Princípios da virologia

Vírus não possuem um metabolismo próprio, são estruturas acelulares, não possuem fábrica energética, nem são capazes, por si só, no meio extracelular, de se
replicarem, então não se encaixam dentro de nenhuma caracterização sobre seres vivos. Entretanto, são capazes de interagir com todos os ramos de seres vivos. Há,
também, os vírus que infectam outros vírus - virófagos. As viroses humanas emergentes se estabelecem pela proximidade dos indivíduos com bordas de florestas -
zoonoses - e pelo aumento da densidade populacional, o que facilita a transmissão dessas zoonoses entre os seres humanos, estabelecendo uma nova infecção.
Os vírus não necessariamente representam algo negativo. Grande parte do genoma humano é composta por LTR, terminais longos que se repetem e que estão no
genoma dos retrovírus. Isso significa que os antepassados tiveram infecções com retrovírus que foram capazes de infectar a linhagem germinativa, perdurando esses
LTR e alguns genes virais no genoma humano.
O vírus é uma entidade biológica que, no ambiente extracelular, é apenas uma associação organizada de macromoléculas que pode ou não ser delimitada por uma
membrana, e que é inerte nesse ambiente. Existem 2 estruturas conhecidas de vírus, os que possuem e os que não possuem membrana. Os que não possuem membrana
são formados por um capsídeo, uma capa proteica que envolve seu material genético. Os que possuem membrana, apresentam uma membrana fosfolipídica proveniente
da membrana plasmática da célula que os vírus estão infectando. Quando o vírus vai sair de uma célula, carrega um pedaço de membrana plasmática embebida por
proteínas virais que formam o envelope, proteínas spike, que são glicosiladas. Essas proteínas fazem a primeira interação entre o vírus e a célula alvo, sendo
responsáveis por direcionar qual células esses vírus vão infectar. O vírus envelopado também possui capsídeo, dentro do qual está o genoma viral, e existe, também, uma
matriz proteica altamente organizada também formada por proteínas virais, que ficam entre o capsídeo e a membrana viral, importante para dar estrutura para essa
partícula viral.

Estrutura viral:
- Partícula viral = estrutura molecular que compõe o vírus.
- Partícula viral infecciosa = vírion.
- Capa proteica que cobre o genoma = capsídeo. Apenas os vírus possuem esse tipo de capa proteica. Os capsídeos são usualmente simétricos, e o
conjunto capsídeo + genoma ou proteínas virais + genoma é chamado de nucleocapsídeo.
Os vírus podem ter um envelope que sempre terá 1 ou mais glicoproteínas embebidas nele. Além disso, as partículas virais que são enveloparas possuem uma
matriz proteica responsável por dar estrutura à partícula.
O envelope é obtido através do brotamento da partícula viral da membrana celular da célula, exceto os Poxviruses, que não brotam da membrana. O fato de
adquiri o envelope é uma característica que dá a possibilidade da partícula viral de sair da célula sem matá-la, e o envelope possui pelo menos uma proteína viral
embebida nessa membrana fosfolipídica.
Existem alguns tipos básicos de estruturas virais:
- Icosahédrica: estrutura viral sem membrana viral. Nessa estrutura, o nucleocapsídeo possui formato
geométrico de icosaedro.
- Icosahédrica envelopada: estrutura viral com membrana viral. Nessa estrutura, o nucleocapsídeo possui
formato geométrico de icosaedro.
- Helicoidal: nucleocapsídeo com formato helicoidal, sem membrana viral.
- Helicoidal envelopada: nucleocapsídeo com formato helicoidal, com membrana viral.
- Complexa: formato não estruturado.
Os vírus possuem diversos tipos de genoma, e existe uma classificação para denominar esses tipos - classificação de Baltimore. Cada tipo de genoma tem
um tipo específico de replicação viral. O genoma determina aonde o vírus se replica dentro da célula, qual a estratégia de replicação, qual a estratégia para a produção
do RNAm, para a produção das proteínas virais.
 - Grupo I: DNA dupla fita, com uma fita positiva e uma fita complementar.
- Grupo II: genoma de DNA fita simples, somente a fita positiva. Para replicar seu genoma, é necessário que seja feito um intermediário de dupla fita para
produzir os RNAms.
Os vírus de genoma DNA necessariamente replicam dentro do núcleo da célula, onde há a maquinaria necessária para isso, como a DNApol.
- Grupo III: composto por RNA dupla fita, sem necessidade de intermediário.
- Grupo IV: formado por genomas RNA positivo, já o RNAm. Para a replicação do genoma
viral, é necessário produzir uma fita complementar de RNA negativo, que serve como molde para a
produção de mais fitas positivas de RNA viral.
- Grupo V: composto por RNA fita negativa, que já servem de molde direto para a produção
dos RNAms.
- Grupo VI: composto também por vírus de RNA positivo, mas esses vírus são os
retrovírus, que fazem uma retrotranscrição do RNA, ou seja, possuem uma DNApol RNA-dependente,
capaz de produzir uma fita de DNA a partir do molde de RNA carregado pelo vírus - transcriptase
reversa. Essa mesma enzima, assim que vai fazendo a fita de DNA, já vai clivando a fita de RNA
positiva. Uma vez que há uma fita única de DNA, esse é reconhecido como molde para fazer a fita negativa de DNA, para a formação de uma dupla fita. Essa dupla fita é
integrada no genoma da célula hospedeira, produzindo os RNAms virais.
- Grupo VII: grupo DNA, mas com intermediário de RNA. Usa uma transcriptase reversa para a produção dos RNAms virais.
Nem todas as células são capazes de servir como fábrica para a produção de vírus.
- Célula suscetível: possui um receptor funcional para o vírus, podendo ou não suportar a replicação viral.
- Célula resistente: não possui um receptor funcional para o vírus, podendo ou não suportar a replicação viral.
- Célula permissiva: possui a capacidade de replicar o vírus, podendo ou não ser suscetível.
- Célula suscetível e permissível: possui o receptor funcional para o vírus e é capaz de replicá-lo.

Ciclo replicativo viral:

Possui alguns passos: adsorção, penetração, desempacotamento, síntese de proteínas e ácido
nucleico virais, montagem e maturação e liberação.
Existem diferentes formas para a entrada dos vírus, seja pela fusão direta da membrana viral com a membrana
plasmática celular, através do reconhecimento das espículas virais por um receptor que fica na membrana celular.
Isso permite o desempacotamento direto do genoma desse vírus no citoplasma da célula. Além disso, o capsídeo
viral pode ser liberado no interior da célula, e esse pode ser carregado por microtúbulos para o seu sítio de
replicação.
Além disso, o vírus pode entrar na célula através da endocitose, sendo mediada por clatrina, por caveolina ou
independente dessas. A espícula viral reconhece a molécula receptora, a caveolina ou a clatrina são recrutadas para a
membrana, e o vírus é endocitado. A vesícula endocítica fica completamente coberta por essas proteínas. A vesícula coberta
por clatrina é entregue aos microtúbulos e é direcionada para os endossamos tardios. O sistema de transporte de endossamos
tardios leva essa vesícula para os lisossomas, onde ocorre uma queda de pH, através da qual ocorre o desnudamento da
partícula viral. Já para a vesícula de caveolina, essa é direcionada para o retículo endoplasmático. Já nos casos independentes,
o vírus é endocitado e pode encontrar uma forma de se livrar da membrana para desnudar, ou seguir para os endossomas
tardios.

Adsorção, entrada e desnudamento:

Interação entre uma proteína viral e uma molécula receptora da membrana plasmática. Cada vírus possui um tipo de molécula receptora, e cada molécula receptora
é uma proteína celular, possui funções celulares que o vírus utiliza e que o vírus selecionou evolutivamente para mediar a adsorção e sua entrada na célula.
Para os vírus envelopados, pode haver a fusão da membrana plasmática celular com a membrana viral ou a entrada via endossomas. A fusão da membrana
plasmática com a membrana viral depende de um gatilho, seja para a fusão direta da membrana plasmática celular com a membrana viral, seja através do endossoma.
No caso da fusão das membranas, o gatilho é a interação entre a espícula viral com a molécula receptora, e isso acontece nos paramyxovirus e no vírus da
HIV. No primeiro caso, há uma interação entre a espícula viral e a molécula receptora, o que leva a uma mudança conformacional que expõe o peptídeo de fusão, que
não fica exposto, fica voltado em direção à membrana do vírus. Quando ocorre a interação, a espícula viral sofre
uma mudança conformacional que induz uma alteração no peptídeo de fusão, que passa a ficar exposto para a
membrana plasmática, ancorando nela. Esse peptídeo, uma vez ancorado, puxa a membrana plasmática em direção à
membrana viral e medeia a fusão entre as duas membranas. No caso do vírus da HIV, esse tem uma superfície de
superfície e uma proteína transmembranar, que também possui um peptídeo de fusão virado para a membrana viral.
Para o HIV, ocorrem duas interações distintas que serão gatilho para a exposição do peptídeo de fusão. A primeira é
com a molécula CD4, que leva a uma mudança conformacional na proteína de superfície, que expõe um domínio de
interação com uma molécula co-receptora, a CCR4 ou CXCR5. Uma vez exposto o domínio de interação com a
molécula co-receptora, a proteína de superfície interage com ela, o que leva a uma segunda mudança conformacional,
expondo o peptídeo de fusão, que interage com a membrana plasmática da célula e faz o mesmo processo.
No caso da entrada via endossomas, a fusão de membrana ocorre após a acidificação desses. Existe a
entrada pela via endocítica, e a vesícula que se forma é acidificada. Os endossomas iniciais possuem pH 6,5, e
possuem proteínas ATPases bombas de hidrogênio na sua membrana. Essas bombas jogam prótons de
hidrogênio para dentro do endossoma inicial, o que vai fazendo com que fique com pH mais baixo. O vírus se
utiliza dessa via de endocitose, comum da célula, para mediar sua entrada e seu desnudamento. Um vírus que se
utiliza dessa via é o Influenza, cujo gatilho é a diminuição de pH. Uma vez que esse vírus é endocitado e está
dentro do endossoma, acontece essa etapa de acidificação do endossoma. A espícula viral do Influenza é a
proteína HA, e nessa existe uma parte que é o peptídeo de fusão, que fica protegido pela conformação dessa
proteína. Uma vez que o pH vai diminuindo, vai ocorrendo uma mudança conformacional na HA, que expõe o peptídeo de fusão, que faz o contato com a membrana do
endossoma e faz o mesmo processo de puxar as membranas, mediando a fusão. Uma vez que os hidrogênios entram nos endossomas, também entram na partícula
viral, que possui uma proteína M2, responsável pro permitir que esse íon de hidrogênio entre. Assim, ocorre uma mudança conformacional dentro da partícula viral, que
resulta em um processo de liberação do genoma do Influenza dentro do citoplasma, quando acontece a fusão das membranas.
Para os vírus não envelopados, que não possuem espícula viral, com excessão do adenovírus, o processo de entrada é feita diretamente através da membrana,
mediada pelo capsídeo. No caso do adenovírus, ele interage com a molécula receptora, ocorrendo uma entrada mediada por clatrina. Esse vírus é direcionado para
dentro do endossoma, cuja acidificação muda toda a conformação do capsídeo viral, desestruturando-o. O capsídeo viral possui algumas proteínas, como a proteína
VI. Uma vez que capsídeo é desestruturado, essa proteína é liberada e faz furos na membrana do endossoma acidificado, liberando o capsídeo desestruturado no
citoplasma da célula. Esse capsídeo é carregado por microtúbulos para a região perinuclear, onde o genoma dos adenovírus entram no núcleo.

Liberação viral:
O vírus pode ser liberado da célula por brotamento, por lise celular ou por formas de transmissão célula à célula.
O brotamento das partículas virais acontece através da cooptação de uma maquinaria celular. O vírus, para mediar o brotamento, coopta a maquinaria ESCRT,
que está envolvida com a rede de endereçamento endolisossomal. Os vírus envelopados possuem late domains, domínios conservados entre eles que são capazes de
interagir com proteínas dessa maquinaria ESCRT. Essa maquinaria é conservada de fungos, composta por 4 complexos - ESCRT 0, 1, 2 e 3 -, formados por
agregados de proteínas de alto peso molecular. Existem alguns modelos diferentes de recrutamento celular dessa maquinaria:
- Modelo “handing-Off”: acontece uma via direta de entrega de uma maquinaria para a outra da proteína que foi monoubiquitinada.
- Modelo “cluster”: acontece através da interação entre adaptadores.
No caso do HIV, as proteínas virais que foram produzidas durante a biossíntese viral vão carregar o RNA
viral para a região de brotamento, já possuindo um tag para esse brotamento. Essas proteínas interagem com o
RNAm, vão para a face interna da membrana plasmática e, uma vez que essas proteínas começam a se aglomerar
nessa região, interagem entre si e formam multímeros. Nesse momento, diferentes proteínas de Gag-pol interagem
entre si, e essa interação medeia a auto-clivagem de Gag-pol, o que gera a liberação da protease viral para fazer a
clivagem de todas as proteínas dessa poliproteína viral. Essa auto-clivagem
gera uma partícula viral madura. Uma vez que Gag chega na membrana
plasmática, sua região P6 possui o late domain responsável por interagir
com Tsg101, presente em ESCRT2. Essa região P6 também é capaz de
interagir com Alix, molécula adaptadora. O brotamento do HIV acontece através do recrutamento pelo modelo cluster e, por
conta do adaptador, não é necessária interação com ESCRT2 para mediar o brotamento viral. A interação de Gag com Tsg101 e
Alix medeia a interação com ESCRT3, proteína que faz o remodelamento de membrana. Assim, é mediado o remodelamento da
partícula viral e, uma vez que se forma um “pescoço” de brotamento, há a sinalização para a chegada de VPS4, que cliva o
ESCRT3, mediando o brotamento da partícula viral.
Uma vez que a partícula viral está formada, a proteína Gag, formada por matriz, capsídeo, SP1, nucleocapsídeo,
SP2 e a região P6, passa por clivagens sucessivas para a formação do capsídeo viral. A primeira auto-clivagem
acontece através da clivagem de Gag-pol e, uma vez que a protease está livre, ocorre a clivagem na região do espaçador
1 (SP1). Isso gera 2 poliproteínas que serão novamente clivadas, entre a matriz e o capsídeo, e entre a região P6 e a
região do espaçador 2, liberando o nucleocapsídeo viral. Há, ainda, mais uma etapa de clivagem, na qual são liberados
SP1 e SP2. Aí sim, todas as proteínas virais estruturais estarão clivadas, formando o vírus maduro.
 Replicação viral
Bio"íntese de macromoléculas:
Se refere a como acontece a síntese do ácido nucleico viral e a síntese das proteínas virais. O local da síntese dos ácidos nucleicos depende do tipo de material
genético do vírus. De forma geral, vírus DNA se replicam no núcleo da célula, onde existem todas as enzimas celulares, fatores e substratos especializados na síntese
de DNA. Os vírus RNA não necessariamente precisam se localizar no núcleo, porque a síntese do RNA viral é feita por enzimas do próprio vírus. Nesse caso, o vírus
pode se localizar em sítios específicos do citoplasma, onde pode ocorrer a síntese do seu RNA. Entretanto, existem exceções para ambos os casos. Os vírus DNA
podem ter sua própria DNApol ou podem usar a DNApol das células. A síntese proteica sempre acontece no citoplasma, porque os vírus são totalmente dependentes da
maquinaria de síntese proteica celular para sintetizar as suas. Quando a replicação é nuclear, as proteínas sintetizadas no citoplasma são redirecionadas para o núcleo,
por possuírem o NLS - sinal de localização nuclear -, ou a partir da interação com transportadores celulares especializados no transporte citoplasma - núcleo.
A automontagem das partículas virais é um processo único dos vírus. A replicação viral não é por mitose, como
nas outras células. Para que haja uma curva de crescimento viral, é necessário ter uma população de células
suscetíveis aos vírus, que entram em contato com as partículas virais, gerando, ao longo do tempo, a produção de vírus
a partir da infecção dessas células. Inicialmente, acontece um período de tempo em que não há vírus fora da célula -
período de eclipse. Em dado momento, ocorre um pico de produção dos vírus - burst -, com fase de platô posterior.
Isso acontece porque esse período de eclipse é quando está havendo a biossíntese das macromoléculas e, só depois
que a concentração dessas atingir um determinado platô, começa o auto-reconhecimento das proteínas virais e do
genoma viral para a formação de novos vírus, que começam a sair em grande quantidade em um momento específico. Assim, vírus podem ser definidos como entidades
biológicas que se replicam através da automontagem das suas macromoléculas pré-formadas.

