Estrutura das

Proteínas
H H H H
I I I I
- N- C-C-N - C-
1 11 I
H O CH3

I. VISÃO GERAL

Os 20 aminoácidos comumente encontrados em proteínas estão unidos entre

si por ligações peptídicas. A seqüência linear dos aminoácidos ligados contém
a informação necessária para formar uma molécula protéica com uma estrutura
tridimensional única. A complexidade da estrutura protéica é melhor analisada
considerando-se a molécula em termos de quatro níveis de organização, deno-
minados primário, secundário, terciário e quaternário (Figura 2.1 ). Um exame
desses níveis de complexidade crescente revelou que, em uma ampla variedade
de proteínas, certos elementos estruturais são repetidos, sugerindo que existem
"regras" gerais relacionadas às maneiras pelas quais as proteínas.se organizam.
Estes elementos estruturais repetidos variam desde combinações simples de
hélices u. e folhas ~ . formando motivos pequenos (pág. 18), até o dobramento
complexo dos domínios polipeptídicos de proteínas multifuncionais (pág. 18).

11. ESTRUTURA PRIMÁRIA DAS PROTEÍNAS

A seqüência de amino ácidos em uma proteína é denominada estrutura pri-

mária da proteína. A compreensão da estrutura primária das proteínas é impor-
tante, pois mu itas doenças genéticas resu ltam em prote ínas com seqüências
anormais de aminoácidos, ocasionando organização irregular, com perda ou
prejuízo da função normal. Se as estruturas primárias das proteínas normais e
mutantes são conhecidas, esta informação pode ser usada para diagnosticar ou
estudar a doença.

A. A ligação peptídi ca
Nas proteínas, os aminoácidos são unidos covalentemente por ligações pep-
tídicas, as quais são ligações amida entre o grupo u.-carboxila de um amino-
ácido e o grupo u.-amino de outro. Por exemplo, a valina e a alanina podem
formar o dipeptídeo valilalanina, por meio da formação de uma ligação pep-
tídica (Figura 2.2.). As ligações peptídicas não são rompidas por condições
desnaturantes, como aquecimento ou altas concentrações de uréia. Deve Figura 2.1
haver uma exposição prolongada a um ácido ou a uma base forte em tem- Os quatro níveis estruturais das
peraturas elevadas para hidrolisar essas ligações de forma não-enzimática. proteínas.
14 Pamela C. Champe, Richard A. Harvey, Denise R. Ferrier

1. Nomeando o peptídeo. Por convenção, a extremidade amino livre da

Formação da cadeia peptídica (N-terminal) é escrita à esquerda, e a extremidade
ligação peptídica
carboxila livre (C-terminal), à direita. Dessa forma , todas as seqüências
de aminoácidos são lidas da extremidade N para a C-terminal do pep-
tídeo. Por exemplo, na Figura 2.2A, a ordem dos aminoácidos é "valina,
alanina", e não "alanina, valina". A ligação de muitos aminoácidos por
H
I ligações peptídicas resulta em uma cadeia não-ramificada, denominada
•H3 N- cI - coo- polipeptídeo. Cada aminoácido que compõe um peptídeo é denomi-
CH3 nado "resíduo". Quando um polipeptídeo é nomeado, os sufixos -ina,
-ano, -ico ou -ato, dos resíduos de aminoácidos, são alterados para -ii,
Valina Alanina com exceção do aminoácido C-termi nal. Por exemplo, um tripeptídeo
composto por uma valina N-terminal, uma glicina e uma leucina C-ter-
minal é denominado valil-glicil-leucina.

2. Características da ligação peptídica. A ligação peptídica tem um

caráter de dupla ligação parcial, isto é, é mais curta do que uma liga-
ção simples e é rígida e planar (Figura 2.28). Isso impede a rotação
livre da ligação entre o carbono da carbonila e o nitrogênio da ligação
peptídica. Entretanto, as ligações entre os carbonos a e os grupos a-
amino ou a-carboxila podem rotar livremente (embora limitadas pelo
tamanho e caráter dos grupos R). Isso permite que a cadeia polipep-
tídica assuma uma variedade de configurações possíveis. A ligação
peptídica geralmente é uma ligação trans (em vez de eis; veja a Figura
2.28), em grande parte devido à interferência estérica dos grupos R
quando em posição eis.

m Características da
ligação peptídica
3. Polaridade da ligação peptídica. Assim como todas as ligações
amida, os grupos -C=O e -NH da ligação peptídica não possuem
carga e nem aceitam ou fornecem prótons na faixa de pH de 2 a 12.
Assim, os grupos carregados presentes nos polipeptídeos consis-
Ligação Ligação tem unicamente no grupo a-amino N-terminal, no g rupo a -carboxi la
peptídica trans R R peptídica eis R C-terminal e de quaisquer grupos ionizáveis presentes nas cadeias
laterais dos aminoácidos constituintes. (Nota: Os grupos -C=O e
-NH da ligação peptídica são polares e estão envolvidos em pontes
de hidrogênio; por exemplo, nas hélices a e folhas p, descritas nas
págs. 16-17.)

