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Enzimas
I – Histórico
Era já sabido, entre o final do século XVII e início do século XVIII, que secreções
estomacais eram capazes de digerir a carne; era também conhecida a conversão de amido a
açúcares pela saliva e extratos vegetais. O mecanismo subjacente a estas transformações
não era, no entanto, conhecido.
As enzimas foram descobertas no século XIX, aparentemente por Pasteur, que
concluiu que a fermentação do açúcar em álcool pela levedura é catalisada por fermentos.
Ele postulou que esses fermentos (as enzimas) eram inseparáveis da estrutura das células
vivas do levedo. Pasteur declarou que "a fermentação alcoólica é um ato correlacionado
com a vida e organização das células do fermento, e não com a sua morte ou putrefação".
Em 1878, Wilhelm Kühne empregou pela primeira vez o termo "enzima" para
descrever este fermento, usando a palavra grega ενζυμον, que significa "levedar". O termo
passou a ser mais tarde usado apenas para as proteínas com capacidade catalítica, enquanto
que o termo "fermento" se refere à atividade exercida por organismos vivos.
Em 1897, Eduard Buchner descobriu que os extratos de levedo podiam fermentar o
açúcar até álcool e provou que as enzimas envolvidas na fermentação continuavam
funcionando mesmo quando removidas das células vivas. Esta descoberta valeu-lhe o
prêmio Nobel de Química em 1907.
Restava determinar qual a natureza dos enzimas. Alguns afirmavam que as
proteínas, associadas à atividade enzimática, apenas eram o suporte do verdadeiro enzima,
e, por si próprias, incapazes de catálise. Em 1926, James B. Sumner purificou e cristalizou
a urease, mostrando tratar-se de uma proteína pura, e fez o mesmo, em 1937, para a
catalase. A prova final foi feita por Northrop and Stanley em 1930, com o estudo de três
enzimas digestivas, a pepsina, a tripsina e a quimiotripsina, pelo que receberam o Prêmio
Nobel da Química em 1946.
J.B.S. Haldane escreveu um tratado intitulado “Enzimas”, onde continha a notável
sugestão de que as interações por ligações fracas, entre a enzima e seu substrato, poderiam
ser usadas para distorcer a molécula do substrato e catalisar a reação.
A cristalização de enzimas purificadas permitiu que as suas estruturas moleculares
pudessem ser examinadas por cristalografia de raios X, o que aconteceu primeiro com a
lisozima, um enzima que ocorre na saliva, lágrimas e na clara de ovo e destrói a parede
celular de bactérias, em 1965. Começaram assim a bioquímica e biologia estruturais, que se
esforçam por compreender o funcionamento dos enzimas a nível atômico.
A tentativa de compreender o mecanismo da catálise enzimática a nível quântico
tem sido facilitada recentemente pelo aumento de capacidade aritmética dos computadores.
II – Conceito
Enzima é uma molécula protéica que funciona como catalizador biológico,
acelerando praticamente todas as reações químicas que ocorrem nos seres vivos; sem elas, o
processo da vida seria impossível. Operam mediante uma espécie de mecanismo de “chave
e fechadura”, no qual só determinadas moléculas se prendem a uma dada enzima,
ocorrendo então, a reação que combina, modifica ou decompõe as moléculas.
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III – Nomenclatura das Enzimas
Cada enzima recebe dois nomes, o primeiro é seu nome curto ou nome
recomendado, conveniente para o uso no dia-dia. O segundo é o nome sistemático, mais
completo, o qual é usado quando a enzima deve ser identificada sem ambigüidade.
Nome Recomendado
Os nomes enzimáticos usados mais comumente têm o sufixo “ase” unido ao substrato
da reação (glicosidase, urease, sacarase), ou uma descrição da ação realizada (lactato
desidrogenase e adenilato ciclase). Algumas enzimas retêm seus nomes triviais
originais, que não fornecem indicações sobre a reação enzimática associada (tripsina e
pepsina).
