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Licenciatura em Biologia

Ano Letivo de 2021-22

Genética
Bases celulares e moleculares de hereditariedade

Amélia Fonseca (Professora Auxiliar - DB - FCT)


GENÉTICA: Bases celulares e moleculares de hereditariedade

DNA - ácido desoxirribonucleico

Reconhecimento do DNA como material genético.


Os Genes são constituídos por DNA.

O DNA é o material genético


mais comummente encontrado
em todos os seres vivos

Em algumas espécies (tipos de


vírus) é encontrado: RNA - Ácido
ribonucleico
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No entanto: Mesmo nas espécies onde o DNA é a principal molécula informacional, ele
não é a única molécula transmissora da informação …

A transcrição dos primeiros genes, nas fases iniciais do desenvolvimento de um ser


pluricelular, também depende da presença de moléculas reguladoras, localizadas no
citoplasma...

O conceito de molécula informacional contempla também outras moléculas que


desempenham funções importantes no desenvolvimento precoce das espécies em que
ocorrem.
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Capacidades do DNA

Molécula informacional

Transporta informação

Duplica corretamente a informação

Controla a Hereditariedade: Células filhas têm o mesmo conjunto de instruções


genéticas da célula-mãe (Divisão celular)

Sofre variação (Mutação)


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Estrutura do DNA

O DNA é um polímero de duas cadeias


longas helicoidais constituído por
unidades repetitivas (nucleótidos) =
Cadeia Polinucleotídica

As 2 cadeias estão enroladas ao longo


de um mesmo eixo, formando uma dupla
hélice de sentido rotacional à direita

DNA = Cadeia dupla hélice


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Os nucleótidos são as unidades estruturais de repetição do DNA

Cada nucleótido:

1 base azotada

1 molécula de açúcar

1 molécula de fosfato

Cada nucleótido contém uma das quatro bases nitrogenadas constituintes do DNA:
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Estrutura química das bases nitrogenadas:

Purinas (Bases Púricas) Pirimidinas (Bases pirimídicas)

Adenina (A) Guanina (G) Timina (T) Citosina (C)

Anel duplo Anel simples

Bases azotadas (A,T,C ou G) ligam-se à pentose.


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Cada uma destas bases está em ligação com mais duas moléculas: a molécula de açúcar
Desoxirribose (C5H10O4) ou Ribose (C5H10O5) e o grupo de fosfato (H3PO4O)
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Nucleósido Nucleótido

Nucleósido: base + açúcar


Nucleótido: base + açúcar (Nucleósido) + fosfato
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Estrutura do DNA: as ligações

Nucleótidos estão ligados de modo a formar uma cadeia polinucleotídica


A ligação entre a base nitrogenada e a pentose:

É feita covalentemente através de uma ligação N-


glicosídica com o hidroxilo ligada ao C-1 da
pentose

A ligação entre o grupo fosfato e a pentose:

É feita através de uma ligação fosfoéster com o


hidroxilo ligada ao C-5 da pentose
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Para a formação da molécula de DNA é necessário que ocorra a ligação entre os


nucleótidos (cadeia em hélice).

Os nucleótidos estão ligados covalentemente por ligações fosfodiéster formando


entre si pontes de fosfato.

O grupo hidroxilo do C-3 da pentose do


primeiro nucleótido está ligado ao grupo
fosfato, que por sua vez está ligado ao
hidroxilo do C-5 da pentose do segundo
Ligação
nucleótido através de uma ligação fosfodiéster
fosfodiéster
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A cadeia de DNA fica com uma direção determinada, isto


é, numa extremidade tem livre o hidroxilo do C-5 (5’-P) da
primeira pentose e na outra extremidade tem livre o
hidroxilo do C-3 (3’-OH) da última pentose: direção 5’ – 3’
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A orientação 5’-3’ destas ligações determina que o


crescimento do DNA se faça na direção 5’ para 3’.

