BIOQUÍMICA

Enzimas

Bioquímica
2023
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Aminoácidos ligados entre si formam peptídeos ou proteínas

Classificação baseada no tamanho:

Peptídeo: até 50 aminoácidos
Proteína: mais de 50 aminoácidos
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Ligação covalente
entre aminoácidos

 Catalizada pelo ribossomo

 Ribozima (enzima de RNA)

 Reação de condensação
 Liberação de H2O
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Há 160.000 peptídeos possíveis

formados pela combinação de
quatro aminoácidos

Combinações da mega-sena:
~50 milhões

Peptídeos de 9 aa:
512 milhões

Não polar Negativo Não polar Fracament

e Polar
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Quatro níveis de
organização

 Estrutura primária
Ordem dos aminoácidos

 Estrutura secundária
Arranjos estáveis entre aminoácidos próximos

 Estrutura terciária
Aspecto tridimensional de um polipeptídeo

 Estrutura quartenária
Arranjos de cadeias peptídicas em proteínas
com múltiplas subunidades
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Múltiplas interações fracas

contribuem para o
enovelamento da proteína

1. Ligações de
hidrogênio

2. Forças
hidrofóbicas

3. Ligações dissulfeto

4. Forças
eletrostáticas
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Fatores que podem causar desnaturação

1. Aumento de temperatura

2. Variações de pH

3. Presença de detergentes

4. Presença de substâncias orgânicas Perda de atividade

biológica
5. Presença de sais
Enzimas

Enzimas
Catalizadores biológicos que
aceleram reações químicas
 Enzimas

A quebra de açúcar em CO2 e H2O é um processo espontâneo...

CO2

H 2O
enzimas

Porém, não é instantâneo...

Sem a catálise, reações químicas como a oxidação do açúcar não

ocorreriam em uma escala de tempo biologicamente útil
 Transformações químicas

Via metabólica
Reação I Reação II Reação III Reação IV

A B C D E

S Enzima
P
Substrato Produto
 Enzimas

Propriedades das enzimas

 Não participam da reação química (não são consumidas)

 Diminuem a energia de ativação da reação
 Aumentam a velocidade da reação
 Alta especificidade
 Podem precisar de cofatores
 Podem ser reguladas
 Enzimas

Reação química hipotética

Para uma reação acontecer, os reagentes precisam:

1) Se encontrar
2) Estar na orientação correta
3) Colidir com força suficiente para a ligação ocorrer
Enzimas

Enzimas garantem a aproximação dos reagentes na orientação e distância correta,

fornecem os arredores necessários para a reação ocorrer, além de imobilizar as
moléculas envolvidas em posições favoráveis

Produto
Substratos

Enzima
Enzimas

Enzimas aceleram a velocidade de reações químicas

Enzimas

Redução da energia de ativação

Enzimas diminuem a barreira energética para que uma reação ocorra

Estágio de transição
(ponto mais alto)
Enzimas

Pergunta
A enzima modifica o ΔG da reação?

Não! Apenas diminui a energia de

ativação para que ela ocorra
Enzimas

Complexo Complexo
enzima+substrato enzima+produtos Produtos

A enzima não é consumida no processo e pode ser reutilizada

 Enzimas

Tipos de reações
enzimáticas

A B
A B +
Um substrato – um produto C
Um substrato – Múltiplos produtos

A + B C A + B C + D
Múltiplos substratos – um produto Múltiplos substratos – múltiplos produtos
 Enzimas – ligação ao substrato

Ligação de uma enzima a seu substrato:

estrutura tridimensional é determinante
 Enzimas – ligação ao substrato

Diferentes tipos de interações

moleculares determinam a ligação do
substrato ao sítio ativo da enzima
 Interações hidrofóbicas
 Interações eletroestáticas
 Pontes de hidrogênio
 Enzimas – ligação ao substrato

Os mesmos tipos de interações não covalentes que determinam o

enovelamento das proteínas participam na ligação a substratos
 Enzimas – ligação ao substrato

Especificidade de substratos
Pequenas modificações podem impedir (ou não) a ligação de uma molécula ao sítio ativo

Não podem ser

substratos pois não
encaixam no sítio ativo

Pode ser substrato pois

alteração não interfere na
ligação ao sítio ativo
 Enzimas – ligação ao substrato

