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PROBLEMAS
BIOQUÍMICA EXPERIMENTAL
QBQ 0316-Diurno
2018
Professores:
Carlos T Hotta
Ohara Augusto
Monitores:
Caio MPP Faria
Luiz Eduardo R Firmino
1
1. Foram preparados três lisados de levedura com uma volume total de 5 mL, os quais
foram utilizados para determinação da concentração de proteína total através do
reagente de Bradford (Coomassie Blue G). Com base nos dados dos experimentos
abaixo, calcule a concentração de proteína total de cada lisado.
Experimento 1:
Usando uma solução de albumina 1g/L foram preparados os tubos abaixo
Tubo Solução de Água Reagente de Absorbância em 595nm após 5
albumina (L) Bradford min de incubação
(L) (mL)
1 0,5 99,5 1 0,002
2 1 99 1 0,001
3 2 98 1 0,1
4 4 96 1 0,18
5 6 94 1 0,32
6 8 92 1 0,4
7 10 90 1 0,51
8 12 88 1 0,6
9 14 86 1 0,7
10 16 84 1 1,7
11 18 82 1 0,9
12 20 80 1 1
13 30 70 1 1,02
14 40 60 1 1,05
Experimento 2
Usando os três diferentes lisados foram preparados os tubos abaixo.
Lisado B (mL)
3 0,1 5x 1 0,32
4 0,1 10x 1 0,15
Lisado C (mL)
5 0,1 Sem diluir 1 0,32
6 0,1 200x 1 0,01
Condições do ensaio
Substrato: p-nitrofenil alfa-glicosídeo 4 mM preparado em tampão citrato-fosfato 50
mM pH 6
Enzima: Lisado de levedura preparado em tampão fosfato 20 mM, pH 7.
Ensaio: 0,2 mL de lisado diluído (20 vezes ou 2 vezes) + 0,2 mL de substrato
2
Incubação a 30°C por diferentes intervalos de tempo. Interrupção com tampão
carbonato.
Equação da curva-padrão de p-nitrofenolado (A420nm x nmoles de p-nitrofenolato): y =
0,0061x + 0,0097
Resultados experimentais
lisado 20x lisado 2x
tempo (min) A420nm A420nm
5 0,107 0,986
10 0,205 1,718
15 0,303 2,206
20 0,400 2,694
b) Os resultados obtidos nas duas diferentes diluições são coerentes entre si?
Justifique sua resposta explicando os resultados obtidos.
3
Albumina água (µl) Reagente Massa de Abs595 nm
0,2 g/l (µl) Bradford (ml) proteína (mg) (15 min)
0 100 1 0,010
10 90 1 0,080
20 80 1 0,160
30 70 1 0,240
40 60 1 0,320
50 50 1 0,400
60 40 1 0,480
70 30 1 0,560
80 20 1 0,640
90 10 1 0,720
100 0 1 0,800
4
c) Qual fração o bioquímico deverá utilizar para continuar com o processo de
purificação da enzima desejada? Justifique.
0,3 1
(linha contínua)
abs 420nm
0,2
0,5 [NaCl]
(M)
0,1 (linha
tracejada)
0 0
0 5 10 15 20
tubos
Os tubos com maior atividade de alfa-glicosidase foram reunidos. Este material com
volume de 1,0 ml foi denominado “material DEAE”. Em seguida, o material DEAE foi
utilizado para determinação de atividade enzimática e concentração de proteína total.