Como a cadeia de DNA é dupla, assimetria das


terminações das cadeias implica que cada cadeia
tenha uma polaridade determinada: (5’ – 3’) (3’ – 5’)

Nucleótidos têm polaridade

5’ 3’ Cadeia “Sense”

3’ 5’ Cadeia “Antisense”
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Cadeia “sense”

Cadeia do DNA que num gene apresenta a mesma


sequência de nucleótidos do mRNA (= Sequência
codificadora)

Cadeias de DNA são:


Complementares
Antiparalelas (1 hemicadeia é 5’-3’ e a outra hemicadeia é 3’-5’)

5’-AATCGG-3’

3’-TTAGCC-5’

Uma das cadeias tem a direção exata da sua síntese (5’-3’) enquanto a outra está
invertida (3’-5’)
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Numa cadeia de dupla hélice de DNA o número de Adeninas é sempre = ao de


Timinas e o número de Guaninas é sempre = ao de Citosinas (Regras de Chargaff)

Proporção AT/GC é variável para espécies diferentes


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Entre as 2 cadeias que formam a dupla


hélice de DNA são estabelecidas pontes de
ligação - Pontes de hidrogénio:

A-T: 2 pontes de hidrogénio

G-C: 3 pontes de hidrogénio

Fragmentos com maior nº de pares G-C


são mais estáveis

%GC é diferente entre espécies, mas


constante dentro de uma mesma espécie e
em todas as células de mesmo organismo.
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Emparelhamento dos nucleótidos


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Composição dos pares de bases em cadeias complementares

Rico em AT Rico em GC
5’ 3’

3’ 5’

1bp Regras de Chargaff:

A=T e G=C

Purinas [A] + [G] = Pirimidinas [T] + [C]


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Com base na estrutura de dupla hélice do DNA e


nas características de hidrofobicidade das
moléculas, a estrutura do DNA fica com a seguinte
forma:

O grupo fosfato e o açúcar (parte


hidrofílica) estão localizados na
parte externa da molécula.

As bases nitrogenadas (parte


hidrofóbica) estão localizadas na
parte interna da molécula.
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A dupla hélice é mantida unida por duas forças:

 Por pontes de hidrogénio formadas entre as bases complementares

 Por interações hidrofóbicas, que forçam as bases a se "esconderem" dentro da


dupla hélice.
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 Estrutura tridimensional mostra que existem duas formas


da cadeia de DNA com a hélice de sentido rotacional para a
direita: A-DNA e B-DNA, e uma forma com o sentido de
rotação para a esquerda: Z-DNA.

 A diferença entre as duas formas que giram para a direita


está na distância necessária para fazer uma volta completa da
hélice e no ângulo que as bases fazem com o eixo da hélice.

A-DNA B-DNA Z-DNA


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B-DNA: Tem a dupla hélice mais longa e mais fina. Para completar uma volta na
hélice são necessários 11 pares de bases (enrolamento 34o para direita).

A-DNA: Tem a dupla hélice mais curta e mais grossa. Para completar uma volta na
hélice são necessários 10 pares de bases.
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 Em solução normal a dupla hélice assume a conformação B-DNA.

 Quando há pouca água disponível para interagir com a dupla hélice, o DNA assume
a conformação A-DNA.

 Z-DNA: Tem a dupla hélice mais alongada e mais fina do que o B-DNA. Para
completar uma volta na hélice são necessários 12 pares de bases. Em solução com
altas concentrações de sais, o DNA assume a conformação Z-DNA.

O DNA é uma molécula dinâmica, constantemente em movimento.


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Estrutura do DNA:

Embora exista apenas 4 tipos de nucleótidos…

a) Cada um pode estar presente um número muito variável de vezes…

5’-…..ATGGTGCACCTGACTCCTGAGGAGAAGTCT…..-3’

b) Ordenados (em sequência) de diferentes modos…

Grande diversidade da molécula de DNA

(cada indivíduo tem o seu próprio DNA!)


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Replicação do DNA

Fundamental para vida ao permitir a duplicação do


informação genética (genoma).

Complementaridade do emparelhamento das bases


(A-T) (C-G) é fundamental no processo. Antiga

O processo de auto duplicação do material genético é


também semi-conservativa.