Vírus DNA:
Existem vírus cuja informação genética está em DNA, podendo ser em dupla fita, linear ou circular, ou em simples fita, também linear ou circular. De forma geral,
quando esses vírus entrarem na célula, seu material genético deve ser direcionado ao núcleo. No caso de ser linear ou circular, não faz muita diferença na estratégia
em si de replicação, porque mesmo os que entram em fita linear, acabam sendo circularizados no núcleo. Entretanto, há diferença entre fita dupla e fita simples.
Qualquer processo em que o DNA está envolvido, seja de replicação ou de transcrição, as enzimas celulares só conseguem agir no DNA dupla fita. Quando os
vírus simples fita entrarem no núcleo da célula, devem cumprir uma etapa de síntese da molécula complementar.

Vírus RNA:
Nos vírus RNA existe maior variabilidade. Existem moléculas simples fita de RNA ou dupla fita. No caso dos RNAs dupla fita, serão sempre segmentados, ou
seja, cada gene codificado por esse vírus estará em uma dupla fita de RNA. Se o vírus tiver 3 genes, terá 3 segmentos. No caso dos vírus simples fita, podem ser não
segmentados, ou seja, todos os genes estão codificados em uma única molécula de RNA, ou podem ser segmentados. Nesse último caso, se o vírus codificar 3 genes,
terá 3 simples fitas de RNA.
O RNA, ainda, pode ser positivo ou negativo. Isso está relacionado à polaridade da informação, ou seja, está relacionado ao fato de se esse RNA já é o próprio
RNAm ou se é o complementar reverso do RNAm. Os vírus que são RNA simples fita positivo são o próprio RNAm, o que significa que assim que o vírus estiver
disponível dentro da célula, já pode ser reconhecido por ribossomos e ser traduzido. Os vírus de polaridade negativa não são o RNAm, então não serão utilizados logo
de cara pelo ribossomo, é necessário haver uma etapa de síntese do RNAm.
Resumindo..
Em geral, vírus de DNA replicam no núcleo, e os de RNA, no citoplasma, e várias estratégias de replicação são necessárias para que cada um desses tipos de
genoma seja eficientemente replicado.
Inicialmente, para quase todos os vírus, com excessão do RNA fita simples positivo, uma vez que o material genético esteja em seu local de replicação, a primeira
etapa que acontece é uma fase transcricional, uma fase de síntese de RNAm, para que sejam feitas as proteínas virais, necessárias para que aconteça a replicação
do genoma. No caso dos vírus RNA, que precisam passar por essa fase transcricional antes da fase proteica, necessariamente precisam da sua RNApol, porque não
existem RNApols que fazem RNAm usando RNA como molde, nas células humanas. Para os vírus DNA, quem faz essa fase é a RNApol II da célula hospedeira, mas,
para os vírus RNA, eles necessitam trazer a sua própria RNApol, que faz a síntese do RNAm.

Bio"íntese e replicação vírus genoma DNA:

Os vírus bacteriófagos são vírus dupla fita DNA. Esses injetam o DNA dentro da célula bacteriana, ficando o capsídeo para o lado de fora, e esse DNA pode
seguir 2 destinos, uma vez que entra na célula.
- Ciclo lítico: uma vez o DNA dentro do citoplasma celular, esse é circularizado e transcrito, gerando os
RNAm que serão traduzidos, gerando as proteínas necessárias para fazer novos capsídeos e para a replicação do
DNA viral, montando novos vírus que saem através de lise para o meio extracelular.
- Ciclo lisogênico: DNA inserido ou integrado ao DNA bacteriano, ficando sem a produção de vírus até
o acontecimento de um sinal específico que leve à produção de vírus a partir da presença desse material genético
viral integrado ao genoma da célula hospedeira. Essa integração dos genomas é induzida por fatores virais e celulares
e, uma vez integrado, esse genoma permanece no patrimônio genético da célula. Quando a célula se divide normalmente, cada filha recebe uma cópia do genoma viral
integrado, uma vez que esse é duplicado pela maquinaria de duplicação de DNA bacteriana.
Nem todo vírus DNA, ao entrar na célula, integra seu material genético ao genoma. Isso, via de regra, não acontece para quase todos os vírus DNA que infectam
a grande maioria dos organismos. Além desses vírus bacteriófagos, o único outro vírus que infecta células eucariotos e que faz a integração do material genético viral é
a família dos retrovírus.

Estratégia vírus DNA:

Uma vez que o DNA esteja disponível dentro da célula, em geral se localiza no núcleo e, mesmo que seja um genoma linear, é circularizado dentro do núcleo -
suas extremidades têm elementos complementares, repetitivos, que auxiliam nessa circularização -, assumindo uma forma hexomal, ficam na proximidade dos
cromossomas celulares e estão associados às histonas. Uma vez circularizados, estão aptos a serem reconhecidos,
através de promotores, pela RNApol II celular, começando a fase transcricional.
Os RNAm formados são transportados para o citoplasma para a síntese proteica. Essas proteínas retornam
ao núcleo e, ao fazerem isso, estão envolvidas com uma série de eventos, incluindo o início dos eventos de
replicação do genoma. Uma vez que o DNA tenha sido replicado, ocorre outra fase transcricional por outros
promotores, e esses são dos genes que estão relacionados às proteínas estruturais. Assim, há síntese das proteínas
estruturais, como as proteínas do capsídeo e do envelope. As proteínas do capsídeo retornam ao núcleo para que
haja a montagem de novos vírus, que vão sair da célula.
 Portanto, em geral, a replicação dos vírus DNA ocorre em um processo de cascata, com vários promotores na frente de seus genes, que são utilizados em etapas
distintas do ciclo replicativo.
A replicação dos herpesvírus, por exemplo, expressa esse processo de cascata. Esses são vírus envelopados de DNA dupla fita linear, e quando entram, o
material genético vai para o núcleo e é circularizado. A matriz proteica que está entre o capsídeo e a membrana do envelope é amorfa e contém proteínas virais,
incluindo fatores transcricionais virais, como a VP16. Essa proteína viral, junto com a RNApol II ativa os primeiros
promotores, dos genes iniciais - genes alfa. Proteínas são sintetizadas, retornam ao núcleo, assumem a função de
desligamento de resposta da célula à presença do vírus e de fatores transcricionais para a síntese do segundo conjunto
gênico - genes beta. As proteínas beta estão envolvidas na replicação do genoma viral e já são proteínas para a
montagem de novos capsídeos. Essas proteínas retornam ao núcleo, estão envolvidas com a síntese do DNA viral e
com a montagem dos capsídeos. Além disso, existem fatores transcricionais para a síntese dos genes gama, que só
vão ser sintetizados após a etapa de replicação do genoma. Esses genes gama são os das proteínas que fazem parte
da partícula viral. Assim, novos capsídeos são montados, contendo o DNA recém sintetizado do vírus, e saem do núcleo e da célula por um processo específico,
através do qual adquirem o envelope.

Estratégia vírus RNA:

Os rotavírus têm como genoma uma dupla fita de RNA, com 12 segmentos genômicos, são vírus não envelopados, mas têm o capsídeo formado por 3
camadas proteicas. Essas 3 camadas levam ao alto nível de compactação desse genoma e do capsídeo, e tornam esse vírus altamente resistente às condições
ambientais e ao pH ácido do trato gastrointestinal. Por isso, esses vírus conseguem, ao entrar através da mucosa oral, se replicar no intestino, nos enterócitos.
Associado a cada segmento genômico, estão as 2 proteínas do complexo RNApol desse vírus.
Esse genoma dupla fita de RNA é, para a célula, um estimulador muito eficiente de uma resposta anti-viral, é um dos PAMPs mais reconhecidos pela resposta
imune. Para transpassar a resposta imune, quando entram na célula, perdem a primeira camada proteica do capsídeo durante a entrada. Quando o vírus sai de dentro
do endossoma, já saí sem a camada mais externa. O tempo todo, o genoma que entrou, fica dentro do capsídeo
dupla camada, o que significa que a célula tem grande dificuldade de perceber que existem essas duplas fitas de
RNA que entraram. A perda da camada mais externa já é o estímulo para a RNApol viral começar a fase
transcricional. Nesse momento em que a dupla camada viral está presente no citoplasma, a RNApol utiliza o RNA
negativo da dupla fita para fazer os RNAms virais, de cada um dos segmentos, gerando as proteínas virais.
As proteínas virais se organizam em um local do citoplasma de intensa síntese tanto de RNA quanto de
proteína, aglomerando todos os constituintes que estão sendo produzidos. Esse local é chamado de fábrica viral.
Essas proteínas que estão sendo sintetizadas se organizam ao redor dos segmentos de RNA positivo, os
RNAms, formando vários novos capsídeos contendo o complexo da RNApol e o RNA positivo. Nesse momento, a
RNApol faz a fita negativa, reconstituindo o genoma. Nesse processo, ganha as segunda e terceira camadas, no processo de montagem e saída da célula.
No caso dos vírus RNA positivo, que já é o próprio RNAm, acontece uma tradução imediata a partir do momento que o RNA viral saia de dentro da estrutura
do capsídeo. O vírus da dengue, flavivírus, é um exemplo desse grupo. O genoma está em uma estrutura secundária, sempre associado à proteína viral. O vírus entra
na célula, o capsídeo começa a se desestruturar conforme o vírus sai de dentro do endossoma, e fica ainda associado com algumas proteínas do capsídeo, mas já
sem a estrutura da partícula viral. Como esse genoma já é o RNAm, os ribossomos reconhecem esse RNA e começam o processo de tradução, fazendo a síntese da
nova proteína viral. Nesse caso, o RNA é traduzido na proximidade do retículo endoplasmático.
Em geral, esse RNA positivo só tem 1 local de iniciação de síntese proteica, e entre cada um dos seus
genes distintos, não há códons de parada, faz-se uma única proteína até o final, uma vez que só existe um
códon de parada no final. Isso gera uma poliproteína. Essa estratégia permite uma compactação muito grande
de informação. Existe, embebida dentro dessa poliproteína, uma proteína com atividade protease, a NS3, que
tem a capacidade de se auto-clivar da poliproteína, permitindo que clive outros locais. Os flavivírus ainda
contam com o auxílio de outras proteases celulares para terminar o processamento dessa poliproteína. Isso
ocorre no retículo endoplasmático porque o capsídeo começa a ser sintetizado, que tem um peptídeo sinal que
faz com que a proteína se transloque para dentro do retículo. A NS3 cliva todas as proteínas que estão na
parte externa da membrana do retículo endoplasmático, e no seu interior, quem faz esse processamento são
proteases da própria célula. Essas proteínas seguem a via secretória, porque vão estar na superfície do envelope viral, sendo glicosiladas.
Na parte citoplasmática, há a NS5, a RNApol. Uma vez que o RNA comece a ser traduzido, começando a síntese proteica, ocorre a produção de todas as
proteínas virais ao mesmo tempo, incluindo a RNApol viral. Assim, acontece a fase replicativa, porque passa a estar presente a RNApol RNA-dependente do vírus.
Como está tudo acontecendo no retículo, a síntese do RNA viral acontece também associada a ele.
 O RNA viral, nesse formato que entrou e se associou ao retículo na parte externa, está sendo reconhecido
pelos ribossomos e vai sendo traduzido. Conforme a RNApol começa a aparecer, se associa à região 5’ do RNA
viral, mudando sua conformação, promovendo sua circularização. Quando isso o acontece, o RNA passa a não ser
mais reconhecido pelos ribossomos, sendo todo da RNApol para que sejam feitas novas cópias de RNA. Entretanto,
o RNA positivo serve como molde para fazer um RNA negativo, que serve como molde para fazer novos RNAs
positivos, sempre necessitando a existência desse intermediário de replicação, uma dupla fita de RNA. Essa dupla
fita de RNA precisa estar escondida da percepção da célula e, por isso, ocorre uma modificação extensa da
membrana externa do retículo endoplasmático, gerando invaginações. Conforme o RNA vai ficando pronto, sai da
membrana do retículo e encontra com as proteínas que estão sendo sintetizadas nele, para montar novos vírus.
Como é necessário muito mais RNA positivo do que negativo, a primeira síntese de negativo é mais demorada, requer mais energia e é menos ótima. Tão logo o
RNA negativo fique pronto, a síntese de RNAs positivos a partir dele é um processo muito mais otimizado, favorecendo uma produção muito maior de RNA positivo, da
ordem de 10 vezes mais. Assim, a montagem de vírus contendo RNA positivo é favorecida.
Os vírus RNA negativo têm uma região não codificante no seu genoma, chamada de líder, onde está o
promotor do primeiro gene, o gene N - nucleoproteína, que envolve todo o ácido nucleico viral em íntima associação.
Os outros genes são o P - fosfoproteína que faz parte do complexo da RNApol -, M - proteína de matriz, que dá
estrutura à matriz viral -, G - glicoproteína embebida na membrana do envelope -, e L - RNApol dependente de
RNA. Quando esses vírus entram na célula e o genoma fica disponível, ocorre a etapa transcricional, a síntese
dos RNAms, por ação da RNApol que veio junto com o vírus. Cada gene tem seu RNAm, e entre deles há uma
região terminadora do gene que vem antes e uma região iniciadora do gene que vem depois, para cada um dos
genes tem uma região promotora.
Conforme novas RNApols virais são formadas, forma-se um complexo replicativo que usa o mesmo genoma
que entrou e, ao invés de fazer várias fitas de RNAm, faz uma única fita positiva de RNA, do tamanho de todo o genoma negativo. Essa nova fita de RNA positivo
completa é molde para fazer várias novas fitas de genoma RNA negativo, que deve ser empacotado.
Nesse caso, também forma-se um intermediário. Esses vírus, entretanto, não precisam estar associados à membrana para esconder esse intermediário, mas
fazem fábricas virais, e como há associação muito grande entre a nucleoproteína com o genoma recém sintetizado, essa N também serve como uma proteína que
disfarça a presença do intermediário replicativo.
A replicação do vírus influenza, que tem RNA negativo segmentado, acontece muito similar, mas o pus segmentos gênicos, uma vez que o vírus entra na célula
e acontece o desnudamento, são encaminhados para dentro do núcleo, onde primeiro vão ser utilizados pela RNApol do vírus para fazer RNAm, que vai ser traduzido
no citoplasma. As proteínas retornam ao núcleo, onde começa, de fato, a replicação do genoma. Nesse caso, se faz um RNA positivo completo, que serve de molde
para fazer novas cópias do RNA negativo.

