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também enzimas constituídas de RNA, as ribozimas), com actividade intra ou extracelular que
têm funções catalisadoras, catalisando reações químicas que, sem a sua presença, dificilmente
aconteceriam. Isso é conseguido através do abaixamento da energia de activação necessária para
que se dê uma reacção química, resultando no aumento da velocidade da reação e possibilitando
o metabolismo dos seres vivos. A capacidade catalítica das enzimas torna-as adequadas para
aplicações industriais, como na indústria farmacêutica ou na alimentar.
Em sistemas vivos, a maioria das reacções bioquímicas dá-se em vias metabólicas, que são
sequências de reacções em que o produto de uma reacção é utilizado como reagente na reacção
seguinte. Diferentes enzimas catalisam diferentes passos de vias metabólicas, agindo de forma
concertada de modo a não interromper o fluxo nessas vias. Cada enzima pode sofrer regulação
da sua actividade, aumentando-a, diminuindo-a ou mesmo interrompendo-a, de modo a modular
o fluxo da via metabólica em que se insere.
O ramo da Bioquímica que trata do estudo das reacções enzimáticas é a Enzimologia.
Actividade enzimática
Localização
Podemos encontrar enzimas em quase todas as estruturas celulares e fluidos corporais. Algumas
têm uma localização específica, de tal modo que podem servir para indicar que estamos em
presença de um tal tecido, secreção ou fragmento celular se verificar a actividade de uma dada
enzima.
Estruturas e mecanismos
As enzimas são proteínas, e podem ter um tamanho desde 62 resíduos de aminoácidos, como é o
caso do monómero da enzima 4-oxalocrotonato tautomerase, até um tamanho de 2.500 resíduos,
como é o caso da sintase de ácidos gordos. A actividade das enzimas são determinadas pela sua
estrutura quaternária. A maioria das enzimas são maiores do que o substrato sobre o qual
actuam, e só uma pequena porção da enzima (cerca de 3-4 aminoácidos) está envolvida na
catálise. A região que contém estes resíduos catalíticos, que se liga-se ao substrato e que
desempenha a reacção, é denominada de sítio activo. As enzimas também podem ter sítios onde
se ligam cofactores, que são necessários às reacções catalíticas. Algumas enzimas também
podem ter sítios de ligações para pequenas moléculas, que são produtos ou substratos, directos
ou indirectos, da reacção catalisada. Estas ligações servem para aumentar ou diminuir a
actividade da enzima, providenciando um meio de regulação por feedback.
Tal como todas as proteínas, as enzimas são formadas por longas cadeias lineares de
aminoácidos que sofrem um enovelamento que tem como resultado um produto com estrutura
tridimensional. Cada sequência única de aminoácidos produz também uma estrutura
tridimensional única que tem propriedade específicas. Cadeias individuais de proteínas podem
por vezes agrupar-se para formar um complexo proteico. A maioria das enzimas pode sofrer
desnaturação, isto é, a sua estrutura pode sofrer desagregação e inactivação pelo aumento de
temperatura, o que provoca alterações na conformação tridimensional da proteína. Dependendo
da enzima, a desnaturação pode ter efeitos reversíveis ou irreversíveis.
Especificidade
Modelo chave-fechadura
As enzimas exibem uma elevada especificidade, e foi sugerido por Emil Fischer, em 1894, que
esse facto era devido a que tanto as enzimas como os substratos apresentam formas geométricas
complementares, fazendo com que encaixem de maneira precisa umas nos outros.[20] Este
processo é muitas vezes referido como modelo chave-fechadura. No entanto, apesar de estes
modelo explicar a especificidade das enzimas, falha em explicar a estabilização dos estados de
transição que as enzimas exibem.