As condições do ensaio de atividade enzimática e os resultados obtidos estão
descritos na tabela abaixo:
Substrato Tempo de
(p-nitrofenil - Material DEAE incubação a Abs 420nm
glucosídeo 4 mM) 30°C
(min)
50 microlitros 50 microlitros 5 0,10
50 microlitros 50 microlitros 10 0,19
50 microlitros 50 microlitros 15 0,32
50 microlitros 50 microlitros 20 0,40
5
Reagente de
Material DEAE Água Bradford Abs 595 nm
(ml) (ml) (comassie blue G)
0,01 ml 0,99 ml 1 ml 0,052
0,04 ml 0,96 ml 1 ml 0,13
0,05 ml 0,95 ml 1 ml 0,15
0,1 ml 0,90 ml 1 ml 0,35
0,1
0
0 2 4 6 8 10 12
microgramas de proteína
6
0,3 1
(linha contínua)
0,8
abs 420nm
0,2 [NaCl]
0,6
(M)
0,4 (linha
0,1
0,2 tracejada)
0 0
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
tubos tampão pH 9
0,3 1
(linha contínua)
0,8
abs 420nm
0,2 [NaCl]
0,6
(M)
0,4 (linha
0,1
tracejada)
0,2
0 0
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
tubos
tampão pH 8
0,3 1
0,8
(linha contínua)
abs 420nm
0,2 [NaCl]
0,6
(M)
0,4 (linha
0,1 tracejada)
0,2
0 0
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
tubos
tampão pH 6
7. Para obter um emprego de bioquímico, solicita-se que você assista a um vídeo que
mostra um colega purificando a citrato sintase a partir de coração de boi. Em
determinados passos do protocolo (descrito abaixo) o entrevistador para o vídeo e lhe
coloca questões. Responda as questões formuladas em “itálico”.
7
suspendê-lo em sacarose 0,2 M a pH 7,2? O que ocorre com o tecido quando é
homogenizado?
d) Essas são então lisadas osmóticamente. O lisado que é menos denso que o
homogenado, mais ainda opaco, consiste principalmente de membranas mitocôndriais
e conteúdo mitocôndrial interno. Qual a finalidde da lise?
Após cada passo os tubos que continham a atividade de celulase foram reunidos. Para
esse material foi calculada a atividade enzimática total de celulase e também a
quantidade de proteína. A tabela abaixo resume estes resultados.
8
Passo Atividade de Atividade de Proteína total Proteína total
celulase aplicada celulase recuperada aplicada recuperada
(U) (U) (mg) (mg)
Troca iônica 500 100 1.0 0.05
Filtração em gel 100 80 0.05 0.02
Após cada cromatografia os tubos que continham atividade de celulase também foram
reunidos e analisados por SDS-PAGE. Os resultados são mostrados na Figura abaixo.
M T F P kDa
Início
45
31
23
14
Fim
Figura. SDS-PAGE dos materiais recolhidos ao longo da marcha de purificação. M –
meio de cultura; T – material recuperado após cromatografia de troca aniônica. F –
material recuperado após cromatografia de filtração em gel; P – padrões de peso
molecular.
9
9. O gráfico abaixo representa a atividade enzimática de alfa-glicosidase eluída em
uma cromatografia de troca iônica em coluna DEAE-celulose. Sabendo que o ponto
isoelétrico (pI) desta enzima é 7,0 e que esta cromatografia foi feita em tampão pH 8,
construa um esboço do gráfico esperado para cromatografias realizadas em pH 9,0 e
pH 4,0. Estes esboços devem indicar o ponto de eluição da atividade enzimática em
relação ao gradiente de NaCl.
0,2 [NaCl]
0,6
(M)
0,4 (linha
0,1
tracejada)
0,2
0 0
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
tubos
tampão pH 8
10. Um dos objetivos do curso é que você seja capaz de planejar, executar e analisar
resultados obtidos durante um processo de purificação de proteínas. Para esta
finalidade existem programas de simulação que ajudam a visualizar as diferentes
etapas envolvidas durante esse processo.
Acesse o programa gratuito: Protein lab by Andrew G Booth is available from:
http://www.agbooth.com/pp_java/.
Siga o tutorial: http://www.agbooth.com/pp_tut_online/Protein1.html
Execute o exercício de 1 até 6.
A familiarização com o software ajudará a compreender os fundamentos envolvidos
nas etapas de purificação de proteínas utilizando diferentes tipos de cromatografias.
11. Um bioquímico recebeu uma amostra para análise. Nela, havia diversas proteínas
que precisavam ser separadas umas das outras. Numa primeira etapa, o bioquímico
utilizou uma coluna de gel filtração recomendada para proteínas de alto peso
molecular (>60 kDa) e obteve o seguinte perfil de eluição:
Usando essa mesma coluna de gel filtração, nas mesmas condições da corrida
anterior, o bioquímico analisou os padrões de peso molecular, obtendo os seguintes
resultados:
10
Padrão Vol. Eluição (ml)
Proteína padrão de 2.000 kDa 7.53
Proteína padrão de 250 kDa 9.38
Proteína padrão de 170 kDa 10.46
Proteína padrão de 65 kDa 13.70
Proteína padrão de 24 kDa 16.22
Volume total da coluna = 25 ml
11
O bioquímico deu-se então por satisfeito e escreveu o seu relatório final.
b) Qual o peso molecular de cada uma delas? Quais continham mais de uma sub-
unidade e qual o peso molecular de cada cadeia proteica?