8. Determinação da composição de aminoácidos de um polipeptídeo

Ligações peptídicas
em proteínas
• Caráter de dupla ligação
parcial
• Rígida e planar
• Configuração trans
• Sem carga, porém polar
Figura 2.2
A. Formação de uma ligação
peptídica, representando
a estrutura do dipeptídeo
valilalanina.
8 . Características da ligação
peptídica.
O primeiro passo para determinar a estrutura primária de um polipeptídeo
é identificar e quantificar seus aminoácidos constituintes. Uma amostra
· purificada do pol ipeptídeo a ser analisado é p rimeiramente submetida à
hidrólise por um ácido forte, a 11 0°C durante 24 horas. Esse tratamento
cliva as ligações peptídicas e libera os aminoácidos individuais, os quais
podem ser separados por cromatografia de troca de cátions. Nessa
técnica, uma mistura de aminoácidos é aplicada a uma coluna que contém
uma resina à qual um grupo carregado negativamente está firmemente
aderido. (Nota: Se o grupo aderido for carregado positivamente, a coluna
torna-se trocadora de ânions.) Os aminoácidos ligam-se à coluna com
d iferentes afinidades, dependendo das suas cargas, hidrofobicidade e
outras caracte rísticas. Cada aminoácido é seqüencialmente liberado da
coluna cromatográfica por eluição com soluções de crescente força iônica
e pH (Figura 2.3). Os aminoácidos separados, contidos no líquido eluído
da coluna, são quantificados após o aqu ecimento com ninhidrina , um rea-
gente que forma um composto de cor púrpura com a maioria dos aminoá-
cidos, amônia e aminas. A quantidade de cada aminoácido é determinada
por espectrofotometria, medindo-se a quantidade de luz absorvida pelo
 Bioquímica Ilustrada 15

derivado da ninhidrina. A análise descrita anteriormente é efetuada por

Bomba
meio de um analisador de aminoácidos- um aparelho automático, cujos
de tampão
componentes são ilustrados na Figura 2.3. F==::-r===\XF=> lnjeção de
amostra

C. Seq üenciamento do peptídeo a partir de

Coluna de
sua extremidade N-terminal troca iônica
O seqüenciamento é um processo gradual de identificação de aminoácidos
específicos em cada posição da cadeia polipeptídica, iniciando na extre-
midade N-terminal. O fenilisotiocianato, conhecido como reagente de
Edman, é usado para marcar o resíduo aminoterminal, sob condições leve-
mente alcalinas (Figura 2.4). O derivado resu ltante, feniltioidantoína (PTH),
provoca uma instabilidade na ligação peptídica N-terminal, que pode ser
seletivamente hidrolisada sem clivar as outras ligações peptídicas. A iden-
tidade do aminoácido obtido pode então ser determinada. O reagente de
Edman pode ser aplicado repetidamente ao peptídeo mais curto, resultante
de cada ciclo prévio. Esse processo foi automatizado e, atualmente, a repe-
tição do método pode ser efetuada por um aparelho ("seqüenciador") para
determinar a seqüência de mais de 100 resíduos de aminoácidos, iniciando
na extremidade aminoterminal de um polipeptídeo.
Fita de registro
ou computador
D. Clivagem do polipeptídeo em fragmentos menores
Muitos polipeptídeos têm uma estrutura primária composta de mais de 100
aminoácidos. Essas moléculas não podem ser seqüenciadas diretamente de
uma extremidade a outra por um seqüenciador. Entretanto, essas moléculas
maiores podem ser cl ivadas em sítios específicos e os fragmentos resultan-
tes podem ser seqüenciados. Utilizando-se mais de um agente de clivagem
(enzimas e/ou produtos químicos) em amostras separadas do polipeptídeo
purificado, fragmentos justapostos podem ser gerados para permitir o orde- Figura 2.3
namento correto dos fragmentos seqüenciados, fornecendo assim a seqüên- Determinação da composição de
aminoácidos de um polipeptídeo,
cia completa de aminoácidos do polipeptídeo ma ior (Fi gura 2.5).
utilizando um an alisador de
aminoácidos.
E. Determinação da estrutura primária de uma proteína por
seqüenciamento do DNA
A seqüên cia de nucleotíd eos em um a reg1ao de cod ificação do DNA
determina a seqüência de aminoácidos de um polipeptídeo. Assim, se a
se qüência de nucleotídeos pod e ser determinada, é possível, por meio
do código genético (veja a pág. 429), traduzi r a seqüê ncia de nucleotí-
deos na seqüência co rrespondente de aminoácidos daquele polipeptíd eo.
Esse proce sso, embora usado rotin eiramente pa ra obter as se qüências

O Marcação f) Liberação do derivado do aminoácido por

hidrólise ácida

H 2N-c;:H-2~COOH ( ) HN-c;:H-2~COOH H2 N ~COOH

~
CH

Alanina
.
Pepttdeo ~
c
I
soe;:
CH 3
Peptídeo marcado Peptídeo mais curto
+
:rNHJ a ",l-c':H
N·terminal "

6 "
O
Fenilisotiocianato
J\H'CH3
PTH-alanina

Figura 2.4
Determinação do resíduo aminotermina l de um polipeptídeo por degradação de Edman.
16 Pamela C. Champe, Richard A. Harvey, Denise R. Ferrier

Peptideo de seqüência desconhecida

de aminoácidos das proteínas, apresenta as limitações de não ser capaz
de prever as posições das ligações dissulfeto na cadeia dobrada e de não
~ 1. Clivagem com tripsina nos sítios
identificar qualquer aminoácido que seja modificado após sua incorpora-

1
ção ao polipeptídeo (modificação pós-tradução, veja a pág. 440). Assim,
contendo lisina e arginina

O 2. Determinação da seqüência dos

o seqüenciamento direto de proteínas é uma ferramenta extremamente

--------
peptideos, utilizando o método importante para determinar o verdadeiro caráter da seqüência primária de
de Edman
muitos polipeptídeos.
Peptídco A Peptídeo B Peptídeo C

