BIBLIOGRAFIA E FONTE DAS FIGURAS

- Berg, J.M.; Tymoczko, J.L.; Gatto Jr., G.J.; Stryer, L.; Bioquímica.
7 ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2014. Capítulo 1.
- Nelson, D.L; Cox, M.M. Princípios de Bioquímica de Lehninger. 7
ed. Porto Alegre: Artmed, 2019. Capítulo 1.

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 QUI035
INTRODUÇÃO À
BIOQUÍMICA AULA 1
Introdução
 INTRODUÇÃO - BIOQUÍMICA

 “A Bioquímica descreve, em termos moleculares, as

estruturas, os mecanismos e
compartilhados por todos os
princípios de organização que são
sua formas, princípios esses
molecular da vida”.
os processos químicos
organismos e estabelece
a base da vida em todas as
referidos como a lógica

 moléculas “biológicas” - são inanimadas e se comportam e

interagem entre si pelos mesmos princípios físicos e
químicos que regem o universo inanimado
 INTRODUÇÃO – OS SERES VIVOS

 Propriedades dos seres vivos

▪ Alto grau de complexidade química e organização
microscópica – estruturas celulares complexas, biopolímeros
com estrutura tridimensional definida, seletividade e
especificidade
▪ Capacidade de extrair, transformar e utilizar a energia do
ambiente – manter estrutura complexa e organizada
(Entropia!) e realizar trabalho (Mecânico, elétrico, osmótico e
químico).
▪ Funções definidas e interações reguladas entre os
componentes – interações são dinâmicas e mudanças no
sistema não são pontuais, mas coordenadas e podem gerar
outras mudanças compensatórias
 INTRODUÇÃO – OS SERES VIVOS

 Propriedades dos seres vivos

▪ Mecanismos para sentir e responder ao ambiente –
organismos respondem e sofrem mudanças como resposta a
mudanças ambientais
▪ Capacidade de autorreplicação com precisão – células se
replicam gerando células-filhas idênticas; em seres mais
complexos, semelhança em escala maior
▪ Evolução – espécies diversas mas com ancestralidade
comum, refletida na semelhanças gênicas e nas proteínas.
 INTRODUÇÃO - EVOLUÇÃO

 Evolução Bioquímica - provável linha do tempo

 INTRODUÇÃO - EVOLUÇÃO

 Evolução Bioquímica - a árvore da vida

 macromoléculas com estruturas similares e processos
bioquímicos comuns – ancestral comum
 INTRODUÇÃO - EVOLUÇÃO

 Evolução Bioquímica - similaridade entre os organismos em

nível molecular: proteína de regulação gênica de 3
organismos diferentes
 INTRODUÇÃO - EVOLUÇÃO

 Fonte de energia e carbono

Todos os organismos

Fototróficos Quimiotróficos
(energia obtida da luz) (energia obtida da oxidação
de compostos químicos)

Autróficos Heterotróficos Heterotróficos

(carbono do CO2) (carbono de compostos (carbono de compostos
orgânicos) orgânicos)
Cianobactérias
Plantas vasculares Bactérias púrpuras
Bactérias verdes
Litotróficos Organotróficos
(energia obtida de (energia obtida de
compostos inorgânicos) compostos orgânicos)

Bactérias sulfurosas
Bactérias hidrogênicas
 INTRODUÇÃO – A CÉLULA

 menor unidade comum aos organismos vivos – organismos

uni e multicelulares
 procariotos e eucariotos
 INTRODUÇÃO – A CÉLULA

 membrana plasmática
▪ permeabilidade seletiva - barreira a íons e moléculas carregadas e
polares; difusão de pequenas moléculas com lipofilicidade adequada
▪ canais iônico e proteínas de transporte
▪ lipídeos e proteínas não ligados covalentemente – flexibilidade
▪ tamanho máximo da célula é limitado pela difusão de moléculas
dentro da célula
 INTRODUÇÃO – A CÉLULA

 citoplasma
▪ citosol (solução aquosa)
▪ organelas
▪ estruturas supramoleculares (ex. ribossomos)
▪ RNA, proteínas
▪ pequenas moléculas orgânicas (aas, nucleotídeos, coenzimas,
metabólitos)
▪ citoesqueleto – filamentos proteicos (actina, microtúbulos e
filamentos intermediários) – manutenção da estrutura da célula e
transporte de organelas
▪ tamanho mínimo da célula é determinado pelas moléculas,
estruturas supramoleculares e organelas
 INTRODUÇÃO – A CÉLULA

 núcleo ou nucleóide
▪ contém o genoma e é onde o DNA pé replicado
▪ eucariotos – núcleo revestido por dupla membrana
▪ procariotos - nucleoide
 INTRODUÇÃO – A CÉLULA

 célula procariota
▪ DNA circular
▪ bactérias Gram-negativas e Gram-positivas
 INTRODUÇÃO – A CÉLULA

 célula eucariótica (animal)

