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20/03/2018

DISCIPLINA: “BIOQUÍMICA” Aula 05: Aminoácidos, peptídeos e proteínas Dr. Douglas Gatte-Picchi
DISCIPLINA: “BIOQUÍMICA”
Aula 05: Aminoácidos,
peptídeos e proteínas
Dr. Douglas Gatte-Picchi
douglas.picchi@frb.edu.br
Salvador
19/03/2018
CONTEÚDO PROGRAMÁTICO 1. Aminoácidos 2. Peptídeos e proteínas 3. Trabalhando com proteínas 4. A estrutura
CONTEÚDO PROGRAMÁTICO
1. Aminoácidos
2. Peptídeos e proteínas
3. Trabalhando com proteínas
4. A estrutura de proteínas

20/03/2018

1. AMINOÁCIDOS Proteínas controlam praticamente todos os processos que ocorrem em uma célula, exibindo uma
1. AMINOÁCIDOS
Proteínas controlam praticamente todos os processos que ocorrem em
uma célula, exibindo uma quase infinita diversidade de funções.
macromoléculas biológicas mais abundantes, ocorrendo em todas
as células e em todas as partes das células.
As proteínas são os instrumentos moleculares pelos
quais a informação genética é expressa.
proteínas de todos
organismos são construídas a
partir do mesmo conjunto de
20 aminoácidos
MONÔMEROS
aminoácidos
Alfabeto da linguagem da
estrutura proteica é lida
células produzem proteínas com
propriedades e atividades
completamente diferentes
ligando os mesmos 20
aminoácidos em combinações e
sequências muito diferentes.
MINOÁCIDOS1. A
MINOÁCIDOS1.
A

20/03/2018

1. AMINOÁCIDOS Proteínas são polímeros de aminoácidos resíduo de aminoácido unido ao seu vizinho por
1.
AMINOÁCIDOS
Proteínas são polímeros de aminoácidos
resíduo de aminoácido unido ao seu vizinho
por um tipo específico de ligação covalente
~300 aminoácidos: mas apenas 20 deles são codificados pelo DNA e constituem proteínas
aminoácidos proteinogênicos
Aminoácidos compartilham características estruturais comuns
α-aminoácidos
O carbono α é quiral (= assimétrico)
centro estereogênico
arranjo tetraédrico dos orbitais de
ligação em volta do átomo de carbono-
α, os quatro grupos diferentes podem
ocupar dois arranjos espaciais únicos
estereoisômeros
1. AMINOÁCIDOS configuração absoluta Sistema D, L Os resíduos de aminoácidos em proteínas são
1.
AMINOÁCIDOS
configuração absoluta
Sistema D, L
Os resíduos de
aminoácidos em
proteínas são
estereoisômeros L
são imagens especulares não sobreponíveis uma da outra
Todas as moléculas com um centro quiral também são
opticamente ativas – isto é, elas giram o plano da luz polarizada
enantiômeros

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1. AMINOÁCIDOS Aminoácidos podem ser classificados pelo grupo R aminoácidos agrupados em cinco classes principais
1.
AMINOÁCIDOS
Aminoácidos podem ser classificados pelo grupo R
aminoácidos agrupados em cinco classes principais com
base nas propriedades dos seus grupos R
polaridade ou tendência para
interagir com a água em pH biológico
tendem a se agrupar no interior de proteínas,
estabilizando a estrutura proteica por meio de
interações hidrofóbicas
Todos podem participar em interações hidrofóbicas. O
grupo Tyr-OH pode formar ligações de hidrogênio e é
um importante grupo funcional em algumas enzimas.
1. AMINOÁCIDOS Aminoácidos podem ser classificados pelo grupo R Absorção de luz por moléculas: a
1.
AMINOÁCIDOS
Aminoácidos podem ser classificados pelo grupo R
Absorção de luz por moléculas: a Lei de Lambert-Beer
Quanto maior a [ ],
maior será a absorbância.