® @©? III. ESTRUTURA SECUNDÁRIA DAS PROTEÍNAS

@©@?
Qual a seqüência ®@©?
correta?
O esqueleto polipeptídico não assume uma estrutura tridimensional aleatória,
@©@? em vez disso, geralmente forma arranjos regulares de aminoácidos que estão
©®@? localizados próximos uns aos outros na seqüência linear. Esses arranjos são
@@@ ?
denominados estrutura secundária do polipeptídeo. A hélice a, a folha ~ e a
Peptídeo de seqüência desconhecida
dobradura ~ são exemplos de estruturas secundárias freqüentemente encon-
~
n 11. Clivagem com brometo de
tradas em proteínas. (Nota: A hélice do colágeno, outro exemplo de estrutura
secundária, é discutida na pág. 43.)
g cianogênio no sítio da metionina
2. Determinação da seqüência dos

...._...........
Peptídeo X
peptídeos, utilizando o método
de Edman

PeptídeoY
A. Hélíce a
Existem várias hélices polipeptídicas diferentes encontradas na natureza,
mas a hélice a é a mais comum. Ela apresenta uma estrutura helicoidal,
que consiste de um esqueleto polipeptídico central em espiral e bem com-
pacto, com as cadeias laterais dos aminoácidos que a compõem esten-
Seqüência original do peptídeo dendo-se para fora do eixo central, de modo a evitar a interferência estérica
entre si (Figura 2.6). Um grupo variado de proteínas contém hélices a. As
queratinas, por exemplo, são uma família de proteínas fibrosas intimamente
relacionadas, cuja estrutura é quase totalmente constituída de hélices a.
Figura 2.5
Peptídeos justapostos produzidos Elas constitu em os principais com ponentes de tecidos como o cabelo e a
pela ação da tripsina e de brometo pele, e sua rigidez é determinada pelo número de ligações dissulfeto entre
de cianogênio. as cadeias polipeptídicas constituintes. Em contraste à queratina, a mioglo-
bina, cuja estrutura é formada por aproximadamente 80% de hélices a, é
uma molécula globular flexível (veja a pág. 26).
As cadeia laterais
dos aminoácidos 1. Pontes de hidrogênio. Uma hélice a é estabilizada por uma ampla
se estendem para
fora da hélice. formação de pontes de hidrogênio entre os átomos de oxigênio das
carbonilas e os hidrogênios das amidas das ligações peptídicas que
compõem o esqueleto polipeptídico (veja a Figura 2.6). As pontes de
hidrogênio estendem-se na espiral, do oxigên io da carbonila ao grupo
- NH- de uma ligação peptídica quatro res íduos à frente no polipep-
tídeo. Isso assegura que todas, exceto a primeira e a última ligações
peptídicas componentes, estejam ligadas entre si por pontes de hidra-
gênio. Essas ligações são individualmente fracas, mas coletivamente
servem para estabilizar a hélice.

2. Aminoácidos por passo. Cada passo (ou volta completa) de uma

hélice a contém 3 ,6 aminoácidos. Assim, os resíduos de aminoácidos
separados por três ou quatro resíduos na seqüência primária estão
espacialmente próximos, quando dobrados em hélice a .

3. Aminoácidos que quebram uma hélice a . A prolina quebra uma

hélice a, porque o seu grupo imino não é compatível geometricamente
com a espiral voltada para a direita da hélice a. Assim, ela insere uma
dobra na cadeia, que interrompe a suave estrutura helicoidal. Um
grande número de aminoácidos carregados (por exemplo, glutamato,
aspartato, histidina, lisina ou arginina) também quebra a hélice a, pela
Figura 2.6
Hélice a mostrando o esqueleto do formação de ligações iônicas ou por se repelir eletrostaticamente um
peptídeo.
 Bioquímica Ilustrada 17

aminoácido ao outro. Finalmente, os aminoácidos com cadeias laterais

volumosas, como o triptofano, ou aminoácidos como a valina ou a iso-
leucina, que se ramificam no carbono 13 (o primeiro carbono no grupo
m
R, logo após o carbono a), podem interferir com a formação de uma
hélice a se estive rem em grande número.

8 . Folha 13
A folha 13 é outra forma de estrutura secundária , na q ual todos os compo-
nentes da ligação peptídica estão envolvidos com po ntes de hidrogênio
(Figura 2.7 A). As sup erfícies das folhas 13 apresenta m uma aparência
"pregueada" e essas estrutu ras são, portanto, freqü entemente denomina-
das "folhas 13 p regueadas". Quando são feitas ilustrações da estrutura
protéica , as fitas 13 são muitas vezes visualizadas como setas largas
(Figura 2.78 ).

1. Co mparação ent re a fol ha 13 e a hélice a. Ao contrá rio da hélice a,

as folhas 13 são compostas de duas ou mais cadeias peptídicas (fitas
13) ou segmentos de cadeias polipeptídicas, as quais apresentam-se
quase totalmente estendidas. Note também que, nas folhas 13. as pon-
tes de hidrogênio são perpendiculares ao esqueleto polipeptídico (veja
a Figura 2.7A).

2. Folhas paralelas e antiparalelas. Uma folha 13 pode ser formada por

duas ou mais cadeias polipeptídicas ou segmentos de cadeias polipep-
tídicas separados, dispostos de forma antiparalela um ao outro (com
as extremidades N-terminal e C-terminal das folhas 13 alternando-se,
conforme ilustrado na Figura 2.78) ou de forma paralela (com todos
os N-terminais das folhas 13 juntos, conforme ilustrado na Figura 2.7C).
Quando as pontes de hid rogênio são formadas entre os esqueletos
polipeptíd icos de cadeias polipeptídicas separadas, elas são denomi-
nadas ligações intercadeias. Uma folha 13 também pode ser formada
por uma única cade ia polipeptídica, dobrando-se sobre si mesma (veja
a Figura 2.7C). Nesse caso, as pontes de hidrogênio s!3.o ligações
intracadeia. Em proteínas globulares, as folhas 13 sempre apresentam
uma curvatura para a direita, quando observadas ao longo do esque-
leto polipeptídico. (Nota: Folhas 13 dobradas freqüentemente formam a
parte central de proteínas globulares.)
Folha 13 pregueada ant iparalela

