Lista de exercícios: Enzimas Ininio 219

1. Por que as enzimas são ditas desempenhar um papel central na manutenção

da vida? Que propriedades tornam as enzimas tão fundamentais?
R: Porque as enzimas são os catalisadores biológicos, ou seja, praticamente toda
reação metabólica depende de uma ou mais enzimas para ocorrer. Umas das
propriedades fundamentais das enzimas são: a sua alta eficiência catalítica, que
acelera a velocidade das reações do metabolismo celular de forma extraordinária, de
modo que sem elas as reações seriam muito lentas e a vida não seria possível. O alto
grau de especificidade, ou seja, são capazes de reconhecer a diferenciar os substratos
específicos de cada reação. E a sua capacidade de regulação coordenada do
metabolismo, ou seja, são capazes de ajustar os processos metabólicos de acordo
com a necessidade da célula, evitando o gasto desnecessário de energia e de
metabólitos.
As enzimas estão no centro de cada um dos processos bioquímicos. Atuando em sequências
organizadas, elas catalisam cada uma das reações das centenas de etapas que degradam as
moléculas dos nutrientes, que conservam e transformam energia química e que constroem as
macromoléculas biológicas a partir de precursores elementares. Pag 190

2. Todas as enzimas são proteínas? Justifique sua resposta.

R: Praticamente todas as enzimas são proteínas (pois são formadas de cadeias
polipeptídicas), exceto um pequeno grupo de moléculas de RNA, chamadas ribozimas,
que também apresentam capacidade catalítica.. Pag 190

3. Pesquise e comente, de maneira geral, a importância das enzimas na

medicina, na biotecnologia e na tecnologia de alimentos.
R: Muitos medicamentos atuam no organismo por meio de interação com as enzimas,
como por exemplos, analgésicos para dor. As enzimas também são utilizadas em
exames para diagnósticos de certas doenças, através da atividade catalítica, ou
associadas a biosensores. Atuam no combate a poluição, na degradação de poluentes
no tratamento de águas, por exemplo. São usadas como aditivos na carne, como as
proteases que são utilizadas para degradar algumas proteínas e garantir mais maciez
a carne. São utilizadas também em produtos de limpeza para degradar lipídios,
carboidratos, etc. para ajudar na remoção da sujeira.

4. Diferencie cofatores, coenzimas e grupo prostético.

R: Cofatores: são íons inorgânicos (como o Fe2+, Mg2+, Zn2+) que se associam as
enzimas e auxiliam na função catalítica, importantes para orientar o substrato no sítio
ativo e estabilizar o estado de transição.
Coenzimas: É um complexo orgânico que se associa a enzima.
Grupo prostético: Uma coenzima ou um íon metálico que se ligue muito
firmemente, ou mesmo covalentemente, a uma enzima é denominado grupo
prostético. . Pag 190

5. Qual é a função das vitaminas e das coenzimas no metabolismo celular?

R: As coenzimas irão servir como carreadores transitórios de átomos ou grupos
funcionais específicos, ou seja, esses átomos, ou grupos funcionais, serão transferidos
do substrato para a coenzima, por intermédio da enzima, ou, serão transferidos das
coenzima para o substrato, transformando-o em produto.
As vitaminas são utilizadas como provedores de coenzimas, ou seja, as coenzimas
são sintetizadas pelo organismo usando as vitaminas como matéria prima.
6. Em termos termodinâmicos, qual é a explicação para o grande aumento
na velocidade da reação na presença das enzimas?
As enzimas atuam como catalisadores, acelerando as reações, sem alterar o
equilíbrio da reação. Para que ocorra a transição do substrato em produto, é
necessário romper uma barreira energética chamada “energia de ativação”. É
nesse momento que as enzimas irão atuar, de modo a diminuir essa energia
de ativação, sendo necessário nesse processo desestabilizar o substrato
entrando em um estado de transição que o torna instável, em que as
possibilidades de eles serem convertidos um no outro é a mesma. Assim, a
enzima irá atuar empurrando essa a reação no sentido da formação dos
produtos a empurrar em direção a formação do produto. Essa conversão
ocorre com liberação de energia logo seu ΔG será negativo, indicando que
este processo é espontâneo no sentido da formação dos produtos.