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1. AMINOÁCIDOS Aminoácidos podem ser classificados pelo grupo R A cisteína é prontamente oxidada para
1.
AMINOÁCIDOS
Aminoácidos podem ser classificados pelo grupo R
A cisteína é prontamente oxidada
para formar um aminoácido dimérico
ligado de modo covalente chamado
cistina, no qual duas moléculas ou
resíduos de cisteína são ligadas por uma
ligação dissulfeto
são mais solúveis em água
Fundamental para estabilização das estrutura proteica
1. AMINOÁCIDOS Aminoácidos podem ser classificados pelo grupo R carga positiva significativa em pH 7,0
1.
AMINOÁCIDOS
Aminoácidos podem ser classificados pelo grupo R
carga positiva significativa em pH 7,0
Lisina: 2º grupo amino primário na posição ε
Arginina: grupo guanidínio
Histidina: grupo imidazol aromático
carga negativa final em pH 7,0
aspartato e o glutamato: segundo grupo carboxila

20/03/2018

1. AMINOÁCIDOS • Quanto à produção de aminoácidos no organismo, são classificados em:  Não
1. AMINOÁCIDOS
Quanto à produção de aminoácidos no organismo, são
classificados em:
 Não essenciais ou naturais: são os aminoácidos produzidos
pelo organismo.
 Essenciais: são os aminoácidos que não são produzidos
pelo organismo. Eles são obtidos unicamente pela dieta
(alimentação).
Obs.: Precisamos de todos os aminoácidos para os processos de
produção de proteínas.
1. AMINOÁCIDOS
1. AMINOÁCIDOS

20/03/2018

1. AMINOÁCIDOS Aminoácidos incomuns também têm funções importantes as proteínas podem conter resíduos criados
1.
AMINOÁCIDOS
Aminoácidos incomuns também têm funções importantes
as proteínas podem conter resíduos criados por modificações
de resíduos comuns já incorporados em um polipeptídeo
5-hidroxilisina, derivada da lisina
colágeno, proteína fibrosa
de tecidos conectivos
6-N-metil-lisina é um constituinte da miosina (proteína contrátil do músculo)
desmosina, derivada de 4
resíduos Lys, encontrada na
proteína fibrosa elastina
1. AMINOÁCIDOS Aminoácidos incomuns também têm funções importantes Alguns resíduos de aminoácidos em uma
1.
AMINOÁCIDOS
Aminoácidos incomuns também têm funções importantes
Alguns resíduos de aminoácidos em uma proteína podem ser modificados
transitoriamente para alterar as funções da proteína
> grupos fosforil, metil, acetil, adenilil, ADP-ribosil
aumentar ou diminuir a
atividade de uma proteína
ornitina e a citrulina: intermediários-chave
na biossíntese de arginina e no ciclo da ureia
fosforilação é uma modificação reguladora particularmente comum

20/03/2018

1. AMINOÁCIDOS Grupo NH 2 tem caráter básico em pH baixo se protona (“liga” ao
1.
AMINOÁCIDOS
Grupo NH 2 tem caráter básico
em pH baixo se protona (“liga” ao H + da solução)
Grupo COOH tem caráter ácido
em pH alto libera seu próton H +
“Zwitterion”
(anfotérico)
FORMA ISOELÉTRICA
1. AMINOÁCIDOS Em solução ácida o aminoácido se comporta como uma base Em solção básica
1.
AMINOÁCIDOS
Em solução ácida o aminoácido se comporta como uma base
Em solção básica o aminoácido se comporta como um ácido

20/03/2018

1. AMINOÁCIDOS O estado de ionização de um aminoácido dependo do pH
1. AMINOÁCIDOS
O estado de ionização de um aminoácido dependo do pH
1. AMINOÁCIDOS Aminoácidos têm curvas de titulação características titulação ácido-base envolve a adição ou
1. AMINOÁCIDOS
Aminoácidos têm curvas de titulação características
titulação ácido-base envolve a adição ou remoção gradual de prótons
CURVA DE TITULAÇÃO DE UMA FORMA
DIPRÓTICA DE GLICINA
[ ] iguais
doador/aceptor
[ ] iguais
doador/aceptor
íon bipolar
desprotonação de dois
grupos diferentes na glicina
zwitteríon
pH muito baixo, completamente protonada:
+ H 3 N - CH 2 - COOH
pH muito alto, completamente desprotonada:
H 2 N - CH 2 – COO -

