RESUMO

REPARAÇÃO DO DNA
> A manutenção da estabilidade genética de um organismo necessária à
sobrevivência requer não apenas um mecanismo extremamente preciso
para replicar o DNA, mas também mecanismos para corrigir as diversas
lesões acidentais que ocorrem continuamente.

> Grande parte das alterações espontâneas é temporária, pois são

imediatamente corrigidas por um conjunto de processos chamados
coletivamente de reparo do DNA.

> As alterações aleatórias são causadas por calor, acidentes metabólicos,

radiações de vários tipo e exposição a substâncias ambientais.

* Se não houvesse reparo do DNA, as lesões espontâneas rapidamente

modificariam as sequencias de DNA:

Caso não houvesse correções, alterações espontâneas resultariam em

mutações.

Reações químicas espontâneas mais frequentes:

Depurinação: é o tipo de lesão mais frequente sofrido pelo DNA.

Ela é uma reação espontânea, é a perda na molécula de DNA de
uma célula de cerca de 18 mil purinas (adenina e guanina). Isso
ocorre devido a hidrólise das ligações N-glicosil à desoxirribose.
Desaminação: é uma reação espontânea da citosina para uracila
no DNA, ela ocorre em uma proporção de aproximadamente 100
bases por célula/dia. O principal tipo de reação de desaminação
converte a citosina a uma base alterada, a uracila, mas a
desaminação também pode ocorrer em outras bases.
* A dupla-hélice de DNA é corrigida imediatamente:
A estrutura de dupla-hélice do DNA é perfeitamente adequada
para o reparo, pois possui duas cópias separadas de toda a
informação genética – uma em cada fita. Portanto, quando uma
das fitas é danificada, a fita complementar possui uma cópia
intacta da mesma informação, sendo normalmente usada para
restaurar a sequência nucleotídica correta na fita danificada.

* Uma lesão no DNA pode ser removida por mais de uma via:
As células possuem mais de uma via de reparo, usando diferentes
enzimas para distintas lesões;
Apresenta duas das vias mais comuns. Em ambas, a lesão é
removida, a sequência de DNA original é restaurada por uma
DNA-polimerase que utiliza a fita não danificada como molde, e a
quebra resultante na dupla-hélice é ligada pela DNA-ligase;
As duas vias diferem na maneira pela qual a lesão é removida do
DNA;
a) Reparo por excisão de bases: Envolve enzimas denominadas
DNA-glicosilases, elas são capazes de reconhecer um tipo
específico de base alterada do DNA e de catalisar sua remoção
hidrolítica.
Existem pelo menos seis tipos dessas enzimas, incluindo as que
removem Cs desaminados, As desaminados, diferentes tipos de
bases alquiladas ou oxidadas, bases com anéis rompidos e bases
nas quais a ligação dupla carbono-carbono foi acidentalmente
convertida em uma ligação simples entre os carbonos.
Uma etapa-chave é a projeção do nucleotídeo alterado para fora
da hélice, em um processo mediado por enzimas que permite que
a DNA-glicosilase procure uma lesão em todas as faces da base.
A “lacuna” criada pela ação da DNA-glicosilase é reconhecida
por uma enzima chamada endonuclease AP (AP para apúrica ou
apirimídica, e endo para indicar que a nuclease cliva dentro da
cadeia polinucleotídica), que cliva a cadeia principal fosfodiéster,
depois do qual a lacuna resultante é corrigida.
b) reparo por excisão de nucleotídeos: Esse mecanismo pode
corrigir uma lesão causada por praticamente qualquer alteração
volumosa na estrutura da dupla-hélice de DNA.
Nessa via, um enorme complexo multienzimático verifica o DNA
à procura de distorções na dupla-hélice, em vez de uma alteração
específica de bases. Uma vez encontrada uma lesão, a cadeia
fosfodiéster da fita anormal é clivada nos dois lados da distorção,
e a DNA-helicase remove o oligonucleotídeo de fita simples
contendo a lesão. O intervalo produzido na hélice de DNA é,
então, corrigido pela DNA-polimerase e pela DNA-ligase;
* Reparo acoplado à transcrição
Todo o DNA celular é constantemente monitorado para
verificação de lesões, e os mecanismos de reparo descritos aqui
atuam em todas as partes do genoma;
A RNA- polimerase é uma enzima que transcreve DNA em RNA
na transcrição gênica. As células são capazes de direcionar o
reparo às sequencias de DNA por meio do direcionamento da
RNA-polimerase que é acoplada na via de reparo por excisão de
nucleotídeos;
A RNA-polimerase “para” nas lesões de DNA e, por meio de
proteínas acopladoras, direciona a maquinaria de reparo a esses
sítios;
Esse sistema de reparo pode corrigir vários tipos diferentes de
lesões no DNA;
* Estrutura do DNA e reparo:
A dupla-hélice de DNA parece ter sido construída para o reparo,
ela contém uma cópia extra de toda informação genética;
A natureza das bases do DNA também facilita a diferenciação
entre bases normais e danificadas;
Todo evento de desaminação possível no DNA produz uma base
“não natural”, que pode ser prontamente reconhecida e removida
por uma DNA-glicosilase específica;

