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A β-oxidação peroxissômica promove o encurtamento de ácidos graxos de cadeia linear muito longa, de
ácidos graxos ramificados, de ácidos graxos dicarboxílicos e da cadeia lateral de intermediários da síntese
de ácidos biliares. Os ácidos graxos de cadeia muito longa são transportados para o interior dos
peroxissomos, onde são convertidos nas respectivas acil-CoA. A primeira etapa de oxidação, como aquela
mitocondrial, é a transformação das acil-CoAs muito longas nas respectivas trans-Δ2-enoil--
CoA, com redução de FAD, catalisada por uma flavoproteína. No caso da
flavoproteína mitocondrial, a acil-CoA desidrogenase, os elétrons do FADH2 são entregues à
cadeia de transporte de elétrons, gerando ATP; na reação promovida pela enzima peroxissômica, a acil-
CoA oxidase, os elétrons do FADH2 são transferidos diretamente ao oxigênio, que é reduzido a água
oxigenada. A trans-Δ2-enoil-CoA é oxidada pelas mesmas três etapas da β-oxidação mitocondrial,
catalisadas, todavia, por apenas duas enzimas: uma enzima multifuncional,
que exibe as atividades de enoil-CoA hidratase e β-hidroxiacil-CoA desidrogenase, e uma tiolase.