1.

Enzimas - Estrutura e ação catalítica das enzimas

As enzimas desempenham a função de catalisar as reações nos organismos e, com

exceção de alguns RNAs (ribozimas), todas as enzimas são proteínas. Estas proteínas apresentam
várias propriedades que as tornam atrativas em processos industriais como alta atividade
catalítica em comparação com os catalisadores convencionais e alta eficiência em condições
reacionais consideravelmente brandas de temperatura, pH e pressão, exigindo menor consumo
energético e minimizando a degradação térmica dos produtos finais. Além disso, em função da
seletividade enzimática é possível à obtenção de produtos específicos, que dificilmente seriam
obtidos por reações químicas convencionais.
Os processos de bioconversão enzimática têm sido bastante utilizados na produção,
transformação e valorização de matérias primas e importantes aplicações têm sido realizadas nas
indústrias alimentícias, farmacêuticas e no desenvolvimento de propostas ambientais. Novas
aplicações para enzimas estão sendo desenvolvidas para produção, degradação e
biotransformação de compostos químicos, alimentos, ração, procedimentos agrícolas e têxteis,
bem como no desenvolvimento de novos medicamentos, em diagnósticos médicos e em vários
outros usos analíticos. Na Figura 1 está ilustrado um esquema representativo do processo que
compreende desde a seleção até a aplicação industrial de enzimas.

Das enzimas usadas comercialmente aproximadamente 60 % são obtidos graças à

biotecnologia moderna e as enzimas hidrolíticas (proteases, celulases, amilases e lipases) são as
mais freqüentemente usadas devido à ampla disponibilidade, baixo custo, condições suaves de
síntese, facilidade de uso, pois não necessitam cofatores, e ampla especificidade para substratos.
Para exemplificar, na Tabela 1 estão descritas algumas enzimas de valor comercial e suas
aplicações e é interessante observar como as enzimas exercem papéis muito peculiares em
diferentes processos.
Pelo exposto acima pode-se perceber que as enzimas constituem o grupo de proteínas
mais variado e altamente especializado cujos componentes exibem atividade catalítica. Este
dinamismo está grandemente relacionado à sua diversidade estrutural e funcional.
Figura 1. Representação esquemática da cadeia de produção de enzimas visando aplicação
industrial.

Tabela 1. Enzimas industriais e suas aplicações.

Enzimas Substrato Reação catalisada Aplicação industrial
Proteases Proteínas Proteólise Detergentes, alimentos,
farmacêuticos, síntese química
Carboidrases Carboidratos Hidrólise de Alimentos, ração, polpa e
carboidratos a açúcares papel, açúcares, têxteis,
detergentes
Lípases Óleos e gorduras Hidrólise de gorduras a Alimentos, tratamento de
ácidos graxos e glicerol efluentes, detergentes,
químicos finos
Pectinases Pectinas Hidrólise de pectina a Alimentos, bebidas
ácido galacturônico
Celulases Celulose Hidrólise de celulose a Polpa, têxteis, ração,
celo-oligossacarídeos, detergentes
celobiose e glicose
Amilases Polissacarídeos Hidrólise de amidos a Alimentos
açúcares

1.1 Estrutura de proteínas

As proteínas são formadas por longas cadeias moleculares sintetizadas a partir de 20
monômeros diferentes denominados aminoácidos, que são unidos por ligações peptídicas
covalentes. Os aminoácidos encontrados nas proteínas têm um grupo carboxila e um grupo amino
ligados ao mesmo átomo de carbono (Figura 2). Eles diferem um dos outros através de suas
cadeias laterais ou grupos R, os quais variam em estrutura, tamanho, carga elétrica, capacidade de
formação de pontes de hidrogênio, características hidrofóbicas e reatividade química e, quando
combinados em seqüências lineares características fornecem a base para a estrutura de milhares
de proteínas diferentes (Figura 3).

Figura 2. Estrutura química básica dos aminoácidos.

Figura 3. Estrutura química de uma seqüência de aminoácidos hipotética.

 Se fosse possível a livre rotação ao redor mesmo de uma pequena fração das ligações
entre os aminoácidos que compõem este esqueleto covalente das proteínas, estas poderiam
assumir um número quase infinito de estruturas tridimensionais. Entretanto, cada proteína tem
uma função e uma estrutura química específica, sugerindo fortemente que cada proteína tem uma
estrutura tridimensional única.