RECOMBINAÇÃO DO DNA
É um mecanismo de reparo do DNA, é um grupo diverso de
reações conhecidas como recombinação homóloga;
Uma característica fundamental da recombinação homóloga
(também chamada recombinação geral) é uma troca de fitas do
DNA entre um par de sequências de DNA de duplex homólogos,
isto é, segmentos de dupla-hélice com sequências nucleotídicas
semelhantes ou idênticas;
Essa troca permite que um segmento do duplex de DNA atue
como um molde para recuperar uma informação perdida ou
danificada em um outro segmento de um duplex de DNA;
Como o molde para o reparo não está limitado à fita
complementar da fita que contém a lesão, a recombinação
homóloga pode corrigir inúmeros tipos de lesões no DNA;
Ela é a principal via para restaurar com precisão as quebras de
fita-dupla;
As quebras de fita dupla resultam de radiação ou compostos
químicos reativos; na maioria das vezes, no entanto, são causadas
por forquilhas de replicação estacionárias ou quebradas, sem
nenhuma relação com qualquer causa externa;
A recombinação homóloga corrige com precisão esses acidentes,
e, como eles ocorrem em quase todos os ciclos de replicação do
DNA, esse mecanismo de reparo é essencial para todas as células
em proliferação;
Durante a meiose, ela catalisa uma etapa-chave na produção dos
gametas (espermatozoide e óvulo) – a troca ordenada de porções
de informações genética entre os cromossomos homólogos
(materno e paterno), criando novas combinações de sequências de
DNA nos cromossomos que serão transmitidos à progênie.
*Recombinação Homóloga
O princípio da recombinação homóloga é que ela ocorre apenas
entre dois duplex de DNA com extensas regiões de sequências
similares (homologia);
A recombinação homóloga pode reparar corretamente as quebras
na fita dupla de DNA com precisão sem qualquer perda ou
alteração de nucleotídeos no local do reparo;
Para que a recombinação homóloga faça esse trabalho, o DNA
com a quebra deve
ser aproximado de um DNA homólogo sem quebras, que servirá
de molde para o reparo.
Por isso, a recombinação homóloga ocorre normalmente logo
após a replicação, onde as duas moléculas-filhas de DNA estão
bem próximas e uma pode atuar como molde para a correção da
outra.
Essencialmente, o duplex de DNA quebrado e o duplex-molde
realizam uma “dança das fitas”, de modo que uma das fitas
danificadas utiliza uma fita complementar do duplex intacto para
o reparo;
Primeiro, as extremidades do DNA danificado são removidas, ou
“recortadas” por nucleases especializadas produzindo uma
extremidade de fita simples 3’;
A próxima etapa é a troca de fitas (também chamada de invasão
de fitas), em que uma das extremidades 3’ da molécula de DNA
quebrada abre caminho até o duplex-molde e busca a sequência
homóloga pelo pareamento de bases;
Uma vez estabelecido o pareamento entre as bases, umas DNA-
polimerase com alta precisão alonga a fita invasora usando a
informação fornecida pela molécula-molde não danificada,
corrigindo o DNA danificado;
As últimas etapas – deslocamento da fita, síntese adicional do
reparo e ligação – regeneram as duas hélices duplas de DNA
originais e completam o processo de reparo;
A recombinação homóloga é semelhante a outras reações de
reparo do DNA, no sentido que a DNA-polimerase utiliza um
molde de pristina para restaurar o DNA danificado;

