Escolar Documentos
Profissional Documentos
Cultura Documentos
Blotting
“Southern” “Northern”
blot (DNA é desnaturado)blot
5
BIOLOGIA MOLECULAR APLICADA
Hibridação
6
BIOLOGIA MOLECULAR APLICADA
Por densitometria, se a
imagem não estiver saturada,
pode quantificar- se o sinal
numa banda
7
BIOLOGIA MOLECULAR APLICADA
Northern blotting- analisar RNA
Ex: RNA total de reticulócitos:
O Northern permite:
• Detetar a presença de um mRNA específico
Pre-mRNAs
8
mRNA
RT- PCR (Reverse Transcriptase – PCR)
Notas de terminologia:
- a abreviatura “RT” é historicamente utilizada para transcrição reversa pelo que
não deve ser usada para real time PCR
- faz-se PCR em tempo real a partir de um produto de transcrição reversa (cDNA):
“real time RT-PCR”
Análise da expressão génica ao nível do RNA- Síntese
de cDNA
O que é o cDNA?
10
cDNA= DNA complementar
O RNA purificado é usado como molde, para a transcritase reversa (RT),
originando o cDNA:
* 5‘-Cap
mRNA
AAA(A)n
(dT)12~18
primer
5‘-Cap
*
3‘ 5‘
AAA(A)n
5‘-Cap
5‘
PCR ou 11
AAA(A)n PCR em
híbrido cDNA:mRNA tempo real
cDNA
IMPORTANTE: a escolha dos primers para PCR/PCR em tempo real deve ser feita, se possível, em
exões diferentes para evitar a amplificação de possível DNA genómico contaminante
12
Transcritase reversa
- Polimerase codificada por retro-vírus
13
Tipos de primer no RT-PCR
Primer Específico Random Primer Primer Oligo dT*
(hexamer mix)
5´
RNA 3´ RNA RNA
5´ 3´ 5´ AAAAA 3´
TTTTT
As 2 disponíveis:
15
Amplificar cDNA com primers em exões diferentes
PORQUÊ???
Se houver contaminação com DNA genómico, este não é
amplificado pois os primers estão distantes e não há
complementaridade total ou tem tamanho 16
Vantagens do RT-PCR
17
Possíveis aplicações do RT-PCR
18
PCR em tempo real de cDNA- Ex de aplicação
Tratamento de HIV
20
Higushi et al., Biotechnology, 1992, 1993
PCR em tempo real
iCycler 7500
Applied Biosystems
BioRad
7900HT
Applied Biosystems
LightCycler
Roche
Mx3000P® QPCR
Stratagene
MarterCycler
Eppendorf
21
PCR em tempo real
22
PCR: amplificação exponencial
Nf = No (2)n
Fase exponencial
Máxima eficiência
Eficiência ~1
Ciclos de PCR
o produto final é
proporcional à
quantidade inicial
da amostra
24
PCR: amplificação exponencial
25
PCR não é sempre 100% eficiente
Porque: o produto de PCR é limitado pela quantidade de primers,
dNTPs disponíveis, atividade da Taq polimerase, etc…
Ex: 25
20
PCR product
15
10
0
0 10 20 30 40
Cycle
Cycle
28
Vantagens PCR em tempo real vs PCR tradicional
✓ Específico, sensível e reprodutível
30
Métodos para detetar fluorescência
2 3
Ciclos de PCR :
1
Desvantagens:
-Ligação inespecífica; dímeros de primers
-Fluorescência varia com o tamanho do produto de PCR
devem usar-se primers que originem fragmentos <s que
150pb
-Necessita validação pela análise das curvas de melting
33
Sondas Taqman (Sondas de hidrólise)
- Complementares a uma parte da sequência a amplificar
(específicas)
Repórter Quencher
Extremidade 3´ bloqueada
Durante a amplificação,
a sonda é degradada pela
Emissão de
Taq DNA polimerase
fluorescência
Vantagens:
• Maior especificidade
• Pode ser utilizada para deteção de polimorfismos num só
nucleótido (SNPs)
• É fácil obter sondas/primers
■comercializadas ou feitas por encomenda
Desvantagens:
• Preço(uma sonda para cada gene a analisar; mais caro que Sybr green)
• têm tempo de vida (degradam-se)
36
Outros métodos para detetar fluorescência
38
PCR em tempo real - Desenho dos primers e sondas
http://www.mcb.uct.ac.za/pcroptim.htm 39
PCR em tempo real - Desenho dos primers e sondas
41
PCR em tempo real - Conceitos
42
PCR em tempo real - CT
Escala logarítmica:
Threshold –
Rn fluorescência > background
(Delta Rn:
fluorescência
normalizada)
43
PCR em tempo real
ou
53
Quantificação absoluta de DNA ou cDNA (RNA)
•Plasmídeo
•Produto de PCR
•DNA
•Etc…
• Amostra calibradora:
com a qual queremos comparar a expressão génica (ex: expressão do
gene alvo em células tratadas com testosterona vs células não tratadas)
56
Gene endógeno(=gene referência =housekeeping gene)
- Necessário para normalizar:
57
Radonic et al., BBRC 2004. ; Huggett et al., Genes and Immunity, 2005
Gene endógeno
58
Como fazer a quantificação relativa?
