Química e Dinâmica Molecular T52

Licenciatura Engenharia Física Tecnológica

Instituto Superior Técnico – Universidade de Lisboa
Química e Dinâmica Molecular
Licenciatura Engenharia Física Tecnológica – 1º ano – 3º período

O Programa :

Blocos de construção : Átomos, Tabela periódica e Propriedades Periódicas

Dos átomos às moleculas : Teorias de Orbitais Moleculares (TOM) e Enlaçe Valência (TEV)

Das moléculas aos materiais : Materiais Covalentes, Cristais Iónicos e Metais

Forças Intermoleculares

Química Computational : Métodos de Monte Carlo (MC) e Dinâmica Molecular (MD)

MD1: Modelos Moleculares

MD2: Implementação e Interpretação de uma Simulação

 Modelos e Trajectórias
Mecânica Estatística
Assembleias, Ergodicidade e Condições Periódicas

Trajectórias usando as equações de Newton

Dinâmica Molecular Assembleia Microcanónica (NVE)
 Modelos e Trajectórias
Mecânica Estatística
Assembleias, Ergodicidade e Condições Periódicas

Trajectórias usando as equações de Newton

Dinâmica Molecular Assembleia Microcanónica (NVE)
 Condições Periódicas (de Fronteira)

considerar uma caixa de simulação e replicá-la em todas as direcções

para uma caixa cúbica (3D) há 26 réplicas mais próximas

caixa original

L réplicas
 Condições Periódicas (de Fronteira)

podemos considerer dois tipos de interação:

interações de curto alcance, calculadas explicitamete para

todas os átomos dentro de uma esfera de raio igual a uma
distância de corte (cutoff distance radius, Rc < L/2).

interações de longo alcance, calculadas geralmente por

correções de longo alcance para lá de Rc (truncatura, potenciais
deslocados, somas de Ewald), considerando todos os átomos
de todas as caixas possíveis.
 Condições Periódicas (de Fronteira)

o cálculo de interações de curto alcançe recorre à convenção

de imagem minima:

o átomo i pode interactuar com o átomo j ou uma das suas 26

imagens

apenas um desses 27 átomos está a uma distancia inferior a

L/2 e é esse que é considerado para calcular as interações de
curto alcance.
 Condições Periódicas (de Fronteira)

o cálculo de interações de curto alcançe recorre à convenção

de imagem minima:

o átomo i pode interactuar com o átomo j ou uma das suas 26

imagens

apenas um desses 27 átomos está a uma distancia inferior a

L/2 e é esse que é considerado para calcular as interações de
curto alcance.
 Condições Periódicas (de Fronteira)

com as condições periódicas deixam de existir “paredes” nas caixas

 Modelos e Trajectórias
Mecânica Estatística
Assembleias, Ergodicidade e Condições Periódicas

Trajectórias usando as equações de Newton

Dinâmica Molecular Assembleia Microcanónica (NVE)
 Trajectórias usando as equações de Newton

regras gerais

conservação de energia
reversibilidade
eficiência computacional
utilização de tempos de integração (timesteps) longos
um cálculo de resultante de forças por timestep

tipos de integradores mais comuns

Verlet
Verlet de velocidades
previsão-correção (predictor-corrector)
gear predictor-corrector
 Trajectórias usando as equações de Newton

integrador de Verlet

baseado em duas expansões em série (Taylor)

 Trajectórias usando as equações de Newton

integrador de Verlet

baseado em duas expansões em série (Taylor)

que somadas dão

 Trajectórias usando as equações de Newton

integrador de Verlet

a velocidade não é explicitamente calculada e pode ser obtida a partir de

pontos sucessivos na trajetória:

o vector de posição em t+dt tem de ser calculado a partir de duas

posições anteriores (método de dois passos, sem auto-inicialização)

simples e com boa estabilidade (mas há variantes melhores e + práticas)

 Modelos e Trajectórias
Mecânica Estatística
Assembleias, Ergodicidade e Condições Periódicas

Trajectórias usando as equações de Newton

Dinâmica Molecular Assembleia Microcanónica (NVE)
 Assembleias em Dinâmica Molecular

em DM algumas variáveis são parâmetros externos e outros variáveis

observáveis (resultantes do evoluir da simulação).

Em DM a simulação evolui na assembleia microcanónica (N V E)

N = número de partículas (átomos)

V = volume da caixa (= L3 em caixas cúbicas) variáveis externas
E = energia total (interna) do sistema

T = temperatura variáveis observáveis

p = pressão

para ”trocar” algumas destas variáveis é necessário modificar as DMs

 Assembleias em Dinâmica Molecular

Numa DM em assembleia canónica (N V T) as variáveis passam a ser:

N = número de partículas (átomos)

V = volume da caixa (= L3 em caixas cúbicas) variáveis externas
T = temperatura

E = energia total (interna) do sistema variáveis observáveis

p = pressão

para tal é necessário um termostato = algoritmo que adiciona ou subtrai

energia ao sistema de tempos a tempos para fazer a temperatura evoluir até
se atingir o valor pretendido. Ex: termostatos de Hoover ou Berendsen que
actuam sobre as velocidades moleculares. (Ecin proporcional a (3/2)N.kB.T)
 Assembleias em Dinâmica Molecular

Numa DM em assembleia isobárica-isotérmica (N p T) as variáveis passam a ser:

N = número de partículas (átomos)

p = pressão variáveis externas
T = temperatura

E = energia total (interna) do sistema variáveis observáveis

V = volume da caixa (= L3 em caixas cúbicas)

para tal é necessário um barostato = algoritmo que adiciona ou subtrai volume

ao sistema de tempos a tempos para fazer a pressão evoluir até se atingir o
valor pretendido. Ex: barostatos de Hoover ou Berendsen que actuam sobre as
posições moleculares.