Modelo do encaixe induzido
Em 1958, Daniel Koshland sugeriu uma modificação ao modelo de chave-fechadura: uma vez
que as enzimas exibem estruturas flexíveis, o sítios activo altera a sua forma de maneira
continuada através de interacções com o substrato, enquanto esse mesmo substrato vai
interagindo com a enzima.[21] Como resultado, o substrato não se liga simplesmente a um sítio
activo que é rígido. As cadeias laterais dos aminoácidos que formam o sítios activo sofrem um
reorientação de maneira a que as suas posições potenciem a acção catalítica da enzima. Em
alguns casos, como nas glicosidases, a molécula de substrato também sofre alterações de
conformação à medida que vai se aproximando do sítio activo.[22] O sítio activo continua a sofrer
modificações até que o substrato esteja completamente ligado e é neste momento em que a
conformação final e a carga são determinadas.[23]
Mecanismos
Dinâmica e funções
Cofactores e coenzimas
Cofactores
Algumas enzimas não necessitam de componentes adicionais para mostrarem uma actividade
completa. No entanto, outras requerem ligação a moléculas não proteícas para que possam
exercer a sua actividade. Os cofactores podem ser inorgânicos (iões metálicos e complexos
ferro-enxofre) ou compostos orgânicos (flavina ou heme). Os cofactores orgânicos (coenzimas)
são normalmente grupos prostéticos, que estão intimamente ligados às enzimas a que eles
prestam assistência. Os cofactores que possuem ligação forte às enzimas são distintos de outras
coenzimas, tal como a NADH, visto que não são libertados do sítio activo durante a reacção
catalisada.
Um exemplo de uma enzima que contém um cofactor é a anidrase carbónica, que é mostrada em
figura acima com um ião de zinco como cofactor.[32] Estas moléculas que possuem uma ligação
estreita com as enzimas são normalmente encontradas no sítio activo e estão envolvidas na
reacção catalítica. Por exemplo, a flavina e grupos heme estão muitas vezes envolvidos em
reações de oxidação-redução.
Enzimas que requerem um cofactor mas que não se ligam a estes, são denominadas apoenzimas.
Uma apoenzima juntamente com o(s) seu(s) cofactor(es) são denominadas holoenzimas. A
maioria dos cofactores não se ligam por covalência a uma enzima, mas estabelecem ligações
fortes. No entanto, os grupos prostéticos orgânicos podem ligar-se de maneira covalente. Um
exemplo disso é a ligação da tiamina pirofosfato à enzima piruvato desidrogenase.
Coenzimas
As coenzimas são pequenas moléculas que transportam grupos químicos de uma enzima para
outra. Alguns destes compostos químicos, como a riboflavina, a tiamina e o ácido fólico, são
vitaminas, compostos que não são sintetizados no organismo e que têm de ser assimilados
através da dieta. Os grupos químicos transportados incluem o ião hidreto (H-) transportado pelo
NAD ou NADP+, o grupo acetilo transportado pela coenzima A, os grupos formilo, metenilo e
metilo transportados pelo ácido fólico e o grupo metilo transportado pela S-adenosilmetionina.
Dado que as coenzimas são modificadas quimicamente como consequência da acção
enzimática, é útil considerá-las como sendo uma classe especial de substratos, ou substratos
secundários, que são comuns em muitos tipos de enzimas diferentes. Por exemplo, sabe-se que
existem cerca de 700 enzimas que utilizam a coenzima NADH.
As coenzimas sofrem regeneração e as suas concetrações são mantidas a um nível estável dentro
da célula. Por exemplo, o NADPH é regenerado através da via das pentoses-fosfato e a S-
adenosilmetionina é regenerada pela metionina adenosiltransferase.
Termodinâmica
Se o equilíbrio estiver substancialmente deslocado para uma das direcções, isto é, se for uma
reacção muito exergónica, a reacção é efectivamente irreversível. Nestas condições, a enzima só
catalizará a reacção na direcção termodinamicamente permitida.
Cinética
Mecanismo de reacção de uma enzima com substrato único. A enzima (E) liga o substrato (S) e
liberta o produto (P).
A cinética enzimática é o estudo do mecanismo pelo qual as enzimas ligam substratos e os
transformam em produtos. São utilizados dados sobre a velocidade de reacção de enzimas
através de ensaios enzimáticos.