Realizar 2 reações para cada cDNA (da amostra em análise e da
amostra calibradora):
-uma com os primers do gene alvo
-outra com os primers do gene endógeno
Gene alvo 1
Gene
endógeno 1
Rn
0 10 20 30 40
Ciclo 59
Calcular expressão relativa (RQ): método Ct
Razão entre :
RQ = 2-Ct
60
(Livak KJ & Schmittgen TD. Methods 2001)
Método de Pfaffl: variação ao método Ct
• Para calcular a RQ
- +
Amostra calibradora Amostra estimulada
(com estradiol) 61
Expressão relativa (RQ): método Ct
HLA-DR cal
Ct =19.93 t Ct=29.63
Amostra estimulada
β-actina est
HLA-DR est
Ct =18.03
Ct =19.80
62
Adaptado de http://pathmicro.med.sc.edu/pcr/realtime-home.htm
2º passo: normalizar em relação ao gene endógeno(β-actina),
para cada uma das amostras (calcular o Ct )
Amostra calibradora
β-actina cal
Ct calib
Ct calib = alvo – endógeno =
HLA-DR cal
29,63 - 19.93
Ct =19.93 Ct =29.63 Ct calib = 9.70
Amostra estimulada
β-actina est Ct est = alvo – endógeno =
19,80 - 18.03
HLA-DR est
Ct est = 1.77
Ct est
Ct =18.03
Ct =19.80
63
3º passo: normalizar para a amostra calibradora (calcular o Ct)
=(Ctest – Ct calib = Ct)
Amostra calibradora
β-actina cal
Ct calib
Ct calib = 9.70
HLA-DR cal
Ct =19.93 Ct =29.63
Amostra estimulada
Ct est = 1.77
β-actina esti
HLA-DR exp
Ct est
Diferença =
Ct =18.03 Ctest – Ct calib
Ct =19.80 = Ct
= 1.77 - 9.70 = -7.93
64
4º passo: usar a fórmula da expressão relativa
RQ= 2-Ct
Ct =
Ctest – Ct calib = 1.77- 9.70
= -7.93
RQ= 100
100 X mais expresso
RQ= 0,01
RQ =10
100 X menos expresso
1000
10 X mais expresso
RQ= 0,1
100 10 X menos
Expressão relativa
10 expresso
1
1 2 3 4
0,1
0,01
0,001
66
A quantificação Relativa não é indicada
para genes com expressão muito baixa
Quantificação Relativa
- Cálculos matemáticos
Complicado?
68
PCR em tempo real
69
Como validar os ensaios?
•Testar primers e sondas, em várias concentrações
(50< [ ]s <900nM), com uma amostra conhecida
70
http://www.gene-quantification.de/efficiency.html
Cálculo da eficiência: método série de diluições
Eficiência =10(-1/declive) –1
Eficiências de PCR
33 Declive= - 3.36
31 y = -3,548x + 31,579
R2 = 0,9909
29
y = -3,6054x + 30,699
27 R2 = 0,9876
Eficiência= 98,44%
Ct
25
y = -4,001x + 29,004
23 R2 = 0,9963
y = -3,361x + 25,449
21 R2 = 0,997 •Coeficiente de
y = -3,3453x + 23,465
19 y = -3,2976x + 23,19
R2 = 0,9993
R2 = 0,9987
correlação(r2) = 0.997
17
0,0 0,2 0,4 0,6 0,8 1,0 1,2 1,4 1,6 1,8
Log [gene]
GAPDH Perforina GrB GrL Fas-L CTLA-4
71
Peirson, 2003, Nucleic Acids Research
Valores aceitáveis de eficiência
Desnaturação de
Aumento da temperatura todo o DNA
As cadeias dissociam-se
quando a temperatura
atinge a Tm
Há uma diminuição
brusca da fluorescência
Tm
74
Análise das curvas de melting
Tm Tm
75
Análise das curvas de melting com contaminação
*
Exemplo de contaminação com dímeros de primers e
amplificação inespecífica (SYBR Green):
*
* *
77
Aplicações do PCR em tempo real
• Genotipagem (Discriminação alelica):
-Trissomias (Zimmermann, 2002 )
-Microdeleções (Coupry, 2004)
-Haplotipos (Zhou, 2004)
-Diagnóstico Pré-natal – deteção de mutações(Bischoff, 2003 )
-Diagnóstico Oncológico
• Em transplantes:
-Monitorização de eventual resposta de rejeição (Sabek, 2002; Gibbs, 2003)
[2] Alberts B., Bray D., Hopkin K. et al, “Fundamentos de Biologia Celular”,4th Ed. Artmed,
2017(Cap 10)
[3] Nolan et al, “Quantification of mRNA using real-time RT-PCR”; Nature Protocols,
1(3): 1559, 2006.
Sítios online
• http://highered.mheducation.com/sites/0072552980/student_view0/chapter10/animation_qui
z_4_.html
• http://www.gene-quantification.com/
Dicionário
• http://www.weihenstephan.de/%7Eschlind/genglos.html