20/03/2018

1. AMINOÁCIDOS Aminoácidos diferem em suas propriedades acidobásicas aminoácidos com um grupo R ionizável têm
1.
AMINOÁCIDOS
Aminoácidos diferem em suas propriedades acidobásicas
aminoácidos com um grupo R ionizável têm curvas de titulação mais complexas,
com três estágios correspondendo às três etapas possíveis de ionização
2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Peptídeos são cadeias de aminoácidos Duas moléculas de aminoácidos podem ser
2.
PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS
Peptídeos são cadeias de aminoácidos
Duas moléculas de aminoácidos podem ser ligadas de modo covalente por meio de uma
ligação amida substituída (ligação peptídica) a fim de produzir um dipeptídeo.
Aminoácido 1
Aminoácido 2
Peptídeos < 5 aa
Oligopeptídeo ?
Polipeptídeos < 1000 aa
Proteínas >1000 aa
Ligação Péptica
reação de condensação
Água
Dipeptídeo

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2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS pentapetídeo seril-glicil-tirosil-alanil-leucina Ser–Gly–Tyr–Ala–Leu SGYAL
2.
PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS
pentapetídeo seril-glicil-tirosil-alanil-leucina
Ser–Gly–Tyr–Ala–Leu
SGYAL
Alanil-glutamil-glicil-lisina.
Este tetrapeptídeo tem um grupo a-amino livre, um
grupo a-carboxila livre e dois grupos R ionizáveis.
2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Peptídeos e polipeptídeos biologicamente ativos ocorrem em uma ampla variação de
2.
PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS
Peptídeos e polipeptídeos biologicamente ativos ocorrem em uma
ampla variação de tamanhos e composições
>
Imitam a sacarose quando
interagem com receptores gustativos
> Não são metabolizados e
contribuem pouco para metabolismo
>
Aprovado para uso em 1981
Metanol?!?

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2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Fígado é equipado para lidar com methanol em quantidades modestas 1º
2.
PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS
Fígado é equipado para lidar com
methanol em quantidades modestas
1º oxida metanol a formaldeído e então a ácido
fórmico que pode ser excretado pelos rins.
2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Peptídeos e polipeptídeos biologicamente ativos ocorrem em uma ampla variação de
2.
PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS
Peptídeos e polipeptídeos biologicamente ativos ocorrem em uma
ampla variação de tamanhos e composições
vários hormônios de vertebrados
ocitocina (nove resíduos de
aminoácidos), secretada pela
glândula neuro-hipófise, que
estimula as contrações uterinas
fator de liberação de tireotropina (três
resíduos), formado no hipotálamo e que
estimula a liberação de outro hormônio,
tireotropina, da glândula adeno-hipófise

20/03/2018

2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Amanitina veneno Amanita phalloides Valinomicina antimicrobiano Streptomyces sp.
2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS
Amanitina
veneno
Amanita phalloides
Valinomicina
antimicrobiano
Streptomyces sp.
2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS
2.
PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS

20/03/2018

2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Algumas proteínas contêm outros grupos químicos algumas proteínas contêm componentes
2.
PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS
Algumas proteínas contêm outros grupos químicos
algumas proteínas contêm componentes químicos permanentemente
associados além dos aminoácidos → proteínas conjugadas
parte não aminoácido de uma proteína conjugada é o grupo prostético.
3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS Para estudar em detalhe uma proteína, o pesquisador deve ser capaz
3.
TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
Para estudar em detalhe uma proteína, o pesquisador deve ser capaz
de separá-la de outras proteínas na forma pura e deve dominar as
técnicas para determinar suas propriedades.
Proteínas podem ser separadas e purificadas
células contêm milhares de
diferentes tipos de proteínas
preparação pura é essencial para a
determinação das propriedades e
atividades de uma proteína
Métodos clássicos para separação de proteínas
Propriedades que variam de uma proteína para outra
tamanho, a carga e as
propriedades de ligação
clonagem do DNA
sequenciamento do genoma
primeira etapa é romper as células:
liberando suas proteínas em uma solução
separar as proteínas em diferentes
frações com base em uma propriedade
extrato bruto
fracionamento