Em 1902, Victor Henri propôs uma teoria quantitativa de cinética enzimática, mas os seus dados
experimentais tinham pouca utilidade porque não era então considerada a importância da
concentração do ião H+. Depois de Peter Lauritz Sørensen definir a escala logarítmica de pH e
introduzir o conceito de solução tampão em 1909, o químico alemão Leonor Michaelis e a sua
pós-doc canadiana Maud Leonora Menten repetiram as experiências de Henri e confirmaram a
sua equação, sendo esta cinética conhecida como cinética de Henri-Michaelis-Menten (muitas
vezes simplificado para cinética de Michaelis-Menten). Este trabalho foi desenvolvido por G.
E. Briggs e J. B. S. Haldane, que derivaram equações cinéticas usadas ainda hoje em dia.
Henri contribuiu significativamente para este campo ao teorizar as reacções enzimáticas
ocorrendo em dois passos. No primeiro, o substrato liga-se de forma reversível à enzima,
formando o complexo enzima-substrato. Este complexo é por vezes designado complexo de
Michaelis. A enzima catalisa então o passo químico da reacção e liberta o produto.
Curva de saturação numa reacção enzimática, mostrando a relação
entre a concentração de substrato ([S]) e a velocidade (V).
As enzimas podem catalisar até vários milhões de reacções por segundo. Por exemplo, a reacção
catalisada pela orotidina 5'-fosfato descarboxilase tem uma semivida de 78 milhões de anos na
ausência de enzima, diminuindo para apenas 25 milissegundos na presença desta[39]. As
velocidades de reacção dependem das condições em que as enzimas se encontram e da
concentração de substrato. Condições de alta temperatura, pH extremos ou altas concentrações
salinas desestabilizam a estrutura da proteína, desnaturando-a. Por outro lado, em geral, um
aumento na concentração de substrato tende a aumentar a actividade enzimática.
Experimentalmete, encontra-se a velocidade máxima de reacção aumentando progressivamente
a concentração de substrato, até se verificar uma velocidade constante de formação de produto.
Tal é visível na curva de saturação do gráfico à direita. A saturação acontece porque, à medida
que é aumentada a concentração de substrato, aumenta também a quantidade de enzima presente
sob a forma de complexo enzima-substrato (ES). À velocidade máxima, Vmax, todos os centros
activos estão ocupados (saturados) com substrato, ou seja, não existe enzima livre para ligar
mais substrato e a concentração de complexo ES é igual à concentração de enzima.
A actividade de uma enzima é geralmente descrita através de Vmax e também da constante de
Michaelis-Menten, KM, que representa a concentração de substrato à qual se detecta uma
velocidade de reacção igual a metade de Vmax. Cada enzima possui um KM característico para um
dado substrato; este parâmetro é muitas vezes usado para demonstrar a força de ligação de um
substrato à enzima. É também usada outra constante cinética, kcat, para descrever o
comportamento de uma enzima, representando o número de moléculas de substrato que podem
ser catalisadas por centro activo por segundo.
A eficiência catalítica de uma enzima pode ser expressa através da constante de especificidade,
igual à razão kcat/Km. A constante de especificidade relaciona-se tanto com a afinidade da ligação
do substrato à enzima como com a capacidade catalítica desta, pelo que se torna útil para a
comparação entre diferentes enzimas, ou a mesma enzima com diferentes substratos. Existe um
valor máximo teórico para esta constante, cerca de 108 to 109 M−1 s−1, denominado limite de
difusão. Considerando-se que cada colisão entre enzima e substrato resulta em catálise, a
velocidade global de formação do produto não será limitada pela velocidade de reacção da
enzima mas sim pela velocidade de difusão das moléculas em solução. Enzimas que possuam
uma constante de especificidade perto deste valor são designadas enzimas cataliticamente (ou
cineticamente) perfeitas; alguns exemplos incluem as enzimas triose fosfato isomerase, anidrase
carbónica, acetilcolinesterase, catalase, fumarase, ß-lactamase e superóxido dismutase.
