 Figura 2: Distribuição na membrana do tilacóide da estrutura do PSI

Resposta: As subunidades têm função de proteção, além disso tem função de transportar
elétrons.

2. Identifique as posições das moléculas de clorofila e pigmentos acessórios presentes no

PSI de Synechococcus elongatus. Descreva a estrutura de uma das moléculas de clorofila e
dos pigmentos acessórios presentes na estrutura. O que são e qual a função das chamadas
moléculas antena?

Figura 3: Moléculas de clorofila

Resposta: É um complexo formado por clorofilas que absorvem a energia luminosa e

transfere os elétrons dessa energia para o centro de reação
 3. Identifique e descreva o par especial de clorofilas no centro de reação P700. Qual a
função deste par de moléculas para a fase dependente de luz da fotossíntese?

Resposta:

Figura 4: Na coloração vermelha se encontra o par especial de clorofilas no centro de reação

P700.

A função desse par de moléculas é transferir elétrons, onde usam energia luminosa para fazer
duas moléculas necessárias para o próximo estágio da fotossíntese: a molécula armazenadora
de energia ATP e o transportador de elétrons reduzido NADPH. Em plantas, as reações de luz
ocorrem nas membranas dos tilacóides de organelas chamadas cloroplastos.

4. Identifique e descreva a posição das clorofilas auxiliares utilizadas para o transporte de

elétrons no centro de reação P700.
Resposta:

Figura 5: Centro de reação P700, onde se localiza a posição das clorofilas auxiliares.
 A posição das clorofilas é utilizada para o transporte de elétrons. O elétron chega no
fotossistema I e se junta ao par especial de clorofila P700 no centro de reação. Quando a
energia luminosa é absorvida pelos pigmentos e passada para dentro do centro de reação, o
elétron em P700 é levado para um nível de energia muito alto e transferido para uma
molécula aceptora. O elétron pode ser perdido, e acontece uma substituição por um novo
elétron do FSII (que chega pela cadeia de transporte de elétron).

5. Identifique e descreva a posição das filoquinonas utilizadas para o transporte de

elétrons no PSI de Synechococcus elongatus. Compare a estrutura da filoquinona em relação
à estrutura das moléculas de clorofila e descreva as principais diferenças entre elas.

Figura 6: Moléculas de filoquinona

Resposta: A estrutura da filoquinona é composta por hidrogênios, carbonos, hidrogênios

e oxigênios, enquanto a clorofila além de ter esses elementos em sua composição tem
também nitrogênio e magnésio, e o magnésio com os nitrogênios se ligam formando um anel.

6. Identifique e descreva a posição dos centros ferro-enxofre utilizados para o

transporte de elétrons no PSI de Synechococcus elongatus.

Figura 7: Posição dos centros ferro-enxofre, PSI.

 Resposta: O centros ferro-enxofre tem a posição de enviar elétrons para o complexo III
para ter a formação de NADPH, isso acontece na transferência dos elétrons provenientes do
FADH2 para a o complexo III, mas de maneira diferente como os elétrons do NADH são
transportados para o complexo III.

7. Descreva o mecanismo de fotossíntese do PSI de Synechococcus elongatus,

incluindo a captação de energia luminosa e fluxo de energia e elétrons no PSI. Quais são
e de que modo são formados os produtos finais da fase dependente de luz da
fotossíntese?

Resposta: A luz atinge o complexo antena do fotossistema II e irá excitar o elétron do

complexo da antena, esse elétron excitado será encaminhado até o par de clorofila A e em
seguida será transportado pelos aceptores de elétrons do fotossistema II até chegar no
fotossistema I, nessa transferência ocorre a produção de um ATP.

A luz agora irá excitar o elétron no fotossistema I e isso irá energizá-lo, então o elétron é
transportado pelos aceptores de elétrons do fotossistema I até chegar na enzima NADP
redutase, que irá transformar um NADP+H em NADPH.

Atividade 2
 Com base nas Atividade 1, realizar as mesmas tarefas relacionadas acima para estudar o
fotossistema II (PSII) de Rhodopseudomonas viridis (código PDB 1prc), considerando as
diferenças existentes entre os dois tipos de fotossistema.

1. Gerar a estrutura do PSII de Rhodopseudomonas viridis (código PDB 1prc) e

verificar sua distribuição na membrana do tilacóide (informação disponível no
site do PDB). Identifique as cadeias polipeptídicas que compõem o PSII e discuta
a importância das estruturas secundárias encontradas nestas subunidades.

