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2.

Biomoléculas – composição
química, estructura e reactividade

AULA BIOQUÍMICA
2.1 PROTEÍNAS:

ENZ IM A S
PROPRIEDADES, CINÉTICA ENZIMÁTICA E
REGULAÇÃO DA ACTIVIDADE ENZIMÁTICA

Prof. Marta Justino ESTBarreiro - IPS 2017/2018


Enzimas – catalizadores biológicos

 Enzimas são proteínas com funções catalícas


 São catalizadores biológicos, ou seja, aumentam a velocidade com que
se atinge o estado de equilibrio
 Existem outros catalizadores biológicos, não proteicos, como as
ribozimas que são moléculas de RNA
 A estrutura da proteína é determinante para a eficiência e para a
especificidade do enzima.
 Não são necessários em grande
quantidade do enzima em relação ao
H 2O2 2 H 2O + O 2 reagente, chamado SUBSTRATO
 Os enzimas permanecem inalterados
Catalizador E activação (J.mol )-1
no final do ciclo catalítico, quando
-- 75600 ocorre a libertação de produto
Pt coloidal 49140  Os enzimas são específicos para os
substratos, mesmo para isómeros –
catalase 8400
apresentam esteroespecificidade
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Enzimas – catalizadores biológicos

Uma reacção enzimática pode ser descrita por:

E+S ES EP E+P

Decréscimo da
energia do estado
de transição

Estados de transição multiplos


Conformação E ligado a S
Conformação E ligado a P

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Enzimas – classificação e nomenclatura
Os enzimas possuem dois nomes:
• o nome trivial - designação curta de um enzima (e.g, hexocinase)
• o nome sistemático – feito de acordo com regras definidas, e que descreve
a acção do enzima ao pormenor, identificando-o sem margem de dúvida

O nome sistemático é acompanhado pelo número EC (enzyme comission)


Este número corresponde a uma reacção específica

EC 1 . 2 . 3 . 4
1. Corresponde à classe de enzima (existem 6)
2. Correponde à Sub-classe (no caso da classe 1, define o dador de electrões)
3. Corresponde à Sub-sub-classe (na classe 1, define o aceitador de electrões)
4. Esta posição corresponde ao número de série na Subsub-classe

Na nomenclatura de um enzima, a sua origem (organismo) é também essencial

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Enzimas – classificação e nomenclatura

Nome trivial Nome sistemático

Álcool desidrogenase Alcooloxidoredutase


Alcool:NAD+ oxidoredutase
EC 1 . 1 . 1 . 1
Álcool + NAD+ Aldeído ou cetona + NADH + H+

+ H- (ião hidreto)

1. Corresponde à classe de enzima (classe 1, das oxidoreductases)


2. Correponde à Sub-classe (no caso da classe 1, define o dador de electrões)
3. Corresponde à Sub-sub-classe (na classe 1, define o aceitador de electrões)
4. Esta posição corresponde ao número de série na Subsub-classe

Na nomenclatura de um enzima, a sua origem (organismo) é também essencial

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Enzimas – classificação e nomenclatura

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Enzimas – classificação e nomenclatura
Classe I Oxidoreductases

Catalizam reacções de oxidação-redução


Têm 2 substratos, em que um é oxidado e o outro reduzido

substrato que vai ser oxidado (que se encontra reduzido):


substrato que vai ser reduzido (que está oxidado) oxidoreductase
exemplo: Alcool:NAD+ oxidoredutase

Incluem-se as
• Desidrogenases
• Redutases
• Oxidases
• Oxigenases

Outro exemplo é a lactato desidrogenase

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Enzimas – classificação e nomenclatura
Classe II Transferases

Catalizam reacções de transferência de um grupo funcional


Têm 2 substratos, em que um doa o grupo e outro que vai recebê-lo.
exemplo: alanina transaminase (ALT) ou alanina
aminotransferase ou transaminase glutâmico pirúvica (TGP)