C. Curvaturas 13 {voltas rev ersas ) N-terminal

As curvaturas 13 reve rtem a direção de uma cadeia polipeptíd ica, auxi-
liando a formação de uma estrut ura com pacta e glo bular. Elas nor-
malmente são e ncon tra das na supe rfície d as moléculas p rot éicas e
f reqü e ntem e nte co ntêm resíduo s ca rre gados . (Nota: As curvaturas
13 receberam esse nome porque e las muitas vezes conectam faixas
sucessivas de folhas 13 antiparalelas.) As curvaturas 13 geralmente são
compostas por quatro aminoácidos, um dos qua is pode ser a prolina - o
Folha 13 pregueada paralela
iminoácido que causa uma "dobra" na cadeia polipeptídica. A glicina, o
aminoácido com menor grupo R, também é enco ntrada com freqüência
nas curvaturas 13. As cu rvatu ras 13 são estabilizadas pela formação de
Figura 2.7
pontes de hidrogênio e ligações iônicas.
A. A estrutura de uma folha 13. B.
Uma folha 13 antiparalela, com fitas
D. Estrutura s ecund ária não-repetitiva 13 representadas por setas largas.
C. Uma folha 13 paralela , formada
Aproximadamente a metade de uma prote ína globular média está organi-
por uma única cadeia polipeptídica,
zada em estrutu ras repetitivas como a hélice a e/ou as folhas 13. O restante
dobrando-se sobre si mesma.
da cadeia polipeptídica é descrito como tendo uma conformação em alça ou
 18 Pamela C. Champe, Richard A. Harvey, Denise R. Ferrier

I
l
I

I
Unidade ~-a-~ Chave grega Meandro ~ Barril ~

Figura 2.8
Motivos estruturais comuns, combinando hélices a e folhas ~· Seus nomes descrevem seus aspectos esquemáticos. (Nota:
A chave grega leva o nome de um desenho freqüentemente encontrado na cerâmica grega clássica.)

em espiral. Essas estruturas secundárias não-repetitivas não são "aleatórias",

mas simplesmente possuem uma estrutura menos regular do que aquelas
descritas anteriormente. (Nota: O termo "espiral randômica" refere-se à estru-
tura distorcida, obtida quando as proteínas são desnaturadas [veja a pág. 21].)

E. Estruturas supersecundárias (motivos)

As pràteínas globulares são construídas pela combinação de elementos
H O estruturais secundários (hélices a, folhas ~ e seqüências não-repetitivas).
I 11
~ N- C - C-.NYVVV" Esses formam principalmente a região central - isto é, o interior da molé-
I I

H ÇH2 \ cula. Eles são conectados por regiões em alça (por exemplo, curvaturas p)
Dois resíduos SH Esqueleto na superfície da proteína. As estruturas supersecundárias são normalmente
de cisteína SH polipeptídico produzidas pelo agrupamento das cadeias laterais de elementos estruturais
secundários adjacentes, próximos um do outro. Assim, por exemplo, as
~ ~H2 I hélices a e as folhas ~. que são adjacentes na seqüência de aminoácidos,
~ N -c - c -.NYVVV" também são normalmente (mas não sempre) adjacentes na proteína final,
I 11
H O dobrada. Alguns dos motivos mais comuns estão ilustrados na Figura 2.8.

I Oxidante
{-(por exemplo, 0 2)
IV. ESTRUTURA TERCIÁRIA DAS PROTEÍNAS
GLOBULARES
H O
I 11
~ N-C - C -.NYVVV" A estrutura primária de uma cadeia polipeptídica determina sua estrutura terci-
I I

H ÇH2 ária. (Nota: ''Terciária" refere-se tanto ao dobramento dos domínios [as unidades
s
I
básicas de estrutura e função, veja a discussão a seguir) quanto ao arranjo final
s
I
dos domínios no polipeptídeo.) A estrutura das proteínas globulares em solu-
I ÇH2 ção aquosa é compacta, com uma alta densidade (estrutura muito dobrada)
N -c- c -.NYVVV" de átomos no centro da molécula. As cadeias laterais hidrofóbicas são posi-
I 11
H O cionadas no interior, enquanto os grupos hidrofílicos geralmente são encon-
trados na superfície da molécula. Todos os grupos hidrofíl icos (incluindo os
componentes da ligação peptídica) localizados no interior do polipeptídeo estão
envolvidos na formação de pontes de hidrogênio ou de interações eletrostáticas.
(Nota: As estruturas em hélice a e em folha ~ proporcionam o máximo de pon-
tes de hidrogênio aos componentes da ligação peptídica no interior dos polipep-
tídeos, eliminando assim a possibilidade de que as moléculas de água possam
ligar-se a esses grupos muito hidrofílicos e romper a integridade da proteína.)
Figura 2.9
Formação de uma ponte dissulfeto A. Domínios
pela oxidação de dois resíduos de
Domínios são as unidades funcionais fundamentais com estrutura tridi-
cisteína, produzindo um resíduo de
cistina. mensional em um polipeptídeo. As cadeias polipeptídicas maiores do que
 Bioquímica Ilustrada 19

200 aminoácidos de comp rimento geralmente apresentam dois ou mais

domínios. O centro de um domínio é formado a partir de comb inações H H O
I I 11
de elementos estruturais supersecundários (motivos). O dobramento ~ N -C -C-vVVYVV'-
da cadeia peptídica dentro de um domínio normalmente ocorre indepen- HC- CH3
dentemente do dobramento em outros domínios. Assim, cada domínio
apresenta as características de uma proteína globular pequena e com- 1
Esqueleto
?H2 lsoleucina
CHs
pacta, que é estruturalmente independente de outros domínios na cadeia
polipeptídico
polipeptídica.

