Estrutura dos RNAs e Transcrição gênica.

Prof. Dr. Nicolau Brito da Cunha

Brasília
2014
Transcrição
Localização e funções dos diferentes tipos de RNA
Classe de Tipo de Localização
RNA célula da função em Função
eucariotos
rRNA Bacteriana e Citoplasma Componentes estruturais e
eucariota funcionais do ribossomo
mRNA Bacteriana e Núcleo e Carrega informação para a
eucariota citoplasma síntese de proteínas
tRNA Bacteriana e Citoplasma Ajuda a incorporar aminoácidos
eucariota na cadeia polipeptídica
snRNA Eucariota Núcleo Processamento do pré-mRNA

snoRNA Eucariota Núcleo Processamento e montagem do

rRNA
scRNA Eucariota Citoplasma Variável
Unidades de transcrição em bactéria
DNA mRNAs nascentes cobertos
com ribossomos
 Procariotos vs. Eucariotos
A) EUCARIOTOS B) PROCARIOTOS
to r A B
mo e ne ne eC
citoplasma p ro g ge g en
DNA
núcleo
TRANSCRIÇÃO
promotor éxons íntrons mRNA 5’ 3’
TRADUÇÃO
DNA
proteína
gene
A B C
TRANSCRIÇÃO
Transcrito primário
do mRNA 5’ 3’

adição de cap e
cap cauda de poli(A)
AAAA
retirada dos íntrons
(splicing)
mRNA
AAAA
maduro

transporte para o citoplasma

TRADUÇÃO

PROTEÍNA
 Procariotos vs. Eucariotos

Núcleo

Transcrito
primário
Processamento
Citosol

Transporte

Ribossomo
Ribossomo
Proteína
nascente Proteína
nascente
Procarioto Eucarioto
 .
..
Características gerais
do processo

➢ 5’ → 3’
D ➢ Antiparalelo
N
A
➢ Não há primer
➢ Substratos: rNTPs
m ➢ Ataque nucleofílico
o ➢ Não há correção?
l
d
➢(1 erro a cada 104
e ribonucleotídeos
polimerizados).

5’
 Topologia
Bolha de transcrição

Fita
codificadora RNA
polimerase
Aperto
Topoisomerase I
Afrouxamento
Topoisomerase II

Fita
molde
Híbrido Sítio ativo
RNA-DNA

Sentido da transcrição
 Topologia

Superhélices
Negativas

Superhélices
Positivas

Sentido da transcrição
RNA polimerase - holoenzima

Sentido da transcrição
 RNA Polimerase de E. coli

Massa
Subunidade Gene Número Funções
(kDa)

• Montagem do
núcleo da enzima
• Reconhecimento
α rpoA 40 2 do promotor
• Liga-se a alguns
ativadores
• Centro catalítico
β rpoB 155 1 do complexo

• Ligação da RNA
β’ rpoC 160 1 pol ao DNA

• Especificidade por
σ rpoD 32 a 90 1 promotor
Fita senso (+) (codificadora) e fita
antissenso (-) (molde)
 Fita codificadora? Fita molde?

5’

5’ 3’
P1 T1 T2 P2 P3
3’ T3
5’

5’ 5’
a transcrição
 O fator sigma reconhece o promotor

Core da RNA polimerase DNA fita codificadora

DNA
fita
molde

Promotor

- 35 - 10 +1
 Fatores Sigma de E. coli

Promotor
Fator Gene Gene alvo -35 -10
σ70 rpoD maioria TTGACA TATAAT

σE rpoE choque térmico desconhecida desconhecida

σ32 rpoH choque térmico CCCTTGAA CCCGATNT

σ54 rpoN regulados por N CTGGNA TTGCA

σF fliA flagelina CTAAA GCCGATAA

Tabela 9.2 – Livro texto

Promotor de procariotos

Promotor Fita
codificadora

Fita
molde
Sequência Sequência Sítio de
consenso consenso início da
transcrição
mRNA
Promotores de procariotos
16-18 pb 6-7 pb