▪ 5 a 100 uM, núcleo envelopado, organelas
 INTRODUÇÃO – A CÉLULA

 célula eucariótica (vegetal)

▪ 5 a 100 uM, núcleo envelopado, organelas
 INTRODUÇÃO – A CÉLULA

 Hierarquia da organização molecular de uma célula –

sistemas biológicos são sistemas poliméricos funcionais
INTRODUÇÃO – CONCEITOS DE QUÍMICA

 Elementos prevalentes nos organismos vivos

▪ H, O, N, e C ~ 99% da massa das células
▪ elementos leves, ligações mais fortes
 INTRODUÇÃO – CONCEITOS DE QUÍMICA

Energia de  Elementos prevalentes nos

Tipo de Comprimento
ligação
ligação
de ligação (Å) organismos vivos
(kJ/mol)
▪ H, O, N, e C ~ 99% da massa das
N≡N 942 1,10 células
C=O 799 1,20 ▪ elementos leves, ligações mais
C=N 615 1,29 fortes
C=C 602 1,34 ▪ Por que o carbono é tão
O-H 459 0,96 impotante?
C-H 411 1,09
C-O 358 1,43
C-C 346 1,54
P-O 335 1,63
C-N 305 1,47
C-S 272 1,82
 INTRODUÇÃO – CONCEITOS DE QUÍMICA

 Elementos prevalentes nos organismos vivos

▪ H, O, N, e C ~ 99% da massa das células
▪ elementos leves, ligações mais fortes
▪ Por que o carbono é tão impotante?
INTRODUÇÃO – CONCEITOS DE QUÍMICA

 Ligações covalentes

Revise os conceitos:
❑ Ligação e hibridização
❑ Estrutura molecular
❑ Ressonância
❑ Química ácido-base
❑ Conformação de moléculas
❑ Estereoquímica

Sugestão de leitura
Solomons, Química Orgânica
(Cap. 1-5)
 INTRODUÇÃO – CONCEITOS DE QUÍMICA

 Interações intermoleculares
▪ Interações eletrostáticas
❑ Interação/repulsão entre átomos ou moléculas em sua forma ionizada.

q1 q2

r
Lei de Coulomb onde
q1q2 q1 e q2 são as cargas nos dois átomos
E=k D é a constante dielétrica do solvente
Dr k é uma constante de proporcionalidade

❑ Dois íons com cargas opostas e distantes entre si por ~3 Å em água terão uma
energia de ligação de 5,86 kJ mol−1 (1,4 kcal mol−1).

Como essa interação seria afetada em um ambiente pouco polar?

 INTRODUÇÃO – CONCEITOS DE QUÍMICA

 Interações intermoleculares
▪ Interações do tipo ligação de H

❑ Interação entre um átomo contendo um par de elétrons livre (aceptor) e um

átomo de hidrogênio ligado covalentemente ao um átomo eletronegativo
(doador). ❑ Ligações de hidrogênio
❑ caráter eletrostático – custi entrópico ocorrem distância de 1,5-2,6
❑ caráter direcional Å e energias de ligação de
4–20 kJ mol−1 (1–5 kcal
mol−1).
 INTRODUÇÃO – CONCEITOS DE QUÍMICA

 Interações intermoleculares
▪ Interações do tipo ligação de H
❑ A água pode competir com as ligações de hidrogênio entre dois grupos
complementares.

Como a interação entre os grupos carbonila e NH seria afetada em um

ambiente aquoso? Compare com um ambiente pouco polar?
 INTRODUÇÃO – CONCEITOS DE QUÍMICA

 Interações intermoleculares
▪ Interações de van der Waals
❑ Interação entre dois átomos próximos que apresentam uma distribuição
eletrônica desigual que induz complementaridade e atração.
❑ Energias de ligação de 2–4 kJ mol−1 ( 0,5–1,0 kcal mol−1).

o Força de Keesom: entre dois dipolos

permanentes
o Força de Debye: entre um dipolo
permanente e um dipolo induzido
o Força de dispersão London: entre
dois dipolos instantaneamente induzidos
 INTRODUÇÃO – CONCEITOS DE QUÍMICA

 Efeito hidrofóbico
▪ Efeito hidrofóbico: moléculas de água tendem a maximizar a
interação entre si mesmas em detrimento das interações com soluto,
sobretudo com moléculas hidrofóbica, pois a energia de interação naõ
compensa o custo entrópico. Assim, moléculas pouco polares se
agrupam em água para diminuir a área exposta ao solvente.
 INTRODUÇÃO – CINÉTICA E
TERMODINÂMICA
Cinética: constantes de velocidade
respondem à diferença de energia
entre os estados de transição e
Energia

inicial.
Termodinâmica: constantes de
equilíbrio respondem à diferença
de energia entre os produtos e os
reagentes.
Coordenada reacional
Revise os conceitos:
❑ Cinética e Ordem reacional
❑ Leis da termodinâmica
❑ Equação de Gibbs
❑ Equação de Arrhenius
❑ Equação de Eyring
 INTRODUÇÃO – CINÉTICA E
TERMODINÂMICA
 Como a velocidade varia com a concentração de
reagentes? O que é Equilíbrio?
 INTRODUÇÃO – CINÉTICA E
TERMODINÂMICA
 Como a velocidade varia com a concentração de
reagentes? O que é Equilíbrio?