* A troca de fitas é realizada pela proteína RecA/Rad51

Para catalisar a troca de fitas, a RecA inicialmente se liga de
forma cooperativa à fita simples invasora, formando um filamento
proteína-DNA que força o DNA em uma conformação não
comum: grupos de três nucleotídeos consecutivos são mantidos
unidos de forma como na dupla-hélice convencional, porém entre
triplos adjacentes, a cadeia principal de DNA é destorcida e
estendida;
A seguir, esse filamento incomum de proteína-DNA liga-se ao
duplex de DNA e estende a dupla-hélice, que se desestabiliza,
facilitando a separação das fitas;
A RecA hidrolisa ATP e as etapas supracitadas necessitam que
cada monômero de RecA no filamento esteja ligado ao ATP;
A busca pelo pareamento, por si só, não exige a hidrólise do ATP;
pelo contrário, o processo ocorre pela simples colisão molecular,
permitindo a avaliação rápida de muitas sequências. Entretanto,
uma vez completada a reação de troca de fitas, a hidrólise de ATP
é necessária para desmontar a RecA do complexo com as
moléculas de DNA;
Nesse estágio, o reparo pelas DNA-polimerase e DNA-ligase
completam o processo de reparo;
*A recombinação homóloga pode resgatar forquilhas de
replicação com DNA danificado
Uma função crucial da recombinação homóloga, talvez sua
atribuição mais importante seja o resgate de forquilhas de
replicação de DNA estacionárias ou quebradas;
Diversos tipos de eventos podem provocar a quebra da forquilha
de replicação, mas um exemplo bastante significativo é uma
quebra de fita simples ou uma lacuna na hélice parental de DNA
logo à frente de uma forquilha de replicação;
Quando a forquilha encontra essa lesão, ela se quebra, resultando
em um cromossomo-filho intacto e um quebrado. A forquilha
quebrada pode ser corrigida sem falhas, pelo mesmo mecanismo
básico de recombinação homóloga, usado no reparo de quebra na
fita dupla.
*As células controlam cuidadosamente o uso da recombinação
homóloga no reparo do DNA
Embora a recombinação homóloga resolva o problema de reparo
de quebras na fita dupla com precisão, além de outros tipos de
danos no DNA, ela apresenta alguns problemas à célula, pois às
vezes ela “corrige” a lesão usando um segmento errado do
genoma como molde;
Por exemplo, algumas vezes um cromossomo humano quebrado é
“reparado” usando um homólogo do outro progenitor em vez da
cromátide-irmã como molde;
Como os cromossomos materno e paterno diferem em várias
posições na sequência de DNA, esse tipo de reparo converte a
sequência do DNA corrigido da sequência materna à sequência
paterna e vice-versa. O resultado desse tipo de recombinação
errôneo é conhecido como perda de heterozigosidase;
Isso pode acarretar consequências graves, caso o homólogo usado
no reparo contenha uma mutação prejudicial, pois o evento de
recombinação destrói a cópia boa. A perda de heterozigose,
apesar de rara, é uma etapa crucial no desenvolvimento de
diversos tipos de câncer;
*A recombinação homóloga é essencial para a meiose:
A recombinação homóloga é um modo também de produzir
moléculas de DNA contendo novas combinações de genes como
resultado da troca deliberada de material entre cromossomos
diferentes;
Embora isso ocasionalmente ocorra por acidente nas células
mitóticas (e normalmente é prejudicial), ela é uma parte frequente
e necessária na meiose, que ocorre em organismos de reprodução
sexuada como fungos, plantas e animais;
Neste caso, a recombinação homóloga ocorre como parte integral
do processo pelo qual os cromossomos são distribuídos às células
germinativas (óvulos e espermatozoides em animais);
A recombinação homóloga durante a meiose produz o
entrecruzamento e a conversão gênica, resultando em
cromossomos híbridos contendo informação dos dois homólogos,
materno e paterno;
Tanto o entrecruzamento como a conversão gênica são originados
por mecanismos de recombinação homóloga que, em essência,
assemelham-se aos utilizados no reparo de quebras de fita dupla.
*A recombinação meiótica inicia com uma quebra
programada de fita dupla:
A recombinação homóloga na meiose inicia com: uma proteína
especializada (chamada de Spo11 em leveduras de brotamento)
quebra as duas fitas de uma dupla-hélice de DNA em um dos
cromossomos recombinantes;
Como uma topoisomerase, a Spo11 permanece ligada
covalentemente ao DNA quebrado após catalisar essa reação;
Uma nuclease especializada degrada rapidamente as extremidades
ligadas à Spo11, removendo a proteína com o DNA e deixando
apenas as extremidades 3’ de fita simples;
Na meiose a recombinação ocorre preferencialmente entre
cromossomos homólogos maternos e paternos em vez de entre
dois duplex idênticos recém-duplicados que formam par no reparo
da quebra de fita dupla;
*Junções de Holliday são formadas durante a meiose(ou troca
cruzadas de fitas):
É um intermediário bastante importante na meiose, é um
intermediário de DNA especial normalmente é formado contendo
quatro fitas de DNA compartilhadas pelas duas hélices;