Nome Sistemático
A União Internacional de Bioquímica e Biologia Molecular (IUBMB) desenvolveu um
sistema de nomenclatura no qual as enzimas são divididas em seis classes principais,
cada qual com numerosos subgrupos. O sufixo “ase” é unido a uma descrição
razoavelmente completa da reação química catalisada, por exemplo, D-gliceraldeído 3-
fosfato: NAD oxirredutase. Os nomes do UIBMB são preciosos e informativos, mas
algumas vezes são muito convenientes para ser de uso geral.
Ligases: catalisam reações de formação e novas moléculas a partir da ligação entre duas
já existentes, sempre às custas de energia (ATP). Ex.: Sintetases.
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Fig.01_ Exemplos das seis principais classes da classificação internacional das enzimas (TF é tetraidrofolato).
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V – Propriedades das Enzimas
Enzimas são catalisadores protéicos que aumentam a velocidade de uma reação
química e não são consumidos durante a reação que catalisam. Alguns tipos de RNA
podem agir como enzimas, geralmente catalisando a clivagem e síntese das ligações das
ligações fosfodiéster; os RNAs com atividade catalítica são denominados ribozimas, e são
encontrados muito menos freqüentemente que os catalisadores protéticos.
Sítios Ativos
As moléculas de enzimas contêm um bolsão ou fenda especial, denominado sítio ativo,
que contêm aminoácidos cujas cadeias laterais criam uma superfície tridimencional
complementar ao substrato (Fig. 02). O sítio ativo liga-se ao substrato, formando um
complexo enzima-substrato (ES), que é convertido em enzima-produto (EP), que
subseqüente dissocia-se em enzima e produto.
Eficiência Catalítica
A maioria das reações catalisadas por enzimas são altamente eficientes, ocorrendo de
103 à 108 vezes mais rápido que as reações não-catalisadas. Geralmente, cada molécula
de enzima é capaz de transformar 100 a 1.000 moléculas de substrato em produto a cada
segundo. O número de moléculas substrato convertidas em produto por moléculas de
enzima por segundo é denominado número de turnover.
Especificidade
As enzimas são altamente específicas, interagindo com um ou alguns substratos
específicos e catalisando somente um tipo de reação química.
Cofatores
Algumas enzimas se associam a um cofator não- protéico que é necessário para a
atividade enzimática. Os cofatores comumente encontrados incluem íons metálicos
(Zn+2, Fe+2) e moléculas orgânicas, conhecidas como coenzimas, que são
freqüentemente derivadas de vitaminas (NAD+, FAD, coenzima A). Holoenzima
refere-se à enzima com seu cofator. Apoenzima refere-se à porção protéica da
holoenzima. Na ausência do cofator apropriado, a apoenzima geralmente não mostra
atividade biológica. Um grupo prostético é uma coenzima fortemente ligada que não
se dissocia da enzima (por exemplo, a biotina das carboxilases).
Regulação
A atividade enzimática pode ser regulada, isto é, as enzimas podem ser ativadas ou
inibidas de modo que a velocidade de formação do produto responda às necessidades da
células.
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Fig.02_ Representação esquemática de uma enzima com o sítio ativo ligando-se a molécula de substrato.
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VI – Como funcionam as Enzimas
O mecanismo da ação enzimática pode ser visto de duas perspectivas diferentes. A
primeira aborda a catálise em termos de alterações de energia que ocorrem durante a
reação, onde as enzimas fornecem uma rota de reação alternativa, energeticamente
favorável, diferente da reação não-catalisada. A segunda descreve como o sítio ativo facilita
quimicamente a catálise.
Velocidade da Reação
Para as moléculas reagirem, devem conter energia suficiente para superar a barreira de
energia do estado de transição. Na ausência de uma enzima, somente uma pequena
quantidade de moléculas possui energia suficiente para atingir o estado de transição
entre reatante e produto; o número destas moléculas energizadas. Em geral, quanto
menor a energia livre de ativação, mais moléculas têm energia suficiente para superar o
estado de transição e, assim, mais rápida é a velocidade de reação.
