Virologia

► Estratégia vírus DNA

Uma vez que o DNA esteja disponível dentro da célula (tenha conseguido passar pelo processo
de entrada) ele, em geral, vai se localizar no núcleo, mesmo que seja um genoma linear, ele será
circularizado dentro do núcleo. Então, suas duplas extremidades costumam a ter elementos
complementares repetitivos, que auxiliam nessa circularização. Então, o DNA quando entram no
núcleo das células eles assumem de uma forma episomal, eles ficam na proximidade dos
cromossomas celulares, eles vão estar associados as estonas, formando até estruturas
nucleossomas mas eles NUNCA vão estar integrados durante um ciclo de replicação ativo, ao
genoma da célula, então, não existe essa etapa necessária.

Então, uma vez circularizados, eles estão aptos para serem reconhecidos, e ai eles vão ter que
promotores dos seus genes que vão ser reconhecidos pela RNA polimerase celular (RNA
polimerase II) ai, irá começar a fase transcricional que é de síntese de RNAs mensageiros, que
então, serão transportados para o citoplasma, para a síntese proteica. Essas proteínas, então,
retornam ao núcleo e ao retornar ao núcleo, elas vão estar envolvidas com uma série de
eventos, incluindo os inícios dos eventos de replicação do genoma (síntese de cópias do
genoma).

Uma vez que esse DNA tenha sido replicado, vai ter uma nova fase transcricional, na qual outros
promotores vão ser acessados pela RNA polimerase II celular, e esses promotores são promotores
dos genes que estão relacionados as proteínas estruturais. Então, vai haver síntese das proteínas
estruturais (proteínas do capsídeo, proteínas do envolope, no caso dos vírus envelopados), e as
proteínas do capsídeo retornam ao núcleo para que hajam a montagem de novos vírus que vão
sair dessas células.

Então, em geral, dizemos que a replicação dos vírus de DNA, ocorre em um processo de
cascata. Esses vírus tem vários promotores na frente de seus genes e esses promotores serão
utilizados em etapas distintas do ciclo replicativo.
Vai ter um primeiro conjunto de proteínas iniciais sendo sintetizadas, essas proteínas iniciais (que
são genes codificados pelos vírus que dão origem a essas proteínas) são proteínas que estão
envolvidas com uma série de modificações na célula hospedeira, incluindo modificações que
desligam a resposta da célula, a presença do vírus e, as primeiras proteínas responsáveis pela
replicação do DNA.

Posteriormente a etapa replicativa, quando já começa a ter várias copias do genoma ali, (áudio
bugou?) e também a presença de outros fatores proteicos virais, que funcionam como fatores
transcricionais para esses promotores tardios. Esses promotores são promotores dos genes de
proteínas estruturais, das proteínas que precisam estar ali para montar os novos vírus.

Uma vez montados, esses vírus podem sair da células pelo processo que cada um vai ter de
saída da célula hospedeira.

Na foto, tem-se a demonstração de replicação de um vírus de DNA dupla fita, de genoma

pequeno, que acontece de uma forma bem geral da maneira mostrada.

Lembrando que se esse vírus fosse simples fita, antes do início da fase transcricional, teria que ter
a síntese da segunda fita de DNA, para que então tivesse a etapa transcricional.

► Herpesvírus: Expressão gênica em cascata

Esses vírus são envelopados, DNA dupla fita,

linear que quando entram, são
direcionados pro núcleo, são circularizados.
Só que a matriz proteica que está entre o
capsídeo e a membrana envelope, é uma
matriz amorfa que contém proteínas virais,
que não são só proteínas que estão ali para
dar estrutura a partícula viral. Na verdade,
são fatores transcricionais, como por
exemplo, a VP16, porque é essa proteína
viral junto com a RNA polimerase II da
célula, que vai ativar os primeiros
promotores dos genes iniciais que iriam usar os a-RNAs.

Então, essas proteínas são sintetizadas, retornam ao núcleo, e qual vai ser a função delas? Uma
série de funções, incluindo, desligamento de resposta da célula na presença do vírus, e também
vão funcionar como fatores transcricionais para síntese do 2º conjunto gênico, que é chamado
de genes-β.