Nova
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Cada uma das hemi-cadeias da cadeia dupla de DNA serve de molde para síntese de
novas cadeias de DNA

O resultado final da replicação é a obtenção de 2 cópias de sequências idênticas:

5’-ACGCTTGC-3’
3’-TGCGAACG-5’

5’-ACGCTTGC-3’ 3’-TGCGAACG-5’ (template)


3’-TGCGAACG-5’ 5’-ACGCTTGC-3’

A função primária da replicação é duplicar a sequência de


nucleótidos da molécula parental
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“Bolha de replicação” é o local da molécula de DNA onde se dá a replicação.

A região onde se inicia a replicação designa-se de “Forquilha de Replicação”.

Uma "bolha" de replicação pode ter uma ou duas


forquilhas.

Se tiver apenas uma forquilha a replicação é


unidirecional

Se tiver duas forquilhas a replicação é bidirecional


(seres eucariontes).
GENÉTICA: Bases celulares e moleculares de hereditariedade

Replicação bidirecional

(duas forquilhas que se movimentam em sentidos opostos)

Cada “forquilha de replicação” movimenta-se a uma taxa aproximadamente 10-100


nucleótidos por segundo.

A replicação do DNA em cada cromossoma: 15-30 minutos.

A replicação completa de todos os cromossomas: 5-10 horas.

A replicação do DNA é mais rápida nos Procariontes do que nos Eucariontes.


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Replicação bidirecional Forquilhas de replicação

Bolha de replicação
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Fases da Replicação do DNA

Fase 1. Atuação da enzima helicase permite


“desenrolar” a dupla hélice para a separação das 2
cadeias, quebrando as ligações de pontes de
hidrogénio.

A helicase liga-se à dupla hélice de DNA e vai


criando DNA de cadeia simples de modo a ser
utilizado como molde (template).

Separa a dupla hélice de DNA a partir da “forquilha


de replicação”.
GENÉTICA: Bases celulares e moleculares de hereditariedade

Fase 1. Inicia-se em regiões ricas em A-T

Fase 2. Afastamento das cadeias de DNA origina “bolhas de replicação” em diversos


pontos da dupla hélice de DNA.
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Moléculas intervenientes no processo de replicação do DNA:

“Single-strand bind” ou “proteína de ligação ao


DNA” (SSB) – são proteínas que estabilizam as
cadeias simples de DNA, para que estas sirvam de
molde à replicação impedindo que as bases voltem
a formar as pontes de hidrogénio,

DNA Girase (Topoisomerases) – são enzimas que


quebram as cadeias duplas do DNA de forma aliviar
a pressão exercida pelo desenrolar da dupla hélice
– são importantes porque controlam o super-
enrolamento do DNA.
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Fases da Replicação do DNA

A iniciação da replicação necessita da presença


de um primer.

Fase 3. A enzima Primase produz o primer


(pequena sequência de RNA complementar às
sequências das duas cadeias de DNA a serem
replicadas).

Primer é uma sequência iniciadora com a


terminação 3’-OH livre.
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Fase 4. Ação da DNA polimerase III: inicia a replicação das cadeias originárias de DNA
a partir da sequência do primer (RNA).

Todas as enzimas da DNA polimerase promovem o crescimento da cadeia que está a


ser copiada sempre (pelo alongamento do primer) na direção 5’-3’.

Estas enzimas só catalisam a reação de extensão na terminação livre 3’-OH pela


adição de novos nucleótidos.
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É necessário um grupo hidroxilo (OH)


na posição 3’ do primer para a adição
dos nucleótidos.

Ambas as cadeias são replicadas a partir da


“forquilha de replicação”.
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a) A cadeia nova que tem como molde a cadeia


a)
original 3’-5’, a sua síntese é sempre em
contínuo com orientação 5’-3’

b) A cadeia nova que tem como molde a


cadeia original 5’-3’, a sua síntese é iniciada
b)
mais tardiamente em sentido oposto e em
descontínuo, para poder ficar com orientação
5’-3’
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Na replicação do DNA existem 2 tipos de cadeias em formação:

“Leading” strand - cadeia que é sintetizado continuamente

“Lagging” strand - cadeia que é sintetizado em segmentos curtos, descontínuos na


direção oposta = fragmentos de Okazaki (Tsuneko Okazaki)
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Os fragmentos Okazaki são posteriormente unidos para formar uma cadeia contínua
de DNA. Os espaços deixados na cadeia “lagging” são fechados pela enzima DNA
ligase.