Esta estrutura tridimensional de uma proteína, desde a seqüência de aminoácidos,

passando pelo enrolamento da cadeia polipeptídica até a associação de várias cadeias
polipeptídicas, pode ser descrita em termos da natureza das interações necessárias para sua
manutenção. O enovelamento da proteína é estabilizado por meio de forças de ligações fracas,
não-covalentes: pontes de hidrogênio, ligações iônicas, interações de van der Walls (Figura 4) e
interações hidrofóbicas (Figura 5), que estão detalhadas a seguir:
- ligações de pontes de hidrogênio são estabelecidas entre grupos R de aminoácidos polares com
ou sem carga, como por exemplo, serina e treonina que apresentam grupo hidroxila e, este grupo
possibilita formação de ponte de hidrogênio com o grupo carbonila de asparagina ou glutamina.
As pontes de hidrogênio são mais fortes quando as moléculas por elas unidas estão orientadas de
forma tal que a interação eletrostática se torne máxima, isto é, quando o átomo de hidrogênio e os
dois átomos que o compartilham estão localizados em uma mesma linha reta. Desta forma, estas
ligações são altamente direcionais e capazes de reter duas moléculas ou grupos, unidos por um
arranjo geométrico específico;
- interações de van der Walls são atrações interatômicas fracas e ocorrem quando dois átomos
não carregados são aproximados e as nuvens eletrônicas que os rodeiam passam a influenciar
umas às outras. Variações causais nas posições dos elétrons ao redor de um dos núcleos podem
criar um dipolo elétrico transiente que induz no átomo próximo um outro dipolo elétrico oposto
também transiente. Os dois dipolos atraem-se de forma fraca e trazem os dois núcleos mais
próximos um do outro;
- ligações iônicas são estabelecidas pelos grupos com cargas opostas, como os presentes nos
aminoácidos básicos (lisina, arginina e histidina) e ácidos (ácido aspártico e glutâmico). Apesar
de não serem numerosas, tem importância fundamental para o dobramento da cadeia
polipeptídica;
- interações hidrofóbicas são as mais importantes e freqüentes, pois dos vinte aminoácidos
possíveis de formar a cadeia polipeptídica, oito apresentarem características apolares. Suas
cadeias laterais hidrofóbicas localizam-se, geralmente, no interior da molécula protéica porque
tendem a aproximar-se uma das outras devido à exclusão de moléculas de água, enquanto que as
cadeias hidrofílicas possuem afinidade com o meio aquoso e ficam na superfície da estrutura
proteíca. Esta situação é mais favorável do que a oposta, porque confere às moléculas de água um
grau de liberdade de interação muito maior e, portanto energicamente mais viável.

Figura 4. Ligações não-covalentes que ocorrem nas proteínas.

Figura 5. Enovelamento da proteína em meio aquoso devido às interações hidrofóbicas.

Além das interações não-covalentes citadas acima, deve-se ressaltar que as ligações
covalentes do tipo pontes dissulfeto (S-S) também estabilizam a estrutura das proteínas ao ligar
dois resíduos de cisteína da mesma cadeia ou de cadeias diferentes por uma reação de oxidação
(Figura 6).
 Figura 6. Ligações covalentes do tipo pontes de dissulfeto.