Então, num primeiro momento são os genes alfa, que são transcritos pela RNA polimerase II mas
com o auxílio desse fator transcricional que veio junto com o vírus. Esse RNA vão gerar as
proteínas alfa, que retornam ao núcleo e que serão responsáveis pela síntese das proteínas-β.

E quem são as proteínas-β? São proteínas envolvidas na replicação do genoma viral e também,
já são proteínas para a montagem de novos capsídeos. Então, essas proteínas retornam ao
núcleo, estão envolvidas com a síntese do RNA viral, então são uma série de enzimas. Esses vírus,
no caso, possuem sua própria DNA polímerase, então, são as DNA polimerases, timidinas quinases
e tantas outras proteínas necessárias no complexo replicativo desses vírus, além das proteínas
que já vão montar os capsídeos. E, além disso, fatores transcricionais, para as sínteses dos genes
γ, que só vão ser sintetizados após a etapa de replicação do genoma.

Para que servem os genes γ? São justamente dessas proteínas que vão fazer parte da partícula
viral. Então, novos capsídeos são montados, contendo o DNA recém sintetizado do vírus, e eles
então saem do núcleo e vão sair da célula por um processo específico. Nesse processo, eles vão
adquirir o envelope final.

Esse seria o modelo mais complexo de replicação de DNA, mas que mostra que os vírus de DNA
utilizam RNA polimerase II da célula pra sua para transcrição do seu genoma. Existem promotores
diferentes ao longo desse genoma que controlam diferencialmente a expressão dos genes em
fases distintas do ciclo (na fase inicial, na fase intermediária, na fase tardia) e essa expressão
acontece em cascata. Então, você tem a expressão de um primeiro conjunto gênico, conforme
essas proteínas retornam ao núcleo, elas também são fatores transcricionais, elas desligam a
síntese dos genes anteriores e ligam a síntese do próximo. E assim por diante.

No final, tem-se uma última etapa transcricional que é posterior a replicação do genoma que é
importante para a síntese das proteínas que irão compor o vírus ou irão estar dentro da partícula
viral e que terão um papel importante na primeira etapa na infecção da próxima célula.

Lembrando então, que para a transcrição, eles usam RNA polimerase II da célula com exceção
do poxvírus que replica no citoplasma, então ele codifica sua própria RNA polimerase. Alguns
vírus menores e menos complexos vão utilizar toda a maquinaria de síntese de DNA da célula.
Todas as enzimas envolvidas com a síntese de DNA são proteínas da célula que interage com
poucas proteínas virais e estão envolvidas ali na replicação desses genomas pequenos,
enquanto que pros herpesvírus, que são vírus de genoma grande e que codificam uma série de
genes (muito mais do que os vírus de DNA de genoma pequeno) são mais independentes nesse
sentido da maquinaria de síntese de DNA da célula porque eles codificam enzimas próprias, DNA
polimerases, timidinas quinases e ai eles tem um controle maior nos processos de replicação.

► Estratégia vírus RNA

• Vírus dupla fita de DNA

Essa é uma representação esquemática do

rotavírus, que é um vírus associado a quadros
graves de diarreia, principalmente em
crianças.

Esses vírus tem como genoma, uma dupla fita

de DNA e são 12 segmentos genômicos, então
ele codifica 12 genes (por isso 12 segmentos).

São vírus não envelopados, mas eles tem um capsídeo formado por 3 camadas proteicas:

▪ A primeira camada é essa verde, que é a que está mais em contato com os segmentos
genômicos.

▪ A segunda cama que envolve essa primeira é essa camada azul.

▪ A terceira é a camada amarela, na qual estão inseridas essas spikes, ou seja, essas projeções
de glicoproteína (em vermelho) que são as proteínas responsáveis pela interação com os
receptores na superfície da célula hospedeira.

Essas 3 camadas levam ao alto nível de compactação desse genoma e desse capsídeo, e
tornam esse vírus altamente resistentes às condições ambientais e ao pH ácido do TGI e, por isso,
esses vírus conseguem ao entrar através da mucosa oral irem replicar no seu sítio de replicação
lá nos intestinos, nos enterócitos.

