MACROMOLÉCULAS

Dividem-se em 4 grandes grupos: canais iônicos, proteínas ligadas a proteína G. O PDB é

uma base de dados que reúne estrutura tridimensional de diversas proteínas biológicas,
nomeando 1AAA de modo a individualizar a macromolécula. Um arquivo PDB possui a
descrição dos átomos que compõe a proteína e também dos elementos não proteicos
(HETATM), podendo ser lido pelo Pymol (comando de busca fetch). Há variados métodos para
determinação estrutural de uma proteína, como a difração de raio-X (demanda cristalização da
molécula, é sensível a distâncias atômicas menores que o comprimento de onda usado e não
consegue determinar posição do H.)

O planejamento de fármacos baseado no receptor carrega consigo algumas vantagens e

desvantagens. Embora sejam capazes de gerar derivados com afinidade seletiva a um alvo
macromolecular específico, eles tendem a gerar “fármacos me too” (outros compostos com
mesma atividade biológica), tem dificuldade em gerar fármacos alostéricos e não conseguem
determinar afinidade com complexos de proteínas. Receptor é uma macromolécula que gera
resposta biológica ao interagir com molécula bioativa, sendo classificada como:

- GPCR; receptores transmembranares acoplados à proteína G (7-TM, 7 domínios). São

responsáveis pela comunicação do meio extracelular com o intracelular, englobando 30% dos
fármacos comercializados e classificados como A, B ou C (disposição dos domínios, disposição
na membrana, localização do sítio ortostérico e alostérico).

- Canais Iônicos; classificados como excitatórios (Cys-loop ou ionotrópico glutamatérgico) ou

excitatório/inibitório (P2X). São estruturas pentaméricas (domínios).
 LATENCIAÇÃO E BIOISOSTERISMO

A atividade biológica pode ser otimizada em várias aspectos, como inovação, solubilidade,
absorção, estabilidade, toxicidade, seletividade, ação biológica. Alterações que visam
melhoramento de parâmetros farmacocinéticos são variados. Latenciação são modificações
químicas a partir de uma molécula biologicamente ativa que melhoram biodisponibilidade de
um composto, mas inativam a substância, sendo ativado por ação enzimática/bioquímica in
vivo no local de ação.

São classificados como carreadores (macromoléculas naturais, sintéticos ou mistos) ou

bioprecursores (ativação por metabolização). A adição covalente de um transportador viabiliza
liberação do fármaco seletivamente no local de ação, se utilizando de enzimas presentes num
tecido em específico (conjugação com açúcares ou anticorpos), ou mesmo acoplar com um
(co)fármaco. Oxidação e Redução permite momentaneamente melhorar características físico-
químicas do compostos, conservando atividade pós-biotransformação. Pró-fármacos nem
sempre serão inativas ou mesmo atóxicos.

Por similaridade química (análogo estrutural) ou farmacológica (análogo funcional),

compostos bioativos podem ser classificados e agrupados. Isosterismo é o termo dado para
um grupo em que seus integrantes compartilham de uma característica comum (número e
arranjo eletrônico, assim como número de átomos) e consequentemente propriedades
semelhantes. Compostos isostéricos são aqueles com mesmo volume e conformação espacial.

Bioisóteros são, então, compostos com mesma atividade biológica (similaridade química e
física). Podem ser classificados como mono, di, tri ou tetravalente a partir de qual modificação
foi feita (substituição de uma grupo primário, secundário, terciário ou quaternário).

Bioisósteros não-clássicos são os compostos com mesma atividade biológica, mas que não
necessariamente compartilham de características estéricas ou eletrônicas. Bioisosterismo de
anéis são um subgrupo dessa classe, uma vez que alteram geometria, interações químicas e
farmacocinética do derivado.

Esse estudo tem especial importância no planejamento de fármacos. Bioisosterismo

funcional de ácidos carboxílicos, por exemplo, agrupa derivados que podem gerar compostos
com semelhante atividade biológica. Isso permite burlar proteção patentária ou gerar
fármacos mais ativos ou com melhores parâmetros físico-químicos. Neste caso, são
classificados como diretos (ácidos, doadores e receptores de prótons), heterociclos planares
(semelhança físico-químico somado à outros tipos de interações ou geometria) ou derivados
de S e P não planares. Bioisósteros funcionais de ésteres (para amida, por exemplo), permite
aumentar meia-vida de fármacos, uma vez que ésteres são facilmente metabolizados no
organismo. As amidas, por sua vez, também podem ser alterados por outros grupos para
minimizar ainda mais a metabolização do grupo (retroisosterismo alterar a ordem dos átomos,
mantendo atividade).

Há ainda os equivalentes funcionais, como ocorre com fenol, catecol, sulfonamida e

(tio)uréia. Bioisósteros de semimetais (Si, B, Se) é uma alternativa.
 AINES

Incluem classe de fármacos que modulam mediadores químicos associados à inflamação.

A resposta inflamatória segue sequência: formação do ácido araquidônico por ação da

fosfolipase A2; oxidação desta em prostaglandinas por ação da COX ou em leucotrienos por
ação da lipoxigenase. A enzima COX possui 3 isoformas, sendo elas a COX-1 (constitutiva), COX-
2 (induzida pela inflamação, sítio ativo 25% maior, acomodando grupos mais volumosos) ou
COX-3. Interações com a SER-530, TYR-385 e ARG-120 são farmacológicas, Iso-leucina-523 ou
Valina-523 a depender de qual isoforma (1 ou 2).

