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• Para estudar a molécula de DNA é necessário isolar esta molécula de forma pura.
• Várias técnicas para observação indireta (eletroforese) e análise de DNA, RNA e proteínas.
O que é o DNA?
O DNA é uma molécula orgânica que contêm as instruções que coordenam o funcionamento e desenvolvimentos dos
organismos vivos.
Molécula de DNA
DNA eucariótico
• Proteínas Básicas
Histonas + DNA= Cromatina
Por que extrair o DNA?
A extração e purificação do DNA é o primeiro passo para sua análise e manipulação.
PCR
Amostras Diagnósticos
• Sangue • Sêmen • Raiz do dente • Bulbo piloso • Mucosa oral • Muco cervical • Ossos • Tecidos vegetais
Amostras Ambientais
i. efluentes industriais ii. amostras de reatores iii. esgoto sanitário iv. solo v. sedimento vi. água (lagos, mar, etc )
Extração de DNA 1.Lise celular; 2.Remoção de contaminantes; 3.Concentração do DNA purificado; 4.Lavagem e diluição
do DNA para uso. A separação das etapas -centrifugação
Extração de DNA
1.Lise celular i.EDTA (ácido etinodiamino tetra-acético). Usado como anticoagulante.
Fonte: https://laboratoryinfo.com/serum-vs-plasma
Plasma Células brancas e plaquetas Células vermelhas
soro
Sangue coagulado
Extração de DNA
Lise celular ii.Dodecil sulfato de sódio (SDS), ou outro detergente. Função: degradar proteínas.
Transferência de volumes
)Extração de DNA
Extração de DNA
3.
Proteinase K • Enzima extraída de fungo • Desnatura e solubiliza proteínas • DNA se desprende das Histonas
Sal • Impede a repulsão das moléculas
Fenol-Clorofórmio • Estabiliza a interface entre o solvente e a fase aquosa • A proteína desnaturada forma uma camada
entre as duas fases • DNA na fase aquosa
Etanol
• O DNA é insolúvel no etanol gelado • Quando o etanol é lentamente adicionado ao filtrado, o DNA se precipita
Extração de DNA
4. Lavagem e diluição para uso Após a lavagem do precipitado (pellet) com etanol a 75%, o mesmo é diluído em água
ultrapura ou tampão apropriado (TE).
DNA isolado
Digerir o DNA com enzimas de restrição para procurar variações entre indivíduos, entre populações, entre espécies, etc.
2. Amplificar partes do DNA para estudar regiões gênicas específicas, 3. Sequenciar o DNA isolado, 4. Muitas outras
possibilidades.
• O processo de PCR foi descrito por Kary Mullis, em 1983. • Genoma – milhares de genes. • Técnica utilizada para o
estudo de regiões específicas no DNA (clonagem in vitro). • Prêmio Nobel Químico 1993. • Faleceu 2019 com 74 anos.
Reação
O que é eletroforese?
• A eletroforese é uma técnica de separação de moléculas. • O princípio da técnica é a aplicação de um campo elétrico
para promover a migração de moléculas, que apresentem carga elétrica, através de uma matriz (gel polimérico)
responsável pela separação das moléculas de acordo com o seu tamanho.
Por que utilizar?
extração de DNA
eletroforese
centrifugação de amostras de sangue
Aplicações
A eletroforese é utilizada em inúmeros processos de biologia molecular e análises clínicas, entre eles:
Ciência forense: para comparar o DNA encontrado no local do crime com o de suspeitos;
Genética: teste de paternidade, diferenciação de espécies e engenharia genética;
Indústria alimentícea: detecção de fraudes em alimentos de origem animal;
Microbiologia ambiental: detecção de bactérias e fungos e avaliação da diversidade de populações;
Microbiologia aplicada à saúde: diagnóstico e prognóstico de doenças, sexagem fetal e diagnóstico pré-natal e testes de
respostas à medicamentos.