Dois modelos de ligação de enzimas a substratos

 Modelo chave-fechadura
 Modelo de ajuste induzido

Modelo chave-fechadura
O substrato se encaixa perfeitamente no sítio ativo
Formas complementares
 Enzimas – ligação ao substrato

Dois modelos de ligação de enzimas a substratos

 Modelo chave-fechadura
 Modelo de ajuste induzido

Modelo do ajuste induzido

Inicialmente, o substrato não se encaixa perfeitamente
Enzima sofre uma mudança conformacional para acomodar o substrato
 Enzimas – ligação ao substrato

Modelo chave-fechadura Modelo do ajuste induzido

O sítio ativo é complementar à O sítio ativo se torna complementar à

forma do substrato forma do substrato apenas após a
ligação do mesmo
 Enzimas – ligação ao substrato

Enzimas reconhecem enantiômeros específicos :

Estereoespecificidade

Luvas podem ser específicas Enzimas podem ser específicas

para uma mão: para um enantiômero
Quiralidade Experimente vestir a luva
esquerda na mão direita
 Enzimas – ligação ao substrato

Enzimas podem ter diferentes graus de especificidade geométrica:

Habilidade da enzima “escolher” um substrato dentre várias moléculas
estruturalmente similares

 Algumas enzimas são absolutamente

específicas para apenas um substrato

 Outras podem catalizar reações utilizando

substratos estruturalmente similares, porém
com diferentes eficiências

 Por exemplo, álcool desidrogenase pode

oxidar etanol, metanol ou isopropanol
 Enzimas – ligação ao substrato

Representação de ligação entre enzima e substrato

Hexoquinase
cataliza a fosforilação de uma hexose

Conceitos importantes
 Substratos
 Sítio ativo
 Conformação induzida
 Produtos

Cartoon Estrutura molecular

 Enzimas – nomenclatura

Normalmente, adiciona-se o sufixo ase ao

nome do substrato ou à atividade realizada

 Urease: quebra ureia Celulase?

 Protease: quebra proteína Quitinase?
Fosfatase
 RNAse: quebra RNA
? Lipase?
 DNA-polimerase: polimeriza DNA
ATP sintase?

Ribulose 1,5-bisfosfato carboxilase/oxigenase?

 O que são enzimas?

Toda proteína é uma enzima?

Não!

Toda enzima é uma proteína?

Não, algumas enzimas são formadas por RNA

Ribozimas

A maioria das enzimas são proteínas

Ribossomo é uma ribozima
 O que são enzimas?

Ribozimas

Processamento de RNA por uma ribozima

RNA world hypothesis: Vida se originou a partir de moléculas de RNA

Proteínas como enzimas teriam evoluido posteriormente
 Catálise enzimática

Enzima podem ser categorizadas em seis

classes segundo o tipo de reação catalizada
 Catálise enzimática

Transferência de elétrons entre moléculas

Exemplo: Lactato desidrogenase

Transferência de grupos funcionais entre os substratos

Exemplo: Glicoquinase
 Catálise enzimática

Quebra da água e transferência de H+ e OH- para os substratos

Exemplo: Invertase

Quebra ou formação de ligações duplas

Exemplo: fumarase
 Catálise enzimática

Interconversão de isômeros
Exemplo: Triose fosfato isomerase

Ligação de grupos
Exemplo: Piruvato carboxilase
 Cofatores

Enzimas podem precisar de cofatores para

catalizarem certas reações químicas

Tipos de cofatores

Inorgânicos Orgânicos

Ligação transiente Ligação forte

Ex.: NAD+ Ex.: Heme
 Cofatores

Exemplos de cofatores inorgânicos

Íons de Mg2+ no sítio ativo da enolase

 Cofatores

Exemplos de cofatores orgânicos

 Cofatores

Apoenzima: inativa, sem co-fator

Holoenzima: ativa, com co-fator
 Controle das atividades catalíticas

O metabolismo precisa ser Duas maneiras de controlar a

eficientemente
controlado
atividade catalítica
1. Controle da disponibilidade das enzimas
Produção de mais ou menos enzima
através do controle da expressão gênica ou
degradação da enzima (turnover)

2. Controle da atividade enzimática

Modulação da atividade através de
mudanças conformacionais na enzima
Nem todas as reações ocorrem ao
 Regulação alostérica
mesmo tempo ou com a mesma taxa  Modificações covalentes (ex.: fosforilação)
 Controle da atividade enzimática

Regulação alostérica: uma molécula se liga a um local diferente

do sítio ativo para modular a atividade da enzima

 Inibidor se liga ao sítio alostérico

 Envolve alteração conformacional
 Pode resultar em ativação ou inibição
 Controle da atividade enzimática

Qual a relação da regulação alostérica com o controle metabólico?