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Química do Sítio Ativo
O sítio ativo não é um receptácu/cular complexa empregando uma diversidade de
mecanismo químicos para facilitar a conversão do substrato em produto. Uma série de
fatores são responsáveis pela eficiência catalítica das enzimas, incluindo as seguintes:
Outros fatores
O sítio ativo fornece grupos catalíticos que aumentam a probabilidade de se formar o
estado de transição. Em algumas enzimas, estes grupos podem participar na catálise
ácido-básica geral, na qual os resíduos de aminoácidos dão ou aceitam prótons. Em
outras enzimas, a catálise pode envolver a formação transitória de um complexo
covalente enzima-substrato.
Fig.05_ Representação esquemática nas alterações de energia que acompanha a formação do complexo
enzimático substrato e a formação de um complexo no estado de transição.
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VII – Fatores que Afetam a Velocidade de Reação
As enzimas podem ser isoladas das células e ter suas propriedades estudadas em
tubo de ensaio (in vitro). As diferentes enzimas mostram respostas diferentes às alterações
na concentração do substrato, da temperatura e do pH. As respostas fornecem informações
valiosas sobre como funcionam as enzimas nas células vivas. A seguir, há uma descrição
dos fatores que influenciam na velocidade de reação da enzima.
Concentração do Substrato
Velocidade Máxima
A velocidade máxima de uma reação (V) é o número de moléculas de substrato
convertidas em produto por unidade de tempo, e geralmente é expresso como
micromoles de produto formados por minuto. A velocidade de uma reação catalisada
por enzimas aumenta conforme a concentração do substrato até atingir uma velocidade
máxima (Vmáx) (Fig. 06). A obtenção de um platô na velocidade de reação em altas
concentrações de substrato reflete a saturação pelo substrato de todos os sítios de
ligação disponíveis na enzima.
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Temperatura
pH
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VIII – Equação de Michaelis-Menten
Modelo de Reação
Michaelis e Menten propuseram um modelo simples que leva em consideração a
maioria das características das reações catalisadas por enzimas. Neste modelo, a enzima
combina-se reversivelmente a seu substrato para formar um complexo ES que
subseqüentemente degrada-se em um produto, regenerando a enzima livre. O modelo,
envolvendo uma molécula de substrato, é representado abaixo:
K1 K2
E + S ES E +P
K-1
onde: S : é o substrato.
E : é a enzima.
ES : é o complexo enzima-substrato.
K1 , K-1 , K2 : são constantes de velocidade.
Equação de Michaelis-Menten
A equação de Michaelis-Menten descreve como a velocidade de reação varia com a
concentração do substrato:
V0 = Vmáx[S] / Km + [S]
Concentrações Relativas de E e S
A concentração de substrato, [S], é muito maior que a concentração de enzima, [E], de
modo que a quantidade de substrato ligado à enzima em qualquer momento é pequena.
Estado de Equilíbrio
A [S] não se altera com o tempo (estado de equilíbrio) – isto é, a velocidade de
formação de ES é igual à degradação de ES (para E + S e para E + P). Em geral, diz-se
que um intermediário quando sua velocidade de síntese é igual a sua velocidade de
degradação.
Velocidade Inicial
Somente as velocidades iniciais de reação são usadas na análise das reações enzimáticas
– isto é, a velocidade de reação é medida assim que a enzima e substrato são
misturados. Neste momento, a concentração de produto é muito pequena e, portanto, a
velocidade da reação reversa de P para S pode ser ignorada.
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Conclusões importantes sobre a Cinética de Michaelis-Menten
Características da Km
A constante de Michaelis é característica de uma enzima e um substrato específico, e
reflete a afinidade da enzima para que aquele substrato. K m é numericamente igual à
concentração do substrato na qual a velocidade de reação é igual à metade da V máx (Fig.
09). O Km não varia com a concentração da enzima.
- Km pequeno
Um Km numericamente pequeno (baixo) reflete uma afinidade elevada da enzima
ao substrato, pois uma baixa concentração de substrato é necessária para saturar a
enzima em 50% - isto é, atingir uma velocidade que é 1/2Vmáx (Fig. 09).