20/03/2018

3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS Etapas iniciais de fracionamento em uma purificação Solubilidade (função complexa
3.
TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
Etapas iniciais de
fracionamento em
uma purificação
Solubilidade
(função complexa do pH, temperatura, concentração de sais)
solubilidade de proteínas é reduzida
em presença de alguns sais
salting out
precipitar seletivamente
algumas proteínas
(NH 4 ) 2 SO 4
3.
TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
diálise é um procedimento que separa proteínas de solutos pequenos se
aproveitando do tamanho maior das proteínas.
extrato parcialmente purificado
membrana semipermeável
retém as proteínas
grandes no interior da
bolsa membranosa
remover o sulfato de amônio

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3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS Os métodos mais eficientes para fracionar proteínas utilizam a cromatografia em
3.
TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
Os métodos mais eficientes para
fracionar proteínas utilizam a
cromatografia em
coluna
diferenças na carga,
tamanho, afinidade de
ligação e outras propriedades
(1) material sólido poroso (fase estacionária)
(2) solução tamponada (fase móvel) migra
através da fase estacionária.
Extrato de proteína: colocada no topo da coluna
3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS Coletar frações Coletar frações
3.
TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
Coletar frações
Coletar frações

20/03/2018

3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS A cromatografia de troca iônica explora as diferenças no sinal e
3.
TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
A cromatografia de troca iônica
explora as diferenças no sinal e
magnitude da carga elétrica final de
proteínas em um determinado pH
pH (que determina o
estado de ionização
da molécula)
separação por
mudanças graduais
no pH da fase móvel de
modo a criar
um gradiente de pH
3.
TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
A cromatografia de exclusão por
tamanho, também chamada de
filtração em gel, separa as proteínas
de acordo com o tamanho
proteínas grandes
emergem da coluna
mais cedo do que as
proteínas menores
estimativa do tamanho
de uma proteína

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3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS A cromatografia de afinidade se baseia na afinidade de ligação qualquer
3.
TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
A cromatografia de afinidade se baseia na afinidade de ligação
qualquer proteína com
afinidade para esse ligante
se liga aos grânulos, e sua
migração através da
matriz é retardada
Proteína ligada é
eluída por uma
solução contendo
uma alta [SAL]
sal enfraquece a ligação
da proteína ao ligante
imobilizado
3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS Métodos cromatográficos são aperfeiçoados com a utilização de HPLC, ou
3.
TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
Métodos cromatográficos são aperfeiçoados com a utilização de HPLC, ou
cromatografia líquida de alto desempenho.
bombas de alta pressão que aceleram o movimento
das moléculas de proteína coluna abaixo

20/03/2018

3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS agarose DNA Eletroforese em gel PENEIRAS MOLECULARES método para a separação
3.
TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
agarose
DNA
Eletroforese em gel
PENEIRAS MOLECULARES
método para a separação de
macromoléculas de diferentes
tamanhos e cargas.
acrilamida
Separam de acordo com o
tamanho ou a conformação.
Proteínas
retardam mais a passagem
das moléculas grandes que
das moléculas pequenas
BROMETO DE ETÍDIO: intercalante
3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS agarose DNA Eletroforese em gel PENEIRAS MOLECULARES método para a separação
3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
agarose
DNA
Eletroforese em gel
PENEIRAS MOLECULARES
método para a separação de
macromoléculas de diferentes
tamanhos e cargas.
acrilamida
Separam de acordo com o
tamanho ou a conformação.
Proteínas