A natureza das subunidades monoméricas e das ligações que as conectam em cadeias

polipeptídicas, coloca fortes restrições sobre as possíveis formas a serem assumidas pelas
enzimas. Apesar da complexidade estrutural das enzimas, é possível observar padrões estruturais
recorrentes que são conceitualmente divididos em quatro níveis de organização definidos a seguir
e ilustrados na Figura 7:
- primária: inclui o número, espécie e a seqüência dos aminoácidos unidos por ligações
peptídicas e pontes dissulfeto. O arranjo espacial relativo dos aminoácidos não é específico,
porém, as cadeias polipeptídicas não são livres para assumir aleatoriamente uma estrutura
tridimensional qualquer, pois restrições estéricas ou geométricas e várias interações fracas
determinam que alguns arranjos tridimensionais sejam mais estáveis de que outros;
- secundária: formação de estruturas regulares e recorrentes no espaço dos resíduos de
aminoácidos adjacentes em uma cadeia polipeptídica que resultam comumente em duas
organizações particularmente estáveis facilmente reconhecíveis em uma grande variedade de
proteínas. A primeira e mais simples denomina-se -hélice e ocorre pelo enovelamento da cadeia
polipeptídica ao redor do maior eixo da molécula, que ocasiona projeção dos grupos R dos
resíduos de aminoácidos da cadeia para fora do esqueleto helicoidal. Este arranjo forma-se mais
facilmente quando comparado a outras confirmações devido o grande número de pontes de
hidrogênio que unem cada passo sucessivo da -hélice com os passos adjacentes, as quais,
quando somadas dão considerável estabilidade à estrutura completa. A segunda conhecida como
folha  pregueada ocorre pela interação lateral de segmentos de uma cadeia polipeptídica (ou de
cadeias diferentes) que é estendida em ziguezague para formar uma estrutura parecida com uma
série de dobras ou pregas que é estabilizada por ligações de pontes de hidrogênio;
- terciária: dobramento final não periódico da cadeia polipeptídica por interação de regiões com
estrutura regular (-hélice e folha  pregueada) ou de regiões sem estrutura definida, formando
uma estrutura tridimensional estável. Este dobramento na cadeia polipeptídica durante o
enovelamento, bem como a direção e o ângulo destas curvas são determinados pelo número e
localização de aminoácidos específicos (prolina, teonina, serina e glicina). Na estrutura
secundária da cadeia polipeptídica ocorre o relacionamento estrutural de curta distância dos
aminoácidos. Por outro lado, na estrutura terciária há interações entre os aminoácidos situados
em longas distâncias entre si, dentro da seqüência primária, sendo esta interação facilitada devido
o enovelamento da proteína. A estrutura terciária é estabilizada por ligações não-covalentes entre
os grupos R dos aminoácidos tal como pontes de hidrogênio, interações hidrofóbicas e interações
iônicas e também por pontes dissulfeto;
- quaternária: arranjo espacial de duas ou mais cadeias polipeptídicas (ou subunidades
protéicas), que podem ser iguais ou diferentes em estrutura, formando complexos tridimensionais
(ex. hemoglobina). As cadeias individuais de polipeptídeos estão associadas e estabilizadas pelas
mesmas interações descritas para a estrutura terciária.

1.1 Flexibilidade da estrutura de proteínas

Pode-se perceber pelo exposto acima que as numerosas interações não-covalentes
ditam a conformação nativa estável e permitem flexibilidade necessária para o exercício da
função biológica das proteínas. Esta função protéica muitas vezes envolve a rápida abertura e
fechamento de uma fenda ou cavidade na superfície da molécula denominada sítio ativo. O
sítio ativo é nada mais que um arranjo de grupos presente em cadeias laterais de certos
aminoácidos da cadeia polipeptídica que ligam o substrato por ligações não-covalentes para a
catálise enzimática.
 HO O
C

N
H H

Estrutura primária
CC
N
H O H O H O
C C C
N N C C N
C N C
C C N CC N CC H
C C
O H O H O NC
CN
H O H O H O CC
C
C
C N
N C C C N C C N C
C N
C N C N C C
O H O H O C
NC

Estrutura secundária CN
H
Folha  pregueada
Estrutura secundária
-hélice

Estrutura terciária

Estrutura quaternária

Figura 7. Níveis de organização nas proteínas.

 A velocidade com que as enzimas catalisam as reações está limitada, em parte, pela
rapidez com que o produto é liberado do sítio ativo. Isso ocorre por meio de um processo
específico de encaixe e ligação, comumente conhecido como modelo chave-fechadura (proposto
por Fisher em 1890) entre a enzima e os substratos envolvidos (Figura 8).
Contudo, este modelo chave-fechadura induz uma idéia errônea de que tanto o ligante
(chave) quanto o receptor (fechadura) possam ser entidades rígidas, o que não representa a
realidade. Um modelo mais flexível de interação enzima-substrato é o denominado encaixe
induzido que foi proposto por Koshland em 1958 (Figura 9).

P1
S
P2
E
E

Figura 8. Modelo de ação da enzima ―chave-fechadura‖.

P1
S
P2

E E

Figura 9. Modelo de ação da enzima ―encaixe induzido‖.