Retrovírus:
Os retrovírus são RNA positivo, mas não têm o mesmo tipo de replicação. Quando seu genoma entra na célula, a DNApol, a transcriptase reversa que está
junto com o vírus, utiliza o RNA como molde para fazer um genoma dupla fita de DNA. Durante o processo de síntese da dupla fita, a RNApol consegue duplicar as
extremidades, então o vírus ganha a região U3 no 5’, e a regiao U5 no 3’.
Essa dupla fita de DNA pronta é utilizada no evento transcricional para fazer RNAms, que só vai acontecer se houver a integração do genoma dupla fita de DNA
recém formado ao genoma da célula hospedeira. Essa integração é feita por uma enzima viral. Dentro do capsídeo desses vírus, quando entram na célula, trazem a
transcriptase reversa e a integrase. A dupla fita de DNA entra no núcleo da célula e a integrase a íntegra ao genoma do hospedeiro. Assim, é formada a região
promotora do vírus, reconhecida pela RNApol II, permitindo a formação do RNAm completo.
Os únicos genes que podem, de fato, se traduzidos a partir do RNAm completo são duas poliproteínas -
GAG, que contém proteína de matriz, proteína de capsídeo, uma proteína de nucleocapsídeo, e POL, protease que
faz a clivagem e o processamento dessa poliproteína, gerando a transcriptase reversa e a integrase. Dessa forma, se
só for formado um único RNAm e transportado para fora do núcleo, só haveria a produção de capsídeo e das
enzimas virais. Entretanto, esses vírus são envelopados, necessitando a produção de proteínas do envelope.
Acontecem eventos múltiplos de processamento desse RNA, para que haja todos os RNAms para a síntese de todas
as proteínas.
Esses vírus entram na célula por fusão direta, o capsídeo não é completamente desfeito, porque a transcrição
reversa acontece dentro dele. São duas fitas de RNA, esses são os únicos vírus que possuem duas cópias do seu genoma, duas fitas de RNA simples. O vírus usa
essas duas cópias para fazer uma única dupla fita de DNA, que é transportada para o núcleo, é integrada e esse processo de integração permite a transcrição do DNA.
Hepatite B:
Vírus dupla fita de DNA, mas que replicam o genoma por um intermediário RNA. Eles entram na célula com a fita
negativa toda pronta e com a fita positiva quase toda pronta, e são direcionados ao núcleo. No núcleo, as próprias enzimas
de reparo de DNA celular terminam a síntese da fita que ficou faltando e deixam o DNA altamente compactado, e, dessa
forma, o processo de transcrição começa a acontecer pela RNApol II da célula.
Como são vários promotores ao longo desse genoma, diferentes tipos de RNA são produzidos. Dentre esses diferentes
tipos, existe um RNA que é o tamanho completo do genoma, que vai ser traduzido, formando a transcriptase reversa.
Quando essa enzima fica pronta, se associa a esse RNA e é empacotada para dentro dos capsídeos que estão sendo
formados no citoplasma. Dentro do capsídeo, a transcriptase reversa utiliza o RNA como molde para fazer a primeira fita de
DNA, complementar, e, a partir dessa, a segunda fita, para gerar a dupla fita. Entretanto, conforme vai se aproximando do
local de brotamento desses vírus, essa enzima ainda não terminou a segunda fita. Dessa forma, o processo fica inacabado.
 Patogênese das infecções virais
- Patógeno: relacionado com o agente infeccioso causador da doença, o vírus propriamente dito.
- Patologia: estudo da doença, das interações do vírus e suas consequências com o organismo hospedeiro.
- Patogenicidade: relacionada com o grau de infecciosidade desse vírus e com maior ou menor possibilidade de causar doença. Está um pouco
relacionada com a virulência.
- Patogênese ou patogenia: estudo dos diferentes processos e das diferentes etapas da biossíntese viral e da doença que o vírus pode causar, da sua
interação com o organismo hospedeiro.
- Virulência: se refere à capacidade do vírus de causar doenças mais ou menos graves.
Nas infecções virais, há a síntese de proteínas virais e replicação do genoma, bem como interação e modulação da maquinaria celular. Esses eventos geram um
reconhecimento, o que leva à produção de interferon e de mediadores inflamatórios importantes para conter a infecção viral. Esses fatores mediadores levam a uma
reprogramação do ambiente celular, que pode inibir a organização e montagem de novas partículas virais, mas, se o vírus conseguir subverter o processo, novas
partículas virais são formadas e disseminadas. Há, ainda, um impacto, no ciclo replicativo, na função celular e na morte dessas células. Para alguns vírus, a morte
celular de forma muito rápida é prejudicial, então muitos desses adquiriram, ao longo do processo evolutivo, uma capacidade de subverter alguns desses disparos de
morte celular, de forma a manter a célula viva por muito mais tempo, podendo gerar novas partículas virais.
Existe o conceito de iceberg das infecções, as manifestações mais visíveis - doença clínica -, e
existem as infecções subclínicas, ou visualmente imperceptíveis. Os efeitos mais perceptíveis visualmente
geralmente estão relacionados com lise da célula, disfunção celular, efeito citopático e transformação celular.
Sobre o hospedeiro, estão relacionados à morte, à doença clássica ou severa ou à doença leve ou moderada.
As manifestações que não são perceptíveis visualmente envolvem a replicação viral sem alterações celulares
visíveis ou danos teciduais restritivo, a exposição sem infecção e as infecções sem sinais clínicos.

Como um vírus causa uma doença?

A infecciosidade é a capacidade de disseminação viral e de infecção entre hospedeiros. A virulência, por outro lado, está relacionada à capacidade de um vírus
causar a doença, podendo haver vírus virulentos, avirulentos e atenuados. A virulência também está relacionada com morbidade, mortalidade, tempo de
desenvolvimento de sintomas ou morte e gravidade dos sintomas. Existem, ainda, conceitos subjetivos, como o tamanho do inóculo - as vezes, um vírus só consegue
gerar uma infecção produtiva de fato quando o inóculo é muito alto -, a via de infecção - muitos vírus precisam de uma replicação inicial na sua porta de entrada -, o
estado imune do hospedeiro e a idade - o estado imunológico depende da idade do indivíduo, pessoas mais idosas possuem imunidade mais debilitada.
O balanço entre a intensidade da resposta gerada e o controle da inflamação é muito importante porque,
por um lado, a inflamação e a resposta intensa são importantes para conter determinada infecção viral, mas se
não são muito bem reguladas, podem acabar prejudicando, contribuindo para um sucesso da infecção.
Os vírus envelopados são menos resistentes a determinadas exposições, como ao ambiente muito ácido do
trato gastrointestinal. São muito sensíveis a algumas substâncias produzidas pelo organismo, como a bile, que
podem impactar na infecção e na replicação desses. Os vírus não envelopados são mais resistentes ao pH ácido
do estômago e a determinados ambientes hostis do corpo, química e fisicamente falando. Por outro lado, os
vírus envelopados conseguem resistir muito mais tempo no ambiente do que os não envelopados.

Etapas básicas da doença viral:

A primeira etapa de uma doença viral, do desencadeamento de uma doença viral, está relacionada com a replicação do vírus logo no sítio de entrada. Muitos
vírus têm um sítio primário de replicação para que haja uma amplificação da carga viral, permitindo sua disseminação. Normalmente, esses vírus podem sofrer uma
replicação no sítio de entrada e, a partir dessa, conseguem atingir os linfonodos, através dos quais atingem a corrente sanguínea, onde ocorre a viremia primária -
presença de partículas virais na corrente sanguínea.
A partir da viremia primária, os vírus conseguem acessar diferentes tecidos, e esses sítios estão relacionados à replicação secundária dos vírus. Nesse caso,
ocorre uma viremia secundária, permitindo o acesso a outros órgãos e tecidos do hospedeiro.
Uma vez que os vírus estão na corrente sanguínea, vão ter sucesso na replicação nos diferentes tecidos se neles encontrarem as células adequadas para sua
replicação. Essas células precisam apresentar alguns requisitos para que os vírus tenham uma replicação produtiva, como receptores e a maquinaria adequada. Dessa
forma, a viremia primária já está relacionada ao tropismo - direcionamento do vírus para determinado órgão ou tecido específico do hospedeiro.
 As lesões no sítio de entrada normalmente são mais imperceptíveis, já na parte da viremia primária, essas lesões já
podem aparecer de forma mais macroscópica. A partir do momento em que o vírus faz sua viremia secundária, pode ser
excretado, podendo ser transmitido para outros hospedeiros.
Primeiramente, o hospedeiro é exposto, momento no qual alguns fatores são importantes, como tamanho do inóculo e
acesso do vírus a células suscetíveis e a células permissivas.
- Suscetibilidade: está relacionada à presença de receptores na superfície da célula que sejam utilizados para a
entrada dos vírus nessa célula.
- Permissividade: está relacionada com a característica de replicação do vírus. Se a célula não for permissiva,
se não apresentar todos os fatores necessários para que o vírus consiga se replicar de uma forma adequada, a infecção
vai ser abortiva, e não produtiva.
Nesse contexto, se a célula for suscetível e permissiva, o vírus consegue se replicar, produz novas partículas virais e
se dissemina para outras células, tecidos e órgãos. O tropismo viral depende dessa suscetibilidade e dessa permissividade.
Uma vez que o vírus encontra essas células suscetíveis e permissivas, conseguindo ter tropismo para diferentes órgãos e tecidos, pode, pelo processo de
replicação direta ou por uma resposta inflamatória, gerar a lesão celular e tecidual.
Em cada uma dessas etapas, existe a defesa do hospedeiro. Na parte de exposição, em um primeiro momento, existem defesas do hospedeiro relacionadas com
uma imunidade inata, as barreira físicas e químicas que dificultam o acesso do vírus a determinadas células e tecidos. Da mesma forma, para a célula permissiva,
existem defesas do hospedeiro relacionados com fatores de restrição celular, que dificultam o processo de replicação viral. Em relação à disseminação, a resposta
imune de fato atua, destruindo as células infectadas, gerando uma resposta anti-viral que diminui o metabolismo da célula e que destrui o genoma do vírus. Há ainda,
defesas do hospedeiro relacionadas à citotoxicidade e à inflamação. Na etapa de disseminação, atua também a resposta humoral, com o envolvimento de anticorpos
neutralizantes. Esses anticorpos neutralizam a entrada do vírus na célula, são gerados contra estruturas da superfície da partícula viral importantes para a entrada do
vírus na célula, impedindo o acesso.

