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SÃO PAULO
2023
ARTUR OLIVEIRA CARVALHO
SÃO PAULO
2023
2
Carvalho, Artur Oliveira
Microrganismos Eficientes (EM) - Prospecção para aumento da
taxa de germinação e promoção de crescimento de tomate. Artur
Oliveira Carvalho. São Paulo, 2023.
25 folhas; A4
Monografia - Trabalho de conclusão de curso; Microrganismos.
Curso de Ciências Biológicas. Diretoria da Saúde, Universidade
Nove de Julho;
Orientador: Prof. Dr. Ricardo Harakava.
Palavras-chave: Agricultura, EM, Microrganismos Eficientes,
Agro Ecologia.
3
RESUMO
4
ABSTRACT
5
SUMÁRIO
1. INTRODUÇÃO 7
1.1 Microrganismos Eficientes 7
1.2 A cultura do tomate 7
1.3 Dependência do Brasil de fertilizantes e defensivos químicos e a alternativa
biológica 8
2. OBJETIVOS GERAIS 10
2.1 Objetivos específicos 10
3. MATERIAL E MÉTODOS 11
3.1 Captura de EMs 11
3.2 Ativação dos EMs 12
3.3 Efeitos dos EMs na germinação e no crescimento de tomateiros 13
3.3.1 Tratamentos 13
3.3.2 Efeito de EMs na emergência e promoção de crescimento 13
3.3.3 Finalização do ensaio de promoção de crescimento 14
3.3.4 Plaqueamento das raízes 14
3.4 Isolamento de bactérias e fungos presentes nos EMs 14
3.5 Extração de DNA, PCR e gel de eletroforese 14
3.6 Quantificação do DNA extraído 15
3.7 Precipitação de produtos de PCR com PEG 6000 15
3.8 Sequenciamento pelo método Sanger 16
4. RESULTADOS E DISCUSSÕES 17
4.1 Captura de EMs 17
4.2 Efeito dos EMs na germinação de sementes de tomate 17
4.3 Efeito dos EMs no crescimento de plantas de tomate - altura 18
4.4 Efeito dos EMs no crescimento de plantas de tomate - peso seco 19
4.5 Plaqueamento das raízes 20
4.6 Isolamento de bactérias e fungos presentes nos EMs 20
4.7 Amplificação da região ITS de fungos do gene ribossomal 16S de
bactérias 20
4.8 Sequenciamento método Sanger 20
5. REFERÊNCIAS 23
6
1. INTRODUÇÃO
7
nível mundial (2,5%), liderado pela China, Índia e Estados Unidos, que ocupam as
primeiras posições, respondendo por aproximadamente por 31%, 11% e 8%,
respectivamente (DOSSA; FUCHS, 2017). O tomate, apesar de ser fruto, é estudado
dentro do grupo das hortaliças. Acredita-se que o tomate seja a hortaliça que ocupa a
segunda posição mundial em área cultivada e a primeira em volume industrializado
(FILHO et al., 1994). A olericultura é uma das atividades que mais gera renda no
campo a cada hectare cultivado, gerando empregos desde o plantio até a
comercialização. Calcula-se que cada hectare gera entre três a seis empregos diretos
na frente da produção, logo empregando em torno de 10% da população nacional
(TREICHEL et al., 2016). Está presente na mesa não só dos brasileiros mas de todo
o mundo sob diversas formas, desde a mais simples salada até produtos
industrializados, como molhos e extratos. Contém importância alimentar e nutricional,
caracterizando-se pela alta concentração de licopeno, um poderoso antioxidante, que
ajuda a proteger o organismo contra os radicais livres e, até mesmo, o câncer. A
cultura do tomate é conhecida por utilizar grande volume de defensivos, haja vista a
variedade de pragas e doenças que atacam a plantação e podem acabar por
inviabilizar o cultivo pela redução da produtividade e da qualidade. (RUBIN et al.,
2016).
9
2. OBJETIVOS GERAIS
10
3. MATERIAL E MÉTODOS
Figura 1. Canos de PVC utilizados como armadilhas para a captura de EMs. FONTE: Compilação do
autor.
11
Os três pontos de coleta dentro do Parque Estadual das Fontes do Ipiranga -
Parque do Estado, São Paulo - SP, foram: Ponto 1 com o cano 1 (C1) - 23°38'22.7"S
46°37'24.0"W - 996G+4MV; Ponto 2 com o cano 2 (C2) - 23°38'23.8"S 46°37'21.7"W
- 996G+2WF e ponto 3 com o cano 3 (C3) - 23°38'32.2"S 46°37'26.4"W - 995G+39Q.
Figura 2. Modo de instalação da armadilha para captura de EMs junto à serrapilheira sob a mata.
FONTE: Compilação do autor.
12
3.3 Efeitos dos EMs na germinação e no crescimento de tomateiros
3.3.1 Tratamentos
Os EMs foram empregados em duas diluições de 1:1000 (F1) e 1:5000 (F2) em
água MilliQ.
Preparou-se 9 tratamentos: T1 - solução de C1 (localidade 1) x 2 diluições (F1
e F2), T2 - solução de C2 x 2 diluições (F1 e F2), T3 - solução de C3 x 2 diluições (F1
e F2), T4 - controle água MilliQ, T5 – controle meio de cultura (arroz, açúcar e água
MilliQ) x 2 diluições (F1 e F2).
13
3.3.3 Finalização do ensaio de promoção de crescimento
Após 92 dias o ensaio foi finalizado no dia 10/05/2022. As amostras foram
levadas da casa de vegetação para o laboratório seguindo a seguinte ordem dos
tratamentos : T4, T5, T1, T2 e T3.