Os sítios ativos dessas enzimas não estão completamente pré-formados e a interação

inicial do substrato com a enzima induz uma alteração conformacional na enzima que promove
o reposicionamento dos aminoácidos catalíticos para formar o sítio ativo e a estrutura correta
para interagir com os grupos funcionais do substrato. Apesar da importância das forças que
estabilizam as estruturas das proteínas, deve-se reconhecer que as funções das proteínas
exigem certo grau de flexibilidade. É justamente essa flexibilidade um dos fatores que permite
que moléculas estruturalmente semelhantes apresentem conformações e orientações relativas
distintas no sítio de ligação e, em conseqüência, atividades e afinidades também diferentes.
A atividade de algumas enzimas é modificada por ligantes denominados efetores,
ligados a locais específicos, diferentes do sítio de ligação do substrato, chamados sítios
alostéricos. Os efetores que se ligam ao sítio alostérico provocam uma modificação na
conformação da enzima, alterando as propriedades catalíticas. A afinidade enzimática pelo
substrato aumenta em presença de efetor alostérico positivo (ativadores) e, pode reduzir ou
perder totalmente sua ação catalítica na presença de efetor alostérico negativo (inibidores)
(Figura 10).

P1
ES
S
P2

AA
EES A

E S
S E S

I A
E E
I
I
I

Figura 10. Sítio alostério e seus efetores positivos e negativos.

1.2 Cofatores metálicos e coenzimas

Algumas enzimas não requerem nenhum outro grupo químico além dos seus resíduos
de aminoácidos para exercer sua ação catalítica. No entanto, a maioria das enzimas, requer
+
uma associação com compostos químicos orgânicas, como NAD (Nicotinamida Adenina
2+
Dinucleotídeo), e/ou inorgânicas, como o Zn , denominadas coenzimas e cofatores,
respectivamente, para exercer suas funções catalíticas. Como exemplo, pode-se citar as
proteínas transportadoras como hemoglobina e mioglobina que precisam de grupamentos
especiais como o grupo heme para ser sítio de ligação do oxigênio e assim exercer a sua
função de transporte.
Cofatores são pequenas moléculas inorgânicas, fraca ou fortemente ligadas às enzimas,
que podem ser necessárias para a função catalítica da enzima. Esta associação da enzima pode
2+ 2+ 2+
ocorrer com um ou mais íons inorgânicos, tais como os metais de transição (Fe , Zn e Cu ) e
+ + 2+ 2+
os metais alcalinos terrosos (Na , K , Mg e Ca ) (Figura 11) e participam na orientação
apropriada do substrato para a reação. Estes íons metálicos são requeridos como cofatores em 2/3
do total de enzimas e atuam como aceptores de elétrons (e-) ou ainda atuam na formação de
complexos de coordenação. Como conseqüência, o complexo substrato-íon metálico polariza o
substrato e promove a catálise. Estes cofatores não estão ligados permanentemente à molécula da
enzima, mas na ausência deles, a enzima torna-se inativa. Por exemplo, a anidrase carbônica, que
2+
converte reversivelmente CO2 e H2O a H2CO3, somente é ativa na presença de Zn .

Figura 11. Cofatores.

Coenzimas são moléculas orgânicas pequenas, freqüentemente derivadas de

vitaminas. Existem também certos nutrientes análogos às vitaminas como, por exemplo, ácido
lipóico e ácido -aminobenzóico que são sintetizados em pequenas quantidades e que facilitam
os processos catalisados por enzimas. Como exemplo, pode-se citar as coenzimas derivadas de
Riboflavina (FAD, FMN) que atuam como se fossem grupos prostéticos, estando associados
permanentemente à proteína, por ligações covalentes. As coenzimas são transformadas
quimicamente no decorrer do processo das reações enzimáticas, devendo ser regeneradas no
decorrer do ciclo catalítico. Normalmente a relação coenzima/substrato é estequiométrica no
sítio ativo, ou seja, durante a catálise, tanto substrato quanto coenzima estão alojados no sítio
ativo. A enzima é cataliticamente ativa quando forma um complexo denominado holoenzima e
o componente protéico do complexo é designado apoenzima (Figura 12).

Figura 12. Enzima cataliticamente ativa.