Penetração e replicação primária:

Mecanismos de transmissão:
- Transmissão horizontal: pode ser dividida em contato, veículo ou por vetores. A transmissão horizontal por contato pode ser direta, através da saliva,
da pele ou contato sexual, ou indireta, através de perdigotos ou superfícies contaminada. A transmissão horizontal por veículos envolve a água e alimentos
contaminados. A transmissão horizontal por vetores pode ser por vetores mecânicos, que só carregam o vírus, ou por vetores biológicos, que transmitem o vírus, que
sofre, antes da transmissão, uma etapa de replicação no próprio vetor.
- Transmissão vertical: pode ser transplacentária - quando o vírus tem a capacidade de ultrapassar a barreira da placenta e acessar o feto -, pode
acontecer no momento do parto - quando o bebê entra em contato com determinados fluidos no canal vaginal - e pela própria amamentação - alguns vírus são
capazes de estar presentes no leite materno.
Rotas de entrada:
- Conjuntiva
- Trato respiratório: pela boca ou pelas fossas nasais.
- Trato entérico
- Trato geniturinário: transmissão sexual.
- Pele
- Via hematogênica: através de transplante de órgãos e transfusão de sangue.
Os vírus que acessam via pele, normalmente precisam ter algumas características particulares, uma vez que a pele é um tecido
pouco vascularizado, com uma camada espessa de queratina, o que torna esse ambiente muito pouco propício para vários vírus. Esse
tecido pode ser infectado através de abrasão, picada ou mordidas e pela via iatrogênica. Esses vírus incluem herpes, HPV e alguns
arbovírus. Um acesso pode ser aberto na camada superficial para que o vírus consiga acessar a derme, mais vascularizada.
No caso do trato respiratório, as formas de contato são por aerossóis, gotículas, saliva
ou secreção nasal. A infecção pode ser localizada ou pode, a partir de uma infecção primária,
gerar uma infecção sistêmica. As infecções sistêmicas, a partir do trato respiratório,
conseguem se disseminar para outros compartimentos do corpo. No trato respiratório existem
barreiras importantes em um primeiro momento que dificultam o acesso do vírus e sua replicação às células, como o muco,
a temperatura e a presença de tecidos linfoides. A partir do trato respiratório, o vírus pode disseminar para outros tecidos
e órgãos, existindo a infecção polarizada de células epiteliais. As células polarizadas possuem uma região apical e uma região basolateral. Os vírus podem acessar
 essas células pela região apical, podem se replicar, podem ter uma infecção localizada, de célula a célula, ou podem ter uma
disseminação para regiões do tecido conjuntivo e para a circulação pela região basolateral. Uma vez que esses vírus atingem o
tecido conjuntivo e a circulação, vão para o linfonodo local, onde há uma disseminação desses e seu acesso aos vasos linfáticos
e à corrente sanguínea. Para isso acontecer, os vírus precisam ser liberados pelo mecanismo basolateral de invasão da mucosa,
fazendo uma infecção sistêmica.
No trato gastrointestinal, a infecção acontece pela transmissão fecal-oral. Esses vírus podem gerar infecção local ou
podem se disseminar. Nessa região também existem barreiras imunológicas inatas importantes para conter os vírus, como pH,
proteases, muco e sais biliares. A disseminação pode ser feita por células M, especializadas do epitélio intestinal ou por tecidos
linfoides especializados, como o GALT, macrófagos e células T.
Na mucosa dos intestinos, das tonsilas e adenóides, assim como nas submucosas das vias respiratórias superiores e no apêndice, existem folículos linfoides,
estruturas recobertas na sua face do lúmen por um epitélio associado a um folículo especializado, constituído principalmente de células colunares absortivas e células
M - células epiteliais membranosas que fazem, geralmente, a captura do vírus logo na porta de entrada. Na pele e no tecido subcutâneo há a presença de macrófagos
subepiteliais responsáveis por serem “sentinela” na porta de entrada, reconhecendo as partículas virais logo quando acessam. No epitélio respiratório, há a célula
produtora de muco e células epiteliais com microvilosidades, bem como a membrana basal, abaixo das quais estão os macrófagos e os vasos linfáticos. No intestino,
existem as células M no epitélio, junto com os enterócitos, e essas células M são estruturas que apresentam macrófagos e linfócitos, capturam o antígeno e já
direcionam para os macrófagos e linfócitos. Logo abaixo da membrana basal, estão os vasos linfáticos que podem permitir a disseminação dos vírus.

No trato geniturinário, as infecções podem ser adquirias por contato direto ou pela presença de vírus no sêmen ou em secreções vaginais. Uma vez que os vírus
atravessem o tecido de mucosa pela perda de integridade epitelial, encontram células dendríticas, que vão capturá-los e apresentá-los para os linfócitos, por exemplo. A
composição química da urina, o pH de secreções vaginais e o muco são fatores importantes para uma contenção inicial desses vírus. Os vírus podem se disseminar
para tecidos linfoides e para a circulação sanguínea.
Na conjuntiva, há infecções a partir da inoculação direta, podendo gerar uma infecção viral. A partir dessa região da
conjuntiva, pode haver, em alguns casos raros, uma infecção sistema. Na maioria dos casos, a infecção é local e precisa
atravessar o tecido de mucosa.

Di"eminação viral:
Uma vez que o vírus fez sua viremia primária e sua viremia secundária, pode fazer isso a partir do próprio epitélio, através da rota neural, pela circulação linfática
ou pela circulação sanguínea.
No sangue, quando essa disseminação acontece é chamada de viremia, que pode ser ativa, passiva ou
associada a células. Essa disseminação pode acontecer por uma inoculação dieta - picada de vetores
artrópodes, agulhas ou transfusão -, fazendo com que o vírus caia logo na circulação sanguínea, ou pode
acontecer a partir de uma infecção em um sítio inicial e, após a replicação no sítio de entrada, o vírus consegue
acessar o sangue. Nesse momento, há a presença de vírus livres no plasma ou associados a células, como
monócitos, linfócitos e células endoteliais.
Na disseminação hematogênica, há alguns mecanismos possíveis:
- Penetração pelos espaços existentes entre as células endoteliais: as células endoteliais são associadas umas às
outras por moléculas de adesão, mas existem momentos em que alguns contextos inflamatórios podem aumentar a permeabilidade dessas
células, mexendo com essas moléculas de adesão, gerando um espaçamento.
- Transporte ativo através das células endoteliais: o vírus infecta a célula endotelial, que faz um processo de transcitose
desse agente infeccioso.
- Infecção das células endoteliais com posterior egresso da progênie viral na face oposta do endotélio
- Transporte através do endotélio no interior de monócitos/linfócitos: carregam o vírus e fazem diapedese pelas
células endoteliais, carregando-o da região externa para dentro dos vasos sanguíneos.
 A disseminação pode acontecer por via neural, com 2 mecanismos diferentes:
- Transporte retrógrado: vírus que é transportado do axônio para o dendrito, da periferia para
o SNC.
- Transporte anterógrado: vírus é transportado do dendrito para o axônio, do SNC para a
periferia.
Existem algumas regiões em que o vírus faz latência, permanece e, quando é reativado, o transporte
começa a acontecer.
O mecanismo de disseminação neural é dependente de energia, com a necessidade dessa para a atividade de dineínas e quinesinas que fazem esse transporte ao
longo do neurônio.

Replicação secundária:
São vistos processos inflamatórios de lesão celular e doença clínica. A replicação secundária está relacionada com o tropismo do vírus, que depende,
necessariamente, da presença de células suscetíveis e de células permissivas. É necessária acessibilidade para essas células e depende do padrão de resposta imune do
indivíduo. Os sintomas específicos apresentam-se nessa etapa. Na replicação secundária, também pode haver uma infecção produtiva que, como consequência, gera
processos de transformação celular - tumores e células que passam a se dividir de forma incontrolada. Alguns vírus também podem fazer infecção latente, podendo ser
reativados em determinados contextos.
Como efeito da replicação viral nas células do hospedeiro, há a inibição da síntese de proteínas. Uma infecção viral, como precisa manipular a maquinaria celular,
faz com que a célula passe a priorizar os fatores virais em detrimento dos fatores celulares. Quando isso acontece, pode haver uma inibição global da síntese proteica.
Isso também está relacionado à resposta anti-viral, diminuindo a taxa metabólica da célula e a síntese proteica para fazer com que o vírus não consiga replicar de forma
adequada. Outras consequências são a inibição da síntese de ácidos nucleicos, a alteração de permeabilidade de membrana, o estresse de retículo endoplasmático - em
um determinado momento, a célula precisa dar conta das proteínas celulares e das proteínas virais, levando a um aumento exacerbado de síntese proteica, que culmina
com esse estresse -, e a indução ou inibição de apoptose.

Uma das consequências da replicação viral na célula hospedeira é a modificação morfológica nessa célula. Alguns vírus são capazes de gerar o efeito citopático,
ou efeito citopatogênico, que consiste em mudanças morfológicas, na própria morte celular ou no crescimento sem inibição por contato, exacerbado das células
infectadas.

Mecanismos de latência:
Na infecção latente, acontece um número pequeno de cópias de DNA, então a célula se divide pouco. Ocorre pouca expressão proteica, escape das defesas
celulares, metabolismo devagar, integração do genoma viral no genoma do hospedeiro ou manutenção na forma de epissomas - associação do genoma viral com o
genoma da célula hospedeira, sem integração.
Nessa etapa de infecção latente, proteínas virais podem se ligar no DNA viral, garantindo a separação durante a divisão celular. Uma vez que a célula com
infecção latente receba determinados estímulos, volta para um estado metabólico mais ativo, e a infecção é reativada, fazendo o vírus voltar para o ciclo lítico.
Na infecção persistente, há pouco efeito citolítico, pouco dano na célula - inibição da apoptose, diferenciação celular e células semipermissivas -, manutenção do
genoma - integrado ou na forma de epissoma -, baixa expressão gênica e geração de variantes atenuadas e escape do sistema imune - infecção das próprias células do
sistema imune, destruição de APCs, infecção de sítios imunoprivilegiados, interferir na regulação de alguns fatores importantes para a resposta imunológica, como a
downregulation de MHC e mutações.

Mecanismos de lesão tecidual:

As lesões teciduais podem acontecer pela morte ou disfunção celular, no caso de vírus lítico, pela liberação de toxinas virais, que levam a alterações eletrolíticas e
vasculares, pela transformação celular, ou seja, geração de tumores pelo vírus desencadear um descontrole do mecanismo de divisão celular, e pela resposta imune, pela
citotoxicidade e pelo processo inflamatório exacerbado.
Excreção viral:
A liberação dos vírus depende do tipo de infecção, se for localizada ou disseminada. Nas infecções localizadas, o vírus é liberado pelo mesmo sítio de entrada,
mas nas infecções disseminadas, o vírus pode ser excretado por diversas regiões do corpo, dependendo do sítio que infecta.

Infecção viral:
As infecções apresentam diferentes períodos:
- Período de incubação: momento de aquisição do vírus.
- Período prodrômico: momento no qual há a apresentação de sintomas inespecíficos, gerais.
- Período da doença: momento no qual aparecem os sintomas característicos da infecção viral
apresentada.
- Período de infecciosidade: momento em que o indivíduo é capaz de transmitir o vírus. Pode ser
desde o período de incubação até o período de convalescença.
- Período de convalescença: momento no qual há a resolução da infecção pelo sistema imune.
Existem, ainda, diferentes padrões da infecção:
- Aguda: aumento da carga viral e resolução subsequente da infecção pelo sistema imune, com
eliminação total do vírus. Eliminação rápida dos vírus, dentro de dias, e é autolimitante, gerando anticorpos.
Aumento da produção dos títulos de anticorpos concomitante com o início da diminuição da carga viral e dos
sintomas.
- Latente: infecção inicial resolvida, mas o vírus pode ser reativado em diferentes momentos. Picos de
carga viral, com presença dos sintomas, intercalada com eliminação da carga viral, com novo aumento da carga
viral, com nova presença dos sintomas. Existe um padrão de infecção persistente com um quadro de infecção
mais espaçado e uma infecção latente recorrente.
- Progressiva: um pico de carga viral em um momento, com posterior tentativa de resolução e com
progressão subsequente, aumentando a carga viral novamente.
- Crônica: pico de carga viral e manutenção dessa carga em determinado basal ao longo de muitos anos. Mais lenta, com equilíbrio entre a replicação viral
e a resposta imunitária. Quando a carga viral aumenta, ocorre a presença dos sintomas. Quando a resposta imune passa a não ser mais capaz de equilibrar a
replicação viral, essa replicação descontrola e aumenta. Evolução lenta e baixos títulos virais.
- Falha na evidência da eliminação: pico de replicação, com eliminação pelo sistema imune e um basal posterior que não se sabe se é significante para
gerar a doença de novo.
 Arboviroses
Os arbovírus são vírus transmitidos por vetores artrópodes, que são hematófagos, em geral, transmitindo esse vírus na hora da picada. Estão relacionados
com mosquitos e carrapatos como principais transmissores das infecções.
Os hospedeiros invertebrados funcionam como vetores biológicos, porque o vírus sofre uma etapa de replicação nesses, antes de ser transmitido para outros
hospedeiros. A transmissão entre hospedeiros invertebrados acontece pela transmissão intra ou transovariana, ou um hospedeiro invertebrado pode transmitir para um
hospedeiro vertebrado. Os hospedeiros vertebrados funcionam como dead end hosts, hospedeiros dos quais os agentes infecciosos não são transmitidos a outros
hospedeiros suscetíveis.
A maioria das infecções são zoonoses e os principais hospedeiros naturais desses vírus são aves, roedores, primatas e pequenos mamíferos, e os hospedeiros
acidentais incluem o homem e animais domésticos.
Os arbovírus importantes na saúde humana possuem genoma RNA, existindo grande plasticidade genética, uma vez que genomas RNA são mais suscetíveis de
sofrerem mutações. Essas mutações podem permitir que esses vírus adquiram diferentes hospedeiros vertebrados e invertebrados, permitindo o sucesso das infecções
no processo de disseminação.

Ciclos de transmi"ão:
Os arbovírus são transmitidos por mosquitos, moscas ou carrapatos, relacionados com vetores que fazem o
processo de hematofagia. Essas infecções possuem, pelo menos, 2 hospedeiros, podendo ser um invertebrado e um
vertebrado ou 2 invertebrados. Os arbovírus precisam se multiplicar no vetor antes da transmissão, o que levanta a
questão da diferença do vetor biológico para o vetor mecânico. O vetor biológico é aquele no qual o agente viral replica
e o vetor mecânico apenas carrega o vírus, não é possível que o vírus se replique nesse, mas pode ser transmitido por ele.
Houve uma perda da exigência da amplificação enzoótica, e esses vírus passaram a se relacionar com epidemias
urbanas. A transmissão pode acontecer pessoa-pessoa pelos vetores artrópodes e ocorre por culicídeos, principalmente
dos gêneros Culex e Aedes.
A transmissão acontece pela picada da fêmea, hematófagas, e essa alimentação de sangue é importante para a produção de ovos e para o processo de ovulação
do mosquito. Normalmente, esses mosquitos possuem hábitos diurnos. O mosquito saudável pode adquirir o vírus de uma pessoa contaminada e, uma vez que adquire
esse vírus, agora esse vetor sendo biológico, passa a replicar o vírus dentro dele e passa a se tornar contaminado, capaz de infectar outro hospedeiro vertebrado.