Daltons (Da)
Fatores que influenciam a migração do dna no gel • A carga elétrica negativa devido ao grupo fosfato; • Tamanho da
molécula de DNA: o DNA migra em uma taxa inversamente proporcional ao número de pb (pares de base); • Voltagem
aplicada, concentração do gel e tampão;
Gel polimérico
• Meio sólido onde ocorre a separação das biomoléculas, constituído por agarose ou poliacrilamida; •A escolha do tipo de
matriz depende do tamanho de fragmentos que se deseja separar: •Gel de agarose utilizado para fragmentos de 0,150
kb. •Gel de poliacrilamida para fragmentos de até 1kb •Quanto maior a concentração, menores serão os poros da malha
e maior será a resolução do gel;
Gel de agarose
Agarose: derivado do ágar, é um polímero linear composto por L-galactose e D-galactose, é um polissacarídeo extraído
de alga marinha. Não-tóxico, rápido e fácil de preparar. Dependendo da concentração pode separa fragmentos de DNA
de 100 a 50.000 pb, via eletroforese. Ao solidificar, após o aquecimento, filamentos de agarose formam a matriz (malha)
para separação de fragmentos do DNA;
Aqueça uma solução de tampão TA (ou tampão Borax) contendo 0,8% de agarose até que a agarose esteja
completamente fundida. Geralmente, um minuto de fervura é suficiente. A fusão total é indicada pela ausência de
grumos no líquido.
Transfira a solução de agarose ainda quente para a forma de gel. Posicione cuidadosamente o pente com os
dentes que formarão os pocinhos no gel. Evite que os dentes do pente toquem o fundo da forma, pois é
necessário que haja agarose no fundo do pocinho para evitar vazamentos da amostra do gel.
Após o endurecimento do gel, remova-o cuidadosamente da forma com a ajuda de uma espátula e coloque-o na
cuba de eletroforese. Certifique-se de posicionar os pocinhos do gel (ponto de aplicação das amostras) do lado
onde será conectado o eletrodo negativo. Cubra o gel com 2 a 3 cm de tampão TA.
Etapa de adição do tampão:
Equilibrar o pH do sistema.
Permitir a passagem de corrente elétrica, já que o gel é um mau condutor elétrico.
Com uma micropipeta, aplique as amostras nos pocinhos até que eles estejam completamente preenchidos.
Após a aplicação das amostras, ligue a corrente elétrica.
Observações:
● O gel de agarose possui poros cujo tamanho depende da concentração de agarose. As moléculas são separadas
conforme seu tamanho, e essa separação é comparada com marcadores padrões.
● Para a eletroforese em gel de agarose, são realizados procedimentos de coloração e observação do gel, que
incluem a aplicação do corante Brometo de etídio no gel, no tampão ou após a corrida, e o uso de um
transluminador de UV para visualização das bandas.
Gel de poliacrilamida:
● É composto por acrilamida (molécula linear) e bisacrilamida (forma de T), formando uma rede.
● Oferece melhor resolução, permitindo a separação de fragmentos de DNA com diferenças de 1 pb (par de bases).
● É mais eficaz na separação de pequenos fragmentos de DNA (5-500pb) e é corado com nitrato de prata.
Tecnologia do DNA recombinante Até a década de 70, o DNA era o componente celular mais difícil de ser analisado. A partir de então, novas
tecnologias foram desenvolvidas. Atualmente, a molécula de DNA pode ser manipulada de diversas maneiras: isolar regiões específicas,
obtê-las em grande quantidade, determinar a sua sequência, inseri-la em outro organismo, dentre outras.
Tecnologia do DNA recombinante Conjunto de técnicas que permitem a manipulação de moléculas de DNA de maneira específica, para
atender a diversas finalidades. Mais especificamente, a tecnologia do DNA recombinante permite pegar um “pedaço” do DNA e combiná-lo
com outro, sendo possível desenvolver diferentes combinações. Permite ainda, produzir muitas cópias do DNA recombinado.
Tecnologia do DNA recombinante Utilização: 1. Produção de enzimas, proteínas e hormônios; 2. Sequenciamento de DNA; 3. Clonagem
Como produzir um DNA recombinante? 1. Escolher um gene de interesse; 2. Isolar o gene de interesse usando enzimas de restrição; 3. Inserir
o gene em uma molécula de DNA autoreplicante; 4. Inserir o DNA modificado em uma bactéria; 5. Se o interesse é produzir uma
proteína/enzima, as bactérias serão multiplicadas e, após a expressão gênica e tradução dos mRNAs de interesse, a proteína/enzima deve ser
isolada.