EC 2.6.2.1
L-glutamato
piruvato 2-oxoglutarato L-alanina

Outro exemplo são as cinases, que transferem grupos fosfato do ATP para
uma biomolécula

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Enzimas – classificação e nomenclatura
Classe III Hidrolases

Catalizam reacções de hidrólise


Há um substrato que é “partido” em dois, por quebra de uma ligação
covalente, com introdução de um H e um OH em cada um dos produtos
exemplo: tripsina

EC 3.4.21.4

Típicamente com nomes de “substratases”

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Enzimas – classificação e nomenclatura
Classe IV Liases

Catalizam reacções de eliminação não hidrolíticas nem oxidativas


Há a lise de um substrato com formação de uma ligação dupla
*na reacção inversa, uma liase catalisa a adição de um substrato a
uma ligação dupla de outro substrato, e assim é chamado SINTASE
exemplo: piruvato descarboxilase

EC 4.1.1.1

Outro exemplo é a ATP sintase


ADP + Pi → ATP

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Enzimas – classificação e nomenclatura
Classe V Isomerases

Catalizam reacções de isomerização

exemplo 1: alanina racemase


EC 5.1.1.1
L-alanina D-alanina

exemplo 2: fosfato de triose isomerase

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Enzimas – classificação e nomenclatura
Classe VI Ligases

Catalizam reacções de formação de ligações entre 2 substratos, que é


acoplada à hidrólise de um composto altamente energético (ex ATP)

exemplo: glutamina sintetase


EC 6.3.1.2

+ ADP

SinteTAse e
Sintase não é o
mesmo

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Enzimas

ATIV ID A D E ENZ IM Á T IC A

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Determinação da actividade enzimática
Determinar a velocidade de conversão do(s) substrato(s) em produto(s).

Velocidade inicial

A velocidade não é constante


Concentração ou nº mol

Produção do produto porque:


1. Diminui [S] (S=substrato)
2. Ocorre a reacção inversa
3. Há inibição por produto
Consumo do substrato 4. Há desnaturação do enzima

Vinicial É sempre importante determinar


as velocidades iniciais, que
Tempo correspondem à região linear de
formação/consumo do produto/
substrato
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Actividade enzimática - unidades

A actividade enzimática pode ser definida em:


Unidades de actividade enzimática (U)

1U = 1 unidade de = quantidade de enzima que


actividade enzimática cataliza a transformação de
1 μmol de substrato por minuto
Actividade específica é a actividade enzimática (U) por mg de proteína.
Outro tipo de unidade é o katal, que corresponde a 1 mol de substrato por segundo
1 katal = 6 x 107 U
aplica-se a actividades muito elevadas

A actividade enzimática deve ser apresentada, definindo também :


a Temperatura, o pH, a composição do tampão, a concentração de
substrato e a concentração de cofactores

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Factores que afectam a velocidade de Reações
Catalisadas por Enzimas

Deve ser elevada, para não ser um factor


Concentração do Substrato condicionante (~10x o KM). Atenção a
Deve ser o óptimo para esse enzima. efeitos de inibição por substrato
pH Pode afectar a carga de resíduos
catalíticos no centro activo.
Tampão
a) concentração do tampão (força iónica, capacidade de
taponar a reacção)
b) composição do tampão (fosfatos e cinases!!!!)

Temperatura Deve ser a “óptima” que é definida para cada enzima


empiricamente. Pode ocorrer desnaturação do enzima
Concentração de Coenzimas/cofactores

Presença de Activadores

Presença de Inibidores (incluindo agentes quelantes)


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O pH óptimo de um enzima varia de enzima para enzima

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A Temperatura óptima de um enzima está associada à
temperatura de crescimento do organismo de origem

Enzima Taq
humano DNA polimerase
Actividade

37 ºC 72 ºC
Temperatura Da bactéria termófila
Thermus aquaticus

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Cofactores, coenzimas, grupos prostéticos