Sinais e sintomas:
As manifestações clínicas variam de acordo com o vírus, uma vez que, embora essas arboviroses estejam agrupadas, não são parecidas entre si, podendo gerar
quadros e manifestações clínicas específicas e diferentes. Normalmente, as manifestações clínicas mais inespecíficas estão relacionadas com as diferentes arboviroses,
sendo difícil distinguí-las por esses sintomas. A maioria das arboviroses causa uma doença febril sistêmica,
normalmente febre não específica, acompanhada de dor de cabeça, mialgia, mal estar e prostração.
Existe o curso bifásico da doença: uma fase moderada - febril e não específica - e uma fase mais severa, por
progressão da fase moderada - pode gerar sequelas ou levar à morte.
Existem, ainda, arboviroses relacionadas com febres hemorrágicas, com quadros de encefalites e com quadros
artritogênicos.

Flavivírus:
Vírus com genoma RNA fita simples de polaridade positiva, que já funciona como RNAm uma vez dentro da célula, podendo ser, automaticamente, traduzido pela
maquinaria de tradução celular nas suas diferentes proteínas estruturais e não estruturais.
Sua estratégia de reprodução consiste na produção de uma poliproteína que sofre uma clivagem proteolítica por proteases virais e pela protease do Golgi, dando
origem a 3 proteínas estruturais - do capsídeo, da membrana e do envelope - e 7 proteínas não estruturais.
Vírus envelopados, com lipoproteínas e estruturas que funcionam como ligantes inseridas no envelope. Abaixo do envelope está o capsídeo viral, que mantém
protegida a estrutura do genoma do vírus. O vírus é produzido em uma forma imatura e clivagens em uma proteína
precursora de membrana fazem com que haja a maturação dessa partícula viral, que agora se torna infecciosa.
Esses vírus possuem receptores específicos na superfície da célula hospedeira, ao qual se ligam, são endocitados e
sofrem o desnudamento. Seu RNA liberado funciona como RNAm, podendo ser automaticamente traduzido pela
maquinaria de tradução da célula hospedeira e fica associado intimamente com membranas, principalmente do retículo
endoplasmático. Esses vírus replicam no citoplasma e, uma vez que as partículas virais são geradas, maturam no complexo
de Golgi e podem ser liberadas para infectar outros hospedeiros.

Vírus da febre amarela (YFV):

No ciclo silvestre, esses vírus são transmitidos por mosquitos dos gêneros Haemagogus e Sabethes, que infectam macacos. No ciclo urbano, a transmissão
ocorre principalmente por mosquitos do gênero Aedes. Por causa de modificações demográficas e socioeconômicas constantes, por questão de desmatamentos e
morte de animais, esse vírus passou a infectar humanos.

Patogênese:
O vírus é hepatotrópico, com tropismo pelo fígado, mas pode se disseminar para diferentes regiões, podendo infectar outros sítios, como os nódulos linfáticos, as
células do sistema imune, as células do coração, baço e rim.
Sua patogênese está relacionada com manifestações e modificações hepáticas. Através da infecção do fígado, há uma progressão da doença, com danos
hepáticos mais evidentes, com aumento concomitante de enzimas hepáticas, e o quadro de icterícia. Além disso, há um processo inflamatório gerado por essa infecção,
tanto de células do sistema imune como de outras, contribuindo para a geração de um quadro inflamatório que pode levar a manifestações mais sérias.
Em uma fase inicial, são observados basicamente os sintomas inespecíficos, como dor de cabeça, febre, perda
de apetite, náuseas, vômitos e dores musculares. Pode haver a progressão da doença, gerando uma fase tóxica,
relacionada com febres mais altas, pele e olhos amarelados, sangramento da boca, nariz, olhos e estômago, vômitos,
dores abdominais, urina escura, entre outros.
O período de incubação do vírus varia de 6 a 10 e 90% dos quadros são assintomáticos ou oligossintomáticos.
As formas leves são autolimitadas e incluem astenia, dor de cabeça e febre. A forma moderada está relacionada com
náuseas, mialgia, artralgia, icterícia e outras manifestações devido ao acometimento de outros tecidos. A forma severa,
por sua vez, tem alta taxa de mortalidade, de 30 a 70%.

Vacina:
Vacina de vírus atenuado, preparada em ovo embrionado. Possui 95% de eficiência, ou seja, mais de 10 anos de proteção com uma única dose da vacina. Essa
vacina pode ser aplicada de 9 meses a 60 anos de idade, mas existem algumas restrições, como gestantes em áreas sem circulação viral, doenças de base - com
comprometimento imunológico - e pacientes que fazem uso de corticoides - imunossuprimidos.

Vírus Chikungunya (CHIKV):

Possui genoma fita simples de RNA de polaridade positiva, com duas ORFs, duas fases de leitura abertas. Uma dessas fases de leitura aberta dá origem às
proteínas não estruturais, sintetizadas logo em um primeiro momento da replicação viral, e posteriormente há a expressão das proteínas estruturais, em uma fase mais
tardia. No caso das proteínas estruturais, são primeiramente sintetizadas na forma de uma única poliproteína que posteriormente sofre clivagem proteolítica, dando
origem às diferentes proteínas estruturais do vírus.
Sua estratégia temporal de replicação do genoma tem as mesmas etapas dos outros vírus. Ocorre a entrada, depois o desnudamento, a replicação no citoplasma
e o brotamento e liberação dos vírus maduros.
Esses vírus são transmitidos por mosquitos Aedes e estão relacionados, também, com quadros de infecções verticais.
Patogênese:
Replicam, primeiramente, nos fibroblastos dérmicos, caem na corrente sanguínea e disseminam para o fígado, para o músculo, para as articulações, para o baço,
para os linfonodos e para o cérebro.
Esse vírus pode fazer uma infecção crônica, persistindo em alguns tecidos, como no tecido muscular, e a
persistência dessa infecção no tecido muscular pode fazer com que os quadros artritogênicos se apresentem por longo
tempo.
As manifestações clínicas mais inespecíficas estão relacionadas com febre, dor de cabeça, mialgia, alguns
sintomas digestivos e dores articulares bastante intensas.
Essa infecção pode ser assintomática ou pode se dar de forma sintomática amena ou incapacitante. As
manifestações neurológicas podem acontecer, embora sejam mais raras. Os quadros sintomáticos podem ser divididos
em infecção aguda, que vai de 1 a 3 semanas após a incubação do vírus, e as manifestações dessa variam de
adenopatia cervical, astenia, calafrios, náusea, vômitos, diarreia, febre alta, entre outros.
Na fase pós aguda da infecção, que ocorre após a 3ª semana, os pacientes podem apresentar poliatralgia que pode durar por anos, inflamações e síndromes de
compressão nervosa.
Na fase crônica da infecção, é possível observar artralgia persistente, por mais de 3 meses, dor nas articulações, fadiga, formigamento e dormência nas
extremidades, sugestiva de neurite.

Diagnóstico e tratamento:
O diagnóstico é feito pela avaliação clínica, pro testes sorológicos, por testes moleculares ou pelo
isolamento viral.
No diagnóstico diferencial, o que varia mais é a intensidade de dor articular, entre dengue e Chikungunya.
O tratamento é de suporte, não existe vacina ou droga antiviral para a infecção por esse vírus. O suporte é
feito pela administração de analgésicos e antitérmicos, não utilizando anti-inflamatórios ou AAS, que podem
inibir a ativação plaquetária, inibindo processos de coagulação, uma vez que esse pode estar relacionado com o
desenvolvimento de quadros hemorrágicos. É feita a re-hidratação oral e a utilização de corticoides.

Vírus da dengue (DENV):

Transmitido pela fêmea do mosquito Aedes, que se alimenta de sangue para a produção de ovos. O vírus replica no hospedeiro invertebrado, no seu trato
intestinal, e é liberado durante a picada. Um mesmo mosquito pode picar um número grande de pessoas, amplificando o processo de disseminação de vírus em uma
população.
Da família flavivírus, com 4 sorotipos - dengue 1 a 4. Vírus envelopado, com capsídeo icosaédrico, com o genoma no seu
interior, molécula de RNA de fita simples e polaridade positiva. Inseridas no envelope, estão a proteína E e a proteína M,
essenciais para o início do processo de replicação viral, para a ligação do vírus no receptor da célula hospedeira. Além dos
genes que codificam as proteínas estruturais, o genoma codifica também para as proteínas não estruturais, importantes para
diversos processos da replicação viral. A NS3 é a protease viral, a NS5 é a polimerase viral, e a NS1 é uma proteína
secretada por células infectadas, com efeitos diretos sobre outros tipos celulares, cuja detecção é um marcador de infecção.
 Esses vírus adsorvem à superfície da célula hospedeira através da ligação da proteína E com o receptor de superfície.
Uma vez que ocorre essa adsorção, o vírus entra por uma endocitose mediada por receptor, e no interior das vesículas
endossomais, devido à acidificação do pH, ocorre uma alteração conformacional nas proteínas do envelope, permitindo sua
fusão com a membrana da vesícula, liberando o genoma no citoplasma da célula hospedeira. Esse genoma pode funcionar já
como o RNAm, havendo a síntese de proteínas como próxima etapa do ciclo. O vírus codifica uma única poliproteína que
começa a ser processada pela protease viral, gerando as proteínas maduras, como a polimerase. A polimerase, então, pode
fazer cópias do genoma, com a formação de novas partículas maduras. Essas novas partículas sofrem um processo
adicional de maturação da clivagem da proteína prM em proteína M e podem ser liberados por exocitose.

Patogênese:
Quando o Aedes atinge um hospedeiro pode liberar vírus nas camadas mais internas da pele. Uma vez causando viremia, o vírus pode atingir diferentes tecidos
pela circulação, como coração, pulmão, fígado e cérebro, nos casos graves. Em geral, existe um tropismo por certos tecidos, como o fígado, com grande replicação viral
e lesão hepática.
O vírus tem, como principais células alvo, macrófagos, monócitos e células dendríticas, além de hepatócitos
e células endoteliais. A infecção dessas células pode gerar efeitos citopáticos importantes e morte celular, mas esse
processo está mais associado ao disparo de uma resposta inflamatória, que contribui para a lesão vascular, uma
das principais características de progressão da infecção - dengue hemorrágica.
Quaisquer dos 4 sorotipos podem causar o mesmo espectro de manifestações clínicas. A frequência de
indivíduos assintomáticos é bastante alta, de 50 a 75% das pessoas infectadas. Dentre os sintomáticos, as
manifestações mais comuns são febre, dor retroorbital, muscular ou nas articulações, rash e náusea ou perda de
apetite. Esses sintomas surgem após o período de incubação, que dura entre 4 e 10, e costumam durar de 2 dias
a 1 semana. Nesse período, na fase febril, está acontecendo o quadro de replicação viral e de resposta imune. Na maioria dos indivíduos, essa resposta disparada pelo
reconhecimento do vírus resolve a infecção viral, entrando em uma fase de convalescência. Entretanto, no momento de redução da febre, está a fase crítica, já que
o indivíduo pode evoluir para a recuperação ou para um quadro de dengue grave, a dengue hemorrágica, associado a eventos de hemoconcentração, hipotensão, dores
abdominais e insuficiência circulatória e choque.

Se o paciente, com quadro de dengue, começar a apresentar alguns sinais de alarme, como dor abdominal intensa, vômitos frequentes com sangue,
sangramento de mucosa, vai evoluir, frequentemente, para a forma grave.
Em alguns casos há o desenvolvimento de formas graves e em outros não por diversos motivos, como diferenças entre cepas virais, gerando replicação viral
diferenciada ou o disparo da resposta por certos vírus. Essa é uma doença de caráter inflamatório, então o descontrole da resposta inflamatória contribui para o
desenvolvimento de formas graves - tempestade de citocinas e mediadores vasoativos. Além disso, alterações de coagulação estão envolvidas, bem como
trombocitopenia. O desenvolvimento das formas graves está associado à potencialização mediada por anticorpos (ADE), hipótese que diz que, quando um
indivíduo é infectado por um sorotipo de dengue desenvolve anticorpos específicos e neutralizantes contra esse sorotipo, bem como memória. Entretanto, se após um
período de tempo o paciente for infectado por um sorotipo diferente, parte dos anticorpos gerados na infecção primária pode se ligar ao vírus da infecção atual mas
não neutralizá-los. Assim, há a formação exacerbada de imunocomplexos, que podem entrar na célula hospedeira pela via de receptores para a porção FC das
imunoglobulinas. Com isso, há um aumento da carga viral e maior probabilidade do desenvolvimento das formas graves.

Diagnóstico e tratamento:
A primeira abordagem é epidemiológica, seguida da avaliação clínica. Além disso, pode ser feito um acompanhamento laboratorial para sugerir a evolução clínica
do paciente. É frequente observar um aumento de hematócrito - associado ao processo de hemoconcentração em função do extravasamento de plasma -, uma
diminuição no número de plaquetas e uma hipoproteinemia - elevação dos níveis séricos de transaminases, resultado da replicação do vírus no fígado. A confirmação
diagnóstica é feita através da busca por anticorpos contra o vírus - sorologia ou ELISA - ou através da busca do genoma viral ou da proteína NS1 - PCR.
Não existe tratamento contra a dengue, e esse é de suporte. Os pacientes utilizam analgésicos e antitérmicos, não podendo usar anti-inflamatórios não
esteroidal. É feita a re-hidratação oral e, nos pacientes graves, é necessária a internação para a manutenção do fluido corporal.
Existe uma vacina contra a dengue, uma vacina recombinante com o esqueleto do vírus vacinal de febre amarela e o envelope da febre amarela substituído pelo
envelope da dengue - vacina tetravalente (4 sorotipos). Essa vacina tem proteção de cerca de 60% e seu principal efeito foi uma redução de gravidade. Os
indivíduos que nunca foram infectados e fazem uso da vacina podem ter maior probabilidade de evolução para a forma grave, se infectados novamente. Assim, a vacina
é recomendado para indivíduos maiores de 9 anos que tenham infecção prévia confirmada.