7. Como as enzimas diminuem a energia de ativação?

A resposta pode ser dividida em duas partes: A primeira parte baseia-se no rearranjo
de ligações covalentes durante a reação catalisada pela enzima. Muitos tipos de reações
químicas ocorrem entre substratos e grupos funcionais da enzima (cadeias específicas de
aminoácidos, íons metálicos e coenzimas). Grupos funcionais catalíticos na enzima podem
formar ligações covalentes transitórias com um substrato e ativá-lo para a reação, ou um
grupo pode ser transitoriamente transferido do substrato para a enzima. Geralmente, essas
reações ocorrem apenas no sítio ativo da enzima. Interações covalentes entre enzimas e
substratos diminuem a energia de ativação, acelerando a reação, por fornecerem condições
para que a reação ocorra por uma via alternativa de baixa energia.

A segunda parte da explicação fundamenta-se em interações não covalentes entre enzima e

substrato. interações são cruciais para a formação de complexos entre proteínas e moléculas
pequenas, incluindo os substratos de enzimas. Muito da energia necessária para diminuir a
energia de ativação provém de interações fracas não covalentes entre substrato e enzima, A
formação de cada interação fraca no complexo ES é acompanhada pela liberação de uma
pequena quantidade de energia livre que estabiliza a interação. Pag 195

8. Por que a hipótese de que o sitio ativo da enzima é totalmente

complementar ao substrato, somente no estado de transição” explica
melhor a a catálise enzimática do que a sua completa
complementariedade ao substrato?
Isso significa que interações ótimas entre substratos e enzimas só ocorrem no estado de
transição. No complexo ES há a formação de interações fracas, mas a completa
complementaridade entre o substrato e a enzima ocorre apenas quando o substrato estiver no
estado de transição. A energia livre (energia de ligação) liberada durante a formação dessas
interações compensa parcialmente a energia necessária para atingir o topo da curva de
energia. Mesmo quando ligado à enzima, o estado de transição não é uma forma estável, mas
sim o curto período de tempo em que o substrato permanece no topo da curva de energia. Pag
197

9. O que determina a especificidade da enzima pelo substrato?

A mesma energia de ligação que fornece energia para a catálise também dá às enzimas sua
especificidade, isto é, a capacidade de distinguir entre substratos e moléculas competidoras.
Se o sítio ativo de uma enzima tiver grupos funcionais organizados otimamente de modo que
se forme uma grande variedade de interações fracas com determinado substrato no
correspondente estado de transição, a enzima não será capaz de interagir com a mesma
intensidade com alguma outra molécula. Por exemplo, se o substrato tiver um grupo hidroxila
que forme uma ligação de hidrogênio com um resíduo específico de Glu de uma enzima,
qualquer molécula que não tiver um grupo hidroxila naquela determinada posição será um
substrato pobre para essa enzima. Ainda, qualquer molécula que tiver um grupo funcional
extra para o qual a enzima não tenha um bolsão ou um sítio de ligação provavelmente será
excluída da enzima. De maneira geral, a especificidade deriva da formação de muitas
interações fracas entre a enzima e a molécula específica do substrato. Pag 197