B. lnterações que estabilizam a estrutura terciária j ; H3C

~
'" '
~H2
CH3
' eH ...
Leucina
A estrutura tridimensional única de cada polipeptídeo é determinada por
N-C - C~
sua seqüência de aminoácidos. As interações entre as cadeias laterais dos I l 11
H H O
aminoácidos direcionam o dobramento do polipeptídeo para formar uma
estrutura compacta. Quatro tipos de interações cooperam para estabilizar
as estruturas terciárias das proteínas globulares.

1. Pontes dissulfeto. Uma ponte dissulfeto é uma ligação covalente for-

mada pelos grupos sulfidrila (-SH) de dois resíduos de cisteína para
produzir um resíduo de cistina (Figura 2.9). As duas cisteínas podem Figura 2.10
estar separadas uma da outra por muitos aminoácidos na seqüência lnterações hidrofóbicas entre
aminoácidos com cadeias laterais
primária de um polipeptídeo, ou podem mesmo estar localizadas em
apoiares.
duas cadeias polipeptídicas diferentes; o dobramento da(s) cadeia(s)
polipeptídica(s) aproxima os resíduos de cisteína e permite a ligação
covalente de suas cadeias laterais. Uma ponte dissulfeto contribui para
a estabilidade da conformação tridimensional da molécula protéica.
Po r exemplo, muitas ligações dissulfeto são encontradas em proteínas
como as imunoglobulinas, que são secretadas pelas células. (Nota:
Essas fortes ligações covalentes contribuem para estabilizar a estrutura
das proteínas e evitar que elas se tornem desnaturadas no meio extra-
celular. )

2. lnterações hidrofóbicas . Os aminoácidos com cadeias late rais Glutamato Aspartato

hidrofóbicas tendem a ficar localizados no interior da molécula poli- H H O H H O
I I 11 1 I 11
peptídica, onde eles se associam com outros aminoácidos hidrofó- VV"<-N - C-C~N-C-C~
I

bicos (Figura 2.1 0). Em contraste, aminoácidos com cadeias laterais ÇH2
polares ou com carga tendem a ficar na superfície da molécula , ÇH2
em contato com o solvente polar. (Nota: Proteínas localizadas em c
ambientes apoiares [lipídicos]. como as membranas celulares, exi- o"_ 'o·
bem um arranjo inverso - isto é, as cadeias laterais de aminoácidos +NH
I 3
hidrofílicos estão localizadas no interior do polipeptídeo, enquanto os ÇH2
aminoácidos hidrofóbicos estão local izados na superfície da molé-
ÇH2
cula, em contato com o ambiente apoiar [veja a Figu ra 1.4, pág. 4).) ÇH2
Em qualquer dos casos, ocorre a segregação energeticamente mais H CH2
I I
favorável dos grupos R. N-C-C
I 11

3. Pontes de hidrogênio. Cadeias laterais de aminoácidos contendo H O

hidrogênio ligado a oxigênio ou nitrogênio, como os grupos alcoólicos Li sina
da serina e da treonina, podem formar pontes de hidrogênio com áto-
mos ricos em elétrons, como o oxigênio dos grupos carboxila ou grupos Ligação i ónica
carbonila das ligações peptídicas (Figura 2. 11 ; veja também a Figura
1.6, pág. 4). A formação de pontes de hidrogênio entre grupos polares
na superfície de uma proteína e o solvente aquoso aumentam a solubi-
lidade da proteína.
Figura 2.11
4. lnterações iônicas. Grupos carregados negativamente, como o grupo lnterações de cadeias laterais de
carboxila (- COO-) na cadeia lateral do aspartato ou do glutamato, aminoácidos por meio de pontes de
podem interagir com grupos carregados positivamente, como o grupo hidrogênio e ligações iônicas.
amino (-NH 3• ) , na cadeia lateral da lisina (veja a Figura 2.11 ).
20 Pamela C. Champe, Richard A. Harvey, Denise R. Ferrier

C. Dobramento protéico
As interações entre as cadeias laterais dos aminoácidos determinam como
uma cadeia polipeptídica longa se dobra para formar a intricada confor-
mação tridimensional de proteínas funcionais. O dobramento protéico, que
ocorre dentro da célula de segundos a minutos, emprega um atalho pelo
labirinto de possibilidades de dobramento. Com um dobramento peptídico,
as cadeias laterais dos aminoácidos são atraídas ou repelidas de acordo
com suas propriedades químicas. Por exemplo, cadeias laterais carrega-
das positiva e negativamente atraem umas às outras. Por sua vez , cadeias
laterais com cargas semelhantes repelem-se umas às outras. Além disso,
as interações envolvendo pontes de hidrogênio, interações hidrofóbicas e
pontes dissulfeto podem influenciar o processo de dobramento. Esse pro-
cesso de ensaio e erro testa muitas, mas não todas as possibilidades de
configuração, em busca de um estado no qual as atrações sobrepujem as
repulsões. Isso resulta em uma proteína dobrada corretamente, com um
baixo estado energético (Figura 2.12).

O. Papel das chaperonas no dobramento protéico

Geralmente se aceita que a informação necessária para corrigir o dobra-
mento da proteína está contida na estrutura primária do polipeptídeo.
Considerando essa premissa , é difícil explicar por que as proteínas, em
sua maioria, quando desnaturadas (veja a seguir), não retomam sua con-
formação nativa sob condições ambientais favoráveis. Uma resposta para

fJ Formação de domínios
esse problema é que a proteína começa a se dobrar durante os estágios de
síntese, em vez de esperar que a síntese de toda a cadeia esteja completa.
Isso limita a competição entre configurações de dobramento, possíveis em
bandas maiores do peptídeo nascente. Além disso, um grupo especializado
de proteínas, denominadas "chaperonas", é req uerido para o dobramento
adequado de muitas espécies de proteínas. As chape ronas - também
denominadas proteínas de "choque térmico" - interagem com o poli-
peptídeo em vários estágios durante o processo de dobramento. Algumas
chaperonas são importantes para manter a proteína desdobrada até que
sua síntese esteja terminada, ou agem como catal isadores, au mentando
a velocidade dos estágios finais no processo de dobramento. Outras pro-
tegem as proteínas durante o dobramento, para que as regiões expostas,
n
U
Formação de um
monômero protéico final tI mais vulneráveis, não formem dobramentos improdutivos.