Vírus zika (ZIKV):

A grande maioria dos indivíduos é assintomática ou com sintomas leves. Na maioria dos casos, há febre baixa por 1 a 2 dias, ou a ausência de febre. É comum o
aparecimento do rash, associado à coceira. Pode haver dores musculares ou dores articulares moderadas e conjuntivite.
A zika também está associada a casos de microcefalia, por transmissão vertical de gestantes infectadas. Além dessa microcefalia, existem outras alterações
relativamente comuns na infecção congênita por zika, como a calcificação, a ventriculomegalia e a ausência de giros no cérebro. Outras manifestações neurológicas
também podem ser observadas, como o aborto espontâneo, a artrogripose e o aumento do perímetro cefálico - síndrome congênita do zika.
O zika apresenta diferentes vias de transmissão:
- Picada pelo Aedes: principal via de transmissão.
- Transplacentária
- Sexual: presença de vírus no sêmen por um grande período de tempo.

Patogênese:
A entrada do vírus nas camadas mais internas na pele atinge a circulação. Essa infecção tem curso curto, mas uma vez no sangue, esse vírus pode atingir
diferentes tecidos. Em geral, a infecção está associada com uma resposta imune protetora, é uma doença aguda e autolimitante.

Diagnóstico:
 Vírus neurotrópicos
Poliovírus:
Associados com a paralisia infantil, ou paralisia flácida aguda. Estão classificados dentro do gênero enterovírus, vírus que possuem replicação entérica. No
caso dos enterovírus de forma geral, não estão associados a quadros de gastroenterite, apesar de que os sinais e sintomas das doenças de cada um desses vírus
podem incluir quadros diarreicos ou de gastroenterite, não sendo os quadros principais. São 3 sorotipos distintos de poliovírus - 1, 2 e 3 -, e todos eles são capazes
de causar a paralisia.

Enterovírus:
Sua principal via de transmissão é a via fecal-oral, ou seja, a porta de entrada do vírus é a mucosa oral, mas seu sítio de replicação primária são os enterócitos.
O vírus é engolido, passa através do trato gastrointestinal e replica no intestino. Consequentemente, é eliminado nas fezes. Um paciente pode adquirir esse vírus por
contato direto com uma pessoa infectada - transmissão interpessoal -, ou pelo contato com fômites contaminados com partículas virais que vieram do contato
com as mãos ou com gotículas da mucosa oral de uma pessoa infectada, ou por uma contaminação ambiental - consumo de alimentos crus ou mal cozidos que
entraram em contato com água contaminada ou com as mãos de um indivíduo contaminado.
Esses vírus são agentes etiológicos de uma série de doenças. A mais conhecida é a poliomielite paralítica - doença causada pelos poliovírus -, mas também há a
meningite asséptica (não bacteriana, sem turvidez do liquor) e encefalite - poliovírus e outros enterovírus -, a miocardite, a conjuntivite hemorragia aguda e a doença de
pés-mãos e boca. Essas doenças são encontradas, principalmente, em ambientes institucionalizados.
Exceções à via de transmissão fecal-oral:
- Coxsackievírus A21: relacionado a uma infecção respiratória, podendo se propagar pela via intranasal ou a partir de aerossóis.
- Enterovírus 70 e Coxsackievirus A24v: causam conjuntivite hemorrágica e se propagam por meio de secreções oculares ou materiais
contaminados.
Uma vez que esses vírus são ingeridos pela via oral, atravessam todo o trato gastrointestinal e replicam nos enterócitos, nas placas de Peyer. A partir desse
replicação que atinge altos níveis de produção de partículas infecciosas, esses vírus chegam à circulação sanguínea através da circulação linfática, gerando uma
viremia primária. Da circulação, esses vírus atingem os tecidos alvo - viremia secundária. Se chegam ao SNC e infectam os neurônios, causam as encefalites e as
paralisias. Nas meninges, causam meningites virais. Se os vírus chegam na epiderme, causam exantemas e, se chegam a diferentes grupos musculares, podem causar
miocardite, pericardite, entre outras.
Vírus pequeno, com capsídeo altamente compactado que guarda a molécula de RNAm. Esse vírus não é envelopado e isso, junto com a alta compactação do
capsídeo, dá ao vírus uma propriedade de resistir a condições adversas do ambiente. Esses vírus são altamente resistentes a diversos tipos de sanitização,
necessitando tratamento com hipoclorito. Dessa maneira, os enterovírus são frequentemente detectados em amostras de água consideradas aceitáveis com base na
contagem de bactérias coliformes fecais.

Patogênese da poliomielite:
A partir da porta de entrada, já no primeiro dia de contato, o vírus chega até os enterócitos, onde ocorre uma replicação
viral muito intensa. A proximidade dos locais de replicação com os linfonodos mesentéricos e a infecção de células desses
linfonodos leva à chegada do vírus até a circulação sanguínea - viremia primária. A partir da viremia primária, ocorre a
possibilidade da invasão do SNC. Até existir uma quantidade de vírus suficiente na circulação sanguínea e em outros locais do
organismo, com destaque para os tecidos musculares, começa a haver a chance do vírus chegar ao SNC. Durante esse período
de tempo que leva para a amplificação do inóculo viral, sua chegada à circulação e sua possibilidade de invadir o SNC, já é
detectado o aparecimento dos anticorpos iniciais e da resposta celular específica.
Nos casos em que o vírus chega até o SNC e invade esse, esses vírus replicam em grupos neuronais específicos no SNC,
e o espalhamento viral passa a ser intraneural. A partir desse momento, podem começar a acontecer os sinais e sintomas da
infecção com a destruição desses grupos neuronais específicos - replicação lítica viral.
Com 10 dias pós infecção, altos níveis de anticorpos no soro podem ser detectados e, geralmente, no 11º dia pós infecção,
a paralisia flácida aguda é verificada. O vírus é excretado nas fezes a partir de tempos iniciais, mas o pico de excreção se dá
do 10º ao 12º dia. Dependendo do status imunológico do indivíduo, esse pode ficar excretando vírus nas fezes por cerca de 30 dias - imunocompetentes - ou até 6
meses - imunodeficientes.
 A principal molécula de superfície utilizada para a entrada do vírus na célula é a CD155, um membro da superfamília das imunoglobulinas. Essa molécula está
presente na membrana de axônios. O vírus replica majoritariamente nos neurônios motores da medula espinhal, e seu espalhamento é retrógrado, axonal,
subsequente para os centros motores no cérebro. O dano dos centros motores resulta na paralisia muscular típica vista nessa doença.

90% das pessoas infectadas pelos poliovírus são assintomáticas ou apresentam sintomas leves - febre, fadiga, dor de cabeça, rigidez de pescoço e dores nos
membros inferiores. Somente 1 a 2% dessas pessoas chegam ao quadro de paralisia flácida aguda.

Paralisia flácida aguda:

1 em 200 infecções progridem para uma paralisia irreversível, usualmente nas pernas, como consequência da destruição dos centros nervosos que ativam a
musculatura dessa região. Os músculos deixam de ser funcionais e o membro se torna flácido e sem vida.
Em alguns indivíduos, um paralisia mais extensa pode se desenvolver, uma paralisia no tronco e nos músculos do tórax ou abdome - pólio bulbar. Nesses casos,
a replicação viral pode acontecer nas células nervosas do tronco encefálico, levando à sua destruição. Com isso, há a redução da capacidade respiratória e
dificuldades de deglutição e fala.
Alguns fatores podem aumentar a probabilidade do desenvolvimento desse quadro:
- Imunodeficiências: principal causa em crianças.
- Gravidez
- Remoção das amígdalas
- Injeções intramusculares
- Exercício extenuante
- Injúria
Pessoas que sobrevivem à pólio paralítica podem desenvolver sintomas adicionais até 40 anos após a doença original. Esses sintomas incluem uma fraqueza
muscular progressiva, fadiga severa e dor nos músculos e articulações dos membros inferiores.

Diagnóstico:
As amostras de escolha são as fezes, apesar de que swabs de garganta e retais também podem indicar a presença dos poliovírus. Uma vez que chegue
amostra com suspeita de infecção por poliovírus nos laboratórios, deve ser feita a inoculação desses em culturas celulares suscetíveis à infecção. O efeito causado
pelo vírus na cultura já é suficiente de indicativo da presença de poliovírus. Entretanto, somente com técnicas moleculares - amplificação por RT-PCR - há a
confirmação do diagnóstico. Para diagnosticar o tipo de poliovírus pode ser feita uma identificação inicial para cada um dos tipos, mas, muitas vezes, é necessário
saber se o poliovírus que foi identificado é o selvagem ou o vacinal. Para essa identificação, é feito sequenciamento.

Vacinas:
- Salk: vírus inativado. Vacina IPV. Não tem vírus vivo, incitando basicamente uma resposta humoral. Imunidade humoral satisfatória, sua administração é
intramuscular, podendo ser incorporada à DPT, mais segura e pode ser empregada em indivíduos imunodeficientes. Necessidade de reforços para manutenção dos
títulos, não induz imunidade local (intestinal), custo mais elevado e falhas técnicas na inativação podem levar a surtos.
- Sabin: vírus atenuado. Vacina oral (OPV). Vírus vivo que replica no organismo, sem capacidade de invadir o SNC, e, por causa disso, a resposta e a
duração da resposta são muito maiores. Permitiu o nível de sucesso de eliminação do poliovírus. Imunidade humoral e intestinal da mesma forma que a infecção, mais
facilmente administrada, mais econômica e espalha o vírus vacinal para outros indivíduos e ao meio ambiente - imunidade de rebanho. Possibilidade de mutações -
vírus vacinal pode causar a doença -, contra indicada para pessoas imunodeficientes, em regiões tropicais há problemas na rede de frio e imunidade inconsistente -
doses repetidas em regiões tropicais.

VDPV (poliovírus derivados da vacina):

Se o poliovírus vacinal tiver menos de 1% de divergência genética para a vacina, é considerado que a pessoa teve a paralisia pelo vírus vacinal. Entretanto, já
existe de 1 a 15% de divergência viral na região VP1 do genoma viral para o vírus vacinal, sendo esse o poliovírus derivado da vacina, com a capacidade de circular nas
comunidades, principalmente nas com cobertura vacinal não satisfatória. Assim, há casos de poliomielite transmitida nos locais endêmicos por vírus derivados da
vacina.

Neurovirologia:
A partir da disseminação hematogênica, o vírus ganha acesso ao SNC através da barreira hematoencefálica ou infectando neurônios da junção neuro-muscular.
No caso da passagem pela barreira, o poliovírus pode passar pelo espaço entre as células que compõem a barreira endotelial da barreira hematoencefálica. Essa
passagem pode ser feita independente do receptor CD155 e, nesse caso, a passagem pode ser facilitada pelo aumento da permeabilidade da barreira causada pela
produção de citocinas pró-inflamatórias em resposta à infecção. O poliovírus também consegue passar através das células, em associação com outra molécula que não
é seu receptor específico. Outros enterovírus também podem acessar o parênquima cerebral, infectando células do sistema imune, como leucócitos - mecanismo de
cavalo de Tróia.
No caso da via da junção neuro-muscular, o poliovírus chega no espaço intersticial dos músculos, a partir do qual invade o neurônio motor e faz o percurso via
transporte axonal retrógrado, viajando a partir do axônio até o corpo celular, localizado no corno anterior da medula espinhal. Os neurônios motores infectados
atraem células do sistema imune, causando uma inflamação local, além do dano promovido pelo próprio vírus nas células da medula óssea. À medida que o neurônio
morre, devido à replicação viral, o músculo inervado por ele pára de receber os sinais do cérebro, fazendo com que perca sua função. Além da morte neuronal, também
é interrompida a chegada de fatores tróficos do músculo, então sua capacidade de crescimento também é interrompida - atrofia e enfraquecimento muscular.
A partir do músculo, na junção neuromuscular, o poliovírus entra pelo axônio do neurônio motor em vesículas - vírus intacto
associado ao CD155 expresso nos axônios do neurônio motor. Uma vez dentro da vesícula, a porção extravesicular desse receptor
se associa a uma molécula motora de transporte, a dineína, que é transportada associada aos microtúbulos ao longo de todo o
axônio, até chegar no corpo celular, localizado no corno anterior da medula espinhal. Chegando no corpo celular, a partícula viral sua
do endossoma e passa pelo desnudamento, havendo sua replicação e a morte neuronal - lítica ou apoptótica.
O poliovírus, quando ataca os neurônios do tronco cerebral, mesencéfalo, ponte, bulbo ou região de formação reticular,
acomete nervos cranianos que controlam movimentos da façe ou movimentos do diafragma. Quando isso ocorre, se instala o pólio
bulbar.
Além disso, algumas pessoas desenvolvem a síndrome pós pólio até 40 anos após a infecção original. Quando o poliovírus
mata o neurônio motor, os outros neurônios motores que estão na região formam ramificações colaterais para contrabalancear a
perda. Entretanto, durante o processo de envelhecimento natural, neurônios motores são perdidos. Quando um paciente que teve
poliomielite e resolveu a infecção passa pelo processo de envelhecimento e perde neurônios motores, não perde
apenas a função muscular no local da inervação do neurônio motor que morreu, perde também a função em
células que estavam sendo inervadas pelas suas ramificações colaterais. Essa síndrome está relacionada com a
persistência do RNA do poliovírus do SNC, o que sugere que esse pode causar danos tardios.