Promotor
Região Região Início da
-35 -10 transcrição

Sequências
consenso
Promotores fortes em E. coli para σ70
 Pontos de interação com a RNA pol

Sequência - 35 Sequência - 10 Ponto de início

Fita codificadora

Fita molde

A maioria dos pontos de contato está em uma face do DNA (na fita codificadora)

Modificação impede ligação da RNA pol

RNA pol protege contra modificação

Mutação abole ou diminui a atividade do promotor

Iniciação da transcrição

Iniciação
Ligação ao DNA abortiva

Liberação do
Fusão do DNA fator sigma
Iniciação abortiva
Elongação
Terminação da transcrição
em procariotos
Sequências palindrômicas

Sequência palindrômica
(fita dupla)

Estrutura
cruciforme
Sequências palindrômicas

Sequência palindrômica
(fita simpes)

Hairpin ou grampo de cabelo

Terminação ρ independente
Repetições invertidas
cont. Terminação ρ independente
cont. Terminação ρ independente
 Terminação ρ dependente

• Sequência rica em C e pobre em G

Terminação ocorre
Deleção impede a terminação aqui
Terminação ρ dependente

RNA polimerase

Proteína
Rho (ρ)
Terminação ρ dependente

mRNA
 RNA polimerases de eucariotos
Moléculas/
Polimerase Localização Produtos Atividade
célula
RNAP I Nucléolo 40.000 rRNA 35-45S 50-70%

mRNA e
RNAP II Nucleoplasma 40.000 20-40%
snRNA
rRNA 5S,
RNAP III Nucleoplasma 20.000 tRNA, snRNA, 10%
RNA 7S
RNAP RNAs
Mitocôndria ? ?
mitocondrial mitocondriais
RNAP RNAs do
Cloroplasto ? ?
cloroplástica cloroplasto

Tabela 9.3 – Livro texto

Comparação entre RNA polimerases

RNA polimerase procariótica RNA polimerase eucariótica

Promotores reconhecidos pela
RNA pol II
Cis-elementos de um promotor típico
de gene eucarioto*
Iniciador

YYAN(T/A)YYY

Octâmero promotor

* Com base no gene da timidilato cinase

Promotores de genes de eucariotos

Promotor do “early gene” de SV40

Início da
Promotor do gene da timidina cinase transcrição

Promotor do gene da histona H2B

Fatores de transcrição: ativadores transcricionais.

Fatores de transcrição gerais: ativadores transcricionais gerais.

Fatores de transcrição acessórios = ativadores transcricionais
acessórios: Fatores de transcrição auxiliares.
Fatores de transcrição acessórios = Ativadores transcricionais
acessórios: Fatores de transcrição auxiliares.

Proteínas ativadoras e Mediadores: complexo proteico de comunicação

entre as proteínas envolvidas na iniciação da transcrição em eucariotos:

Proteínas remodeladoras de cromatina: remodelamento da cromatina

para a configuração de eucromatina.
Modelo de ação do “enhancer”
Fatores de transcrição
“TATA binding protein”
(TBP)
TBP ligada ao sulco menor do DNA
 Fatores de transcrição gerais

Os fatores de transcrição gerais (GTFs) possibilitam

o reconhecimento do promotor e a iniciação

~30 pb
TFIIB posiciona o promotor
no canal do centro ativo
RNA pol circula o DNA e se liga a TFIIE
TFIIE assiste à entrada de TFIIH
TFIIF controla o acesso ao canal do DNA
Complexo de iniciação – RNA pol II
Complexo de iniciação – RNA pol II

TBP (subunidade de TFIID)

RNA
polimerase II
 Domínio carboxi terminal – CTD

• Repetições de heptapeptídeo (26-52) - YSPTSPS

• Exclusivo da RNA pol II

CTD
fosfatase
Iniciação → elongação – RNA pol II
Terminação da transcrição em eucariotos

Sinal de
poliadenilação

Fatores de
poliadenilação

Cauda poliA

Depois da poliadenilação, ao CTD se liga um complexo que contém

a nuclease Rat1, que digere o mRNA e desfaz o complexo RNA pol-
DNA, terminando a transcrição.