Cada uma dessas camadas é composta por subunidades de cada uma dessas proteínas virais e
aqui dentro, associado a cada segmento genômico, estão as duas proteinas que são os
complexos RNA polimerase desse vírus.
Esse genoma dupla fita de RNA, ele é pra célula, um estimulador muito eficiente de uma
resposta antiviral. O próprio genoma do vírus já é um PAMP.

Como que eles fazem para transpassarem essa resposta celular?

Quando eles entram na célula, eles perdem a primeira camada proteica do capsídeo. Então,
essas projeções proteicas (spikes) interagem com o receptor, e para que a entrada aconteça,
essa primeira camada proteica é perdida durante a entrada do vírus na célula. Então, quando o
vírus sai de dentro do endossoma, ele já sai sem essa camada mais externa.

O tempo todo esse genoma que entrou vai ficar dentro desse capsídeo dupla camada. Isso
significa, então, que a célula terá uma grande dificuldade de perceber que existem essas duplas
fitas de RNA que entraram ali na célula, porque o tempo todo vai estar protegido pelo seu
capsídeo dupla camada.

A perda dessa camada mais externa também já é o estímulo pra RNA polimerase do vírus
começar a fase transcricional. Então, nesse momento que a dupla camada viral está presente
no citoplasma, a RNA polimerase utiliza o RNA negativo da dupla fita de RNA para fazer os RNAs
mensageiros virais de todos os genes de cada um dos segmentos. Esses RNAs serão traduzidos
gerando as proteínas virais.

Essas proteínas então vão se organizar num local do citoplasma que vai ter uma intensa síntese,
tanto de RNA, quanto de proteínas e vai aglomerar todos os constituintes que estão sendo
produzidos ali naquele momento. Esse local é chamado de fábrica viral, modifica a célula a
apresenta um local altamente denso quando olha-se por microscopia eletrônica e ali então é
uma fábrica de produção de componentes virais e montagens de vírus.

Então, quando você já tem uma grande quantidade dessas proteínas (RNA polimerase que foi
recém sintetizada e as proteínas do capsídeo) sendo sintetizadas, o que acontece é que essas
proteínas se reorganizam ao redor desses segmentos de RNA positivo, que são os RNAs
mensageiros que estão sendo produzidos a partir desse capsídeo que entrou na célula.

E aí, formam-se vários novos capsídeos contendo ali, o complexo da RNA polimerase e o RNA
positivo. Nesse momento, a RNA polimerase fará a fita negativa, reconstituindo, assim, o genoma
e nesse processo, então, ele ganhará a segunda camada e a terceira camada no seu processo
de automontagem e saída da célula.
Mostrando que mesmo sendo uma dupla fita de RNA, existem mecanismos que o vírus utiliza pra
ele conseguir driblar o sistema de sensing (?) da célula desse padrão molecular.

Quando o vírus entra na célula, o genoma não é de desnunado, ele fica dentro o tempo todo
desse capsídeo dupla camada proteica. E quando tem que fazer novos vírus, o RNA positivo que
é capturado pra dentro desses novos capsídeos e ai, a RNA polimerase, a partir dele como um
molde faz a fita negativa fazendo a dupla fita de RNA e esses vírus podem sair da célula.

• Vírus RNA de polaridade positiva – tradução imediata

Esses já são o próprio RNA mensageiro.

Nesse caso, o que acontece é uma tradução imediata a

partir do momento que o RNA viral sai de dentro da estrutura
do capsídeo.

Nesse esquema mostra-se o que ocorre com o vírus da

dengue, que é um flavivírus, então estes são vírus de RNA de
polaridade positiva. Pode-se ver que esse genoma está em
uma estrutura secundária (todo genoma RNA fica em
estruturas secundárias) e sempre associado a proteína viral,
nesse caso, a proteína do capsídeo.

Então, esse vírus entrou na célula, que ainda é dentro do

capsídeo, esse capsídeo começa a se desestruturar conforme
esse vírus sai de dentro do endossoma (que é o caminho que ele teve para entrar ali dentro da
célula) e aí ele fica ainda associado com algumas proteínas do capsídeo mas já sem aquela
estrutura da partícula viral.