- Km grande
Um Km numericamente grande (elevado) reflete uma baixa afinidade da enzima ao
substrato, pois uma concentração elevada de substrato é necessária para saturar a
enzima em 50%.
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Ordem da Reação
Quando [S] é muito menor que Km, a velocidade da reação é proporcional à
concentração (Fig. 10).Diz-se então que a velocidade da reação é de primeira ordem
com relação ao substrato. Quando [S] é muito maior que o K m, a velocidade é constante
e igual à Vmáx. A velocidade de reação é, neste caso, independente da concentração de
substrato, e denominada ordem zero com relação à concentração do substrato (Fig. 10).
- Gráfico de Lineweaver-Burke
Quando se desenha um gráfico representando a velocidade de reação versus a
concentração do substrato [S], nem sempre é possível determinar quando a V máx foi
atingida, devido à ascensão gradual da curva hiperbólica em concentrações elevadas
de substrato. Porém, quando se traça o gráfico 1/V0 versus 1/[S], uma linha reta é
obtida (Fig. 11). Esta curva é denominada de Lineweaver-Burke (também
denominada curva duplo-recíproca) e pode ser usada para calcular o K m e Vmáx,
bem como para determinar o mecanismo de reação dos inibidores enzimáticos.
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IX – Inibição da Atividade Enzimática
Qualquer substância que possa diminuir a velocidade de uma reação catalisada por
enzima é denominada um inibidor. Os inibidores reversíveis ligam-se às enzimas através
de ligações não-covalentes. A diluição do complexo enzima-inibidor resulta na dissociação
do inibidor reversivelmente ligado e recuperação da atividade enzimática. A inibição
irreversível ocorre quando uma enzima inibida não retoma sua atividade após a diluição do
complexo enzima-inibidor. Alguns inibidores irreversíveis agem formando ligações
covalentes com grupos específicos de enzimas; por exemplo, os efeitos neurotóxicos de
certos inseticidas são devido a sua ligação irreversível ao sítio catalítico da enzima
acetilcolinesterase. Os dois tipos mais comumente encontrados de inibição são a
competitiva e não-competitiva.
Inibição Competitiva
Este tipo de inibição ocorre quando o inibidor liga-se reversivelmente ao mesmo sítio
que o substrato normalmente ocuparia e, assim, compete com o substrato por aquele
sítio.
Efeito sobre a Km
Um inibidor competitivo aumenta o Km aparente para um dado substrato. Isto significa
que, em presença de um inibidor competitivo, mais substrato é necessário para atingir a
metade da Vmáx.
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Fig.12_ A. Efeito de um inibidor competitivo na curva de velocidade de reação (V0) versus substrato [S].
B. Gráfico de Lineweaver-Burke da inibição competitiva de uma enzima.
Fig.13_ O malonato compete com o sucinato pelo sítio ativo da sucinato desidrogenase.
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Inibição Não-Competitiva
Este tipo de inibição é reconhecido por seu efeito característico sobre a Vmáx (Fig. 14).
A inibição não-competitiva ocorre quando o inibidor e substrato ligam-se em diferentes
sítios na enzima. O inibidor não-competitivo pode ligar-se à enzima livre ou ao
complexo ES, impedindo assim a ocorrência da reação (Fig. 15).
Efeito sobre o Km
Os inibidores não-competitivos não interferem com a ligação do substrato à enzima.
Logo, a enzima mostra o mesmo Km na presença ou ausência do inibidor não-
competitivo.
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Fig.14_ A. Efeito de um inibidor não-competitivo na curva de velocidade de reação (V0) versus substrato [S].