Vírus da raiva:
Tem como alvo o neurônio, que faz parte do seu ciclo replicativo biológico. Seu mecanismo de entrada no SNC é pela infecção na junção neuromuscular do
neurônio motor, sendo inoculado a partir de um animal que tenha o vírus na sua saliva. O vírus chega no axônio do neurônio motor, faz transporte axonal retrógrado.
Uma vez no SNC, continua sua replicação no neurônio motor da medula espinhal, atinge outras áreas do cérebro, promovendo morte e disfunção neuronais, bem como
destruição da arquitetura do tecido no local onde replica. Com isso, espalha para outras regiões, como as glândulas salivares.
Não existe um único receptor, sendo que uma ação conjunta de diferentes moléculas receptoras, principalmente os receptores nicotínicos de acetilcolina,
promove a sua entrada no neurônio. O vírus pode viajar intacto dentro de vesículas, ou seu capsídeo pode viajar sem o envelope através dos microtúbulos em
associação com proteínas motoras. De qualquer forma, a partícula viral chega ao corpo celular, onde passa pelo processo de replicação, transcrição, síntese das suas
proteínas, formação de partícula viral madura e brotamento.
 A raiva é uma encefalomielite viral aguda e progressiva transmitida pela mordedura de um mamífero infectado. Qualquer mamífero pode ser afetado, porém os
cães são responsáveis por mais de 90% dos casos de transmissão para humanos. Humanos e herbívoros de grande porte são considerados hospedeiros dead-end,
ou seja, não são capazes de transmitir o vírus da raiva. Não existem reservatórios sem comprometimento clínico, todos os animais infectados pela raiva manifestam a
doença.
Esses vírus têm partículas virais em forma de projétil e apresentam genoma de RNA fita simples negativo que codifica 5 proteínas. Essa é uma partícula viral
envelopada, sendo que a glicoproteína do envelope é importante para o controle da infecção.

Patogênese da raiva:
A transmissão se dá pela mordedura ou lambedura de mucosas ou feridas prévias por um animal portador do vírus.
Existe a forma de transmissão por inalação de excretas de morcegos em cavernas, mas também já foi descrita a transmissão
por transplante de órgãos e casos de transmissão por herbívoros de corte infectados. A profundidade e o grau de dano da
lesão, no sítio de inoculação, são determinantes para o desenvolvimento da raiva propriamente dita. A distância do sítio de
inoculação para o SNC também impacta no tempo de inoculação dos sistemas neurológicos.
O vírus, no sítio de inoculação, se replica no tecido nervoso ou conjuntivo e, através da junção neuromuscular, infecta o
neurônio que inerva o músculo afetado e trafega através do seu axônio, chegando ao corpo neuronal - transporte axonal
retrógrado. Esse tráfego tem uma velocidade bem estabelecida, então quanto mais próximo o sítio de inoculação do SNC,
mais rápido ele chega e causa os sintomas neurológicos. Quando chega no cérebro, afeta o sistema límbico, levando às
alterações de comportamento.
Depois que o vírus se replica no SNC, faz um transporte antirretrógrado, se espalhando por diversos tecidos inervados pelo sistema nervoso, chegando
principalmente nas glândulas salivares, permitindo a disseminação do vírus na saliva.
O vírus em si não causa intensa morte neuronal, mas gera neuro-inflamação e compromete a função dos neurônios infectados. Consequentemente, afeta os
sistemas inervados pelos neurônios infectados, evoluindo de um quadro de raiva furiosa até um quadro de raiva aguda, com falência múltipla dos órgãos.
O período de incubação é bastante variável, podendo variar de 10 a 90 dias após a exposição, e é mais curto em crianças.
- Fase prodrômica: fase de sinais e sintomas inespecíficos que duram de 2 a 10 dias. Podem ocorrer febre, linfadenopatia, hiperestesia e parestesia no
trajeto dos nervos periféricos, próximos ao local da mordedura, e alterações de comportamento. Ocorrem sensações anormais de ansiedade, insônia, irritabilidade e
alucinações sensoriais.
- Quadro neurológico agudo e progressivo: se instaura após a fase prodrômica. Quadro praticamente irreversível. A raiva furiosa é mais expressiva, na
qual o indivíduo apresenta ansiedade, agitação, rigidez na nuca, aerofobia, espasmos da faringe, disfagia, hidrofobia e sialorreia - espumar. Pode, ainda, ocorrer
apoplexia focal ou generalizada - vírus pode afetar vários órgãos -, arritmia cardíaca e respiratória, hipertensão, progredindo para coma e morte. Os pacientes que
sobrevivem ao caso de excitação aguda passam para um quadro paralítico caracterizado por apatia e paralisia muscular flácida.
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Diagnóstico:
O histórico de exposição e monitoramento do animal agressor são bastante importantes. O diagnóstico laboratorial usa imunofluorescência direta de
impressão de córnea, raspado de mucosa lingual ou por biópsia de pele da região cervical - tecido bulbar de folículos pilosos, que são inervados, podendo-se detectar
antígenos virais na região. Essa técnica é de baixa sensibilidade. Atualmente, se utiliza RT-PCR nas mesmas amostras usadas para a imunofluorescência direta,
com sensibilidade maior através da amplificação do gene N - da nucleoproteína viral. Nesse exame podem ser utilizadas amostras de saliva, folículo piloso ou liquor. Os
resultados negativos para esses testes não descartam a possibilidade da infecção pelo vírus da raiva, sendo importantes a investigação clínica e a laboratorial para
haver um diagnóstico confirmatório.
O diagnóstico post-mortem é importante, e ele é feito pela histopatologia geral, pela detecção de corpúsculos de Negri - pontinhos eosinofílicos nos neurônios
que são acúmulo de proteínas virais nos neurônios infectados -, mas esse método tem baixa sensibilidade. Também pode ser feita a imunohistoquímica, que detecta
antígenos específicos do RABV em tecidos fixados. A imunofluorescência direta do tecido cerebral pode ser feita, mas deve ser feita em tecido fresco.
 O diagnóstico sorológico tem uma importância para avaliar a eficácia da profilaxia pré-exposição - vacina -, não tendo uma aplicação
clínica na infecção, uma vez que um indivíduo infectado dificilmente consegue produzir anticorpos durante o período patogênico. É feito um
ensaio de neutralização - vírus da raiva isolado incubado com o soro do indivíduo e, se houverem anticorpos neutralizantes, esses se ligam no
vírus, impedindo que esse infecte células em cultura. Existe, também, um ensaio de tipificação antigênica, para introduzir os vírus em filogrupos.
Para isso, existe um painel de anticorpos contra proteínas de nucleocapsídeo específicas que reconhecem as diferentes espécies e variantes
desses vírus.
O diagnóstico diferencial é mais importante na raiva aguda, uma vez que a raiva furiosa é bastante característica, principalmente pelo
fenômeno da hidrofobia. A raiva aguda tem uma sobreposição de sintomas e sinais clínicos semelhantes a outras encefalites.

Profilaxia pré-exposição:
Vacinas atenuadas e vacinas inativadas. Essas são preconizadas para indivíduos que atuam sob exposição ocupacional permanente e fazem parte do calendário
infantil em regiões de alto risco. São administradas 3 doses e, ao final, é preciso testar se o indivíduo apresenta anticorpos neutralizantes. Se não apresentar, deve
ser submetido a uma nova dose e a uma nova avaliação sorológica.
A vacinação de animais deve ser feita, tanto em animais domésticos, como de produção. Alguns países começaram a vacinação de animais silvestres através de
iscas contendo o vírus atenuado. Como essa vacina é atenuada, existe uma possibilidade de reversão, e essa técnica tem difícil monitoramento dos animais.

Profilaxia pós-exposição:
Quando o indivíduo já foi exposto ao vírus ainda pode ser vacinado, por conta do período de incubação da doença, possibilitando que o indivíduo imunizado
produza anticorpos neutralizantes e consiga evitar que o vírus chegue ao SNC.
Essa profilaxia também preconiza a administração de imunidade passiva com soro antirrábico heterólogo - equino - ou homólogo - imunoglobulina humana. A
administração desse soro ocorre diretamente no sítio de inoculação, em dose única. Pacientes que já administraram soro heterólogo para alguma outra doença não
podem receber o soro heterólogo de equino no caso da exposição ao vírus da raiva.
A limpeza e a assepsia adequada dos ferimentos é muito importante para o controle da infecção e deve ser realizada o mais breve possível.
A eficácia da profilaxia pós-exposição é assegurada antes do estabelecimento dos sintomas neurológicos.
 Viroses respiratórias
Esses vírus são liberados do hospedeiro infectado através de gotículas que contêm os vírus, e esses podem se dispersar no ar ou contaminar superfícies. A sua
capacidade de transmissão pode variar entre os vírus, dependendo da sua composição química, da dose infecciosa e da transmissibilidade. A transmissão, em geral,
ocorre pela entrada dos vírus através do contato direto entre pessoas, por aerosol ou pelo contato das mãos em alguma superfície contaminada.
A infecção por qualquer um dos vírus respiratórios teria o potencial de causar um espectro de manifestações clínicas, que vai desde o resfriado simples -
associado principalmente à entrada e à replicação dos vírus no trato respiratório superior - até a gripe - movimento de febre, cansaço e cefaleia, além dos sintomas
respiratórios -, podendo, ainda, se disseminar no trato respiratório inferior, atingindo outros tecidos e causando outras síndromes como bronquite, bronquiolite e
pneumonia.
O diagnóstico das infecções virais pode ser feito pela abordagem clínica, com a identificação dos sinais e sintomas associados à infecção, bem como uma
identificação epidemiológica. O diagnóstico confirmatório é feito a partir de testes laboratoriais que busquem vírus ou componentes virais ou anticorpos específicos
contra esses vírus. Para isso, é importante considerar o tempo de sintomas para saber qual a maior chance de encontrar vírus - presentes nas fases mais agudas da
infecção - ou anticorpos - aparecem em geral apos 5 dias. Quando se procura vírus ou componentes virais, esse é o padrão ouro de determinação de infecção ativa.
Quando se procura os anticorpos, se avalia se o paciente já teve contato com o vírus ou não, que pode ser recente ou anterior.
- Vírus ou componentes virais: utiliza amostras clínicas, nas quais há a capacidade de encontrar os vírus - secreções de oro ou nasofaringe, saliva ou
aspirado broncoalveolar. A partir dessas amostras, é possível buscar o genoma dos vírus por PCR ou RT-PCR. Para alguns vírus existem ensaios para busca de
antígenos ou proteínas virais, utilizando anticorpos específicos para capturar esses componentes. Além disso, é possível realizar o isolamento viral, para o qual se
necessita um sistema hospedeiro - ovos embrionados e cultura de células -, a partir do qual há a replicação viral e sua amplificação. Se tratando dos vírus que
expressam hemaglutinina, como o vírus influenza, se pode utilizar a hemaglutinação.
- Anticorpos específicos: a amostra clínica é o sangue. A partir desse, podem ser feitos imunoensaios qualitativos ou quantitativos, como o ELISA, a
imunofluorescência ou a inibição da hemaglutinação. Para a maioria das infecções, a presença de IgM é um indicativo de infecção recente, enquanto que a presença de
IgG pode ser indicativo de infecção passada. Além disso, podem ser feitos ensaios funcionais dos anticorpos utilizando o sangue dos pacientes nos testes de
neutralização, que não só avaliam a presença de anticorpos, mas também avaliam a habilidade desses em neutralizar partículas.
A maioria das infecções virais conta com tratamento de suporte, mas o vírus influenza pode ser tratado por antivirais.

Influenza:
Vírus envelopados, com a presença de hemaglutininas e neuraminidases nesse envelope. Ainda na membrana, estão as
proteínas M1 e M2 e no interior da matriz está um nucleocapsídeo composto pela proteína NP e pelo genoma do vírus - RNA
de fita simples polaridade negativa segmentado. Cada segmento do seu genoma dá origem a um gene e, uma vez que esse
vírus é RNA negativo, precisa carregar consigo seu próprio complexo polimerase para iniciar o ciclo replicativo.
Agatas

Bio"íntese:
Se inicia com a adsorção do vírus na superfície da célula hospedeira, através da interação com as hemaglutininas e moléculas de ácido siálico. O vírus entra
por um processo de endocitose. No interior das vesículas endossomais há a acidificação do pH. No envelope viral há a expressão da proteína M2, um canal de
prótons que também permite a entrada de prótons, potencializando o processo de diminuição do pH. O pH mais baixo
favorece uma alteração conformacional das proteínas de envelope, permitindo a fusão do envelope com a membrana
do endossoma e a liberação das ribonucleoproteínas no citoplasma da célula hospedeira.
O genoma liberado é replicado, com a disponibilidade de RNAms. Isso é seguido de tradução e síntese de
proteínas virais e, uma vez que há cópias do genoma e proteínas virais, ocorre a montagem e liberação das partículas
majoritariamente por brotamento pela membrana da célula, adquirindo o envelope.
Ao final desse processo há a participação importante da neuraminidase viral, com a função de clivagem do
ácido siálico. Com isso, é permitida a liberação das partículas virais recém sintetizadas da célula hospedeira, com
partículas maduras livres para a infecção de outros tipos celulares.
Variabilidade:
Existem subtipos de influenza com a habilidade de infectar diferentes espécies animais, e nem todos os vírus infectam todas as espécies. Esses vírus são
classificados a partir da sequência dos seus segmentos e a partir da hemaglutinina e neuraminidase que expressam. Existem diferentes conformações de ácido siálico
nas diferentes espécies e algumas hemaglutininas só reconhecem uma conformação específica. Com isso, há a especificidade de vírus influenza com espécies animais.
Os influenzas humanos abrangem o influenza A, o B e o C.
- A: principalmente associado à gripe sazonal. Pode infectar uma série de espécies diferentes entre mamíferos e aves e está associado às grandes
pandemias.
- B: infecta geralmente mamíferos. Associado a infecções mais brandas.
- C: infecta mamíferos e mais raramente está associado a doenças ou infecções mais graves.
Há uma alta taxa de mutações - drift - e o fato do genoma ser segmentado permite um adicional de
variabilidade, a possibilidade de reagrupamento dos segmentos - shift.
O drift antigênico consiste em mutações pontuais que podem, eventualmente, levar a alterações
importantes sobre alguma proteína viral. Anticorpos que reconheciam e neutralizavam determinado subtipo, com
essas mutações, podem perder a capacidade de reconhecimento ou de neutralização.
O shift antigênico consiste no reagrupamento dos segmentos. É uma mudança mais drástica. O vírus
tem um genoma segmentado e, durante a sua montagem, esses segmentos precisam se organizar para formar
novas partículas. Idealmente, há um segmento de casa, incluindo todos os segmentos na partícula viral madura. Entretanto, alguns erros podem acontecer nesse
processo, podendo ser geradas partículas com ausência ou duplicação de algum segmento. Ainda, se houver a infecção de uma célula por vírus diferentes, existe a
chance dos segmentos dos diferentes vírus se organizarem em uma mesma partícula, gerando um terceiro tipo de vírus.
Vírus aviários não infectam o homem e vice versa, mas ambos podem infectar porcos, por exemplo. Nessa infecção, durante a montagem, podem haver eventos
de reagrupamento, gerando novos vírus de origem aviária capazes de infectar o homem. O shif antigênico é o fenômeno que está, normalmente, associado às grandes
pandemias.