Cada junção de Holliday pode adotar múltiplas conformações, e
um conjunto de proteínas de recombinação especiais liga-se a ela,
estabilizando o isômero simétrico aberto;
As proteínas especializadas que se ligam às junções de Holliday
catalisam uma reação chamada migração da ramificação, em que
o DNA é impulsionado pela junção de Holliday pela contínua
quebra e regeneração dos pares de bases;
Dessa forma, as proteínas da junção de Holliday utilizam a
hidrólise de ATP para expandir a região do heteroduplex de DNA
inicialmente gerado pela reação de troca de fitas;
Na meiose, as regiões de heteroduplex normalmente “migram”
milhares de nucleotídeos do sítio original da quebra da fita dupla.
As junções de Holliday geralmente ocorrem em pares, chamados
de junções de Holliday duplas.
* A recombinação homóloga produz tanto entrecruzamentos
quanto não entrecruzamentos durante a meiose:
a) Entrecruzamentos: Em seres humanos, aproximadamente
90% das quebras de fita dupla produzidas durante a meiose são
resolvidas como não entrecruzamentos;
Nesse caso, os dois duplex de DNA são separados entre si de
forma inalterada, exceto pela região de heteroduplex formada
próxima ao local original da quebra. Esse conjunto de reações é
similar ao descrito para o reparo de quebras de fita dupla.
b) Não entrecruzamentos (sem cross over): Esse resultado é
mais profundo - uma junção de Holliday dupla é formada e
clivada por enzimas especializadas criando um entrecruzamento;
As duas porções originais de cada cromossomo que flanqueiam as
duas junções de Holliday são trocadas, produzindo dois
cromossomos que se entre cruzaram;
Controle de entrecruzamento : mecanismo da célula que
distribui ao longo dos cromossomos um entrecruzamento em um
local de modo que inibe entrecruzamento em regiões próximas.
Ele assegura uma distribuição mais ou menos equilibrada de
pontos de entrecruzamento nos cromossomos. Ele também
garante que cada cromossomo – não importando seu tamanho –
sofra pelo menos um entrecruzamento a cada meiose.
Em muitos organismos, ocorrem cerca de dois entrecruzamentos
por cromossomo durante cada meiose, um em cada braço;
A resolução do evento de recombinação meiótica, tanto no entre
cruzamento como no não-entrecruzamento, deixa para trás uma
região de heterodúplex em que uma fita do homólogo parental
forma par de bases com uma fita do homólogo materno.
Essas regiões de heterodúplex toleram uma pequena porcentagem
de pareamentos incorretos entre as bases, que normalmente se
estendem por milhares de pares de nucleotídeos. Devido ao
grande número de eventos de não-entrecruzamento na meiose,
eles produzem sítios espalhados nas células germinativas em que
pequenas sequências de DNA de um homólogo foram sobrepostas
no outro homólogo. Em todos os casos, eles marcam esses sítios
potenciais para conversão;
*A recombinação homóloga normalmente resulta em
conversão gênica
Em organismos de reprodução sexuada, uma lei fundamental da
genética é cada genitor dá uma contribuição genética igual para
sua progênie;
Um conjunto completo de genes nucleares é herdado do pai e um
outro conjunto completo é herdado da mãe.
Por trás dessa lei está a divisão precisa dos cromossomos nas
células germinativas (óvulos e espermatozoide) que ocorre
durante a meiose;
Portanto, quando uma célula diploide de um progenitor sofre
meiose e produz quatro células germinativas haploides,
exatamente metade dos genes distribuídos entre essas quatro
células devem ser de origem materna (genes herdados da mãe
desse progenitor) e a outra metade de origem paterna (genes
herdados do pai do mesmo progenitor);
Estudos atuais revelaram, em alguns organismos, casos raros nos
quais a divisão dos genes violou as regras padrão da genética.
Ocasionalmente, por exemplo, a meiose produz três cópias da
versão materna do gene e apenas uma cópia do alelo paterno.
Versões alternativas do mesmo gene são chamadas de alelos, e a
divergência da sua distribuição esperada durante a meiose é
conhecida como conversão gênica. Estudos genéticos mostram
que somente pequenas porções de DNA sofrem conversão gênica
e, em muitos casos, apenas uma parte de um gene é alterada;
Várias vias na célula podem produzir a conversão gênica, mas
uma das mais importantes resulta de uma consequência particular
da recombinação durante a meiose;
Vimos que tanto os entrecruzamentos como os não
entrecruzamentos, produzem regiões de heteroduplex de DNA.
Caso as duas fitas que formam a região de heteroduplex não
possuam sequências nucleotídicas idênticas, há a formação de
pareamentos incorretos, que normalmente são corrigidos pelo
sistema de reparo de pareamento incorreto;
Contudo, o sistema de reparo não é capaz de diferenciar as fitas
materna e paterna e escolhe aleatoriamente a fita que será usada
como molde para o reparo;
Como consequência um alelo será perdido e o outro duplicado,
resultando na conversão de um alelo em outro.