Endonucleases de restrição • Do termo grego éndon = dentro. • Nucleases são enzimas capazes de quebrar as ligações entre os nucleotídeos.
• As endonucleases cortam o DNA em uma posição interna da cadeia de DNA, ao invés de iniciar a sua degradação a partir de uma das pontas
(exonucleases).
• Função biológica: são utilizadas pela bactéria para cortar o DNA viral que penetram em seu citoplasma.
• A primeira enzima identificada em uma linhagem bacteriana é designada I, a segunda II, e assim, em diante.
Seqüência palindrômica
As enzimas de restrição cortam o DNA em regiões palindrômicas
Palavras, números ou frases que se podem ler indiferentemente da direita para a esquerda e vice-versa, sem perder o sentido: “A SACADA DA
Tipos de corte
Endonucleases de restrição
Haemophilus influenzae
Eixo de simetria
Vetores de clonagem
Um vetor de clonagem é um pequeno elemento genético autorreplicante, como um plasmídeo ou “cromossomo” viral. O vetor levará
até à célula hospedeira o DNA alvo (DNA de interesse) para que ele também seja replicado durante a replicação deste plasmídeo ou
“cromossomo” viral.
Vetores de clonagem
Plasmídeos: • DNA circular, bifilamentar extracromossômico; • Presente em bactérias; • De 1 a 200 kb de tamanho.
Plasmídeo
DNA de interesse
Enzima
DNA ligase
Plasmídeo Híbrido
O “segundo passo” é transferir as moléculas de DNA recombinantes do tubo de ensaio para a célula hospedeira.
INSERTO + VETOR
DNA recombinante + CÉLULA HOSPEDEIRA
CÉLULA TRANSFORMADA
Ligação
Transformação
Divisão celular = propagação do DNA.
(DNA de interesse)
O plasmídeo não entrará em todas as bactérias ou um plasmídeo “vazio” ser capturado pela célula.
*Os plasmídeos de clonagem têm uma segunda marca de resistência a antibióticos (em geral, tetraciclina), que é perdida quando o plasmídeo
Uma origem de replicação; 2. Um gene marcador selecionável (em geral confere resistência a drogas); 3. Sítio de clivagem única (cada enzima
de restrição tem apenas um sítio de corte).
Três componentes essenciais: Mapa do plasmídeo pBR322
Quando o gene que confere resistência à tetraciclina é rompido (pela inserção do gene de interesse), a resistência a este antibiótico é perdida.
A pessoa que está preparando a técnica escolhe qual enzima vai usar. Pode optar por romper o gene tet ou amp. Neste exemplo foi rompido o
gene tet.
O gene tetR foi separado em duas partes pela inserção do fragmento de DNA.
• As demais colônias (as que não cresceram na segunda placa), representam as colônias de bactérias que capturaram o plasmídeo correto (o
que contém o gene de interesse). Estas colônias devem ser removidas da primeira placa e multiplicadas, pois nelas está o gene de interesse.
• A enzima cliva também o composto X-gal (incolor) em galactose e 5-bromo-4cloroindigo (cor azul).
As células são cultivadas em meio contendo ampicilina e X-gal: Células com o gene ativo são azuis (sem inserto)
• Se o gene lacZ estiver rompido, a enzima -galactosidase não será sintetizada e o composto X-Gal estará íntegro (colônia incolor).
• Colônias azuis: gene lacZ ativo, pois consegue degradar o composto X-Gal.
• As bactérias sem plasmídeos morrem (sem resistência ao antibiótico); • Colônias azuis (não contêm o gene de interesse); • Colônias brancas:
Para a eletroforese de fragmentos de DNA resultantes de digestões enzimáticas, cada enzima de restrição corta o DNA
em locais específicos, produzindo fragmentos de diferentes tamanhos. A separação e identificação desses fragmentos
ocorrem por meio da eletroforese em gel, onde os fragmentos são separados de acordo com seus tamanhos
moleculares.