V. ESTRUTURA QUATERNÁRIA DAS PROTEÍNAS

Muitas proteínas consistem em uma única cadeia polipeptídica, sendo defini-

das como proteínas monoméricas. Outras, entretanto, consistem em duas
ou mais cadeias polipeptídicas, que podem ser estruturalmente idênticas ou
totalmente diferentes. O arranjo dessas subunidades polipeptídicas é denomi-
nado estrutura quaternária da proteína. (Nota: Se existem duas subunidades,
a proteína é denominada "dimérica", se são três subunidades, "trimérica", e
se existem várias subunidades, "multimérica".) As subunidades são mantidas
Figura 2.12 unidas por interações não-covalentes (por exemplo, pontes de hidrogênio,
Etapas no dobramento protéico. ligações iônicas e interações hidrofóbicas). As subunidades podem funcionar
independentemente umas das outras ou podem trabalha r cooperativamente,
como no caso da hemoglobina, onde a ligação do oxigênio a uma subunidade
do tetrâmero aumenta a afinidade das outras subunidades ao oxigênio (veja
a pág. 29).
 Bioquímica Ilustrada 21

VI. DESNATURAÇÃO DE PROTEÍNAS

A desnaturação protéica resulta no desdobramento e na desorganização das precursora

estruturas secundária e terciária, sem que ocorra hidrólise das ligações peptí- amilóide
dicas. Os agentes desnaturantes incluem calor, solventes orgânicos, agitação
mecânica, ácidos ou bases fortes, detergentes e íons ou metais pesados, como
chumbo e mercúrio. A desnaturação pode, sob condições ideais, ser reversível; ~ Clivagem enzimática
nesse caso, a proteína dobra-se novamente em sua estrutura original quando ~)l(rff
o agente desnaturante for removido. Entretanto, as proteínas, em sua maioria, I ~ Clivagem enzimática

uma vez desnaturadas, ficam permanentemente alteradas. As proteínas desna- · ·~

turadas são freqüentemente insolúveis, e, portanto, precipitam em solução.

VIl. DOBRAMENTO INADEQUADO DE PROTEÍNAS

O dobramento protéico é um processo complexo de ensaio e erro, que algu-

mas vezes pode resultar em moléculas dobradas de forma imprópria. Essas
proteínas dobradas de forma incorreta são normalmente marcadas e degra-
dadas dentro da célula (veja a pág. 441 ). Entretanto, esse sistema de controle
de qualidade não é perfeito, e agregados intra ou extracelulares de proteínas
inadequadamente dobradas podem se acumular, particularmente durante o Aj3
envelhecimento. Depósitos dessas proteínas impróprias estão associados com
algumas doenças, incluindo amiloidoses. Me;n'b~1~~~ õÚH,~

A. Amiloidoses
rç;~liJW.&r
r. .r ~,.--------
Agregação
O dobramento impróprio de proteínas pode ocorrer espontaneamente ou
espontãnea para
ser causado por uma mutação em um determinado gene, o que produz uma fo rmar f ibrilas
proteína alterada. Além disso, algumas proteínas, aparentemente normais, insolúveis de
folha ~ pregueada.
após uma clivagem proteolítica anormal assumem uma conformação única,
que leva à formação de longos feixes de proteínas fibrilares, constituídos de
folhas ~ pregueadas. O acúmulo desses agregados protéicos espontâneos,
denominados amilóides, tem sido implicado em muitas doenças degenerati-
vas - particularmente na desordem neurodegenerativa denominada doença
de Alzheimer. O componente predominante da placa amilóide que se acu-
mula na doença de Alzheimer é um peptídeo formado por 40 a 43 res íduos
de aminoácidos, denominado Ap. Os métodos de cristalografia de raios X e
espectroscopia de infravermelho demonstram uma conformação caracterís- Modelo de
fibrilas amilóides
tica de folha ~ pregueada na forma de fibrilas não-ramificadas. Esse peptí-
deo, quando agregado na configuração de folha ~ pregueada, é neurotóxico
e é o evento patogênico central, que leva a um prejuízo cognitivo, caracterís-
tico da doença. O peptídeo amilóide A~ , depositado no cérebro em decor-
rência da doença de Alzheimer, é derivado por clivagem proteolítica de uma
proteína muito maior, a proteína precursora amilóide - uma proteína com
um único domínio transmembrana, expressa na superfície de células neurais ..
e em outros tecidos (Figura 2.1 3). Os agregados contendo o peptídeo A~ ~ Fotomicrografia de
placas amilóides
formam a placa amilóide, localizada no parênquima cerebral e ao redor dos em uma secção de
vasos sangüíneos. A maioria dos casos de doença de Alzheimer não é de córtex temporal
origem genética, embora pelo menos cinco a dez por cento dos casos tenha proveniente de um
paciente com
origem familiar. Um segundo fator biológico envolvido no desenvolvimento
doença de Alzheimer
da doença de Alzheimer é o acúmulo cerebral de emaranhados neurofibrila-
res. Um componente-chave desse emaranhado de fibras é a forma anormal
da proteína tau, que na forma saudável auxilia na organização da estrutura Figura 2.13
microtubular. A proteína tau defeituosa, entretanto, parece bloquear as ações Formação das placas amilóides
da sua forma equivalente normal. encontradas na doença de Alzheimer.
22 Pamela C. Champe, Richa rd A. Harvey, Denise R. Fe rrie r