12
1. Pesar 10 mg de um dipeptídeo, 1mg de fenilalanina, 1 mg de ácido aspártico e 1 mg
de glicina
2. Colocá-los em tubos separados com tampa de rosca e seguir os passos abaixo para
cada um destes tubos.
3. Adicionar ao tubo 0,75 mL de bicarbonato de sódio.
4. Adicionar ao tubo 0,5 mL de DNF (dinitrofluorobenzeno) preparado em etanol.
5. Fechar o tubo.
6. Transferir o tubo para um banho a 30oC.
7. Incubar o tubo por 3h.
8. Retirar o tubo após esse período.
9. Resfriar o tubo.
10. Acidificar o meio com duas gotas de ácido clorídrico 6M.
11. Transferir o tubo para um concentrador a vácuo
12. Incubar o tubo por 15 min para secar o etanol.
13. Retirar o tubo após esse período.
14. Adicionar ao tubo 1 mL de ácido clorídrico 6M.
15. Transferir o tubo para um bloco térmico (115° C).
16. Incubar o tubo por 3h.
17. Retirar o tubo após esse período.
18. Resfriar o tubo em temperatura ambiente.
19. Retirar 20 μL e transferir para um tubo de ensaio.
20. Transferir o tubo de ensaio para um concentrador a vácuo.
21. Aguardar a amostra secar completamente.
22. Retirar o tubo após esse período.
23. Resfriar o tubo.
24. Adicionar 20 μL de etanol ao tubo.
Responda:
a) O protocolo acima foi realizado com o objetivo de obter qual informação a respeito
do dipeptídeo?
13
b) identifique o material (tipo de aminoácido) presente nas amostras 2, 3 e 4. Justifique
sua resposta.
c) identifique as “manchas” indicadas com as setas no material 1. Justifique sua
resposta.
d) Caso os passos 14 a 22 fossem omitidos do protocolo acima, qual das bandas
(manchas) do material 1 teria uma migração diferente? Justifique a resposta.
16. Tecido embrionário de fígado contém uma enzima que catalisa a reação
S P. Tecido de fígado adulto também apresenta a atividade S P. Alguns
dados cinéticos obtidos com extratos dos dois tecidos são apresentados abaixo. Que
conclusões você pode tirar com relação à identidade das duas enzimas?
14
1,67 x 10-4 7,15 15,4
2,0 x 10-4 8,00 16,0
3,0 x 10-4 10,00 17,1
17. Durante danos consideráveis do fígado, uma enzima (E1 do Problema 18) é
liberada na corrente sanguínea. Após exercícios intensos, uma enzima de músculo,
E3, que catalisa a mesma reação, é liberada na corrente sanguínea. E1 e E3 podem
ser diferenciadas facilmente porque apresentam diferentes valores de Km (A Km da
enzima de músculo é 2 x 10-5 M) Uma determinação com uma amostra de sangue de
um paciente apresentou os resultados dados na tabela abaixo. O paciente sofre de
uma doença do fígado, ou simplesmente tem se exercitado violentamente? (O
paciente chegou inconsciente no hospital, de modo que você não pode fazer a ele
nenhuma pergunta).
18. Os dados cinéticos abaixo foram obtidos para diferentes inibidores de uma enzima.
Determine a natureza de cada inibidor e calcule o Ki.
19. Problemas para o laboratório de informática. Espera-se que você já tenha alguma
familiaridade com o programa Protein lab by Andrew G Booth. Se ainda não tiver,
familiarize-se.
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P1: P2: P3:
1086.555 979.473 768.398
1271.656 1018.485 948.578
1378.833 1180.651 1140.641
1502.662 1424.768 1253.619
1606.651 1581.810 1381.717
1853.952 1709.902 1762.906
1885.009 2112.902 1940.027
1937.005 2198.207 2038.923
1982.042 2253.143 2068.119
2110.130 2443.250
2191.131 2584.143
2852.445
16