Cofactor é uma entidade química não proteica que é necessária para o enzima
catalizar a reacção. Os cofactores ou os coenzimas podem ser metálicos, podem
estar ligados covalentemente (ou muito fortemente) ligados à proteína (por vezes
designam-se grupos prostéticos) ou participarem nas reacções como “co-
substratos”.

e-

Acetil Coenzima A

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Cofactores, coenzimas, grupos prostéticos

I - Coenzimas envolvidas na transferência de electrões e H


- Nucleótidosda Flavina (FAD e FMN)
- Nucleótidos da Nicotinamida (NAD e NADP)
- Coenzima Q (ou Ubiquinol/ubiquinona)
- Ácido Lipóico
II - Coenzimas envolvidas na transferência de grupos
-Nucleótidos (ATP, GTP,UTP,CTP)
- Tiamina Pirofosfato
- Fosfato Piridoxal
- Coenzima A
- Biotina
- Folato

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As coenzimas são derivadas das vitaminas

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Cofactores, coenzimas, grupos prostéticos

Enzimas com cofactores metálicos são ditas metaloproteínas ou metaloenzimas

• Os metais são ligados na forma de


catiões.
• Podem establelecer ligações com vários
ligandos simultaneamente.
• Muitos metais apresentam diferentes
estados de oxidação (Fe 2+/3+ Cu +/2+).
• Estados diferentes de oxidação
correspondem a diferentes padrões de
coordenação  Ligado à proteína leva
a alterações conformacionais da
estrutura.
• O Zn2+ é bastante inerte, e serve para
consolidar determinada estrutura ou
actua como base de Lewis.

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Cofactores metálicos - exemplos

[Fe-S] clusters
Centros de ferro-enxofre

Aconitase (TCA)

Zinc Finger
3 Zn-finger a
Hemo (metal é Fe) promover a
ligação ao DNA

Porfirinas  outros metais


Clorofila (Mg)

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Mecanismo de Acção Enzimática
1. Centro activo e especificidade
Centro activo é o local da proteína onde se liga o substrato e onde
decorre a catálise enzimática.
É o conjunto de residuos de aminoácidos (~5% da superfície da
proteína) que participam através das suas cadeias laterais na
catálise – chamados grupos catalíticos
Só alguns aminoácidos têm grupos catalíticos:
cisteína, histidina, serina, aspartato, glutamato e lisina
Os aminoácidos não são suficientes e a presença de cofactores no
centro activo é frequente.

Teoria chave fechadura Teoria induced fit

O substrato possui a forma Alterações conformacionais que


correcta para ligar no enzima proporcionam a ligação e a catálise

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Mecanismo de Acção Enzimática
2. Mecanismo de acção enzimática A catálise química divide-se em catálise
homogénea, heterogénea e enzimática, e a catálise enzimática tem aspectos comuns a
um e outro tipo
3. Catálise ácido-base e Catálise Covalente
Na sua maioria os mecanismos de acção enzimática podem ser considerados:
• Catálise ácido-base  envolve a permuta de iões H+
• Catálise Covalente  formam-se transitoriamente ligações covalentes
entre as moléculas de enzima e de substrato, ou do cofactor.
Participam as cadeias laterais de Asp, Glu, Ser, Cys e Lis, que fornecem
um par de electrões a um centro parcialmente positivo no substrato.
Podem formar-se ligações do tipo:
 Éster  serina
 Tioéster  Cisteina
 Acil-imidazolo Histidina
 Base de Schiff  lisina
 anidrido – Aspartato e glutamato
 Hidrolases, oxidoreductase, isomerases, transferases, liases e sintetases

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Catálise ácido-base e covalente
Aminoácidos que doam ou aceitam H+

Acção da Quimotripsina

2º -Catálise covalente
1º -Catálise ácido-base

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Enzimas

CINÉTICA ENZIMÁTICA

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Mecanismo da reacção enzimática
Mecanismo
O mecanismo da reacção descreve como se processa a catálise.
BiBi ordenado
Na catálise enzimática usa-se a notação de Cleland
Substratos: letras A, B, C.... Produtos: letras P, Q, R...