A abertura dos sacos plásticos foi realizada pela lateral com o auxílio de uma
tesoura previamente limpa com álcool 70% (procedimento realizado entre uma
amostra e outra), retirando-os para que pudesse cortar a parte aérea, na base do
caule onde emergiu-se do solo.
A parte aérea foi armazenada dentro de sacos pardos com 32cm de altura, 16
cm de largura e com 8 furos, desde a abertura até a base, para serem levadas a estufa
e secarem por 21 dias em temperatura constante de 55 graus Celsius. Foi adicionado
um saco vazio para que pudesse descontar o valor desse ao final sob os sacos que
contêm amostras.
14
incubação sob agitação a 65°C por 30 min, foram adicionados 600 uL de clorofórmio-
álcool isoamílico (24:1) e agitado em vortex por alguns segundos. Após centrifugação
a 12.000 rpm por 10 min, 500 uL da fase aquosa foram transferidos para um microtubo
novo, adicionados de 300 uL de isopropanol e misturados por inversão. O DNA foi
sedimentado por centrifugação a 12.000 rpm por 10 min e lavado com 500 uL de
etanol 70%. O DNA foi submetido à centrifugação a vácuo por dez minutos a 30 °C e
ressuspendido com 50 uL de água MilliQ autoclavada. Finalizado esses processos o
DNA esteve pronto para a PCR ("Polimerase chain reaction") com primers para a
região ITS ("Internal transcribed spacer"), para os fungos, e com primers para o gene
ribossomal 16S, para as bactérias.
A região ITS foi amplificada utilizando os primers LR1 e SR6R (10 µM), 0,4 uL
cada, 10,0 uL de GoTaq Green Master Mix (Promega), 8.2 uL de água MilliQ
autoclavada e 1 uL de DNA, totalizando 20 uL.. Para o gene 16S, foram utilizados os
primers fD1 e rP1, com as mesmas condições.
A região ITS foi amplificada em termociclador programado para 94°C por 2 min
para desnaturação inicial, 40 ciclos de 10 s a 94°C para desnaturação - 30 s a 50°C
para anelamento - 40 s a 72°C para extensão e 5 min a 72°C para extensão final. Em
todos os experimentos foram usados tratamentos controle onde nenhum DNA foi
adicionado. Os tubos e materiais utilizados nas composições das soluções e no
manuseio foram autoclavados previamente.
Os produtos obtidos foram separados por eletroforese em gel de agarose 1,0%
(1g de agarose, 100mL Tampão e 2 uL de brometo). Foram aplicados 2 uL dos
produtos de PCR e 4 uL do marcador Invitrogen 1 kb Plus DNA Ladder. Os fragmentos
de DNA resultantes foram registrados em fotodocumentador sob luz U.V.
15
minutos a 12000 rpm, o sobrenadante foi retirado com a pipeta e o pellet foi lavado
com 125 uL de etanol 70%. Após secagem, o DNA foi ressuspendido com 20 uL de
água MilliQ autoclavada.
16
4. RESULTADOS E DISCUSSÕES
Figura 3. EMs capturados com armadilha de arroz autoclavado. Foram obtidas colônias com
diferentes colorações. FONTE: Compilação do autor.
17
Tabela 1. Número de sementes de tomates germinadas na presença ou não de EMs (microrganismos
eficientes).
Tabela 2. Média da altura (cm) das mudas de tomates inoculadas ou não com EMs após 15, 30 e 92
dias do plantio.
Tratamentos *Altura 15° dia (cm) *Altura 30° dia (cm) *Altura 92° dia (cm)
18
Tratamentos *Altura 15° dia (cm) *Altura 30° dia (cm) *Altura 92° dia (cm)
7 (T4) 3,03 a
8 (T5F1) 2,02 b
6 (T3F2) 0,70 c
3 (T2F1) 0,36 cd
2 (T1F2) 0,35 cd
4 (T2F2) 0,34 cd
5 (T3F1) 0,22 cd
1 (T1F1) 0,10 d
9 (T5F2) 0,04 d
C.V.(%) 17,58
19
4.5 Plaqueamento das raízes
Onze microrganismos, fungos e bactérias foram isolados a partir da superfície
das raízes das plantas de tomateiro tratadas com EMs.
A região ITS dos fungos e o gene ribossomal 16S das bactérias foram
amplificados com sucesso para a maioria dos isolados obtidos.
Para alguns fungos, foi observada banda dupla, indicando possível
contaminação do isolado (Figura 4A). Para algumas bactérias, além da banda
correspondente ao produto da amplificação do gene 16S, foi observada também
banda de DNA de alto peso molecular, indicando excesso de DNA genômico utilizado
na reação (Figura 4B)
Figura 4. Eletroforese dos produtos de PCR amplificados para fungos (região ITS) e bactérias (gene
ribossomal 16S). A – PCR para a região ITS de fungos. B – PCR do gene ribossomal 16S de
bactérias.
20
variedade de espécies. Foi observado grande número de isolados do gênero
Trichoderma, o que demonstra a capacidade da técnica de EMs em capturar fungos
benéficos para as plantas. Nota-se que o microrganismo Trichoderma atroviride foi
encontrado tanto nos preparados de EMs como nas raízes das plantas de tomate
tratadas.
Tabela 4. Identificação molecular dos microrganismos obtidos pelo método de EMs e dos
microrganismos colonizadores de raízes.
Percentual de
Amostra Identidade Nome Código GenBank E value
Microrganismos Eficientes
21
28 97.02% Penicillium adametzii NR_103661.1 0.0
22
5. REFERÊNCIAS
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Bolsista
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Ricardo Harakava
Orientador
SÃO PAULO
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