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Aminocidos, Pptidos e Protenas

Estrutura geral dos aminocidos

Aminocidos, Pptidos e Protenas

Aminocidos:
Unidades estruturais bsicas das protenas

1) Um grupo amina (NH2) 2) Um grupo carboxlico (COOH) 3) Um grupo H 4) Um grupo R varivel 5) Um tomo C (designado por C)
Estrutura geral dos aminocidos Em soluo os aa esto sob a forma de zwitterions ou ies dipolares
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Nomenclatura dos aa:


1) Os carbonos adicionais no grupo R so designados por , , , , etc. 2) Inicia-se a numerao no grupo funcional + importante, o COOH, e numeram-se os C sucessivamente

Estereoisomeria nos aminocidos Todos os aa standard (excepto a glicina) apresentam um carbono assimtrico (centro quiral), i , est ligado a 4 grupos diferentes e tem conformao tetradrica.

As configuraes dos aa (e tb dos aucares) so designadas usando a nomenclatura do sistema D e L, baseada nas configuraes do gliceraldedo.

Centro quiral

Apesar dos aa poderem apresentar as configuraes D e L, nas protenas os resduos de aa so ESTEREOISMEROS L

As configuraes D e L, so dois enantimeros = opticamente activos = desviam o plano de luz polarizada em sentidos opostos
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Classificao dos aminocidos (20 aa)


Baseia-se na polaridade do grupo R e na sua carga elctrica a valores biolgicos de pH: 1) 2) 3) 4) 5) No polares, com grupos R alifticos Com grupos R Aromticos Polares, com o grupo R no carregado Bsicos, carregados positivamente a pH 7 cidos, carregados negativamente a pH 7
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Classificao dos aminocidos

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Ala, Val, Leu, Ile: tendem a agrupar-se nas protenas, estabilizando a sua estrutura atravs de interaces hidrofbicas (IH). Gli: Tem a estrutura mais simples, apesar de ser apolar, a sua estrutura no contribui para as IH Pro: Tem uma conformao rgida devido estrutura cclica, o que diminui a flexibilidade estrutural das regies polipeptdicas onde se encontram Met: uma aa sulfurado com um grupo tioter
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Classificao dos aminocidos

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Os aa aromticos absorvem na zona do Ultravioleta (UV) A maioria das protenas apresenta esta propriedade, pelo que a determinao da absorvncia a 280 nm permite a caracterizar as protenas.

Trp > Tyr >Phe

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Os aa aromticos so relativamente no polares, pois todos podem estabelecer interaces hidrofbicas Tyr e Trp so mais polares que a Phe, pois apresentam, respectivamente, os grupos OH e N

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Classificao dos aminocidos

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Os aa polares no carregados contm grupos radicais que formam pontes de hidrognio com a gua (so solveis)

Ser e Tre : Tm grupos OH Cys : Tem um grupo SH Asn e Gln: Tm grupos amida

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A cistena rapidamente oxidada para formar um aa dimrico ligado covalentemente, a CISTINA, por uma ligao dissulfurada (ponte de enxofre) entre duas molculas de cistena

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As pontes dissulfuradas: so apolares (hidrfobas) Desempenham um papel muito importante na estrutura nativa das protenas

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Classificao dos aminocidos

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Classificao dos aminocidos

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a) Aminocidos Proteicos Modificados Resultam da modificao de resduos de aminocidos j incorporados numa estrutura polipeptdica, i e, todos so derivados dos aa comuns. Podem ser encontrados nas protenas da parede celular das plantas (4-hidroxiprolina), colagnio (4hidroxiprolina, 5-hidroxilisina), miosina (metillisina), protrombina e outras protenas de ligao ao clcio (carboxiglutamato) ou elastina (desmosina). A selenocistena uma excepo, pois introduzido na protena durante a sntese protena, em vez de sofrer uma modificao aps a sntese.
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b) Aminocidos no proteicos
Foram identificados cerca de 300 aa no proteicos com funes diversas. A ornitina e a citrulina so intermedirios na sntese do aminocido arginina e no ciclo da ureia

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b) Aminocidos no proteicos
O cido -aminobutrico (GABA) e a dopamina so neurotransmissores A histamina um potente mediador local das reaces alrgicas

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Os Aminocidos podem actuar como cidos e bases

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Os Aminocidos podem actuar como cidos e bases Em soluo os aa esto sob a forma de zwitterions ou ies dipolares. O estado de ionizao de cada aa varia com o pH. Os grupos ionizveis so o COOH, NH2 e grupos existentes nas cadeias laterais. Os aa tm natureza anfotrica, ie, podem funcionar como dadores de protes aceitadores de protes

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A equao de Henderson-Hasselbach relaciona o pH, o pKa e a concentrao das formas bsica e cida: pH = pKa + log [base] [cido] pH = -log [H+] pKa = - log Ka O pka mede a tendncia de um grupo para ceder um proto, i e, quanto maior o pKa menor a tendncia para a cedncia do proto O aumento de uma unidade no pKa tendncia para ceder o H+ diminui 10x a
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Os Aminocidos tm curvas de titulao caractersticas +1 0 -1 Glicina (aa neutro) 2 grupos ionizveis pk1 e pk2 pI =1/2 (pk1 + pk2)

pI = pe
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Os Aminocidos tm curvas de titulao caractersticas +1 0 -1 -2 cido glutmico (aa cido): 3 grupos ionizveis: pk1, pKR, pk2 pI =1/2 (pk1 + pkR)

pI pe
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Os Aminocidos tm curvas de titulao caractersticas 2+ + 0 -1 Histidina (aa bsico): 3 grupos ionizveis: pk1, pKR, pk2 pI =1/2 (pkR + pk2)

pI pe
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Histidina
Apresenta um perfil de ionizao diferente dos aa bsicos devido ao grupo imidazole do R. Este sofre ionizao antes do grupo amina do carbono , pois o seu pka menor. A His tem capacidade tampo a pH neutro (pH dos fluidos intra e intercelulares da maior parte dos animais e bactrias). Gama tampo His: pH = 6,00 1,00
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Histidina

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Sistemas tampo ou amortecedores de pH

A Capacidade tampo mxima se [base] = [cido] pH = pKa gama de pH = pKa 1,00


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Gama tampo

Referncias de estudo: Nelson e Cox, Lehninger, Principles of Biochemistry, Ed. Freeman, 4 edio, 2005.Captulo 3, Amino Acids 3.1, pg.7585 Objectivos e Resumo: pg:85
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Questo
O cido glutmico tem trs grupos ionizveis, sendo pk1= 2,19, pk2= 9,67 e pkR= 4,25. 5.1. Qual o ponto isoelctrico deste aminocido? Justifique correctamente. 5.2. Indique qual ou quais os intervalos de pH em que a capacidade tampo mxima. 5.3. Qual o pH a utilizar numa electroforese de modo que este aminocido migre para o nodo (+) quando sujeito a um campo elctrico? Justifique.
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