B. Gráfico de Lineweaver-Burke da inibição competitiva de uma enzima.
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X – Regulação da Atividade Enzimática
A regulação da velocidade de reação das enzimas é essencial para o organismo
coordenar seus inúmeros processos metabólicos. As velocidades da maioria das enzimas
são sensíveis a alterações na concentração de substrato, pois o nível intracelular de muitos
substratos está na faixa de Km. Assim, um aumento na concentração de substrato é seguido
de um aumento na velocidade de reação, o que tende a fazer a concentração de substrato
retornar ao normal. Além disso, algumas enzimas com funções reguladoras especializadas
respondem a efetores alostéricos ou modificação covalente, ou mostram velocidade
alteradas de síntese enzimática quando as condições fisiológicas são alteradas.
Efetores Homotrópicos
Quando o próprio substrato serve como um efetor, o efeito é dito homotrópico. Mais
freqüentemente, um substrato alostérico funciona como um efetor positivo. Neste caso,
a presença de uma molécula de substrato em um sítio da enzima aumenta as
propriedades catalíticas dos outros sítios de ligação ao substrato, isto é, sítios exibem
cooperatividade. Estas enzimas apresentam uma curva sigmóide quando a velocidade
de reação (V0) é relacionada com a concentração do substrato [S] (Fig. 16). Isto
contrasta com a curva hiperbólica característica das enzimas que seguem a cinética de
Michaelis-Menten, como destacado previamente. O conceito de cooperatividade da
ligação ao substrato é análogo à ligação do oxigênio à hemoglobina. No caso das
enzimas, o substrato é comparável ao oxigênio.
Efetores Heterotrópicos
O efetor pode ser diferente do substrato; neste caso, o efeito é dito heterotrópico. Por
exemplo, considere a inibição por feedback mostrada na Fig. 17. A enzima que
converte A em B possui um sítio alostérico que se liga ao produto final E. Se a
concentração de E aumenta (pois não é utilizado tão rapidamente quanto é sintetizado),
a enzima inicial na rota é inibida. A inibição por feedback serve para coordenar o fluxo
de molécula de substrato através de uma série de reações de acordo com a necessidade
da célula para o produto daquela rota em particular.
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Regulação de Enzimas por Modificação Covalente
Muitas enzimas podem ser reguladas por modificação covalente, mais freqüente por
Adição ou remoção de grupos fosfato de resíduos específicos de serina, treonina ou
tirosina da enzima (Fig. 18). A fosforilação de proteínas é reconhecida como uma das
formas primárias pelas quais os processos celulares são regulados.
Fosforilação e Defosforilação
As reações de fosforilação são catalisadas por uma família de enzimas, denominadas
proteína quinases, que utiliza adenosina triofosfato como doador de fosfato. Os grupos
fosfato são clivados das enzimas fosforiladas pela ação das fosfoproteína fosfatases.
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Fig.16_ Efeito da concentração do substrato na velocidade de reação para uma enzima alostérica.
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As enzimas plasmáticas podem ser classificadas em dois grupos principais.
Primeiro, um grupo relativamente pequeno de enzimas é secretado ativamente no plasma
por certos órgãos, como o fígado, que secreta zimogênios (precursores inativos) das
enzimas envolvidas na coagulação do sangue. Segundo, um grande número de espécies
enzimáticas é liberado pelas células durante o metabolismo celular normal. Estas enzimas
normalmente são intracelulares e não têm função fisiológica no plasma. Em indivíduos
saudáveis, os níveis destas enzimas são razoavelmente constantes e representam um estado
de equilíbrio no qual a velocidade de liberação das células ao plasma é equilibrada por uma
velocidade de liberação aumentada de enzimas intracelulares. Os exames laboratoriais de
atividade enzimática, geralmente utilizam o soro(preparado em laboratório), que é obtido
por centrifugação do sangue total após ele ter coagulado.
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Muitas isoenzimas contêm subunidades diferentes em várias combinações. Por
exemplo, a creatina quinase ocorre na forma de três isoenzimas. Cada isoenzima é um
dímero composto de dois polipeptídeos (denominados subunidades B e M) associados
em uma de três combinações: CK1=BB ; CK2=MB ; CK3=MM . Cada uma das
isoenzimas CK apresentam uma mobilidade eletrosférica característica (Fig. 19).