Como é o RNA mensageiro e aqui já tem uma modificação 5’ cap (?), o que vai acontecer é
que os ribossomas vão reconhecer esse RNA e já vão começar o processo de tradução, fazendo
a síntese da nova proteína viral.

Lembra que foi falado que ele se localiza num local específico? Nesse caso, esse RNA veio ser
traduzido na proximidade do retículo endoplasmático.

→ Expressão de poliproteína – Processamento

Esse genoma desses vírus de RNA de

polaridade positiva, em geral, ele só
tem um local de iniciação de síntese
proteica e entre cada um dos seus
genes distintos que vão gerar proteínas
distintas, não tem códon de parada.
Faz-se uma única proteína até o final e
você só vai encontrar um códon de
parada no final do último gene.

Por que que faz isso? Todas as

proteínas juntas numa só
(poliproteína).

Porque imagine se para cada proteína

fosse ter uma região não traduzida
para reconhecimento do ribossomo no 5’ e no 3’, a gente ia adicionar um tamanho muito
grande desse genoma. Então, essa estratégia é uma estratégia que permite uma compactação
muito grande de informação, porque você tem 10 proteínas distintas num genoma de 10.000
bases, também uma economia enorme de espaço.

Mas ai vai fazer uma proteína única, porque ele tem uma região não traduzida aqui no 5’ e uma
região não traduzida no 3’ e só tem um start códon de cada lado. Mas ai como ele vai ter essas
proteínas isoladamente, ele não precisa delas isoladamente?

Ai que vem a ‘’beleza do processo’’. Existe embebida dentro dessa poliproteína, uma proteína
que tem atividade de protease. Então, essa proteína NS3 vai ter a capacidade de se autoclivar
da poliproteína, como está sendo indicado nas setinhas da imagem, e quando ela se cliva dessa
poliproteína, ela cliva entre outros locais. Só que no caso desses vírus, especificamente flavivírus,
eles ainda contam com o auxílio de outras proteases celulares para terminar o processamento
dessa poliproteína.

E por que o retículo endoplasmático?

Por que aqui tem-se a membrana do retículo endoplasmático, a parte externa e a parte interna
do RE. O capsídeo começa a ser sintetizado, o RNA está sendo traduzido em associação com a
parte externa da membrana do retículo endoplasmático. Esse primeira proteína que está sendo
sintetizada é a proteína do capsídeo e aí tem um peptídeo sinal que faz com que essa proteína
se transloque pra dentro do RE. Aí, a gente terá a proteína de matriz, a proteína do envelope,
essa proteína chamada NS, que é não estrutural do tipo I (não faz parte da estrutura do vírus,
mas ela é importante no processo de replicação), a proteína não estrutural 2, onde ela já
começa a transpor várias vezes a membrana do RE. E a proteína não estrutural 3, tem duas
transposições, ai ela fica pro lado externo do RE. E todas essas demais proteínas ficam na
membrana ou para o lado externo.

Então, a NS3 vai clivar todas essas proteínas que estão na parte externa do RE (na membrana do
RE). Ela dá conta desse processamento. Lá dentro, quem vai fazer esse processamento, então, já
que a NS3 não entra no RE (fica do lado de fora), são proteases da própria célula. Essas proteínas
vão seguir a vida secretória porque elas vão estar no envelope vira, na superfície, elas serão
glicosiladas. E na parte citoplasmática, você tem, então, a NS5 que é a RNA polimerase.

Então, uma vez que esse RNA começa a ser traduzido e começa a síntese proteica, o que a
gente vai ter, é a produção de todas as proteínas virais ao mesmo tempo, incluindo a RNA
polimerase viral. Aí, acontecerá a fase replicativa, você terá a replicação do genoma viral,
porque você passa a ter presente ali a RNA polimerase, RNA dependente do vírus.

E como ta tudo acontecendo

ali no RE, a síntese do RNA viral
vai acontecer também
associada ao RE.

Por que?