Figura 8: Distribuição na membrana do tilacóide da estrutura do PSII de Rhodopseudomonas viridis.

Figura x2: As cadeias polipeptídicas que compõem o PSII (designadas L, M e H).

 Resposta: Rhodopseudomonas viridis: Bactérias roxas que absorvem a luz solar por uma
rede de proteínas de pigmento de antena e transferem a energia de excitação de forma
eficiente para o centro de reação fotoquímica. Há três cadeias polipeptídicas altamente
hidrofóbicas, identificadas como H, L e M. Estrutura secundária: α-hélices e fitas beta.
Quando trata-se do controle da reação de transporte de elétrons, a proteína realiza uma
função essencial, suas cadeias secundárias permitem que a proteína atue como uma ponte.

2. Identifique as posições das moléculas de clorofila e pigmentos acessórios

presentes no PSII de Rhodopseudomonas viridis. Descreva a estrutura de uma
das moléculas de clorofilas e dos pigmentos acessórios presentes na estrutura. O
que são e qual a função das chamadas moléculas antena?

Figura 9: Posições das moléculas de clorofila.

Resposta: A molécula tem uma forma cilíndrica as subunidades homólogas L (rosa) e M

(verde) (figura x2) estão dispostas simetricamente e envolvem as moléculas de clorofila e
feofitina. A subunidade H é fixada como uma tampa na parte inferior do cilindro. Composta
por quatro bacterioclorofilas, duas bacteriofeofitinas, duas ubiquinonas. Há um par de
moléculas de clorofila, localizada onde ocorre o processo redox primário da fotossíntese. Os
cromóforos estão dispostos sob o par de clorofila em dois ramos quase idênticos, e o bloco
LH se liga a três pigmentos. A estrutura básica dos fotossistemas é formada por proteínas e
pelo complexo antena, local onde se encontram os pigmentos. A maioria das bactérias
normalmente contém dois tipos de complexos de antenas, o complexo de coleta de Luz que
está intimamente associado a reação fotoquímica, e o complexo de coleta de luz mais
periférico.

3. Identifique e descreva o par especial de clorofilas no centro de reação P680. Qual a

função deste par de moléculas para a fase dependente de luz da fotossíntese?

Figura 10: Par especial de clorofilas no centro de reação P68.

Resposta:
Impulsiona a reação no sentido que é termodinamicamente desfavorável, pela utilização da
energia livre da luz. O centro de reação P680 é formado por um par especial de clorofilas,
pois os dois anéis tetrapirrólicos estão tão próximos que seus orbitais se sobrepõem no estado
excitado. Um elétron é transferido do P680 para a feofitina, em seguida vai da feofitina
reduzida para uma plastoquinona permanente ligada no local QA e é doada à plastoquinona
QB para gerar Q-.
.

4. Identifique e descreva a posição das clorofilas auxiliares utilizadas para o transporte

de elétrons no centro de reação P680.
 Figura 11: Clorofilas auxiliares.

Resposta:
Enquanto o par especial de clorofila é ligada por ambas as subunidades L e M, umas das
clorofilas auxiliares está associada juntamente com a feofitina à subunidade L, e a outra
clorofila está associada à subunidade M.

5. Identifique e descreva a posição das menaquinonas utilizadas para o transporte de

elétrons no PSII de Rhodopseudomonas viridis. Compare a estrutura da menaquinona em
relação à estrutura das moléculas de clorofila e descreva as principais diferenças entre elas.
 Figura 12: representação da menaquinona

Resposta: A clorofila apresenta um centro de magnésio e apresenta mais grupos metil e

etil quando comparada com a estrutura da menaquinona.

6. Identifique e descreva a posição dos centros feofitina-quinona utilizados para o

transporte de elétrons no PSII de Rhodopseudomonas viridis.

Resposta:

Figura 13: representação do centro de reação feofitina-quinona

 7. Descreva o mecanismo de fotossíntese do PSII de Rhodopseudomonas viridis,
incluindo a captação de energia luminosa e fluxo de energia e elétrons no PSII. Quais são e
de que modo são formados os produtos finais da fase dependente de luz da fotossíntese?

Resposta: Os excitons chegam nas moléculas antenas e vão para o centro reacional, onde
há liberação de elétrons. A feofitina absorve esses elétrons e os mandam para a quinona, que
leva eles para o complexo de citocromo BC, formando assim um gradiente de prótons nas
vesículas do tilacóide, e seguem para o citocromo C2.