10. De maneira geral, como a catálise geral ácido-base pode contribuir

para a diminuição da energia de ativação e para a catálise enzimática?
O termo catálise geral acidobásica refere-se à transferência de prótons
mediada por alguma outra molécula que não a água. Muitas reações bioquímicas
envolvem a formação de intermediários carregados instáveis que tendem a quebrarem-se
rapidamente nas espécies reagentes que os constituem, impossibilitando assim a
reaçãoIntermediários carregados, geralmente, podem ser estabilizados pela transferência de
prótons para os substratos (ou dos substratos) ou intermediários formando uma espécie que
se transforma mais rapidamente em produtos. Nas reações não catalisadas por
enzimas que ocorrem em soluções aquosas, a adição de ácidos ou bases
fortes proporciona uma aceleração da velocidade observável somente se o
intermediário instável da reação quebrar-se em reagentes com mais rapidez do
que a transferência de prótons apenas da água (ou transferência de prótons
para formar água). Nessa situação, muitos ácidos orgânicos fracos podem
suplementar a água como doadores de prótons, ou então bases orgânicas
fracas podem servir como aceptores de prótons. No sítio ativo das enzimas,
onde moléculas de água talvez não estejam disponíveis como doadoras ou
aceptoras de prótons, a catálise acidobásica geral torna-se crucial. Algumas
cadeias laterais de aminoácidos podem assumir o papel de agentes doadores
e aceptores de prótons. Esses grupos podem estar posicionados precisamente
no sítio ativo da enzima de modo a possibilitar a transferência de prótons,
proporcionando um aumento de velocidade da ordem de 102 a 105. Esse tipo
de catálise ocorre na grande maioria das enzimas. Pag 199
11. De maneira geral, como a catálise covalente pode contribuir para a
diminuição da energia de ativação e para a catálise enzimática?
Na catálise covalente há a formação de uma ligação covalente transitória entre
um aminoácido do sítio ativo da enzima e o substrato. Considerando como
exemplo a hidrólise de uma ligação entre os grupos A e B, na presença de um
catalisador covalente (enzima com grupo nucleofílico X:), a reação ocorre entre
a ligação A-B e o núcleofilo X:, onde o Núcleofilo se liga a A , liberando B, e em
uma segunda etapa há a hidrólise e essa ligação entre A e o nucleofilo é
rompida, isso modifica o caminho da reação e resulta em catálise apenas
quando o novo caminho tiver uma energia de ativação menor do que a da
reação não catalisada. Ambas as novas etapas devem ser mais rápidas do que
a reação não catalisada. Várias cadeias laterais de aminoácidos, e grupos
funcionais de alguns cofatores de enzimas servem como agentes nucleofílicos
na formação de ligações covalentes com substratos. Esses complexos
covalentes sempre passam por uma reação adicional para regenerar a enzima
livre. A ligação covalente entre enzima e substrato pode ativar o substrato para
uma reação posterior de um modo geralmente específico para um grupo ou
uma coenzima. Pag 199
12. Discuta a participação dos cofatores enzimáticos na catálise?
Metais, tanto ligados firmemente à enzima quanto tomados da solução juntamente com o
substrato, podem participar na catálise de várias maneiras. Interações iônicas entre metais
ligados a enzimas e substratos podem ajudar a orientar o substrato para a reação ou
estabilizar estados de transição carregados. Os metais também podem ser mediadores de
reações de oxidorredução por mudanças reversíveis no estado de oxidação do íon metálico.
Aproximadamente um terço de todas as enzimas conhecidas necessita de um ou mais íons
metálicos para a atividade catalítica. Pag 200

13. Se apenas poucos resíduos de aminoácidos de uma enzima estão

envolvidos em sua atividade catalítica, por que a enzima precisa de um
número tão grande de aminoácidos?
Uma parte significativa da energia utilizada no aumento da velocidade das reações
proporcionada por enzimas provém de interações fracas (ligações de hidrogênio e interações
hidrofóbicas e iônicas) entre substrato e enzima. O sítio ativo das enzimas é estruturado de
modo tal que algumas dessas ligações fracas ocorrem preferencialmente no estado de
transição, estabilizando esse estado. A necessidade de interações múltiplas é uma das razões
para o grande tamanho das enzimas.

14. Os aminoácidos que estão muito distantes na sequência primária de

aminoácidos de uma enzima podem ser essenciais para a sua atividade
catalítica. O que isso sugere sobre seu sitio ativo?
Primeiramente que todos os aminoácidos, mesmo os distantes, são essenciais para a
conformação tridimensional nativa das proteínas.

O contorno da superfície do sítio ativo é delimitado por resíduos de aminoácidos com grupos
nas cadeias laterais que ligam o substrato e que catalisam a sua transformação química.
Frequentemente, o sítio ativo engloba o substrato, sequestrando-o completamente da
solução.