Enzimologia

P R O F. M S C . E L O I S A H . M E D E I R O S C U N H A

eloisa.cunha@univale.br
A vida e a energia para a vida
Duas condições fundamentais:
 Autorreplicação
 Metabolismo
 Catálise enzimática

A queima de açúcares é a principal forma segundo a qual retiramos energia do

meio ambiente para vivermos

Nos animais, a glicose libera sua energia química em segundos

 Reações catalíticas promovem a oxidação da glicose ao quebrar ligações
químicas que armazenam energia
O que são as enzimas?
Proteínas notáveis, altamente especializadas
 Alto grau de especificidade com substratos

Poder catalítico extraordinário

 Muito maior do que catalisadores sintéticos

Aceleram reações químicas

 Em condições suaves de temperatura e pH
Estrutura tridimensional de uma ribozima

Toda enzima é proteína?!

Não! Há alguns RNAs catalíticos - Ribozimas que
funcionam enquanto enzimas também
Estrutura tridimensional de uma ribozima

Atividade catalítica: depende da integridade das

suas conformações nativas
 Desnaturação ou dissociação nas suas
subunidade → geralmente a atividade catalítica
é perdida
Estruturas proteicas primária, secundária, terciária
das enzimas são essenciais para a atividade
catalítica
Toda enzima é proteína?!
Componente químico adicional necessário para a
função
 Cofator: íons inorgânicos
 Coenzima: moléculas orgânicas complexas
 Se liga muito firmemente: grupo prostético

Enzima completa: holoenzima

 Parte proteica: apoenzima ou apoproteína
Tabela 1: Íons inorgânicos que servem de cofatores para enzimas
Tabela 2: Coenzimas que servem como carreadores
Nomenclatura das enzimas
Normalmente se adiciona o sufixo ase ao nome do substrato ou à atividade realizada
 Urease: hidrolisa a uréia
 DNA-polimerase: polimeriza DNA
 Pepsina: pepsis vem do grego (digestão)

Tabela 3: Classificação internacional de enzimas

Nomenclatura das enzimas
Sistema de classificação enzimático – EC number
Quatro números:
2.7.1.1 ( Enzima: Glicose-fosfotransferase)
Classe subclasse

2: transferase
7: fosfotransferase
1: transfere P para grupo OH-
1: tem D-glicose como aceptor do P
Fatores que interferem na atividade enzimática
 Estruturatridimensional das enzimas:
podem ser afetadas por agentes capazes pH ótimo
de provocar mudanças conformacionais
na proteína

 Fatores:
 pH ótimo: atividade é máxima
 pH maior ou menor: a atividade ↓
Fatores que interferem na atividade enzimática
Fatores: Temperatura
Temperatura: ótima

 A velocidade da reação enzimática é

favorecida pela elevação da temperatura

 O gradativo aumento da temperatura só

se verifica enquanto a enzima conservar
a sua estrutura nativa
Ligação de um substrato no sítio ativo de uma enzima

Como as enzimas funcionam

 A catálise enzimática das reações é essencial para
os sistemas
Ligação de um substrato vivos
no sítio ativo de uma enzima
 Reações não catalisadas tendem a ser lentas

 Sítio Ativo: local onde ocorre a reação

Substrato: molécula que se liga ao sítio ativo →

enzima age
 Reação enzimática
ES: representa o estado de
Reação se dá em fases: transição

Diagrama da coordenada da reação comparando uma reação catalisada por enzima com uma não catalisada

Enzima aumenta a velocidade das reações

Os catalisadores aumentam a velocidade das
reações por que diminuem a energia de ativação
 Diagrama da coordenada da reação comparando uma reação catalisada por enzima com uma não catalisada

Estado de Transição: forma molecular

Energia de ativação é dada pela diferença energética
intermediária entre o reagente e o produto, é
altamente instável entre o estado fundamental e o de transição

Energia de ativação é dada pela diferença energética entre o estado fundamental e o de transição
Como as enzimas diminuem a energia de
ativação?
Direcionam o substrato para a
posição adequada dos grupos
reativos

Proporciona a associação e a aquisição

de cargas elétricas importantes para a
reação
 Complementaridade de formas entre o substrato e o
seu sítio de ligação na enzima

Equilíbrio químico
As enzimas realizam, muitas vezes, as reações nos
dois sentidos

A concentração de substratos e produtos é o que

define a velocidade das reações

Poder catalítico das enzimas vem da energia livre

liberada na formação de ligações fracas quando da
interação enzima-substrato
 Interações fracas entre ES são otimizadas no
estado de transição
Interação enzima-substrato
Relação substrato-enzima não deve ser entendida como um modelo
rígido de chave-fechadura (este modelo exemplifica a especificidade de
uma enzima pelo seu substrato, mas não explica toda a complexidade da
relação estabelecida entre eles durante a catálise);

A aproximação e a ligação do substrato induz na enzima uma mudança

conformacional, tornando-a ideal para a catálise(modelo do ajuste
induzido)
 COMO EXPLICAR A ATUAÇÃO DAS ENZIMAS NA VELOCIDADE DAS REAÇÕES ?