Exemplo: Síntese de isoleucina

O produto final (isoleucina) inibe a atividade da primeira enzima da via (treonina deaminase)

Quando os níveis de um metabólito são suficientes, sua produção é interrompida

 Efeito do pH

pH

Enzimas diferentes possuem pH ótimo diferentes

Diferentes fatores explicam o efeito
do pH na atividade enzimática
1 – A ligação do substrato à enzima
2 – Atividade catalítica da enzima
3 – A ionização do substrato
4 – A variação da estrutura da
enzima

Em resumo, o pH ótimo reflete

variações no estado de ionização da
enzima e do substrato
Pepsina: estômago
Tripsina: instestino delgado
 Efeito da temperatura

Temperatura

A temperatura ótima das enzimas de um organismo é

próxima à temperatura ótima de crescimento
 Efeito da concentração da enzima

Concentração da enzima

A velocidade da reação é proporcional

à concentração de enzima

Variação linear
 Efeito da concentração do substrato

Concentração do substrato
Por que o gráfico não é uma reta?

O que quer dizer este

ponto de saturação?
 Efeito da concentração do substrato

Se moléculas da enzima estão disponíveis, Se todas as moléculas de enzima já estiverem

o aumento da concentração de substrato ocupadas (saturadas), o aumento da concentração
causará aumento na velocidade da reação de substrato não mudará a velocidade da reação
 Efeito da concentração do substrato
Se moléculas da enzima estão disponíveis,
o aumento da concentração de substrato
causará aumento na velocidade da reação

Se todas as moléculas de enzima já estiverem

ocupadas (saturadas), o aumento da concentração
de substrato não mudará a velocidade da reação
 Efeito da concentração do substrato

A reação enzimática pode ser decomposta em duas partes:

1. Substrato forma um complexo com a enzima
2. O substrato é transformado no produto

k1 k2
E+S ES P+E
k-1
 Efeito da concentração do substrato

Equação de Michaelis-Menten V0: velocidade inicial (mols/s)

[S]: concentração de substrato (molar)
Vmax: velocidade máxima

Km é a concentração de substrato
quando a velocidade da reação é
metade da velocidade máxima
 Efeito da concentração do substrato

O Km reflete a afinidade da enzima pelo substrato...

Quanto maior o Km, menor a “afinidade”

Quanto menor o Km, maior a “afinidade”

... mas não é uma medição direta da mesma

Efeito da concentração do substrato
 Efeito da concentração do substrato

Valores de Km para diferentes substratos

utilizados por uma mesma enzima
 Efeito da concentração do substrato

Determinação da Vmax e do Km

 Concentração da enzima é mantida fixa

 Concentração do substrato é variada
 Formação do produto é medida no início da reação
 Efeito da concentração do substrato

O gráfico de Lineweaver-Burk
(Gráfico duplo recíproco)

Na prática, os dados são transformados para se

obter uma reta: interpretação é mais simples

Plotar 1/v em função de 1/[S]

Reta cruza eixo y em 1/Vmax
Reta cruza eixo x em -1/Km

KM 1
1 = 1+
vo [S]
Vmáx Vmáx
 Constante catalítica

A constante catalítica (Kcat ) equivale ao número de moléculas que um

sítio ativo de uma enzima consegue processar por unidade de tempo

Kcat
 Inibição enzimática

Inibidores são substâncias que interferem na

atividade enzimática

Inibidor
Duas classes de inibidores

Irreversível Reversível

Competitivo Não
competitivo
 Inibição enzimática

Mesmo sítio que substrato Diferente sítio que substrato

 Inibição enzimática

Inibidores irreversíveis inativam a enzima de forma definitiva

Diisopropyl fluorophosphate
Agente nervoso (nerve gas): inibidor da acetilcolinaesterase

Normalmente, o neurotransmissor acetilcolina é degradado após a transmissão do impulso nervoso

A inibição da enzima acetilcolinaesterase faz com que ocorra estímulo nervoso contínuo
Inibição enzimática