Ciclo de Calvin: biossíntese de carboidratos

Atividade 1

Para executar as tarefas abaixo utilize como referência as estruturas da rubisco de

Spinacia oleracea (código PDB 1rcx e 8ruc) e de Rhodospirillum rubrum (código PDB 9rub)
disponíveis na plataforma Moodle. Executar esta atividade utilizando o programa PyMol
(arquivo de instalação disponível na plataforma Moodle).

1. Analisar a estrutura da rubisco de Spinacia oleracea (código PDB 1rcx) e identificar

as cadeias polipeptídicas presentes. Discuta o empacotamento da estrutura proteica e a
importância deste arranjo para a assimilação de CO2 pelas plantas.

Resposta:
Figura 14: Proteína da rubisco Spinacia oleracea (código PDB 1rcx) com coloração diferente para
cada conformação proteica.

Temos a Rubisco como uma proteìna quaternária apresentando 4 grupos protéicos com
α-hélices e β-folhas. Na rubisco observamos os quatro grupos principais onde ocorre a reação
de fixação do CO2, que tem um grupo CO2 ligado por um Nitrogênio à Carbamoil-Lys 201
que auxilia na estabilização do magnésio, fundamental para a assimilação do CO2 à cadeia da
ribulose-1,5-bifosfato.

Figura 15: 8 ribuloses-1,5-bifosfato presentes na Rubisco Spinacia oleracea (código PDB 1rcx) .
 2. Separar as cadeias polipeptídicas A da rubisco de Rhodospirillum rubrum (código
PDB 9rub) e B da rubisco de Spinacia oleracea (código PDB 1rcx) utilizando o programa
PyMol. Alinhar as duas cadeias utilizando o programa PyMol e discutir a respeito da
conservação estrutural das cadeias em questão e sua implicação no mecanismo de
funcionamento das moléculas de rubisco em geral.

Resposta:
Temos na Figura x a cadeia polipeptídica A da rubisco de Rhodospirillum rubrum
(código PDB 9rub) e na Figura x a cadeia polipeptídica B da rubisco de Spinacia oleracea
(código PDB 1rcx) retiradas utilizando a plataforma PyMol. A conservação estrutural das
cadeias é fundamental para o funcionamento da molécula Rubisco devido à manutenção da
configuração proteica ou formato da proteína que altera as reações, no caso, da fixação do
CO2.

Figura 16: cadeia polipeptídica A da rubisco de Rhodospirillum rubrum (código PDB 9rub).
 Figura 17: cadeia polipeptídica B da rubisco de Spinacia oleracea (código PDB 1rcx).

Figura 18: Cadeia polipeptídica A da rubisco de Rhodospirillum rubrum (código PDB 9rub) e a cadeia
polipeptídica B da rubisco de Spinacia oleracea (código PDB 1rcx) alinhadas utilizando a plataforma
PyMol.

3. Identificar e descrever um dos sítios catalíticos da rubisco de Spinacia oleracea

(código PDB 8ruc) (utilizar a cadeia polipeptídica A, por exemplo). Discutir a respeito da
estrutura geral do sítio catalítico, incluindo informações relevantes a respeito do íon Mg+2,
do substrato ribulose 1,5-bifosfato e dos resíduos de aminoácidos 201, 203, 204 e 294.

Resposta:
Figura 19: rubisco de Spinacia oleracea (código PDB 8ruc) com os 4 sítios catalíticos evidentes
apresentados pelas esferas verdes como os magnésios e a molécula em estilo Sticks representa a
ribuloses-1,5-bifosfato.

Figura 20: Sítio catalítico da Rubisco apresentando o nome de alguns grupos importantes
Fonte:https://www.fcav.unesp.br/Home/departamentos/tecnologia/luciamariacararetoalves/aula-9---ass
imilacao_de_carbono-e-fotorespiracao-2018.pdf

Temos a importância dos aminoácidos citados na estabilização do Mg+2 que auxilia a

associação do CO2 gasoso à cadeia da Ribulose-1,5-bifosfato. Um fator extremamente
importante no sítio catalítico é no aminoácido 201 onde existe uma ligação entre um
Nitrogênio e um CO2 que não é o que será associado à Ribulose-1,5-bifosfato mas que
servirá de estabilizador para o magnésio, que é essencial para a fixação do carbono
atmosférico.