Para o primeiro teste com os sítios de restrição I e II e a formação dos fragmentos a, b e c, a representação dos géis
após a eletroforese seria da seguinte forma:
Gel 1: a - b - c
Gel 2: b - c - a
Gel 3: c - a - b
TESTE: abaixo está um plasmídio com sítios de restrição para BamHI e EcoRI. Cortes foramfeitos
usandoestasenzimas,sozinhasouemcombinação. a)Qual número indica a digestão com BamHIsomente? b)Qual número
indica a digestão com EcoRIsomente? c)Qual número indica a digestão com as 2 enzimas?
Quanto ao segundo teste com o plasmídio e as enzimas de restrição BamHI e EcoRI:
Sequenciamento de DNA
Fonte: https://nebula.org/blog/pt-br/sequenciamento-de-dna/
Introdução
● A cadeia de DNA contém todas as informações necessárias para o desenvolvimento e manutenção de todas as
formas de vida.
● O conhecimento dessas sequências é essencial para pesquisas biológicas.
● Alguns exemplos de aplicação do sequenciamento dos nucleotídeos de DNA incluem:
● Desenvolvimento das Ciências Biológicas;
● Diagnósticos médicos;
● Investigação forense.
Fontes:
● http://forensegenetica.blogspot.com/p/tecnicas.html
● https://www.dw.com/pt-br/o-que-%C3%A9preciso-saber-sobre-os-testes-de-covid-19/a53297542
● https://www.tecconcursos.com.br/questoes/579953
● Principais marcos: Watson e Crick em 1953; Sanger et al., 1977 (método enzimático ou de terminação de cadeia);
Maxam e Gilbert, 1980 (Método de degradação química).
● Surgimento de métodos: o método de Sanger, o mais importante, foi criado em 1977. O método de Maxam e
Gilbert ganhou popularidade, mas foi posteriormente abandonado pelo aprimoramento do método Sanger.
Fonte: https://pt.wikipedia.org/wiki/Frederick_Sanger
Recordar é viver...
● Revisão da técnica de PCR, dobrando a quantidade de fitas de DNA, que exigem temperaturas elevadas para
romper as pontes de hidrogênio.
● Uso de primers, seguido pela adição de nucleotídeos pela Taq DNA polimerase, permitindo a síntese de novas
fitas complementares de forma semiconservativa.
Exercício
2.Os aparelhos automáticos de sequenciamento de DNA usam corantes fluorescentes para detectar as cadeias de DNA
nascentes sintetizadas na presença dos quatro finalizadores de cadeiadidesóxi(ddX),
cadaumdelesmarcadocomumdiferente corante fluorescente. A fluorescência de cada corante tem um comprimento de
onda diferente, registrado por uma fotocélula quando os produtos das reações são separados por eletroforese
capilaremgel.Responda. a) Qual é a sequência nucleotídicado filamento nascente de DNA? b) Qual é a sequência
nucleotídicado filamento molde de DNA?
Exercício
Para determinar a sequência nucleotídica do filamento nascente de DNA e do filamento molde de DNA com base na
descrição do método de sequenciamento:
a) A sequência nucleotídica do filamento nascente de DNA pode ser determinada observando os corantes fluorescentes
utilizados nos finalizadores de cadeia didesoxi (ddX). Cada finalizador é marcado com um corante fluorescente diferente,
e a fluorescência emitida por cada corante tem um comprimento de onda distinto. Quando os produtos das reações são
separados por eletroforese capilar em gel e detectados por fotocélulas, a ordem das cores detectadas revela a sequência
de nucleotídeos do filamento nascente de DNA. Por exemplo, se os corantes fluoresciam na seguinte ordem: azul, verde,
vermelho e amarelo, a sequência nucleotídica correspondente no filamento nascente seria aquela associada aos
finalizadores marcados com esses corantes específicos.
b) A sequência nucleotídica do filamento molde de DNA pode ser inferida complementarmente à sequência do filamento
nascente. Se um finalizador de cadeia didesoxi (ddX) marcado com um corante específico terminar uma nova cadeia de
DNA, indicará o nucleotídeo complementar ao que está presente no filamento nascente. Portanto, para cada corante
fluorescente detectado no filamento nascente, a base correspondente no filamento molde seria aquela que se emparelha
com o nucleotídeo associado ao corante observado.