TRANSCRIÇÃO DO DNA
DO DND AO RNA
DNA genômico não controla a síntese de proteínas diretamente,
mas indiretamente, por meio do RNA;
A transcrição e a tradução são os meios pelos quais as células
leem, ou expressam, as instruções genéticas de seus genes;
Como muitas cópias idênticas de RNA podem ser produzidas a
partir do mesmo gene, e como cada molécula de RNA pode
promover a síntese de várias moléculas idênticas de proteína, as
células podem, quando necessário, sintetizar uma grande
quantidade de proteína a partir de um simples gene;
*As moléculas de RNA são fitas simples:
A primeira etapa executada pela célula para ler a informação
necessária a partir de suas instruções genéticas é a cópia de um
segmento específico da sequência de nucleotídeos do DNA – um
gene – sob a forma de uma sequência de nucleotídeos de RNA;
A informação na forma de RNA é escrita essencialmente na
mesma linguagem do DNA – a linguagem de uma sequencia de
nucleotídeos;
O RNA é um polímero linear composto por quatro tipos
diferentes de subunidades nucleotídicas unidas entre si por
ligações fosfodiéster;
O RNA difere quimicamente do DNA em dois aspectos: (1) os
nucleotídeos do RNA são ribonucleotídeos – isto é, eles contêm o
açúcar ribose (de onde vem o nome ácido ribonucleico) em vez de
desoxirribose; (2) embora, assim como o DNA, o RNA contenha
as bases adenina (A), guanina (G) e citosina (C), ele contém a
base uracila (U), em vez da timina (T), que ocorre no DNA;
O RNA se apresenta como fita simples, assim, as cadeias de RNA
podem se enovelar sob diversas formas, similarmente ao que
ocorre com uma cadeia de polipeptídeos que se enovela em uma
conformação determinada dando uma forma final à proteína;
A capacidade de se enovelar em formas tridimensionais
complexas permite que algumas moléculas de RNA
desempenhem funções estruturais e catalíticas;
O fluxo da informação genética nas células: DNA → RNA →
Proteína;
Dogma central da biologia molecular.
*A transcrição produz uma molécula de RNA complementar
a uma das fitas do DNA:
Todo o RNA de uma célula é produzido a partir da transcrição do
DNA, em um processo que apresenta certas similaridades em
relação ao processo de replicação do DNA;
A transcrição inicia com a abertura e a desespiralização de uma
pequena porção da dupla-hélice de DNA, o que expõe as bases
em cada fita do DNA;
Uma das duas fitas de DNA da dupla hélice servirá como molde
para a síntese de uma molécula de RNA;
A sequência de nucleotídeos da cadeia de RNA é determinada
pelo pareamento de bases complementares entre os nucleotídeos a
serem incorporados e o DNA-molde;
A cadeia de RNA produzida por transcrição – o transcrito– é, a
seguir, aumentada 1 nucleotídeo por vez e possui uma sequência
de nucleotídeos exatamente complementar à fita de DNA
utilizada como molde;
A transcrição difere da replicação de DNA em vários aspectos
importantes;
Diferentemente de uma fita de DNA recém-formada, a fita de
RNA não permanece ligada à fita de DNA-molde por ligações de
hidrogênio;
As moléculas de RNA produzidas pela transcrição são liberadas
do DNA-molde sob a forma de fita simples;
Além disso, como essas moléculas de RNA são copiadas apenas
de uma região definida do DNA, as moléculas de RNA são muito
menores que as moléculas de DNA;
* RNA-polimerases realizam a transcrição:
As enzimas que realizam a transcrição são denominadas RNA-
polimerases
Assim como a DNA-polimerase catalisa a replicação do DNA, as
RNA-polimerases catalisam a formação de ligações fosfodiéster
que conectam os nucleotídeos entre si formando uma cadeia
linear;
A RNA-polimerase se desloca passo a passo sobre o DNA,
desespiralizando a dupla-hélice à frente do sítio ativo de
polimerização e expondo, dessa forma, uma nova região da fita-
molde para o pareamento de bases complementares;
Os substratos são ribonucleosídeos trifosfato (ATP, CTP, UTP e
GTP);
A liberação quase imediata da fita de RNA do DNA, à medida
que a primeira está sendo sintetizada, significa que muitas cópias
de RNA podem ser produzidas a partir do mesmo gene em um
período de tempo relativamente pequeno; a síntese de moléculas