Antes de falar sobre isso, temos

que dizer que nada verdade, o
RNA viral nesse formato que ele
entrou e se associou ao RE na
parte externa e começou a ser
traduzido, ele está sendo
reconhecido pelos ribossomos e
está sendo traduzido.

Conforme a RNA polimerase começa a aparecer, aumentar em quantidade, ela vai se associar
a região 5’ do RNA viral, aquele mesmo RNA que entrou e vai mudar a conformação desse RNA.
Ela vai promover o que chamamos de circularização da RNA. E quando isso acontece, esse RNA
passa a não ser mais reconhecido pelos ribossomos e agora ele é todinho da RNA polimerase
para que ela possa então, fazer novas cópias de RNA.

Só que essa novas cópias de

RNA, quando elas são feitas
como a síntese do ácido
nucleico é semiconservativa, o
RNA positivo vai servir como
molde pra fazer o RNA negativo.
Este último vai ser sevir como
molde para fazer novos RNAs
posivitos, que é o que a gente
precisa para montar novos vírus.

Mas sempre terá que existir esse

intermediário de replicação.
Porque não dá pra fazer RNA
positivo de RNA positivo, direto
RNA positivo (não entendi nada). Você sempre faz o complementar reverso e, quando está
acontecendo a síntese, o intermediário replicativo é uma dupla fita de RNA. E essa dupla fita de
RNA tem que estar escondida da percepção da célula.

Por isso, que ali há uma modificação extensa da membrana externa do RE, formando essas
invaginações, que serve como uma plataforma ideal para que essa síntese aconteça da melhor
maneira possível. Segunda é uma maneira de esconder esse intermediário replicativo, que é
uma dupla fita de RNA, do reconhecimento dos sensores celulares. E aí, conforme o RNA vai
ficando pronto, ele vai saindo e vai encontrando com as proteínas que estão sendo sintetizadas
também no RE pra montar novos vírus.

→ 1ª RNA negativo: 10 RNAs positivos

Como você precisa muito mais de RNA

positivo do que negativo, a primeira síntese,
que é (áudio bugou) a partir do positivo, é
uma síntese mais demorada, que requer mais
energia e é menos ótima.

Mas tão logo esse RNA negativo fique pronto,

a síntese dos RNAs positivos a partir dele é um
processo muito mais otimizado.

Isso favorece que você tenha a cada 1 RNA negativo feito, 10 RNAs positivos serão feitos a partir
dele. Então, você tem um excesso de pelo menos 10x mais de RNA positivo do que de negativo.
O que significa que você vai favorecer a montagem de vírus contendo RNA positivo.

Esses RNAs positivos que estão sendo sintetizados, nessa fase de replicação do genoma, pela
RNA polimerase do vírus que foi feita lá no início, esses RNAs, então, podem voltar a ser
traduzidos, gerando mais proteínas virais, então aumentando a quantidade de proteínas virais e
levando a formação de novos vírus.
• Vírus RNA de polaridade negativa

Esses vírus possuem uma estrutura de

genoma parecida com essa. Então,
estamos representando ao contrário,
colocando 3’ pra esquerda e 5’ pra
direita, não é essa notação que a gente
costuma a usar, mas só pra facilitar.

▪ Essa região que não é codificante, é

chamada de Leber, e é aqui que tem o
promotor do primeiro gene, que é esse
gene N, então, esses vírus geralmente
possuem esses genes N (nucleoproteína)
que é a proteína que envolve todo o
ácido nucleico viral, em íntima
associação com ele.

▪ P é uma fosfoproteína que faz parte do complexo da RNA polimerase.

▪ M é uma proteína de matriz, que da estrutura a partícula viral.

▪ G é a glicoproteína embebida na membrana (spikes em vermelho).

▪ L é a RNA polimerase dependente de RNA.

Então, quando esses vírus

entram na célula e o genoma
fica disponível, a primeira
etapa que vai acontecer é a
etapa transcricional, a síntese
dos RNAs mensageiros.

Quem vai fazer isso?

RNA polimerase que veio junto

com o vírus.