8. Doença do prío n
O A interação da molécula PrP
infecciosa com uma PrP normal
f az com que a forma normal
A proteína do príon (PrP) tem sido fortemente implicada como o agente
causador das encefalopatias espongiformes transmissíveis (EETs},
adquira a forma infecciosa.
incluindo a doença humana de Creutzfeldt-Jakob, o scrapie* em ovelhas
e a encefalopatia espongiforme bovina no gado (popularmente con hecida
1
como "doença da vaca louca"}. Após uma ampla série de procedimentos
de purificação, os cientistas ficaram perplexos ao descobrir que a infeccio-
sidade do agente causador do scrapíe em ovelhas estava associada a uma
única espécie de proteínas, que não era associada a ácidos nucleicos detec·
táveis. Essa proteína infecciosa é designada proteína do príon. Ela é alta-
PrP não-infecciosa
mente resistente à degradação proteolítica e, na forma infecciosa, tende a
(oontém héUoe o) ~
formar agregados fibrilares insolúveis, similares à placa amilóide encontrada

~,p
em outras doenças encefálicas. Uma forma não-infecciosa da PrP, contendo
as mesmas seqüências de aminoácidos e de genes do agente infeccioso,
está presente em encéfalo normal de mamíferos, na superfície de neurônios

~ infeocio"'
(:Cntém folhas jl)
e de células gliais. Dessa forma, a PrP é uma proteína capaz de cooptar
outras. Não se tem encontrado diferenças estruturais primárias ou modifica-
ções pós-tradução entre as fo rmas normal e infecciosa da proteína. A chave

,,
para se tornar uma proteína infecciosa aparentemente reside em alterações
na conformação tridimensional da PrP. Tem sido observado que diversas
hélices a presentes na forma não-infecciosa da PrP são substituídas por
folhas p na forma infecciosa (Figura 2. 14). Provavelmente é essa diferença
de conformação que confere uma relativa resistência à degradação prole·
PrP infecciosa olítica de príons infecciosos e que lhes permite serem distinguidos da PrP
(contém folhas 13) normal em tecidos infectados. O agente infeccioso é, então, uma versão
alterada da proteína normal, agindo como uma "matriz" ao fazer a proteína
Essas duas moléculas se
fJ dissociam e convertem duas
moléculas adicionais de PrP não·
normal assumir uma conformação patogênica. As EETs são invariavelmente
fatais e atualmente nenhum tratamento é capaz de alterar esse resultado.
infecciosa na forma infecciosa.

VIII. RESUMO DO CAPÍTULO

Para entender a estrutura protéica é central o entendimento do conceito de confor-

mação nativa (Figura 2.15), que é a estrutura protéica inteiramente organizada e
funcional (por exemplo, uma enzima ativa ou uma proteína estrutural). A estrutura
tridimensional única da conformação nativa é determinada pela estrutura primária,
isto é, a seqüência de aminoácidos. As interações entre as cadeias laterais dos
PrP não-infecciosa PrP não-infecciosa aminoácidos direcionam a organização de uma cadeia polipeptídica para formar
(contém hélice a ) (contém hélice a ) estruturas secundárias, terciárias e (algumas vezes) quaternárias, as quais
f
' cooperam para a estabilização da conformação nativa da proteína. Além disso, as
"chaperonas", um grupo especializado de proteínas, são necessárias para a correta
organização de muitas espécies de proteínas. A desnaturação protéica resulta no
desdobramento e na desorganização da estrutura protéica, sem que haja hidrólise
das ligações peptídicas. A desnaturação pode ser reversível ou, mais freqüente·
mente, irreversível. Doenças podem ocorrer quando uma proteína aparentemente
normal adquire uma conformação que é citotóxica, como no caso da doença de
Alzheimer e das encefalopatias espongiformes transmissíveis (EETs}, incluindo
Isso resulta em um aumento a doença de Creutzfeldt-Jakob. Na doença de Alzheimer, proteínas normais, após
exponencial da forma infecciosa. um processo químico anormal , adquirem um estado de conformação único, que leva
à formação de agregados neurotóxicos de proteínas amilóides, em forma de folha
p pregueada. Nas EETs, o agente infeccioso é uma versão alterada da proteína do
príon normal, agindo como uma "matriz" por fazer a proteína normal assumir uma
conformação patogênica.
Figura 2.14
Um mecanismo proposto para a
multiplicação de agentes príon
infecciosos. N. de T. Scrapie- do inglês scrape (roçar, raspar); doença fatal em ovelhas e cabras, marcada por
coceira intensa, perda da coordenação motora e degeneração progressiva do sistema nervoso
central.
1
Veja a pág. 397 em Microbiologia Ilustrada para uma discussão mais detalhada sobre prions.
 Bioquímica Ilustrada 23