de RNA adicionais pode ser iniciada antes que as moléculas
anteriores de RNA tenham sido finalizadas;
Apesar de a RNA-polimerase catalisar essencialmente a mesma
reação química que a DNA-polimerase, existem algumas
diferenças importantes entre essas duas enzimas;
1ª a RNA-polimerase catalisa a ligação de ribonucleotídeos, e não
de desoxirribonucleotídeos;
2ª ao contrário das DNA-polimerases envolvidas na replicação de
DNA, as RNA-polimerases podem começar a síntese de uma
cadeia de RNA sem um iniciador. Acredita-se que essa diferença
seja possível porque a transcrição não necessita ser tão exata
quanto a replicação do DNA;
As RNA-polimerases cometem aproximadamente 1 erro a cada
104 nucleotídeos copiados em RNA;
menos significativas, pois o RNA não armazena de modo
permanente a informação genética nas células;
Embora não sejam tão exatas quanto as DNA-polimerases que
replicam o DNA, as RNA-polimerases possuem um modesto
mecanismo de correção;
Se um ribonucleotídeo incorreto for adicionado à cadeia de RNA
em formação, a polimerase pode retroceder e o sítio ativo da
enzima pode realizar uma reação de excisão que é semelhante ao
procedimento reverso da reação de polimerização, exceto que
uma molécula de água substitui o pirofosfato e um nucleosídeo
monofosfato é liberado.
*As células produzem diferentes categorias de moléculas de
RNA:
Todo o RNA de uma célula é produzido a partir da transcrição do
DNA;
A maioria dos genes presentes no DNA das células especifica a
sequência de aminoácidos de proteínas; as moléculas de RNA que
são copiadas a partir desses genes (e que consequentemente
promovem a síntese de proteínas) são chamadas de moléculas de
RNA mensageiro (mRNA);
O produto final de outros genes, entretanto, é a própria molécula
De RNA. Esses RNAs são conhecidos como RNAs não
codificadores, pois eles não codificam proteínas;
Tais moléculas de RNA, assim como as proteínas, servem como
componentes estruturais, reguladores e enzimáticos para uma
ampla gama de processos na célula;
Pequenos RNAs nucleares (snRNA, small nuclear RNA)
promovem o splicing (excisão de íntrons) do pré-mRNA para
formar o mRNA, que moléculas de RNA ribossômico (rRNA)
formam a porção central dos ribossomos e que moléculas de RNA
transportador (tRNA) formam os adaptadores que selecionam
aminoácidos e os colocam no local adequado nos ribossomos para
serem incorporados em proteínas;
Cada segmento de DNA transcrito é denominado unidade de
transcrição;
*Sinais codificados no DNA indicam à RNA-polimerase onde
iniciar e onde terminar a transcrição:
Para transcrever um gene com precisão, a RNA-polimerase deve
reconhecer seu início e término no genoma;
A iniciação da transcrição é uma etapa extremamente importante
na expressão de um gene, pois esse é o ponto principal onde a
célula regula quais proteínas serão produzidas e a frequência
dessa produção;
*A iniciação da transcrição nos eucariotos requer várias
proteínas
Os núcleos eucarióticos têm três: RNA-polimerase I, RNA-
polimerase II e RNA-polimerase III;
As três polimerases são estruturalmente similares entre si e
compartilham algumas subunidades, mas transcrevem diferentes
categorias de genes;
As RNA-polimerases I e III transcrevem os genes que codificam
RNA de transferência, RNA ribossômico e vários pequenos
RNAs;
A RNA-polimerase II transcreve a grande maioria dos genes,
inclusive todos aqueles que codificam proteínas;
A RNA-polimerase II eucariótica tem muitas semelhanças
estruturais com a RNA-polimerase bacteriana. No entanto, há
algumas diferenças importantes na maneira em que as enzimas
bacterianas e eucarióticas funcionam, e duas dessas diferenças nos
interessam diretamente.
1. Enquanto a RNA-polimerase bacteriana requer apenas um
único fator de iniciação da transcrição (s) para começar a
transcrição, as RNA-polimerases eucarióticas exigem muitos
desses fatores, chamados coletivamente de fatores gerais de
transcrição.
2. A iniciação da transcrição eucariótica deve ocorrer no DNA
que está empacotado nos nucleossomos e em estruturas de
cromatina de ordem superior, estruturas essas que estão ausentes
dos cromossomos bacterianos.