Cada gene terá o seu RNA

mensageiro, porque o gene N,
o promotor dele está no Leber.
Mas entre o final de N e o
início de P tem uma região terminadora de N, de transcrição e uma região iniciadora de P.

Então, teremos terminadora e iniciadora em cada gene. No final terá um terminador, que é um
terminador de L.

Para cada um desses genes há uma região promotora. Então, a RNA polimerase começa a
transcrição e para no final de N. Recomeça no início de P e para no final de P. Assim por diante.

Então, o que teremos são conjuntos distintos de RNA mensageiro para cada uma das proteínas. E
aí, confirme novas RNAs polimerases são formadas, aí sim forma-se um complexo replicativo, que
vai usar esse mesmo genoma que entrou (genoma negativo) e ao invés de fazer várias fitas de
RNA mensageiro, ela vai fazer uma única fita positiva de RNA, que é tamanho de todo o genoma
negativo. E essa nova fita de RNA positivo completa, será molde para fazer várias novas fitas de
genoma RNA negativo, que é o que tem que ser empacotado. E aí, já tendo as proteínas
estruturais, molda-se novos vírus e eles saem da célula pelo processo de saída deles (pro
brotamento, adquirindo membrana, adquirindo glicoproteínas associadas, etc). De novo, nessa
caso, também forma-se um intermediário RNA positivo RNA negativo.

Mas do mesmo jeito que foi mostrado que os vírus RNA positivos fazem, se associam a uma
membrana para esconder esse intermediário replicativo, aqui também eles precisam fazer isso?
Não existe nenhuma prova que eles tenham que estar associados a membrana mas esses vírus
fazem aquelas fábricas virais. E como tem uma associação muito grande da nucleoproteína que
agora está em grande quantidade na célula com esse genoma recém sintetizado, seja ele
negativo ou positivo, a N também serve como uma proteína que disfarça a presenta do
intermediário replicativo.

Não esquecer que nesse caso também terá a formação do intermediário replicativo que é a
dupla fita de RNA e, nesse caso, pra uma molécula de RNA positivo feita, várias novas moléculas
de RNA negativos serão feitas porque o genoma precisa ser empacotado.

A replicação do vírus influenza, que

também é um RNA negativo porém
segmentado, ela acontece muito similar
ao modelo mostrado.

Só que temos que lembrar que esses

segmentos gênicos, uma vez que o vírus
entra na célula e acontece o
desnudamento, eles são encaminhados
todos para dentro do núcleo.

E é no núcleo que primeiro eles vão ser

utilizados pela RNA polimerase do vírus
para fazer RNA mensageiro, que vai ser
traduzido no citoplasma. Essas proteínas
retornam ao núcleo, e ai começa a
replicação do genoma.

Então, ao invés de fazer RNA mensageiro, vai-

se fazer um RNA positivo completo que será
copia para fazer novas cópias de RNA
negativo.

O processo de montagem desses segmentos gênicos de associados a proteína N e a RNA

polimerase, acontece dentro do núcleo e ai eles são encaminhados para o citoplasma pra
completar o processo de montagem no citoplasma.

→ Exceção: retrovírus

São RNA positivos, só que eles não terão o mesmo tipo de replicação que o vírus RNA positivo.

Por que?

Apesar de serem RNA positivo, e estar na partícula viral essa estrutura do genoma (imagem
abaixo), quando esse genoma entra na célula, o que vai acontecer é que a DNA polimerase
(transcriptase reversa) que está junto com o vírus lá dentro da partícula viral, ela vai utilizar esse
RNA como molde, para fazer um genoma dupla fita de DNA.

Veja que o RNA tem o cap no 5’, e o poliA no 3’ e essa região repetida aqui. Só que essa região
(u5) é única no 5’, e essa região (u3) é única no 3’.
O que acontece durante o processo de síntese de dupla fita é que RNA polimerase consegue
duplicar as extremidades. Então, ele ganha a região u3 no 5’ e a região u5 no 3’. Aí, essa dupla
fita de DNA pronta, é ela que será utilizada no evento transcricional, para fazer RNAs
mensageiros, para fazer as proteínas virais e montar novos vírus.