1.3 Isoenzimas
Outro fenômeno de regulação metabólica e que depende da estrutura quaternária das
proteínas enzimáticas são as isoenzimas. As isoenzimas ou isozimas são formas moleculares
de uma enzima, que realizam a mesma ação catalítica e ocorrem na mesma espécie animal ou
vegetal. O exemplo clássico é a lactato-desidrogenase (LDH), um tetrâmero formado por duas
espécies diferentes de cadeias polipeptídicas, denominadas M (músculo) e H (coração). Essas
subunidades são codificadas por genes diferentes. A combinação das duas cadeias produz
cinco isoenzimas que podem ser separadas eletroforeticamente.

1.4 Evolução e proteínas homólogas

O mecanismo evolutivo da duplicação gênica, que está associado a mutações, leva a
certas divergências ao longo do tempo e, conseqüentemente, à formação de famílias de proteínas
correlacionadas, que apresentam algumas diferenças com relação às suas seqüências de
aminoácidos, mas conservam alto grau de similaridade estrutural. As proteínas que evoluem a
partir de um ancestral comum são conhecidas como homólogas. Duas seqüências homólogas
podem ser praticamente idênticas, similares em vários aspectos ou até muito diferentes devido a
várias mutações. As estruturas tridimensionais de proteínas homólogas são conservadas durante o
processo de evolução, sobretudo no que diz respeito aos resíduos funcionais, pois a conservação
da estrutura é crucial para a manutenção e desempenho de funções específicas. As maiores
divergências entre proteínas homólogas ocorrem com mais freqüência em regiões próximas da
superfície, ou seja, nos ―loops‖, sem estrutura secundária definida. Nessas regiões, até mesmo as
propriedades físico-químicas dos resíduos que sofreram mutações são muito diferentes dos
resíduos anteriores ao processo de mutação. Em geral, os resíduos localizados no interior das
proteínas variam com menor freqüência, e quando o fazem, ocorrem, normalmente, com menor
distinção de propriedades físico-químicas. Habitualmente, certo conjunto de resíduos de
aminoácidos que compreendem o núcleo da proteína e os principais elementos de estrutura
secundária permanece mais conservado dentro de uma família de proteínas homólogas. Os
segmentos com seqüências diferentes de aminoácidos em proteínas homólogas são chamados
"segmentos variáveis", e geralmente não participam diretamente da atividade da proteína. Os
segmentos idênticos das proteínas homólogas são chamados "segmentos fixos", e são
fundamentais para o funcionamento bioquímico da proteína.

A evolução molecular segue alguns dos mesmos princípios da evolução dos seres vivos.
Como exemplo, pode-se citar os golfinhos e tubarões, que tem mais ou menos o mesmo formato,
entretanto são animais completamente diferentes (mamíferos X peixes). Da mesma forma, duas
proteínas podem exercer a mesma função, e até terem uma certa semelhança, mas não terem
relação nenhuma do ponto de vista de sua origem.

1.5 Desnaturação protéica

Como descrito anteriormente, a proteína nativa é mantida por um delicado balanço de
forças não covalentes, como pontes de hidrogênio, pareamento de íons, interações hidrofóbicas e
força de van der Waals. Em condições desfavoráveis de temperatura e pH, pode ocorrer a
desnaturação da proteína. A desnaturação ocorre pela alteração da conformação tridimensional
nativa das proteínas (estrutura secundária, terciária e quaternária) sem romper as ligações
peptídicas (estrutura primária) (Figura 13). Como a estrutura tridimensional específica das
proteínas é fundamental para o exercício de suas funções, alterações estruturais provocadas pela
desnaturação ocasionam a perda parcial ou completa de suas funções biológicas. As proteínas
desenroladas formam estruturas dispersas que podem se agregar. Essa agregação ocorre quando
resíduos hidrofóbicos, que normalmente ficam no interior da molécula nativa e são expostos ao
solvente, em conseqüência do desenrolamento, interagem com outros resíduos hidrofóbicos de
outras cadeias desenroladas. Esses agregados precipitam, caracterizando a enzima desnaturada. O
grau de desdobramento de uma proteína pode ser observado por colorimetria, fluorescência,
espectroscopia de discroísmo circular, viscosidade e migração.

Figura 13. Desnaturação e renaturação protéica.

Algumas proteínas recuperam sua conformação ativa e restauram a atividade biológica

quando o agente desnaturante é removido em processo denominado renaturação, porém, para a
maioria, a desnaturação é irreversível (Figura 13).

REFERÊNCIAS

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