De acordo com o nº de substratos/produtos as


reacções são Uni, Bi, Ter, Quad.
Ou seja A P é UniUni
A+ B  P é BiUni
A P+Q+R é UniTer

De acordo com a ordem de ligação dos substratos,


o mecanismo pode ser ordenado ou ao acaso

Mecanismo
BiBi ao acaso

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Mecanismo da reacção enzimática
Se todos os substratos se ligarem ao enzima antes da saída de produtos, a
reacção tem um mecanismo sequencial
Se entra substrato, sai produto, entra novo substrato, sai produto é não
sequencial - mecanismo Ping-Pong
Mecanismo
Mecanismo
BiBi ordenado
BiBi Ping Pong
sequencial

Caso das transaminases, em que o grupo


amina fica ligado ao cofactor, fosfato de
piridoxal, e sai o oxoácido. O cofactor
liberta o NH2 e é regenerado com a
entrada do oxoácido, que fica aminado
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Cinética de uma reacção UniUni
A equação de Michaelis Menten

A P Conceito básico:
A velocidade inicial (v0) deve ser proporcional à concentração de Enzima
v0 = k[E0]
E EA E A velocidade é também dependente da [substrato]
k1 k2 Assim, [E0] = [E] +[EA] e tb [A0] = [A] +[EA]
A+E EA E+P Como [E] <<[A] , a cada instante [A0] [A]
k -1
Se houver um equilibrio na ligação do substrato (k2 << k -1) então
[ E ].[ A] ([ E0 ]  [ EA])[ A]
K 
[ EA] [ EA]
[ E ].[ A]
V .[ A] donde [ EA]  0
v0  K  [ A]

K m  [ A] A velocidade da reacção é dada por v0 = k2[EA]

Em que V é k2[E0] e corresponde à velocidade limite


E Km é a constande de Michaelis, uma constante de
dissociação de EA, na assumpção do equilibrio.
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Cinética de uma reacção UniUni
A equação de Michaelis Menten

A P
=V
E EA E
k1 k2
A+E EA E+P
k -1

V .[ A]
v0 
K m  [ A]

V corresponde à velocidade limite


Km é a constande de Michaelis, reflecte a afinidade para o substrato
Corresponde à concentração de substrato com a qual se tem metade da V máx
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Cinética de uma reacção UniUni
A equação de Michaelis Menten – significado do Km e V

A P =V
V .[ A]
v0 
K m  [ A]
E EA E
k1 k2
A+E EA E+P
k -1

Km é a constante de Michaelis, reflecte a afinidade para o substrato


Um Km elevado significa uma baixa afinidade, um Km baixo uma alta afinidade
Lembrem-se que é a concentração de substrato em que se consegue metade da velocidade
máxima (ou seja, da potencialidade catalítica) do enzima.
O V ou Vmax é a velocidade máxima, quando o enzima está saturado de
substrato.
O V indica o turn over deste enzima (kcat) ou o nº de moleculas transformadas por
s ou min, por molécula de enzima.

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Cinética de uma reacção UniUni
A equação de Michaelis Menten – significado do Km e V

A P =V
V .[ A]
v0 
K m  [ A]
E EA E
k1 k2
A+E EA E+P
k -1

Caso prático:
têm dois enzimas NOD1 e NOD2, que usam o mesmo substrato.
O NOD1 tem Km = 30 μM e V = 10 mol.s-1
O NOD2 tem Km = 2 mM, e V = 300 mol.s-1.

Quando a concentração de substrato é de 200 μM, qual dos enzimas vai ser o
mais eficiente a catalizar este substrato?

E se a concentração de substrato for de 10 mM?

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Aplicação da equação de Michaelis Menten a reacções
com dois substratos

A B P
=V
E EA EAB E V .[ A]
v0 
k1 k2 K m  [ A]
A+E EA E+P
k -1

A equação de Michealis Menten pode ser aplicada quando há mais do que


um reagente, para cada um dos substratos independentemente DESDE
QUE o segundo substrato esteja numa concentração saturante.