Só que esse evento transcricional só vai acontecer se houver a integração desse genoma dupla
fita de DNA recém formado, ao genoma da célula hospedeira.

E quem faz isso?

Uma enzima viral. Então, dentro dos capsídeos desses vírus, quando eles entram na célula, eles
necessariamente trazem a transcriptase reversa, porque isso tem que acontecer antes de tudo,
ou seja, a síntese da dupla fita de DNA, mas ainda não está pronto para fazer novos vírus.

O que tem que acontecer, é que essa dupla fita de DNA entra no núcleo da célula e a integrase
que também vem junto lá no capsídeo vai integrar esse genoma ao genoma da célula
hospedeira. Aí sim agora, essa é a região promotora do vírus conhecido pela RNA polimerase 2,
pode-se fazer o RNA mensageiro.

A RNA polimerase 2 vai sempre fazer um único tipo de RNA mensageiro, que é o RNA mensageiro
completo.

Se a gente olhar a estrutura genômica

desse vírus, a gente tem vários genes
codificados. O único que pode de fato
ser traduzido, a partir desse RNA
mensageiro completo, são essas 2
poliproteinas:

▪ GAG: que contém proteínas de matriz,

uma proteína de capsídeo, uma proteína
de nucleocapsídeo que fica intimamente
associada ao RNA viral.

▪ POL: protease que vai fazer a clivagem,

o processamento dessa poliproteina,
igual nos vírus de RNA de polaridade
positiva, a transcriptase reversa e a integrase.

Se esse for o único RNA mensageiro que for feito e transportado para fora do núcleo, a gente só
teria a produção de capsídeos e proteinas virais. Só que esses vírus são envelopados, eles
precisam ter a síntese de proteínas do envelope. E de todas essas outras proteínas que estão
aqui sobrepostas, que precisam também ser expressas para o ciclo replicativo ser bem sucedido.

Na verdade, o que vai acontecer são eventos

múltiplos de processamento desse RNA que foi
sintetizado para que a gente tenha todos os
RNAs mensageiros para a síntese de todas as
proteínas.

Como isso acontece dentro da célula?

Esses vírus entram por fusão direta lá na

membrana da célula e o capsídeo não é
completamente desfeito, porque a transcrição
reversa está acontecendo aqui dentro. Então,
aqui estão representadas 2 fitas de RNA (esses são os únicos vírus na natureza que possuem 2
cópias do seu genoma, são duas fitas de RNA simples). Ele vai usar essas duas cópias do
genoma, vai usar uma ou outra, uma ou outra, pra fazer uma única dupla fita de DNA, que vai
ser transportada para dentro do núcleo, vai ser integrada e esse processo de integração leva ao
processo que permite a transcrição formando os RNAs mensageiros, pra síntese de todas as
proteínas virais, e ai teremos a formação dos novos vírus.

→ Exceção: hepatite B (vírus dupla fita de DNA mas que replicam o seu genoma por um
intermediário por RNA)

Eles são vírus dupla fita de DNA

incompleto, então, eles entram
na célula com a fita negativa
toda pronta e a positiva quase
toda pronta e são direcionadas
ao núcleo.

No núcleo, as próprias enzimas

de reparo de DNA celular
terminam a síntese dessa fita que
ficou faltando e elas deixam esse
RNA altamente compactado.
Dessa forma, o processo de
transcrição começa a acontecer
pela RNA polimerase 2 da célula.

Aí, irá produzir diferentes tipos de

RNA, que são vários promotores
ao longo desse genoma.

Dentre esses diferentes tipos de RNA, tem um RNA que é o tamanho completo do genoma. Este
RNA será traduzido, formando a transcriptase reversa. Então, ele é o molde para a síntese da
transcriptase reversa.

Tão logo a transcriptase reversa fique pronta, ela já e associa a esse RNA e ela é empacotada,
pra dentro desses capsídeos que estão sendo formados ali no citoplasma. É dentro do capsídeo
que a transcriptase reversa (DNA polimerase) utiliza esse RNA como molde pra fazer a primeira
fita (a fita complementar de DNA) e, a partir dessa fita, a segunda fita para formar a dupla fita.
Só que conforme ela vai se aproximando do local de brotamento desses vírus, ela não terminou
a segunda fita (complementar). Dessa forma, esse processo fica inacabado e esse vírus sai
parcialmente dupla fita de DNA da célula pra todo esse processo acontecer.