Sem enzima

Se não houver a participação de uma enzima a dobradura e

quebra do bastão não vai ocorrer
 COMO EXPLICAR A ATUAÇÃO DAS ENZIMAS NA VELOCIDADE DAS REAÇÕES ?

Enzima com sítio complementar à estrutura Explica especificidade mas não a termodinâmica das reações
do substrato (Modelo Chave-fechadura) catalisadas pelas enzimas

Interações magnéticas =
interações fracas

Interações entre E e S estabilizam o substrato e o dobramento

do bastão é impedido por tais interações
 COMO EXPLICAR A ATUAÇÃO DAS ENZIMAS NA VELOCIDADE DAS REAÇÕES ?

Enzima com sítio complementar à estrutura do estado de

transição do substrato

A “bastonase” possui uma estrutura que ajuda a desestabilizar

(dobrar) o bastão pela ação das interações fracas contribuindo para
a quebra do substrato
 Proposta de uma enzima imaginária (bastonase) que catalise a quebra de um
bastão metálico
Pauling (1946): Enzima deve ser
complementar ao Estado de transição
(ET), não ao substrato

ET não é forma estável

Estabiliza o substrato
Interações fracas entre a enzima e o
substrato propulsionam a catálise
enzimática

Necessidade de múltiplas interações

fracas → explica porque alguns proteínas
são tão grandes
Especificidade enzimática
Capacidade de distinguir entre substratos e moléculas
competidoras
Deriva da formação de múltiplas interações fracas
(ligações de Hidrogênio, interações hidrofóbicas e
iônicas) entre a enzima e a molécula do substrato
específico
 O sítio ativo das enzimas é estruturado de modo
que algumas dessas ligações fracas ocorrem
preferencialmente no estado de transição →
estabilizando-o
Especificidade enzimática
 A energia de ligação será usada:
1. Redução da entropia pela ligação

2. Dessolvatação do substrato (retirada de água da

solvatação)

3. Ajuste induzido, proteína também muda de

conformação
Grupos catalíticos: contribuem para a catálise
 Grupos catalíticos funcionais: auxiliam a quebra e a Figura 4: Aminoácidos na catálise geral acidobásica

formação de ligações por meio de uma variedade e

mecanismos

Três tipos de mecanismos catalíticos:

1. Catálise geral ácido-base
 Transferência de prótons de um substrato ou de
um intermediário
 Aminoácidos: recebem ou doam prótons nos
centro ativos das enzimas
 Importância do pH na atividade das enzimas
Grupos catalíticos: contribuem para a catálise
2. Catálise covalente
 Formação de ligação Covalente transitória entre E e S
 Ex. Hidrólise
 Ativação do substrato
Grupos catalíticos: contribuem para a catálise
3. Catálise por íons metálicos
 Estabilizam estados de transição

Nesse tipo de catálise o íon (zinco, magnésio ou cálcio) estão ligados a

aminoácidos do centro ativo e participam da catálise como nas catálises
ácidobase orientando o substrato ou estabilizando o complexo ES eletricamente
Enzimas regulatórias
Regulação metabólica – ativação ou inibição

Produto da reação de uma enzima → substrato para a próxima

Atividade catalítica aumentada ou diminuída: resposta a certos sinais

Mecanismos de regulação
Regulação por enzimas alostéricas;

Regulação por modificações covalentes;

Proteínas regulatórias distintas;

Proteólise.
Enzimas alostéricas
Agem por meio de ligações reversíveis e não covalentes com compostos efetores
alostéricos

 Efetores alostéricos: metabólitos pequenos ou cofatores (íons inorgânicos)

 Apresentam diferentes conformações que são induzidas por moduladores

 Modular: pode ser o próprio substrato ou outro metabólico
 Pode ter efeito inibitório ou estimulatório

 Estrutura: apresentam o Sítio ativo e sítio alostérico específicos

Enzimas alostéricas
Interações entre as subunidades de enzimas
alostéricas e interações com inibidores e ativadores:

1. Sítio de ligação ao substrato (Subunidade

catalítica) e o sítio de ligação ao modulador
(Subunidade regulatória) estão em locais
diferentes;
2. A ligação do modulador positivo(estimulatório)
ao sítio específico → mudança conformacional
3. Modulador ao dissociar da subunidade
regulatória: enzima volta a sua forma inativa ou
menos ativa
Enzimas alostéricas
Enzimas alostéricas
Enzima aspartato-transcarbamoilase catalisa o primeiro passo da biossíntese das pirimidinas ( T, C, U)

Subunidades regulatórias – ligação ATP (+) e CTP (-)

Modificações covalentes
 A atividade é modulada por modificações covalentes em um ou mais dos
resíduos de aminoácidos da molécula da enzima

Mais de 500 tipos de modificações covalentes;

 Metil – (DNA – compactação da cromatina);
 Acetil – (Histonas – descompactação da cromatina);
 Fosforil – (1/3 de todas as proteínas de uma célula);
 Ubiquitina* – (degradação de proteínas).

* Proteína inteira usada como modificador especial

Modificações covalentes
 Fosforilação
Regulação da atividade da glicogênio-fosforilase muscular por fosforilação.
Afeta Na formaemais
a estrutura ativa da enzima
a atividade (fosforilase
catalítica dasa),
resíduos específicos de Ser, um em cada subunidade, estão fosforilados. A fosforilase a é convertida na fosforilase b (forma
enzimas;
menos ativa) pela perda enzimática desses grupos fosforil, efetuada pela fosfoproteína-fosfatase 1 (PP1). A fosforilase b pode ser
reconvertida (reativada) em fosforilase a pela ação da fosforilase-cinase
Um ou mais resíduos fosforilados;
Proteínas-cinase: adição
Proteínas-fosfatase: remoção
Regulação da atividade da glicogênio-fosforilase muscular por fosforilação. Na
forma mais ativa da enzima (fosforilase a), resíduos específicos de Ser, um em
cada subunidade, estão fosforilados. A fosforilase a é convertida na fosforilase b
(forma menos ativa) pela perda enzimática desses grupos fosforil, efetuada pela
fosfoproteína-fosfatase 1 (PP1). A fosforilase b pode ser reconvertida (reativada)
em fosforilase a pela ação da fosforilase-cinase
.
 Fosforilações múltiplas
Controle requintado da regulação enzimática;

 Ocorrem em motivos estruturais comuns

chamados de sequências consensos →
reconhecem proteínas-cinases específicas

Fosforilação hierárquica: certos resíduos só

serão fosforilados se o resíduo vizinho já estiver
fosforilado
Regulação por proteólise de precursores
Zimogênios – precursores inativos
 É hidrolisado formando a enzima ativa

 Ex: Enzimas proteolíticas

 Quimiotripsinogênio e tripsinogênio : inativas
 Quimotripsina e tripsina: ativas

Clivagens → mudanças conformacionais → expões o sítio ativo

Ativação irreversível – inativação por proteínas inibidoras

 Coagulação sanguínea –
cascata de zimogênios

Coagulação sanguínea – cascata

regulatória;
Coágulo sanguíneo: agregado de
fragmentos denominados plaquetas em
ligações cruzadas e estabilizadas por
fibras ( fibrinas)

Fibrinogênio (zimogênio)→ fibrina

Setas verdes: ativação
Setas vermelhas: inibição
Importância da regulação enzimática

Impede que todas reações de uma célula sejam catalisadas simultaneamente.

As células catalisam apenas as reações que necessitam em determinado momento.

Exemplos de reações enzimáticas

A compreensão dos mecanismos completos da ação de enzimas

purificadas requer a identificação de todos os substratos,
cofatores, produtos e reguladores.
Hexoquinase
A hexocinase – é uma enzima bissubstrato que catalisa a reação reversível.
Hexoquinase
ATP e ADP sempre se ligam às enzimas em complexo com o íon metálico Mg 2+;

A hidroxila no C-6 da glicose é similar à água em reatividade química, e a água

entra livremente no sítio ativo da enzima
Hexoquinase
Na ausência de glicose, a enzima fica na conformação inativa,
com as cadeias laterais dos aminoácidos do sítio ativo fora de
posição para a reação.

Glicose e Mg . ATP se ligam  a energia de ligação decorrente

desta interação induz mudança conformacional na hexocinase
para a forma cataliticamente ativa.
Enolase
Catalisa a desidratação reversível de 2 fosfoglicerato a fosfoenolpiruvato;

Mg2+
Enolase
Reação é exemplo do uso de um cofator enzimático, neste caso um íon metálico;

Exemplo de catálise geral acidobásica e de estabilização do estado de transição.

Referência
Nelson, David L. Princípios de bioquímica de Lehninger. 6 ed. Porto Alegre: Artmed, 2014.