Hierarquia da estrutura protéica

Primária
contribui para
é
a seqüência de
aminoácidos

pode ser

[Hélice a ,----------.-•1 Chaperonas

[ Folha p

[ Curvatura P (voltas reversas) l -+---0>-

consiste em
-----1

( Estr uturas não-repetitivas

[ Estruturas supersecundárias

Função
Biológica
Por exem plo:
[ I nterações hidrofóbicas • Catálise
estabilizada e Proteção
[ Pontes de hidrogénio por é • Regulação
a organização e Transdução de sinal
[ lnterações eletrostáticas tridimensional da e Armazenamento
cadeia dobrada e Estrutura l
[ Pontes dissulfeto
e Transporte

desorga-
nQação >-,---0-e_s_n_a_t_u_ra_n_t_e_s____
ocasionada por r ::-- ------c-----c----j
Por exemplo:

algumas
e Uréia
[ lnterações hidrofóbicas e Temperatura e pH
estabilizada é podem
extremos
por o arranjo recuperar
[ Pontes de hidrogênio pode contribuir para e Solventes orgânicos
de múltiplas subuni-
[ lnterações eletrostáticas dades polipeptídicas
na proteína pode
formar

veja a pág. 397

j
Ds
L Doençade
Creutzfeldt-Jakob
conduz à r:;::::l
conduz a
- + - - - - - ~--------1
Organização
A maioria
das proteínas
não pode se
reorganizar após
a remoção do
alterada
conduza agente desnaturante
Doença de
Alzheimer
conduz à [ Proteínas amilóides J~-----{_ _______j t
Desnaturação
ir reversível

Figura 2.15
Mapa de conceitos-chave referentes à estrutura protéica.
 24 Pamela C. Champe, Richard A. Harvey, Denise R. Fe rrier

Questões para Estudo

Escolha a ÚNICA resposta correta.

2.1 Uma ligação peptídica:

A. apresenta um caráter de d upla ligação parcia l;
B. está ionizada em pH fisiológico;
C. é clivada po r agentes que desnaturam proteínas, como
solventes orgânicos e altas concentrações de uréia;
D. é estável ao aquecimento em ácidos fortes;
E. ocorre com mais freqüência na configuração eis.
=
Resposta correta A. A ligação peptidica tem um caráter de
dupla ligação parcial. Ao contrário de seus componentes - os
grupos a -amino e o;-carboxila - os componentes da ligação
peptidica não aceitam ou fornecem prótons. A ligação peptídica
não é clivada por solventes orgânicos ou uréia, mas é lábil em
meio ácido forte. Geralmente está em configuração trans.

2.2 Qual das segui ntes afirmações está correta? Resposta correta = C. As curvaturas ~ treqüentemente contêm
A. A hélice a pode ser composta por mais de uma cadeia prolina, a qual proporciona uma dobra. A hélice o; difere da tolha
polipeptídica. ~ por ela sempre fazer parte da espiral de uma simples cadeia

B. As folhas 13 existem somente na forma antipa ralela.
C. As curvaturas 13 freqüentemente contêm prolina.
D. Os motivos são um tipo de estrutura secundária.
E. A hélice a é estabilizada principalmente por interações
iônicas entre as cadeias laterais dos aminoácidos.
polipeptídica. A estrutura em tolha ~ pregueada ocorre tanto
na forma paralela quanto na forma antiparalela. Os motivos
são elementos da estrutura terciária. A hélice a. é estabilizada
principalmente por pontes de hidrogénio entre os grupos -C=O
e -NH- das ligações peptfdicas.

2.3 Qual das seguintes afirmativas sobre a estrutura protéica =

Resposta correta E. A organização correta de uma proteína
está correta? é direcionada por interações específicas entre as cadeias late-
A. As proteínas constituídas por um polipeptídeo podem rais dos resíduos de aminoácidos que compõem uma cadeia
ter e strutu ra quaternária. polipeptidica. Os dois resíduos de cisteína que reagem para
B. A formação de uma ponte dissulfeto em uma proteína formar uma ponte dissulfeto podem estar distantes um do outro
na estrutura primária (ou mesmo em polipeptídeos separados),
requer que os dois resíduos de cisteína participantes
mas são aproximados pela organização t ridimensional da
estejam adjacentes entre si, na seqüência primária da
cadeia polipeptídica. A desnaturação pode ser reversível ou
proteína. irreversível. A estrutura quaternária requer mais de uma cadeia
C. A estabilidade da estrutura quaternária das proteínas polipeptidica. Essas cadeias encontram-se associadas por meio
,. se dá principalmente como resultado das ligações de interações não-covalentes.
covalentes entre as subunidades.
D. A desnaturação protéica sempre resulta em perda irre-
versível das estruturas secundária e terciária.
E. A informação necessária para o dobramento correto
de uma proteína está contida na seqüência específica
dos aminoácidos ao longo da cadeia polipeptídica.

2.4 Um homem de 80 anos de idade apresentava preju ízo das Resposta correta = O. A doença de Alzheimer está associada
funções intelectuais e alte rações de humor e de compor- com longos agregados tibrilares protéicos, constituídos de
tamento. Sua família relatou desorientação progressiva tolhas p pregueadas, encontrados no encéfalo e em outros
locais. A doença está relacionada com o processamento anor-
e perda de memória durante os últimos seis meses. Não
mal de uma proteína. O acúmulo da proteína alterada ocorre
há história familiar de de mência. O paciente foi provi-
em uma con figuração de folhas p pregueadas, que é neuro-
soriamente diagnosticado como portador d e doença de tóxica. A proteína amilóide Ap, depositada no encéfalo em
Alzheimer. Qual das seguintes hipóteses melhor descreve decorrência da doença de Alzheimer, é derivada por clivagem
a doença? proteolítica de uma proteína muito maior, a proteína precursora
A. Está associada com a proteína 13-amilóide - uma p ro- amilóide- uma proteína transmembrana expressa na superfície
teína anormal, co m seqüência alterada de aminoáci- de células neurais e em outros tecidos. Muitos casos de doença
de Alzheimer são esporádicos, embora pelo menos 5 a 10%
dos.
por cento dos casos tenham origem familiar.
B. Resulta do acúmulo de proteínas desnaturadas que
apresentam conformações aleatórias.
C. Está associada com o acúmulo da proteína precursora
amilóide.
D. Está associada com o depósito d e agregados de peptí-
deos amilóides neurotóxicos.
E. É uma doença produzida por ação do ambiente, não
influenciada pela genética do indivíduo.