A DNA ligase promove o estabelecimento de ligações fosfodiéster entre o grupo 5’-P


da extremidade de um nucleótido e um grupo 3’-OH do nucleótido adjacente.
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Síntese da cadeia Lagging:

Os fragmentos da cadeia “lagging” sintetizados


não podem conter sequências de RNA:

- substituição do primer de RNA por uma


sequência de DNA - DNA polimerase I

- união dos fragmentos - DNA ligase


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DNA polimerase I:

Remove e substitui os primers de RNA, descola-se ao longo da cadeia de DNA e


substitui cada ribonucleótido por um desoxirribonucleótido - atividade exonuclease
5’-3’

DNA ligase junta covalentemente os fragmentos adjacentes pelas terminações 3’-


OH e 5’-P

Através da atividade exonucleásica de 3’-5’ retira os nucleótidos de DNA que


possam estar errados

É a mais abundante na célula.


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DNA polimerase III (ou holoenzima):

Forma os fragmentos de Okazaki

Possui atividade polimerásica e exonucleásica

Ocorre em baixa concentração na célula

Faz parte de um grande complexo enzimático constituído por várias subunidades:

- Subunidade a: ação polimerásica

- Subunidade b: liga a DNA polimerase III ao molde do primer e este processo requer
a hidrólise de ATP

- Subunidade e: ação exonucleásica de 3’-5’


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Resume da replicação do DNA

1. Iniciação - a síntese do DNA inicia-se com uma pequena molécula de RNA


designada primer complementar que se liga ao DNA molde.

2. Extensão – os nucleótidos são adicionados à terminação 3’ do primer e a extensão


das cadeias dá-se unicamente na direção do desenrolamento da cadeia de DNA.

3. Correção de erros de incorporação - a especificidade molecular do


emparelhamento de bases não é perfeita. Em média, um nucleótido errado é
incorporado a uma taxa de 10-5/ nucleótido/replicação.

Grande maioria dos erros de incorporação são corrigidos imediatamente à sua


ocorrência: Mecanismos de reparação de DNA.
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Transcrição

A transcrição do DNA é o processo pelo qual a célula sintetiza RNA a partir de um


molde de DNA

A transcrição do DNA é feita de um modo complementar, como a replicação do DNA

A conversão da informação genética a partir do DNA para as proteínas é


assegurada pelo RNA (Tradução)
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A codificação do DNA a proteína não é direta mas indireta

Informação perpetuada pela replicação é depois transcrita e traduzida e proteínas

DNA mRNA Proteína

TRANSCRIÇÃO TRADUÇÃO

Gera uma cadeia de Converte a sequência


RNA com sequência nucleotídica do RNA na
idêntica à da cadeia sequência de aa que
“sense” formam uma proteína
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Dogma Central da Genética


Molecular
GENÉTICA: Bases celulares e moleculares de hereditariedade

Há uma relação entre a sequência de nucleótidos da cadeia dupla de DNA e a


sequência de aminoácidos da proteína correspondente.

Monómeros de DNA Monómeros das


Proteínas

Nucleótidos Aminoácidos
(A, T, C, G) (aa)

Sequência dos nucleótidos Ordem dos aa na proteína confere


confere especificidade à estrutura tridimensional e atividade
molécula de DNA bioquímica específica
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As diferenças químicas entre


a estrutura do RNA e DNA:

Cadeia simples
Açúcar = Ribose
4 bases nitrogenadas:
uracilo em vez de timina
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Três classes de RNA envolvidas na síntese proteica:

mRNA (RNA mensageiro) - 5% do RNA celular

Dirige a síntese proteica (transporta a informação genética do DNA) e é utilizado como


molde na síntese proteica

rRNA (RNA ribossómico) - 80% do RNA celular

Constituinte dos ribossomas (onde se dá a síntese proteica)

tRNA (RNA de transferência) - 15% do RNA celular

Transporta os aa durante a síntese proteica (reconhece os tripletos do mRNA), cada


tRNA participa na Tradução, como há 22 tRNA diferentes e apenas 20 aa, alguns aa
correspondem a mais do que 1 tRNA.
GENÉTICA: Bases celulares e moleculares de hereditariedade

Transcrição

Há 20 aminoácidos diferentes, mas só 4 nucleótidos para codificar os 20 aa


(combinações 3 nucleótidos = tripleto = 1 aa)

Ex:

AUG = Met (Metionina)

UCC = Ser (Serina)

GCG = Ala (Alanina)

Há 43 (64) possibilidades de combinações de 3 nucleótidos

Mas só há 20 aa, muitas destas combinações especificam o mesmo aminoácido (código


genético é degenerado ou redundante)
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Código genético
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Transcrição: passos básicos dados pela RNA polimerase

 Iniciação: a RNA polimerase analisa o DNA à procura do local de iniciação (região


promotora) – Reconhecimento do promotor

 Desnaturação: desenrolamento da dupla hélice de DNA

 Alongamento ou extensão: seleção de ribonucleótidos complementares aos


nucleótidos do DNA molde e catálise das ligações fosfodiéster

 Terminação: deteção do sinal de terminação que especifica o local de finalização da


transcrição.
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Transcrição do DNA

RNA tem como molde a cadeia “anti-sense” (3’-5’ do DNA)*

Molécula de RNA “single-stranded” resultante tem uma sequência idêntica à cadeia


“sense”, com exceção da substituição de T por U

sense 5’-AATCGGAAATTT-3’
DNA
Anti-sense 3’-TTAGCCTTTAAA-5’

5’-AAUCGGAAAUUU-3’ RNA

* Estima-se que 8% dos genes possam ser transcritos de ambas as cadeias, numa
situação de regulação da expressão génica - “RNA interference”
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Uma região promotora rica em bases adenina e timina – sequência TATAAT (“TATA
box”) cuja a função é determinar o local preciso do início da transcrição

Outras regiões apresentam um conjunto de sequências designadas de elementos


promotores a montante – UPEs (“Upstream promoter elements”)

A função dos UPEs é controlar a velocidade de transcrição, regulando a frequência da


sua iniciação

A força do promotor da transcrição é determinada pelo número e pelo tipo de UPEs.


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A região promotora contém 3 elementos comuns:

TATA box ~ 30 nucleótidos acima do local de transcrição

CAAT box ~ 75 nucleótidos acima do local de transcrição

GC box ~ 90 nucleótidos acima do local de transcrição

Constituem os UPEs (“Upstream promoter


elements”)

Nota: TATA box nos procariontes está -10


pares de bases acima do local de transcrição.
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O TATA box é um dos principais


promotores eucarióticos e dos
procarióticos, específico para o
início da transcrição da grande
maioria dos genes.
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Constituintes básicos necessários para a síntese do mRNA

RNA polimerase II é composta por 12 subunidades


Fatores de transcrição da RNA polimerase II = TFII (necessários para ligação da RNA
polimerase ao promotor):
TFIIA
TFIIB
TFIID: complexo proteico que inclui a TBP (TATA-box-binding protein) e proteínas
“associated factors” (TAFs)
TFIIE
TFIIF
TFIIH: com uma atividade de helicase dependente de ATP.
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Funcionamento da Transcrição nos eucariotas:

1. Ligação da TFIID à TATA- box da região


promotor. Esta ligação causa distorção na
conformação do DNA.

Pela ação dos TFII, a cadeia de DNA que


serve molde (template) fica acessível à
transcrição.
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2. TFIIA liga-se ao TFIID

TFIIA - interage principalmente


com as proteínas do conjunto.
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1. Ligação da TFIID (TBP) à TATA-box

2. TFIIA liga-se ao TFIID

3. Ligação do TFIIB

4. Ligação do TFIIF

5. Ligação da RNA polimerase II, seguida do TFIIE

6. Ligação do TFIIH com atividade de helicase


possibilita o desenrolamento da cadeia de DNA e
fosforilação da RNA polimerase II.
H
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Após a ligação do TFIIH, a RNA polimerase II pode ser libertada dos fatores de
transcrição, o que permite o alongamento da cadeia de RNA.

