Roteiro para discussão: organização e regulação gênica de procariotos.

2018

1.Descreva o número de replicons e a densidade gênica em procariotos

Replicons (intervalo entre uma origem de replicação e outra) são unidades de

cromossomos que replicam a partir de uma origem de replicação.
Em bactérias existe apenas um replicon ou origem de replicação, enquanto em
Arqueas pode haver um, dois ou três replicons.
A densidade gênica em procariotos varia entre 0,9 a 1,1 Kb.
Em geral Archeas tem genoma menos, possuem várias origens de replicação.

2.Descreva a orientação da transcrição dos genes em relação a origem de replicação

e a posição dos mesmos em relação a origem de replicação

A maioria dos genes encontra-se orientados na fita líder, relacionadas ao sentido de

replicação. Essa característica apresenta ser vantajosa, pelo fato de que esta
organização evita ou minimiza o efeito negativo das colisões entre a maquinaria
protéica de replicação e RNA-polimerases que estão transcrevendo os genes, não
ocorrendo colisão entre os sistemas.

3.Descreva os dois primeiros níveis de compactação do genoma de eubactérias.

O primeiro nível de compactação ocorre por causa de poliaminas e da estrutura do

DNA carregada de cátions configuram o nucleoide como um ambiente eletricamente
carregado, fazendo com que a autorrepulsão proporcionada por ela, contrabalançada
por interações com contraíons, levam à ocorrência de mudanças de trajetórias
aleatórias no DNA.
O segundo nível ocorre pela formação de alças que formam domínios topológicos
independentes, cada alça é mantida são mantidos por interações entre o DNA e as
proteínas cromatínicas, e ao longo de cada alça um nível adicional de compactação da
cromatina é obtido pela introdução do superenrolamento negativo no DNA. Além
disso, no contexto da organização em domínios topológicos, há níveis adicionais de
organização estrutural do cromossomo, que definem os chamados macrodomínios,
que são superestruturas que abrangem de dezenas a centenas de domínios
topológicos.

4.Cite a organização das principais proteínas NAPs nas alças de DNA do nucleóide de
eubactérias. Comente sobre o comportamento do nucleóide nas fases exponencial e
estacionária de crescimento bacteriano.

NAPS – Proteinas associadas ao nucleoide – compactação do cromossomo

NAPS são o principal responsável pela estruturação do nucleoide. As NAPs desempenham

diferentes papéis na organização da cromatina bacteriana e a atividade de cada proteína
depende do(s) efeito(s) que ela exerce sobre o trecho do DNA ao qual está ligada. Os efeitos
mais evidentes das NAPs são: o dobramento ou o enrolamento localizado de uma molécula de
DNA e a interligação (bridging) de duas porções de uma mesma molécula de DNA ou de duas
moléculas de DNA diferentes (formando uma ponte DNA-proteína-DNA).

Na fase exponencial de multiplicação, o nucleoide pode adotar uma conformação mais

compacta, com maior número de domínios (alças) de DNA superenrolado, ou uma
conformação mais estendida com um número menor desses domínios topológicos.

Quando a bactéria chega a uma fase estacionária de multiplicação, o nucleoide passa a ter
uma estrutura ainda mais estendida, em que o número de domínios topológicos é menor e a
estrutura do DNA é mais relaxada (com menor conteúdo de superenrolamento) .

5.Descreva a formação dos nucleossomos e a influência das proteínas alba

(concentração e modifações pós traducionais destas) no controle da transcrição.

Nucleossomos consiste em uma unidade de DNA dividida em duas espirais, que se enrosca em

torno de um disco proteico, composto por proteínas, as histonas e as não-histonas.

Dímeros de Alba associam-se ao DNA , cobrindo-o em arranjos nucleoproteicos em tandem.

Com isso, são formadas fibras nucleoproteicas helicoidais estendidas , cujo grau de
compactação aumenta proporcionalmente ao número de dímeros presente, há a associação
de dímeros ocupando posições adjacentes ao longo do DNA.

6.Defina: expressão gênica constitutiva.

Processo que inclui a transcrição de um gene – síntese de um RNA funcional a partir de

uma sequência nucleotídica do DNA e a eventual tradução do RNA correspondente
numa sequência de aminoácidos

7.Quais os mecanismos gerais de controle transcricional da expressão gênica?

Fatores de transcrição que podem atuar ativando ou reprimindo a transcrição, os

principais são controles negativos e positivos (proteína ativadora).

8.Explique a expressão gênica em procariotos quanto a:

a) grau de acoplamento da transcrição e da tradução.

b) número de produtos gênicos em um transcrito primário.

c) número de proteínas resultantes da tradução de um transcrito primário (em

média).
9.Explique como ocorre o controle transcricional pela troca de fatores sigma. De que
depende sua especificidade?

A especificidade da ligação da RNA-polimerase nos diferentes promotores é determinada pela

interação entre as várias espécies de fatores sigma, existentes na célula. Portanto, um nível de
controle da expressão gênica pode ser exercido pela disponibilidade destes diferentes fatores
sigma, produzidos em tempos específicos.

10.Numa cultura de E. coli em um meio contendo tanto lactose quanto glicose, por
que mecanismo que há seletividade pela glicose? O que acontece quando a glicose se
esgota durante o crescimento da bactéria?

Porque a glicose age como um repressor do operon lac, pois a célula utilizará primeiro
a energia disponível na molécula de glicose. A bactéria começa produzir a enzima pra
quebrar as moléculas de lactose e utilizar sua energia, a atividade do repressor foi
diminuída e liberando assim a região operadora.

11.A proteína AraC é capaz de atuar como regulador positivo e negativo da

transcrição do operon araBAD. Explique em que condições ela atua como regulador
positivo.

Quando o meio contém arabinose, mas sem a presença de glicose, aumentam os níveis
de cAMP. A arabinose se liga-se à proteína AraC, alterando sua conformaçãao e
causando a abertura da alça de DNA. Atuando junto com CAP-cAMP , fazendo com que
os genes araBAD sejam transcritos.

12.Quais os tipos de controles encontrados no operon trp? Quais as diferenças entre

eles?

Controle negativo, mecanismos do tipo repressivo. Os genes são expressos quando o

triptofano não está disponível à célula em seu meio ambiente. O triptofano funciona
como um regulador negativo de sua própria biossíntese

13.Diferencie duas situações em que ocorre o controle da expressão gênica por

ribocomutadores.

Ribocomutadores são uma classe de RNAs reguladores que fazem a transdução de

sinal entre metabólitos e a regulação de da expressão gênica. A diferença dos
ribocomutadores é que eles não dependem da mediação por parte de proteínas
acessórias intermediárias, interagindo diretamente com os metabólitos a serem
regulados.

14.Os sRNA’s que atuam em cis realizam, geralmente, regulação negativa de genes.
Como diferencia-los dos sRNA’s que atuam em trans?