A cinética de Michaelis-Menten baseia-se na lei da acção das massas, que é derivada das
assunções sobre difusão livre e sobre colisões aleatórias com base termodinâmica. No entanto,
muitos dos processos bioquímicos ou celulares não se comportam da forma prevista por estes
modelos devido à alta concentração de substâncias no meio celular, separação de fases entre
enzima, substrato e produto e restrição do movimento molecular a uma ou duas dimensões.
Nestas situações, é aplicável um modelo fractal da cinética de Michaelis-Menten.
Algumas enzimas apresentam cinética mais veloz que as velocidades de difusão, no que
aparenta ser uma impossibilidade. Diversos mecanismos foram usados como razão para explicar
este fenómeno. Uma explicação é a de algumas enzimas acelerarem a sua catálise ao captar e
orientar o seu substrato usando dipolos eléctricos. Outros modelos usam um mecanismo
quântico-mecânico de tunneling, em que um protão ou electrão podem atravessar barreiras de
activação, embora o modelo de tunneling de protões seja controverso[45][46], tendo sido no
entanto observado na triptamina. Estes modelos sugerem que a catálise enzimática seja
possivelmente melhor descrita em termos de "atravessar um barreira" em detrimento do modelo
tradicional de "passar por cima" de uma barreira energética diminuída.
Inibição
Na inibição competitiva, o inibidor e o substrato competem pela enzima, isto é, não se podem
ligar ao mesmo tempo à enzima. Os inibidores são muitas vezes semelhantes ao substrato da
enzima. Por exemplo, o metotrexato é um inibidor competitivo da enzima dihidrofolato
redutase, que cataliza a redução do dihidrofolato em tetrahidrofolato. A similitude entre as
estruturas do ácido fólico e desta droga são mostradas na figura adjacente. Notar que o local de
ligação do inibidor não é necessariamente o mesmo que o local de ligação do inibidor, se a
ligação de este último mudar a conformação da enzima com vista a impedir a ligação do
substrato, e vice versa. Na inibição competitiva, a velocidade máxima da reacção não é alterada,
mas níveis mais altos de concentração do substrato são requeridos para que se atinja uma
determinada velocidade, aumentando o KM aparente.
Na inibição acompetitiva, o inibidor não se pode ligar à enzima no estado livre, mas somente ao
complexo E-S. O complexo E-I-S assim formado, é enzimaticamente inactivo. Este tipo de
inibição é raro, mas pode ocorrer em enzima multiméricas.
Inibição não-competitiva
Usos de inactivadores
Os inactivadores são muitas vezes usados como medicamentos, mas também poderão actuar
como venenos. No entanto, a diferença entre um medicamento e um veneno é normalmente uma
questão de dosagem, visto que a maior parte dos medicamentos e drogas são tóxicas a partir de
certo nível. Como Paracelso disse: "Todas as coisas são um veneno e nada existe sem veneno,
apenas a dosagem é razão para que uma coisa não seja um veneno" Igualmente, os antibióticos
e outras drogas anti-infecciosas são apenas venenos que matam o agente patogénicos e não o
hospedeiro deste.
Funções biológicas
As enzimas exercem uma grande variedade de funções nos organismos vivos. São
indispensáveis para a transdução de sinais, na regulação celular, muitas vezes por acção de
cinases e fosfatases.[51] Através da sua acção podem gerar movimento, como no caso da miosina
que hidroliza ATP, gerando contracções musculares. Também movimentam carga através da
célula, através da acção do citoesqueleto.[52] Algumas enzimas são ATPases (funcionam como
bombas iónicas), que se localizam na membrana celular, estando envolvidas do processo de
transporte activo. Algumas funçõe smais oxóticas são operadas por enzimas, como é o caso da
luciferase que gera luz nos pirilampos.[53] Os vírus podem conter enzimas que auxiliam na
infecção de células (HIV-integrase e transcriptase reversa) ou na libertação celular de vírus
(neuraminidase no vírus influenza).