Patogênese:
O Influenza entra pelo trato respiratório superior, após o contato direto ou indireto com as vias aéreas, onde há
replicação viral com morte celular e descamação de células ciliadas. Esse vírus pode ser contido pela resposta imune inata,
por células T ou por anticorpos específicos gerados em uma infecção prévia ou pela vacinação, gerando os sintomas
respiratórios mais brandos, ou esses vírus podem disseminar para o trato respiratório inferior, majoritariamente pela via
epitelial, atingindo outros tecidos, seguido de infecção das células e lesão dessas, juntamente com o disparo de uma
resposta inflamatória que contribui para os sintomas de gripe ou para os sintomas mais graves.
Logo na porta de entrada, o vírus encontra APCs e, essas células, além de potencialmente produzirem vírus, vão ser
ativadas, produzindo mediadores inflamatórios e migrando para os tecidos. Se houver evolução da doença, ocorre a
disseminação do vírus, replicação viral e ativação de células do sistema imunológico, amplificando a resposta inflamatória.
Todos esses eventos juntos, se não controlados, podem gerar as manifestações mais graves, como a pneumonia. No pulmão, ocorre necrose, lesão tecidual e
inflamação sistêmica, o que contribui para eventos de vasodilatação, o que amplifica um processo de infiltrado leucocitário nos alvéolos. As células ativadas produzem
quimiocinas, recrutam mais células e amplificam o processo. Essa resposta imune inata é fundamental para o controle da infecção, mas se for exacerbada ou não
controlada, pode ser responsável por boa parte dos sintomas observados.
Além disso, essas lesões e a própria resposta inflamatória podem tornar o paciente mais suscetível a infecções bacterianas secundárias, e a pneumonia
bacteriana pode ser uma complicação da infecção por influenza.
Após a entrada do vírus no paciente pela via respiratória, há a replicação no trato respiratório superior e um período de incubação que varia de 1 a 4 dias, tempo
para o surgimento dos sintomas - febre, tosse, alterações de nariz e garganta, dores musculares e cansaço. Em geral,
esses sintomas duram de 3 a 7 dias, mas alguns indivíduos podem apresentar complicações - pneumonia, bronquite e
infecções bacterianas secundárias. O vírus está presente no trato respiratório durante todo esse período, então o
indivíduo infectado é uma fonte de transmissão mesmo antes do aparecimento dos sintomas, e pode perdurar como
fonte transmissora durante todo o período de doença.
A maior gravidade da doença pode ser não só pelo perfil de resposta dos pacientes, que varia pela idade ou pela
presença ou não de outras doenças de base, mas também pode estar relacionada ao subtipo ou sorotipo viral - se as
pessoas são suscetíveis ou não -, e isso está relacionado, também, à imunidade prévia.
Vacinas:
Existem diferentes tipos de vacina no mercado, vacinas inativadas - formadas por vírus inteiros ou fragmentados -, vacinas atenuadas e vacinas de subunidade.
No Brasil, são usadas vacinas inativadas - vírus que não se replicam e fragmentados, mas com todos os componentes virais. Todas essas vacinas são compostas por
diferentes isolados, determinado de acordo com o que os laboratórios sentinela investigarem em termos de vigilância epidemiológica. Existem vacinas trivalentes,
compostas de 2 isolados de influenza A e 1 isolado e influenza B, e vacinas tetravalentes, que contêm 2 A e 2 B.
A recomendação da vacina é anual, com a duração de 1 ano, em função de um período não muito longo de proteção da vacina e das diferentes cepas circulantes.
Também é recomendado que essas sejam administradas no período anterior ao inverno, por conta do caráter sazonal dessa infecção.

Tratamento:
O primeiro grupo de antivirais desenvolvido foi o das amantadinas, que têm como alvo a proteína M2. Essas inibem a fusão do envelope do vírus com a
membrana dos endossomas e a liberação do genoma do vírus no citoplasma. Funcionam contra Influenza A e são recomendadas para pacientes de alto risco e apenas
para adultos. Estão associadas a uma série de eventos adversos e a resistência contra elas é comum e esperada em um período curto de tempo.
Posteriormente, se desenvolveu um outro grupo de drogas, o oseltamivir, inibidor da neuroaminidase. Esse inibe a atividade de liberação de novas partículas
virais circulantes. Funciona contra Influenza A e B, tem menor probabilidade de efeitos colaterais, e existe um certo grau de resistência, ainda que um pouco menor.
Com essas limitações, o início do tratamento idealmente deve ser feito logo no começo da infecção, até as primeiras 48 horas, e sua recomendação é para
grupos de risco ou para pacientes com formas mais graves. Esse tratamento dura cerca de 5 dias e o esperado é que promova uma redução da liberação viral e uma
redução da duração dos sintomas, bem como diminuição da gravidade.

Coronavírus humanos:
Parte dos seus genes são transcritos na forma de RNA subgenômico. Possuem estrutura semelhante a uma coroa, por conta da presença da proteína S, que
forma um trímero na superfície viral. São vírus envelopados, com membrana lipídica. Possuem RNA fita simples polaridade positiva bastante grande intimamente
associado à proteína N de nucleocapsídeo, formando um nucleocapsídeo helicoidal. A proteína S faz a interação com os receptores celulares, com destaque para o
ACE2.

A porção 5’ de seu genoma codifica duas ORFs grandes, que codificam proteínas associadas ao complexo replicativo. A porção 3’ possui vários genes que
podem estar sobrepostos ou não, onde são codificadas as proteínas estruturais. Para algumas espécies, existem alguns genes acessórios que podem funcionar como
fatores de virulência e modulação do sistema imune. Os coronavírus mais virulentos têm uma quantidade de genes acessórios maior que os coronavírus menos
patogênicos.

Ciclo replicativo:
A entrada desses vírus pode se dar por mecanismos específicos em diferentes tipos celulares que infectam. Em algumas células, a entrada vai ser mediada pela
interação da proteína spike com o receptor celular e essa interação desencadeia a endocitose. A partir daí, a membrana do envelope viral se funde à membrana do
endossoma, liberando o genoma viral no citoplasma celular. Entretanto, a entrada também pode se dar de forma direta pela fusão da membrana do envelope com a
membrana celular, liberando diretamente o genoma.
A replicação e transcrição do genoma viral acontecem mobilizando várias membranas intracelulares,
fazendo uma rede de membranas onde ancoram os processos de replicação e transcrição. O complexo
replicativo dos coronavírus é composto por uma diversa quantidade de subunidades, o que impacta na geração
de diversidade, mas também existem mecanismos de preservação da informação genética, possibilitando que
esses vírus tenham um genoma muito grande.
Na leitura da porção 3’ do genoma, são codificados RNAs subgenômicos, produzidos posteriormente.
Spike x receptores celulares:
A entrada viral se dá pelo reconhecimento da proteína S pelo receptor celular - existem vários receptores para diferentes espécies de coronavírus. A descrição
das sequências da proteína S em comparação com o coronavírus que circula em animais e em humanos pode predizer que eventualmente algum desses coronavírus
pode fazer um salto interespecífico, sair de um hospedeiro para um novo, a partir da sequência de aminoácidos principalmente na região
RBD, domínio da proteína S que interage com o receptor.
A proteína S, independente do coronavírus, é bastante estruturada, forma um trímero - espícula -, e é altamente glicosilada. Isso é
importante para a evasão do sistema imunológico e para a estabilidade da partícula - captação de umidade e manutenção no ambiente.

Como ter grandes genomas de RNA?

A replicação de genomas de RNA pela RNApol viral acumula altas taxas de erro, o que gera diversidade viral. Entretanto, em genomas muito grandes, isso pode
levar a um colapso do genoma através da inserção de diversas mutações deletérias. Esses vírus apresentam uma exonuclease - ExoN - que permite a excisão de
bases parearas erroneamente, o que permitiu que os coronavírus tenham genomas bem maiores, por terem atividade revisora no complexo replicativo.

Cla"ificação e estrutura:
Alguns coronavírus são considerados endêmicos que, em algum momento, infectavam outros seres vivos e
conseguiram saltar para o ser humano, estabelecendo uma transmissão bem difundida em populações humanas. Outros
coronavírus fizeram o spill-over, a transmissão zoonótica para o humano, geralmente nos coronavírus mais
patogênicos.
Os coronavírus endêmicos, não zoonóticos, acometem principalmente o trato respiratório superior e a
transmissão é por via secreção respiratória e fômites. Geralmente, a evolução clínica dessas infecções é benigna,
causando síndrome gripal. A reinfecção é comum porque a infecção não gera uma imunidade completa, além da
variabilidade viral. As infecções por esses vírus podem apresentar sazonalidade e existem casos de otite média. O
acometimento do trato respiratório inferior normalmente está associado a condições médicas subjacentes.
Os coronavírus zoonóticos são mais patogênicos.

SARS-CoV (1): Betacoronavírus estabelecido por transmissão zoonótica. Muitos indivíduos infectados vieram a óbito. O indivíduo
infectado conseguia espalhar para outros, principalmente em hospitais e hotéis, mas medidas de restrição conseguiram
conter seu espalhamento. A fase de transmissão se dava principalmente na fase sintomática, então quando apareciam sintomas, o paciente poderia ser rapidamente
isolado, diminuindo sua transmissão. Transmitido aos humanos pela civeta.

MERS-CoV: A primeira descrição foi a partir de um caso de um paciente acometido por uma síndrome respiratória fatal, com uma
sobreposição clínica à SARS, na Arábia Saudita. Diversos novos casos foram descritos por transmissão zoonótica -
dromedário como hospedeiro intermediário entre morcegos e humanos.
Quadro clínico semelhante à SARS, com sintomas respiratórios de dispneia e tosse, mas esse vírus também apresentou sintomas gastrointestinais mais
expressivos, principalmente diarreia e vômito. Esse vírus também parecia ser mais virulento. Também é descrita a falência renal aguda por essa infecção.
Poucos casos de transmissão sustentada ente humanos ocorreram, principalmente em hospitais e ambientes confinados. A maioria dos surtos foram
concentrados no Oriente Médio.
 SARS-CoV-2: Consegue fazer uma transmissão entre humanos bem sustentada.
COVID-19: transmi"ão e manifestações clínicas:
Como se trata de uma doença respiratória, a principal via de transmissão é a via respiratória, principalmente pela inalação de gotículas contendo as partícula
virais. Em ambientes fechados e com pouca circulação de ar, as partículas virais podem ser aerolisadas, ficando suspensas no ar por horas associadas a gotículas de
água. Existe também a contaminação por superfícies, principalmente em ambientes confinados pelo contato de mãos com as mucosas.
Já foi detectado SARS-CoV-2 em fezes e em urina, mas a via fecal-oral parece pouco provável, com baixa quantidade de partículas virais viáveis.
Ainda não é claro se esse vírus é capaz de ser transmitido de forma vertical, de gestantes para seus fetos. Entretanto, gestantes foram incluídas no grupo de
risco para COVID-19 grave, principalmente por conta do risco de desenvolvimento de trombose e de distúrbios tromboembolíticos, e também pelo impacto deletério no
desenvolvimento fetal e em partos prematuros.
Cerca de 80% das infecções humanas ou são assintomáticas ou são muito brandas, não demandando intervenção clínica - síndrome gripal autolimitada. Esses
casos geram febre, tosse seca, dispneia e distúrbios na percepção do paladar e do olfato. Esse último sintoma pode permanecer por muitos meses após o clearance
viral. A evolução para as complicações pode ser para um quadro de síndrome respiratória aguda grave, sendo sinalizada principalmente pelos sinais de dispneia e
hipoxemia. Existem, também, alguns eventos de distúrbios tromboembolíticos, de injúria cardíaca aguda, de injúria renal, de choque e de infecções secundárias.

Fatores de risco:
A idade avançada é um fator de risco bastante importante, sendo que crianças apresentam menor risco de desenvolver
COVID-19 grave, apesar de poderem ser importantes fontes de contaminação comunitária.
O período de incubação pode variar de 1 a 14 dias, e as novas variantes também podem impactar nesse período de
incubação.
Além da idade, outros fatores podem contribuir para a evolução da forma grave dessa doença. Os aspectos
socioeconômicos, como o acesso ao sistema de saúde, também impactam no prognóstico da COVID-19. Homens parecem ter
mais associação ao desenvolvimento de casos graves, e ainda não é estabelecido que o tipo sanguíneo pode ser um fator de
risco.

Patogênese:
Uma vez em contato com a mucosa do trato respiratório superior, esse vírus infecta células da mucosa que apresentam o receptor ACE2 - enzima conversora da
angiotensina -, onde ocorre uma replicação inicial. O vírus também pode chegar diretamente até o trato respiratório inferior, uma vez inalada. Quando o vírus chega no
pulmão, infecta pneumócitos do tipo 2, células epiteliais e macrófagos alveolares e, dependendo da pré-existencia das comorbidades ou o do controle da resposta
imunológica, a COVID pode evoluir de forma benigna - baixo dano tecidual e contenção da replicação viral - ou de forma maligna - infiltrado de neutrófilos e intensa
destruição tecidual, bem como a liberação de citocinas estabelecendo um quadro pró-inflamatório bastante intenso.

A evolução da COVID grave está bastante relacionada à tempestade de citocinas. Em conjunto, citocinas pró-inflamatórias, através de células efetoras, levam
à um quadro de inflamação exacerbada, levando a um intenso dano tecidual. Com isso, podem ser estabelecidos distúrbios sistêmicos, afetando outros órgãos, bem
como distúrbios tromboembolíticos. O dano pulmonar intenso pode ser exacerbado por pneumonia secundária por bactérias.
Indivíduos que não controlam bem a replicação viral, bem como a resposta inflamatória contra a infecção, tendem a evoluir para COVID-19 grave, podendo
transmitir o vírus por tempos prolongados.
Além da rota de exposição, a infecção depende do tamanho do inóculo, da duração da exposição e das defesas pré-existentes do hospedeiro.