κ1[A]a[B]b = κ2[C]c[D]d

[C]c [D]d κ1
= = K
[A]a [B]b κ2
 INTRODUÇÃO – CINÉTICA E
TERMODINÂMICA
 Concentrações no equilíbrio

Concentração

Concentração
Concentração

tempo tempo tempo

 INTRODUÇÃO – CINÉTICA E
TERMODINÂMICA
 Os organismos vivos são um sistema aberto - trocam
matéria e energia com o meio externo.

 Os organismos vivos estão em equilíbrio com o meio

externo?

 Estado estacionário dinâmico

 INTRODUÇÃO – CINÉTICA E
TERMODINÂMICA
Termodinâmica : Qual estado estará favorecido quando o equilíbrio for
atingido?
Cinética : Quão rapidamente o equilíbrio será atingido?
k1 + k 2 + k 3
S P1 + P2 + P3

DG‡1 < DG‡2 < DG‡3

Energia

S P1
P2 DGo1 > DGo2 > DGo3
P3
Coordenada reacional
 INTRODUÇÃO – CINÉTICA E
TERMODINÂMICA
 Muitas reações bioquímicas são endergônicas (ex.
síntese de DNA). Como elas ocorrem no organismo?
▪ acoplamento energético
 INTRODUÇÃO – CINÉTICA E
TERMODINÂMICA
 Muitas reações bioquímicas seriam muito lentas
▪ catálise enzimática
 INTRODUÇÃO - TERMODINÂMICA

 Leis da Termodinâmica
 Primeira Lei da Termodinâmica: “A energia total de um
sistema e de sua vizinhança permanece constante”.
▪ ex: energia potencialse transforma em energia cinética quando uma
bola cai de uma determinada altura
▪ ex. energia liberada na formação de uma ligação química é usada
na quebra de outra ligação, ou liberada na forma de luz ou calor ou
estocada de algum modo
 Segunda Lei da Termodinâmica: “A entropia total de um
sistema e de sua vizinhança sempre aumenta”
▪ efeito hidrofóbico
▪ um decréscimo local de entropia sempre é acompanhado por
liberação de calor em um processo espontâneo (DG = DH –TDS)
 INTRODUÇÃO - TERMODINÂMICA

 Segunda Lei da Termodinâmica: “A entropia total de um

sistema e de sua vizinhança sempre aumenta”
 formação da dupla-hélice de DNA: diminui a entropia do
sistema, libera calor aumentando a entropia da vizinhança

Misturando Interagindo
 INTRODUÇÃO – REAÇÕES ÁCIDO-BASE

 Reações ácido-base são rápidas – controle

termodinâmico

Reações ácido-base podem

desfazer uma dupla-hélice de DNA

[A - ][H+ ]
Ka =
[HA]
Equação de Henderson-Hasselbalch
[A - ]
pH = pK a + log
[HA]
 INTRODUÇÃO – REAÇÕES ÁCIDO-BASE

 Reações ácido-base são rápidas – controle termodinâmico

[A - ][H+ ]
Ka = ❑ Quando o pH for igual ao pKa, haverá 50% de
[HA]
cada uma das espécies.
Co = [HA] + [A - ] 1,0

0,8
+
HA A-
[HA] [H ]
 HA = = +
[H ] + K a
Fração molar

0,6
Co
0,4
−
[A ] Ka
A − = = +
Co [H ] + K a 0,2

[A - ]
pH = pK a + log 0,0
[HA] 0 2 4 6 8 10 12 14
pH
 INTRODUÇÃO – REAÇÕES ÁCIDO-BASE

❑ Tampões controlam o pH em sistemas

biológicos: adição de HCl em água e em 0,1
mM de NaOAc(aq)

Revise os
conceitos:
❑ Química ácido-
base
❑ Tampão
❑ Capacidade de
tamponamento
 BIBLIOGRAFIA E FONTE DAS FIGURAS

- Berg, J.M.; Tymoczko, J.L.; Gatto Jr., G.J.; Stryer, L.; Bioquímica.
7 ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2014. Capítulo 1.
- Nelson, D.L; Cox, M.M. Princípios de Bioquímica de Lehninger. 7
ed. Porto Alegre: Artmed, 2019. Capítulo 1.