*A RNA-polimerase II requer um conjunto de fatores gerais

de transcrição:
Os fatores gerais de transcrição ajudam a posicionar
corretamente a RNA-polimerase eucariótica sobre o promotor,
auxiliando a separação das duas cadeias de DNA para permitir o
início da transcrição e liberando a RNA-polimerase do promotor
para dar início ao seu modo de alongamento;
A iniciação da transcrição eucariótica deve ocorrer no DNA que
está empacotado nos nucleossomos e em estruturas de cromatina
de ordem superior, estruturas essas que estão ausentes dos
cromossomos bacterianos;
Os fatores gerais de transcrição ajudam a posicionar
corretamente a RNA-polimerase eucariótica sobre o promotor,
auxiliando a separação das duas cadeias de DNA para permitir o
início da transcrição, liberando a RNA-polimerase do promotor
para dar início ao seu modo de alongamento;
As proteínas são “gerais”, porque elas são necessárias para
praticamente todos os promotores utilizados pela RNA-
polimerase II;
Elas consistem em um conjunto de proteínas de interação
denominadas arbitrariamente como TFIIA, TFIIB, TFIIC,
TFIID, e assim por diante;
Os fatores gerais de transcrição eucarióticos desempenham
funções equivalentes àquelas do fator s em bactérias;
O processo de associação começa quando o TFIID se liga a uma
curta sequência de DNA de dupla-hélice principalmente composta
por nucleotídeos T e A. Por essa razão, essa sequência é
conhecida como a sequência TATA ou TATA-box, e a
subunidade de TFIID que a reconhece é chamada de TBP
(proteína de ligação a TATA, do inglês TATA-binding protein);
A sequência TATA-box normalmente está localizada 25
nucleotídeos antes do sítio de início da transcrição;
Não é a única sequência de DNA que sinaliza o início da
transcrição, mas ela é a mais importante;
A ligação de TFIID provoca uma grande distorção no DNA do
TATA-box;
Essa distorção serve para a localização de um promotor ativo, em
um genoma extremamente grande;
Após a formação de um complexo de iniciação de transcrição
sobre o DNA, a RNA-polimerase II deverá ter acesso à fita-molde
no ponto de início da transcrição;
O TFIIH, que contém uma DNA-helicase como uma de suas
subunidades, torna possível essa etapa com a hidrólise de ATP,
desespiralização do DNA e consequente exposição da fita-molde;
A seguir, a RNA-polimerase II se liga ao promotor, sintetizando
pequenos fragmentos de RNA até sofrer uma série de alterações
estruturais que permitem sua dissociação ao promotor e início da
fase de extensão (ou alongamento) da transcrição;
Uma etapa-chave para essa transição é a adição de grupos fosfato
à “cauda” da RNA-polimerase (conhecida como CTD, ou
domínio C-terminal, do inglês C-terminal domain);
Em seres humanos, o CTD consiste em 52 repetições adjacentes
de uma sequência de sete aminoácidos, que se estende a partir da
estrutura central da RNA-polimerase;
A fosforilação da cauda da RNA-polimerase II tem uma função
adicional: ela também faz os componentes da maquinaria do
processamento do RNA se associarem à polimerase e, dessa
forma, estarem em posição para modificar o RNA recém-
transcrito assim que ele emergir da polimerase.
*A polimerase II também requer proteínas ativadoras,
mediadoras e modificadoras de cromatina:
DNA das células eucarióticas esta empacotado em nucleossomos,
os quais ainda são organizados em estruturas de cromatina de
maior complexidade;
A iniciação da transcrição nas células eucarióticas é mais
complexa e requer mais proteínas;
Primeiramente, as proteínas reguladoras de genes conhecidas
como ativadoras transcricionais devem se ligar a sequências
específicas sobre o DNA e auxiliar a atrair a RNA-polimerase II
para o ponto de iniciação da transcrição;
Representam uma das principais formas de regulação da
expressão gênica nas células. Sua presença no DNA é necessária
para a iniciação da transcrição em uma célula eucariótica;
Grande complexo proteico (Mediador) permite que as proteínas
ativadoras se comuniquem adequadamente com a polimerase II e
com os fatores gerais de transcrição;
A iniciação da transcrição nas células eucarióticas normalmente
requer o recrutamento de enzimas modificadoras da cromatina,
essas enzimas podem aumentar o acesso ao DNA da cromatina e
facilitam a montagem da maquinaria de iniciação da transcrição
sobre o DNA;
Para iniciar a transcrição, a RNA-polimerase II deve ser liberada
desse grande complexo de proteínas.
ALONGAMENTO DA TRANSCRIÇÃO NOS
EUCARIOTOS
Após a RNA-polimerase iniciar a transcrição, ela move-se de
forma irregular;
As RNA-polimerases em funcionamento, tanto em bactérias
quanto em eucariotos, estão associadas a uma série de fatores de
alongamento - Proteínas que diminuem a probabilidade de
dissociação da RNA-polimerase antes que esta chegue ao término
de um gene;
Esses fatores caracteristicamente associam-se à RNA-polimerase
logo após a iniciação ter ocorrido e ajudam a polimerase a se
mover sobre a ampla variedade de sequências de DNA
encontradas nos genes;
As RNA-polimerases eucarióticas também devem lidar com a
estrutura da cromatina conforme elas se movem sobre o molde de
DNA e, para isso, geralmente são auxiliadas por complexos de
remodelagem da cromatina dependentes de ATP que podem
mover-se com a polimerase ou simplesmente podem procurar e
resgatar uma polimerase que eventualmente esteja paralisada;
Além disso, as chaperonas de histonas ajudam a dissociar
parcialmente os nucleossomos a frente de uma RNA-polimerase
em movimento e a associá-los após sua passagem;
A RNA-polimerase move-se sobre um gene, mas não deixa
rastros (enzimas ligadas a ela modificam as histonas);
* Transcrição cria tensão super-helicoidal
Existe ainda outra barreira para o alongamento pelas RNA-
polimerases;
Precisa ser considerado uma propriedade sutil inerente ao DNA
de dupla-hélice denominada supertorção do DNA;
A supertorção do DNA é o nome dado a uma conformação que o
DNA adota em resposta à tensão super-helicoidal,
alternativamente, a criação de alças ou dobras em uma molécula
de DNA dupla hélice pode criar tal tensão;
Existem aproximadamente 10 pares de nucleotídeos para cada
giro da hélice em uma dupla-hélice de DNA;
A formação dessa supertorção é energeticamente favorável, pois
restaura o enrolamento helicoidal normal das regiões que
permanecem pareadas, que, caso contrário, sofreriam uma
superespiralização devido às suas extremidades fixas;
A tensão super-helicoidal é criada conforme a RNA-polimerase se
move ao longo da fita de DNA que possui extremidades fixas;