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Algumas enzimas têm, tido também, êxito em outros campos, como na agricultura,
onde são utilizados:
Espectrofotometria
É um método simples e apurado. É medido pela absorção de luz na região espectral do
substrato ou produto formado na reação.
Fluorescência
É similar a metodologia de espectrofotometria. O substrato ou o produto deve emitir
fluorescência neste espectro. A técnica é vantajosa por ser altamente sensível, a solução
a ser empregada deve estar extremamente diluída.
Titulação automática
É utilizada quando a reação produz ou consome ácido ou base. Titula-se na solução
ácido ou base para que o pH continue constante. A quantidade de ácido ou base
consumido é o valor da reação catalítica enzimática.
Análise Radioativa
É avaliado quando o substrato é marcado com isótopo radioativo, o qual será perdido ou
transferido durante a reação a ser estudada. É um método extremamente sensível para
análise cinética enzimática.
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“Stopped Flow"
A enzima e o substrato são inicialmente separados em seringas, que rapidamente libera
seu conteúdo até uma câmara misturadora e em seguida passa para a seringa que pára a
reação. Neste instante um detector mede a absorbância de luz ou fluorimetria (Fig. 21).
"Temperature Jump"
O processo ocorre quando a mistura de reação, que está em equilíbrio numa
Temperatura 1, é rapidamente passada uma temperatura 2 . O ponto de equilíbrio
mudará e a reação deve ocorrer para que a reação alcance um novo equilíbrio. A
mudança rápida de temperatura é obtida por uma explosão de corrente elétrica nos
eletrodos imergidos na mistura de reação. O tempo de relaxamento entre a mudança de
temperatura é medido por absorbância ou fluorescência (Fig. 22).
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Para obtenção de uma análise quantitativa é necessário saber:
pH ótimo;
a) Purificação Enzimática
As enzimas são encontradas na natureza em misturas complexas, geralmente as células
apresentam centenas ou mais diferentes enzimas, para um estudo aprofundado deve-se
purificar a enzima a ser estudada.
Em alguns casos é possível através da aplicação de métodos específicos utilizar enzimas
nos estado impuro, mas na maioria dos casos, a presença de outras enzimas interfere
nos substratos desviando as reações específicas.
b) Métodos de Purificação
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É definida pela quantidade que causa transformação de 1 mol de substrato por minuto a
25°C sob condições ótimas. A atividade específica é o número de unidade de enzimas
por miligrama de proteína, mede a pureza da enzima.
A atividade molar ou molecular ou número de "turnover", é o número de moléculas do
substrato transformado por uma única molécula de enzima ou único sítio de ligação em
um minuto, quando a enzima está no valor de limite. A atividade molar pode ser
calculada pela velocidade máxima.
A nova unidade internacional da atividade enzimática determinada pela "Comissão da
Enzima" é o "katal", o qual é definido como a transformação do substrato em 1 mol por
segundo.
Métodos de Fracionamento
O extrato de enzimas apresenta inúmeras substâncias com diferentes pesos moleculares
e de acordo com seu interesse de estudo utilizam-se diferentes métodos:
Adsorção;
Cristalização;
Conclusão
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A ampla aplicabilidade da atividade enzimática permite utiliza-la em diversos
processos. Através do controle das enzimas pode-se interferir desde a matéria-prima à
colheita, o armazenamento, o processamento até em situações mais específicas da ciência,
como é o caso da imobilização e do uso em todos em métodos analíticos.
Atualmente, o número de enzimas conhecidas é caracterizadas quimicamente anda
por volta de 2000, mas não passa de vinte número de enzimas que são produzidas e
aplicadas industrialmente em grandes quantidades. Por isso torna-se necessário um estudo
avançado das enzimas e suas condições ótimas dez atuação.
Em volta do exposto pode-se concluir que a estrutura química integral das proteínas
com atividade característica é determinante para a atuação delas. No entanto, fatores
externos que alteram a conformação protéica, e portanto a velocidade das reações
enzimáticas são as ferramentas empregadas nos processos naturais ou não para modular as
reações metabólicas dos seres vivos.
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