Cabe ressaltar que sem informações específicas sobre a sequência exata dos corantes e sua ordem de detecção durante
o sequenciamento, não é possível determinar a sequência nucleotídica específica do DNA neste exercício, mas o método
descrito permitiria essa identificação se esses dados fossem fornecidos.
2.Nas reações de sequenciamento clássicas, as cadeias que terminam com ddG têm fluorescência azul escura (na
imagem impressa os picos são pretos); as cadeias que terminam com ddC, azu lclara; as cadeias que terminam com
ddA, verde; eascadeiasqueterminamcomddT,vermelha
Cadeias que terminam com ddG têm fluorescência azul escura (picos pretos).
Cadeias que terminam com ddC têm fluorescência azul clara.
Cadeias que terminam com ddA têm fluorescência verde.
Cadeias que terminam com ddT têm fluorescência vermelha.
Assim, se durante a análise por eletroforese capilar em gel, os picos detectados apresentam cores associadas conforme
descritas, é possível inferir a sequência nucleotídica do DNA.
Por exemplo, se uma cadeia de DNA apresentar um pico de fluorescência azul escura (preto), seguido por um pico de
fluorescência azul clara, depois um pico de fluorescência verde e, por fim, um pico de fluorescência vermelha, isso
indicaria que a sequência de nucleotídeos correspondente nessa cadeia seria ddG, ddC, ddA e ddT, respectivamente.
Dessa forma, a análise das cores dos picos gerados pela fluorescência dos finalizadores de cadeia permite determinar a
sequência de nucleotídeos do filamento nascente de DNA.
Bancosde dados Genéticos
Tem banco de DNA no Brasil? Onde são encontradas as informações genéticas? O que são compartilhamento de dados
genéticos? Como é feito o banco de dados? Qual a importância do compartilhamento de dados genéticos?
Respondendo
Tem banco de DNA no Brasil? R. Banco Nacional de Perfis Genéticos conta com mais de 175 mil perfis cadastrados. Para
auxiliar na investigação criminal e na busca por pessoas desaparecidas, o Banco Nacional de Perfis Genéticos (BNPG)
alcançou a marca de 175.503 mil perfis cadastrados.22 dedez.de2022.
Respondendo
Onde são encontradas as informações genéticas? R. As informações genéticas estão presentes em todos os seres vivos,
seja ele pequenino como uma bactéria, predador como uma onça, comestível como um fruto ou racional como um ser
humano. Até os vírus, que não são considerados seres vivos, possuem informações genéticas. O DNA contém regiões
que codificam os genes.
Respondendo
Tem banco de DNA no Brasil? R. Banco Nacional de Perfis Genéticos conta com mais de 175 mil perfis cadastrados. Para
auxiliar na investigação criminal e na busca por pessoas desaparecidas, o Banco Nacional de Perfis Genéticos (BNPG)
alcançou a marca de 175.503 mil perfis cadastrados.22 dedez.de2022.
Respondendo
Onde são encontradas as informações genéticas? R. As informações genéticas estão presentes em todos os seres vivos,
seja ele pequenino como uma bactéria, predador como uma onça, comestível como um fruto ou racional como um ser
humano. Até os vírus, que não são considerados seres vivos, possuem informações genéticas. O DNA contém regiões
que codificamosgenes.
Respondendo
Oquesãocompartilhamento dedadosgenéticos? R. O compartilhamento de dados genômicos é a troca de informações
genéticas entre diferentes entidades, como organizações, instituiçõesdepesquisa eindivíduos. Elepermite
atrocadedadosparapesquisagenômicaeanálisededados.
67 68
69 70
71 72
13
Respondendo
Comoéfeitoobancodedados? R.Umbancodedadoségeralmentecontroladoporumsistema
degerenciamentodebancodedados(DBMS).Juntos,osdados eoDBMS,juntamentecomosaplicativosassociadosaeles,são
chamados de sistema de banco de dados, geralmente abreviadosparaapenasbancodedados.
Respondendo
Qual a importância do compartilhamento de dados genéticos? R.A análise do banco de dados genômicos possibilita a
identificação de mutações genéticas responsáveis por doenças, estima a sua incidência na população brasileira e
encontra variantes que podem ser determinantes para o envelhecimento saudável, entre outras aplicações.