20/03/2018

3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS agarose DNA Eletroforese em gel PENEIRAS MOLECULARES método para a separação
3.
TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
agarose
DNA
Eletroforese em gel
PENEIRAS MOLECULARES
método para a separação de
macromoléculas de diferentes
tamanhos e cargas.
acrilamida
Separam de acordo com o
tamanho ou a conformação.
Proteínas
VISUALIZAÇÃO DE GÉIS: FOTODOCUMENTARES
3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS Métodos cromatográficos são frequentemente impraticáveis nas fases iniciais medida
3.
TRABALHANDO COM PROTEÍNAS
Métodos cromatográficos são frequentemente impraticáveis nas fases iniciais
medida que cada etapa de purificação se completa,
o tamanho da amostra geralmente se torna menor

20/03/2018

4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS A estrutura de grandes moléculas, tais como proteínas, pode ser
4.
A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS
A estrutura de grandes moléculas, tais como proteínas, pode ser descrita
em vários níveis de complexidade
A conformação de uma proteína é
estabilizada por interações fracas
4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS A função de uma proteína depende de sua sequência de
4.
A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS
A função de uma proteína depende
de sua sequência de aminoácidos
(1) Proteínas com funções diferentes sempre possuem
sequências de aminoácidos diferentes
(2) Milhares de doenças genéticas humanas foram
rastreadas para a produção de proteínas defeituosas.
(3) Proteínas funcionalmente semelhantes de diferentes
espécies têm sequências de aminoácidos semelhantes

20/03/2018

4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS Estrutura Primária É a sequência dos aminoácidos na cadeia peptidica,
4.
A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS
Estrutura Primária
É a sequência dos aminoácidos na cadeia peptidica, e é escrita na direção
amino terminal
carboxila terminal
4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS Estrutura Secundária Qualquer segmento de uma cadeia polipeptídica e descreve
4.
A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS
Estrutura Secundária
Qualquer segmento de uma cadeia polipeptídica e descreve
o arranjo espacial de seus átomos na cadeia principal
Alfa-hélices
arranjo espacial dos
resíduos de aminoácidos
adjacentes em um
segmento polipeptídico

20/03/2018

4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS Estrutura Secundária Qualquer segmento de uma cadeia polipeptídica e descreve
4.
A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS
Estrutura Secundária
Qualquer segmento de uma cadeia polipeptídica e descreve
o arranjo espacial de seus átomos na cadeia principal
Beta-conformação
organizam as cadeias
polipeptídicas em forma de folha
arranjo espacial dos
resíduos de aminoácidos
adjacentes em um
segmento polipeptídico
4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS Estrutura terciária Inclui aspectos de alcance mais longo da sequência
4.
A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS
Estrutura terciária
Inclui aspectos de alcance mais longo da sequência de aminoácidos, que mesmo
distantes na sequência polipeptídica e em diferentes tipos de estruturas secundárias
podem interagir na estrutura da proteína completamente dobrada.

20/03/2018

4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS Estrutura quartenária Algumas proteínas contêm duas ou mais cadeias polipeptídicas
4.
A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS
Estrutura quartenária
Algumas proteínas contêm duas ou mais cadeias polipeptídicas distintas, ou
subunidades, que podem ser idênticas ou diferentes. O arranjo destas subunidades
proteicas em complexos tridimensionais constitui a estrutura quaternária
4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS Desnaturação A forma espacial das proteínas pode ser afetada pela
4.
A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS
Desnaturação
A forma espacial das proteínas pode ser afetada pela temperatura, pH, polaridade,
salinidade, solventes, radiações etc. As proteínas perdem parcialmente o arranjo
espacial.
A perda de estrutura da proteína
resulta na perda de função
A proteína desnaturada apresenta as seguintes alterações:
Físicas: aumento da viscosidade; não podem ser cristalizadas ou auto-organizadas.
Químicas: maior reatividade: devido a exposição de grupos químicos que estavam
encobertos por estruturas; diminuição da solubilidade, consequente precipitação.
Biológicas: perda de suas propriedades enzimáticas, antigênicas e hormonais;
facilmente digeridas por enzimas hidrolíticas.

20/03/2018

REVISÃO Elencar os assuntos abordados na aula (alunos)
REVISÃO
Elencar os assuntos
abordados na aula
(alunos)