O pH mede a concentrao do on de hidrognio. A mudana de
pH pode alterar a carga lquida das molculas, como protena ou DNA, causando uma migrao mais demorada (ou mais rpida). Isso porque essas molculas tm partes bsicas que aceitam ons de hidrognio (prtons) e muitas partes cidas que podem doar prtons. Quando um cido doa um prton, ele torna-se carregado negativamente; quando uma base aceita um prton, pelo contrrio, ela fica carregada positivamente. medida que a concentrao de ons de hidrognio na soluo aumenta, protenas e DNA tornam-se menos carregados negativamente (ou mais carregados positivamente). O pH no qual uma molcula, como a protena, no tem carga chamado de ponto isoeltrico. Tampes estabilizam o pH no gel em um nvel em que o DNA ir estar carregado negativamente e ir migrar como desejado. Corrente O gel de eletroforese funciona aplicando-se uma corrente eltrica placa de gel submergida no tampo. As molculas de DNA so carregadas negativamente, e as protenas podem ser carregadas negativamente desnaturando-as primeiro e depois tratando-as com dodecil sulfato de sdio (SDS). As protenas ou molculas de DNA migram do ctodo carregado negativamente para o nodo carregado positivamente. A gua, no entanto, um veculo bastante pobre em corrente - s carrega corrente de modo eficaz quando se dissolve substncias nela, j que ons carregados se movem em um campo eltrico. A soluo tampo tem uma maior concentrao de ons (maior fora inica), de maneira queconsegue carregar muito mais corrente que a gua pura. Gel de empilhamento Tampes desempenham um papel ainda mais complexo em uma espcie de eletroforese chamada SDS-PAGE, ou dodecil sulfato de sdio, eletroforese em gel de poliacrilamida. Essa uma das tcnicas mais comuns para anlise de protena. Elas so desnaturadas portratamento no calor e depois revestidas com dodecil sulfato de sdio, e s depois adicionadas ao gel, que geralmente corre verticalmente. O gel tem duas regies, a de empilhamento (na parte superior) e a de correr por baixo. O gel de empilhamento preparado com um tampo diferente de modo que o seu pH mais baixo do que o do gel de correr, alm disso, ele tem uma fora inica menor. Esses dois fatores causam o empilhamento da protena, assim ela entra toda no gel de correr ao mesmo tempo. Esse efeito ajuda a garantir a separao das protenas no gel de acordo com seu tamanho. Tampo Eletroforese em gel de DNA Os dois tampes mais comuns para eletroforese em gel de DNA so tris-acetato EDTA e tris-borato EDTA, onde o EDTA significa cido etilenodiaminotetractico. Ele importante porque serve como quelante dos ons de magnsio, retirando-os da soluo. Esses ons so cofatores essenciais para enzimas chamadas DNAses que quebram o DNA, assim o EDTA no tampo funciona como uma precauo extra para prevenir quaisquer problemas com as DNAses.