Ou seja, quando [B] está em excesso, pode-se medir a dependencia da v0


em função da concentração de [A] e vice versa.
Note-se que os Km para A e para B podem ser muito diferentes.

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Determinação de V e Km a partir de resultados experimentais

São feitos vários ensaios com [E] constante, em que se varia a [substrato] e se
medem a velocidade inicial de cada ensaio /reacção.

[A] v0 Método directo – aplicar uma regressão não-


linear, com uma função de
1 1 hipérbole rectangular
2 5
3 10
4 12
V .[ A]
5 13 v0 
K m  [ A]
10 13

O excell não faz regressões não lineares

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Determinação de V e Km a partir de resultados experimentais
Métodos de linearização

São feitos vários ensaios com [E] constante, em que se varia a [substrato] e se
medem a velocidade inicial de cada ensaio /reacção.

[A] v0 Método de Lineaver-Burk


1 1
2 5 1/[A]
3 10 e
4 12 1/v0

5 13

V .[ A]
v0 
K m  [ A]

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Determinação de V e Km a partir de resultados experimentais
Métodos de linearização

São feitos vários ensaios com [E] constante, em que se varia a [substrato] e se
medem a velocidade inicial de cada ensaio /reacção.

[A] v0 Método de Eadie-Hofstee


v0/[A]
1 1 E
2 5 v0
3 10
4 12
5 13

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Determinação de V e Km a partir de resultados experimentais
Métodos de linearização

São feitos vários ensaios com [E] constante, em que se varia a [substrato] e se
medem a velocidade inicial de cada ensaio /reacção.

[A] v0 Método de Hanes ou Woolf


[A]
1 1 e
2 5 [A]/v0
3 10
4 12
5 13

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Determinação de V e Km a partir de resultados experimentais
Métodos de linearização

São feitos vários ensaios com [E] constante, em que se varia a [substrato] e se
medem a velocidade inicial de cada ensaio /reacção.

Método linear directo

[A] v0 V
-[A]
1 1 v2
E v3
2 5 v0
3 10
4 12 -a1 -a2 -a3 Km
5 13
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Enzimas

INIBIÇ Ã O D A ATIV ID A D E
ENZ IM Á T IC A

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Inibição da actividade de enzimas
1. A primeira causa pode ser por desnaturação do enzima
(causada por temperatura, pH, presença de proteases...)

2. Inibição por produto


Quando o produto inibe por recombinação com a forma do enzima do qual se
dissociou.
Considerando que o passo final é a dissociação EP  E + P, quando [P] é
elevado, o equilíbrio de dissociação de EP favorece a conformação EP e não a
libertação de P. Neste caso, o enzima não fica livre para ligar outro A porque
a reacção não termina.

3. Inibição por “ponto-morto” – Efeito de um inibidor


Um inibidor ponto-morto é aquele que não reagindo nem com substratos nem
produtos, forma complexos com diversas formas do enzima:

EA + I  EAI ou EP+I  EIP ou E + I  EI

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Inibição da actividade de enzimas

Tanto a inibição por produto como Inibição por “ponto-morto” são


inibições reversíveis. O resultado é haver uma diminuição da velocidade de
catálise.
Quando o inibidor ou o produto são removidos, por diálise, diluição ou
ultrafiltração o enzima volta a ter a sua actividade inicial.

Existem casos de inibição irreversível, que ocorrem quando há:


uma ligação covalente do inibidor ao enzima,
ou ligação não covalente mas estável,
ou quando há destruição do centro catalítico.