Então, o que acontece para os retrovírus no início do ciclo, a primeira etapa pós entrada é a
transcrição reversa e ai vai produzir o genoma a partir da transcrição do DNA viral e o RNA que
será o genoma do vírus, no vírus da hepatite o processo acontece no final. Então, ele entra
como DNA, acontece a transcrição, e o RNA completo que vai ser molde para fazer um novo
genoma de DNA pela transcriptase reversa codificada pelo vírus.
 REPLICASES E POLIMERASES NECESSÁRIAS DURANTE O CICLO DE REPLICAÇÃO VIRAL

TRANSCRIÇÃO

- RNA POLIMERASES DEPENDENTES DE RNA – VIRAL;

- RNA POLIMERASE DEPENDENTE DE DNA – CELULAR OU VIRAL.

REPLICAÇÃO

- RNA POLIMERASES DEPENDENTES DE RNA – VIRAL;

- DNA POLIMERASE DEPENDENTE DE DNA – CELULAR OU VIRAL;

- DNA POLIMERASE DEPENDENTE DE RNA E DE DNA – VIRAL.

- Integrase!!! (No caso dos retrovírus)

O processo de replicação dos genomas

virais, assim com o processo de replicação
de qualquer ácido nucleio é inerente a erros,
que é chamado de error-prone.

Os erros acontecem mais ou menos

dependendo dos tipos de polimerases que
for replicar o genoma.

Então, em geral, as RNAs polimerases erram

mais do que as DNA polimerases.

Nesse caso, então, espera-se uma

diversidade muito maior no mundo do RNA,
do que no mundo do DNA.

Então aqui, tem-se as RNAs polimerases (RNAs dependentes) com uma taxa de mutação que vai
de 10-4 a 10-5. Isso quer dizer que a cada 10.000 nucleotídeos sintetizados, ela erra uma vez.

Se a gente considerar que a maior parte dos genomas de RNA estão na faixa de 1.000 a 10.000
bases, tem-se de 1 a 01 erros por ciclo replicativo.

Então, dependendo da quantidade de ciclos replicativos que acontecer numa infecção em um

hospedeiro, vocês podem imaginar a quantidade de mutações que pode acontecer por ali.
Mas nem todas são selecionadas, mas demonstram essa maior diversidade dos vírus RNA,
justamente inerente ao seu processo de replicação.
As DNAs polimerases dos vírus dupla fita de DNA que são aqueles que tem sua DNA polimerase
ou os que usam a da célula, então, erram pelo menos 1.000 vezes menos do que as dos vírus
RNA. Isso explica a diferença que a gente vê de diversidade entre esses vírus.

Não é por ser RNA que é uma limitação de tamanho dos vírus RNA. Então, se a gente for olhar
todos os vírus RNA, a gente vai ver que só com uma exceção, eles não passam de 16.000 bases
totais de composição do seu genoma. Porque se eles fossem muito maiores do que isso, eles já
entrariam numa faixa de acúmulo de erro por causa dessa taxa de erro alta da RNA polimerase,
que poderia colocar a continuidade da informação a perder. Acumularia tanto erro, que
aquela informação não iria mais seguir pra frente.

A exceção são os coronavírus que são pelo menos 2 a 3 vezes esse tamanho. Chegam até
genomas de 32.000 bases. Aí, tem uma questão interessante: eles são vírus RNA, tem uma RNA
polimerase que os replica mas essa RNA polimerase tem um co-fator que também é viral que dá
fidelidade ao processo de replicação. Então, em geral, os coronavírus erram menos durante o
processo replicativo, isso garante que eles possam explorar um tamanho maior de genoma e isso
também significa que eles vão ter uma menor taxa de acúmulos de erros de mutação simples.
Obviamente que tem outros mecanismos de geração de diversidade nesses vírus.