A “bolha” do DNA é uma


característica essencial do processo
de transcrição.
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Resumo do processo de transcrição do


mRNA.

Sítio de iniciação da transcrição: +1


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1. Reconhecimento da região promotora

2. Iniciação da cadeia: A RNA polimerase II inicia a síntese de RNA no local de transcrição


(+1). O primeiro nucleótido é colocado nesse local e a síntese dá-se direção 5’-3’.

3. Alongamento da cadeia: novos nucleótidos são adicionadas para o crescimento da


cadeia de RNA e só uma das cadeias de DNA é transcrita (Cadeia anti-sense 3’-5’).

4. Terminação da cadeia: libertação da cadeia recém sintetizada de hnRNA e da RNA


polimerase II. Há dois tipos de terminação:

a) a presença na cadeia molde de DNA de uma sequência de nucleótidos repetitiva

b) a presença de uma proteína de terminação


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O mais comum é o primeiro tipo de


terminação a)

A transcrição para quando a RNA


polimerase encontra na cadeia de DNA
que é transcrita:

uma sequência de nucleótidos


disponíveis para formar uma alça

repetição da mesma base no final da


alça (U)
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O RNA nas células eucariotas é sintetizado por 3 tipos diferentes de RNA polimerase:

RNA polimerase I transcreve os genes do rRNA


RNA polimerase II transcreve hnRNA
RNA polimerase III transcreve os genes do tRNA, RNA nuclear, RNA citoplasmático
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Processamento do mRNA
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3’- -5’ DNA

5’- -3’ RNA transcrito primário = hnRNA

Processamento das extremidades

Maturação

5’- -3’

mRNA maduro
RNA mensageiro = mRNA
(funcional)
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Processamento do mRNA eucariótico (ocorre no interior do núcleo)

 A conversão do transcrito primário hnRNA em mRNA processa-se em 3 fases:

1- extensão da terminação 3’

2- modificação da terminação 5’

3- excisão de sequências sem tradução (intrões) dentro das sequências


codificantes (exões)
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Extremidade 3’ = Cauda Poli-A

Modificada pela adição da sequência poli-adenilado (Poli-A) de 150-200 nucleótidos

Serve para estabilizar o mRNA, protegendo-o da degradação enzimática


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Extremidade 5’ = Formação de um “Cap” de 7-metilguanosina

Alterada pela adição de guanosina modificada (7-metilguanosina) numa ligação


pouco comum 5’-5’ = Cap

Serve para estabilizar o mRNA, protegendo a extremidade 5’ da ação de nucleases e


fosfatases

Permitir a saída do mRNA do núcleo

Promover a ligação entre o mRNA e o ribossoma


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Adição da Cauda poli A


à terminação 3’

mRNA percursor poli-adenilato


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Excisão de sequências sem tradução

Os genes nos eucariontes são compostos por: Exões e Intrões

A RNA polimerase II sintetiza a partir do DNA, uma molécula de RNA denominada


RNA heterogéneo nuclear (hnRNA) = transcrito primário

O hnRNA contém intrões e exões

Durante o processamento do hnRNA, os intrões são removidos no núcleo originando


um mRNA funcional (mecanismo de “splicing”)

O splicing ocorre dentro do núcleo


Genética: Bases celulares e moleculares de hereditariedade

Bibliografia de apoio:

Hartl D. & Jones E. W., 2009. Genetics. Analysis of genes and genomes, 9ª ed., Jones
and Bartlett Publishers, Boston. (SD 575 H264g)

Klug W.S., Cummings M.R., Spencer C.A. & Palladino M.A. 2009. Concepts of Genetics,
9ª ed., Pearson Benjamin Cummings, San Francisco. (SD 575 C745)

www.FreeScienceLectures.com

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