Uma importante função das enzimas tem lugar no sistema digestivo dos animais. Enzimas como
as amilases e proteases, quebram grandes moléculas como o amido e proteínas,
respectivamente, em moléculas de menores dimensões, de maneira a que estas possam ser
absorvidas no intestino. O amido não é absorvível no intestino, mas as enzimas hidrolizam as
cadeias de amido em moléculas menores tais como a maltose e a glucose, podendo desta
maneira ser absorvidas. Diferentes enzimas actuam sobre diferentes tipos de alimento. Nos
ruminantes, que possuem uma dieta herbívora, bactérias no sistema digestivo produzem uma
enzima denominada celulase que quebra as paredes celulares das células vegetais.
As enzimas podem trabalhar em conjunto, seguindo uma ordem de actuação específica. Desta
maneira podem formar vias metabólicas. Nestas vias, uma enzima processa o produto da acção
de outra enzima como o seu substrato. Após a reacção catalítica, o produto é depois entregue a
outra enzima. Por vezes, mais do que uma enzima pode catalisar a mesma reacção, em paralelo.
Isto permite uma regulação mais complexa:
As enzimas determinam que passos é que ocorrem nessa vias metabólicas. Sem a presença de
enzimas, o metabolismo não progride através dos mesmo passos, nem é suficientemente rápido
para que sirva as necessidades da célula. De facto, uma via metabólica tão importante como a
glicólise não poderia existir sem a presença de enzimas. A glucose, por exemplo, pode reagir
directamente com o ATP para dar origem a um produto fosforilado em um ou mais carbonos.
Na ausência de enzimas, este processo é tão lento que se torna insignificante. No entanto, se a
enzima hexocinase for adicionada, estas reacção lentas continuam a ser efectuadas, mas a
fosforilação do carbono número 6 ocorre de maneira tão rápida que, se a mistura for testada
pouco tempo depois, a glicose-6-fosfato o único produto significativo. Consequentemente,
pode-se dizer que a rede de vias metabólicas existentes dentro de cada célula depende do
conjunto de enzimas funcionais que estão presentes.
Controle da atividade
Envolvimento em doenças
Uma vez que controlo da actividade enzimática é essencial para a homeostase, qualquer
alteração em genes que codifiquem enzimas (mutações ou delecções) poderá ter como efeito o
aparecimento de doenças genéticas. A importância das enzimas é demonstrada pelo facto de que
uma doença letal pode ser causada pelo mau funcionamento de um único tipo de enzima entre
as milhares que estão presentes no corpo humano.
Um exemplo disso é que o acontece com o tipo mais comum de fenilcetonúria. Uma mutação
num único aminoácido da enzima fenilalanina hidroxilase, que cataliza o primeiro passo na
degradação da fenilalanina, resulta na acumulação da fenilalanina e dos produtos associados.
Isto pode causar atraso mental se a doença não for tratada.[57]
Outro exemplo acontece quando mutações em genes que codificam enzimas envolvidas no
reparo de DNA causam síndromas de cancro hereditário, tal com a xerodermia pigmentosa.
Defeitos nestas enzimas podem causar cancro, visto que o corpo fica com uma habilidade menor
para reparar mutações no genoma. Isto causa uma lenta acumulação de mutações e resulta no
desenvolvimento de muitos tipos de cancro no paciente.
Nomenclatura
Classes de enzimas
Classe 3 Hidrolases Utilizam a água como receptor de grupos funcionais de outras moléculas.
Formam ou destroem ligações duplas, respectivamente retirando ou
Classe 4 Liases
adicionando grupos funcionais.
A partir destas categorias principais, as enzimas ainda são subdivididas em outras categorias,
podendo ser identificadas pelo seu número da EC; por exemplo, EC 5.4.2.2 é a
fosfoglicomutase.
Aplicações