A primeira classe usada para tal propósito foram os derivados do acetaminofeno

(metabolizado em NAPQI, nefro e hepatotóxico). Em seguida, os derivados dos salicilatos,
usados como antiinflamatórios, antipiréticos, analgésicos, anti agregantes plaquetários e
uricosúrico. De modo geral são biotransformados a ácido salicílico e posteriormente excretado
por metabolização de fase I (ácido saliciúrico) ou II (glicosilação). Alcalinização da urina pode
potencializar eliminação dos fármacos dessa classe.

Bioisósteros que variam carboxilato do grupo perdem caráter antiinflamatório, mas

reduzem toxicidade e melhoram caráter analgésico. Derivados com modificações no anel que
modulem acidez da hidroxila podem modular também toxicidade e potência.

A classe de antiinflamatórios seletivos à COX-2 são nomeadas Coxibs (dois aromáticos

ligados a um anel de 5 membros) ou Sulidas (sulfonamida, nitro, fenóxido), e em teoria seriam
os fármacos ideais um vez que não teria efeitos adversos gástricos. Seu uso, entretanto, está
associado à complicações cardiovasculares e coagulantes.

A classe de antiinflamatórios não seletivos são os derivados do ácido arilalcanóicos, tendo

por pioneiro a indometacina e englobando também o ibuprofeno e sulindaco. Químicamente
ele possui um grupo ácido responsável pela atividade biológica e um grupo aril ou heteroaril,
responsável pelas interações hidrofóbicas, volumosas e aromáticas. A alfa metilação no
espaçador (profeno) gera centro quiral R e S, este sendo o mais ativo. Os N-aril antranilatos
geram os derivados denominados ácidos fenâmicos, tendo a amina aromática como estrutura
essencial para atividade biológica.
 DOCKING

A interação de um fármaco pelo seu receptor correspondente é específica e complementar.

A ferramenta de acoplamento molecular é uma estratégia de SBDD que simula o
posicionamento de um composto bioativo dentro de um alvo macromolécular. Ela considera
flexibilidade e conformações ideais, gerando um SCORE (estimação de afinidade), valor usado
para mensurar, classificar e comparar o posicionamento encontrado. Tal técnica é amplamente
usada no desenvolvimento de alternativas farmacológicas tanto para geração de compostos
líderes (molécula inovadora passível de ser modulado quanto à bioatividade ou seletividade)
ou no processo de otimização molecular.

Nem todo alvo é passível de modulação por micromoléculas (druggability) e nem todo sítio
da macromolécula é relevante. O programa FTMAP utiliza 16 sondas (geralmente solventes)
para analisar energia de interação (áreas mais ou menos polares) e determinar regiões que
ocorre agrupamento consensual (sítios onde ocorre interação com múltiplas sondas).

A configuração espacial e estérico do ligante e o espaço conformacional (sítio de interação)

do alvo são primordiais para análise, assim como a amostragem realizada para geração de um
grupo a ser analisado. Há 3 alternativas para realização dos ensaios a depender se ligante e
alvo serão considerados rígidos ou flexíveis.

- Acoplagem Rígida (chave-fechadura); compara considerações espaciais do ligante com a de

pseudoátomos teóricos que representam o espaço do sítio ativo do alvo. A ocorrência de
choques estéricos (molécula maior que o espaço teórico livre) eliminaria o composto da
análise. A utilização de rede (malha ou grid) limita a região em que ocorrerão os cálculos de
potencial eletrostático e de sobreposição.

- Acoplagem Flexível (encaixe induzido); tanto o ligante quanto a proteína podem assumir
inúmeros conformações espaciais. Uma análise que considera esses diversos estados, embora
mais complexo, geraria uma resultado mais próxima da realidade. A flexibilidade do ligante
pode ser avaliado a partir de uma âncora (esqueleto primeiro posicionado), seguido por
camadas /grupo que seriam a região variável da análise, ou ainda por temperatura/energia,
posicionamento de sondas, pelos elementos farmacofóricos, algoritmo genético. Essa
interação flexível deu origem a teoria da seleção e indução conformacional.

A avaliação por algoritmo genético leva em consideração o campo de força MMFF94

(DockThor), incluindo forças de Van der waals e eletrostáticas do complexo ligante-proteína e
do ligante entre si. As diversas posições do ligante são considerados um gene e a conformação
molecular é considerado um cromossomo. A partir de uma população inicial, seleciona-se
indivíduos iniciais de modo aleatório (pais) e usando um operador genético são gerados novos
indivíduos (diferentes informações rotacionais, translacionais ou conformacionais). Esse
operador pode ser do tipo crossover, mutação

Deve ser editado do .pdb texto a informação desejado, seja ela só a proteína (deleta
HETATM) ou só o ligante (apenas o HETATM do ligante).
 O SCORE é derivada de uma função que considera energia livre dos elementos envolvidos
na análise (ligante, proteína, interação e complexo, assim como entropia associada). As
funções podem ser baseadas:

- Campo de força; considera sobreposição atômica, repulsão eletrostática, potencial

elestrostática, solvatação (solvente e complexo proteína-ligante).

- Potencial empírico; busca reproduzir valores experimentais com o objetivo de alcançar o

mínimo global da estrutura em questão. ou baseado no conhecimento (banco de dados).

- Consenso; emprega diversas metodologias e funções de classificação, reduzindo falsos

negativos.