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Tipos de inibição reversível
Inibição competitiva ou específica

Inibição competitiva ou específica


Gráfico de lineweaver-Burk

A velocidade limite
mantém-se constante,
mas o Km diminui

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Tipos de inibição reversível
Inibição catalítica ou anticompetitiva

Inibição catalítica ou Gráfico de lineweaver-Burk


anticompetitiva

Nesta inibição o
parâmetro constante é
Km/V

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Tipos de inibição reversível
Inibição mista

Inibição mista Gráfico de lineweaver-Burk

Nesta inibição o V diminui e o


Kmapp é constante

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Tipos de inibição reversível
Efeitos nos parametros cinéticos

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Determinação das constantes de inibição e do tipo de inibição

Para determinar as constantes de inibição que caracterizam o inibidor:

• Ki (constante de dissociação de EI)

• Kii (constante de dissociação de EAI)

Podem-se usar a mesma tipologia de métodos lineares, mas em vez de serem em


função de [A], são em função de [I]

À semelhança do Km, o Ki baixo indica forte


afinidade para o inibidor, logo é um inibidor
mais forte

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Determinação das constantes de inibição e do tipo de inibição

Método de Dixon 1/v0 vs. [I]

1/(1-Ki/Kii)V
[I] [I] [I]
-Ki -Ki

Método de Cornish Bowden [A]/v0 vs [I]

[A]/v0 [A]/v0 [A]/v0


Mista Não-competitiva

-Kii [I] Km/V

Km(1-Ki/Kii)V -Kii
[I]

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Os inibidores de enzimas têm papeis fundamentais na
regulação das vias metabólicas

Os inibidores não são necessáriamente


susbstâncias tóxicas.

Os inibidores podem ser moléculas


(metabolitos) finais de uma via
metabólica, que actuam negativamente
sobre enzimas do início da via.

A este tipo de regulação chama-se


Feedback negativo

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Enzimas

REGULAÇÃO DA ACTIVIDADE ENZIMÁTICA

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Regulação por ligação de ligandos
(efeito alostéreo)

O efeito alostéreo resulta da ligação de um ligando (substrato, ou outro diferente)


a outro centro de ligação no enzima. Esta ligação leva a alterações
conformacionais (alosteria) que modulam a actividade do enzima
(positivamente ou negativamente (inibidores não competitivos)

Exemplo de efeito positivo


Este tipo de regulação
está na base do modo
Região catalítica de funcionamento de
receptores de
Região regulatória
membrana que ao
ligarem um ligando no
exterior da célula,
transmitem um sinal
via activação/inibição
de uma actividade
catalítica intrinsica.
(Muitas vezes cinases)
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Regulação por modificação covalente reversível

1. Fosforilação-desfosforilação

Cascatas de sinalização intracelular

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Regulação por modificação covalente reversível

1. Fosforilação-desfosforilação
Cascatas de sinalização intracelular

(KKK) Cinase da cinase da cinase

(KK) Cinase da cinase

(KK) Cinase que activa factores de


transcrição por fosforilalos.

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Regulação por modificação covalente reversível

1. Fosforilação-desfosforilação
Existem outros tipos de modificações covalentes, mas são menos
relevantes para regulação enzimática

2. Ligação covalente de resíduos lipídicos ou glicídicos


3. Acetilação de grupos amina terminais
4. Metilação

5. Formação ou quebra de pontes persulfureto (organismos


fotossintéticos, mas não animais)

6. Nitrosilação de cisteínas ou hemos e nitração de tirosinas


Formam-se da reacção com o NO que é produzido pelas NO sintases.
Tem papel importante na regulação neuronal e vascular.

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1.Regulação por modificação covalente irreversível
2.Regulação por controlo da concentração de enzima

1. Proteólise de zimogéneos
Zimogéneos são pro-enzimas que estão inactivas.
Quando são hidrolisadas por uma protease ou peptidase (reacção de proteólise)
ficam activos. Exemplo é o tripsinogénio do suco gástrico.

Tripsinogénio 2. Regulação dos níveis de enzima


Enteropeptidase autoactivação Degradação no
proteassoma
Tripsina

Activação do Activação da
quimotripsinogénio procarboxilase Regulação genética +
Activação da dos níveis de -
proelastase
transcrição

Alostérea Feedback
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bibliografia

Capitulo 18, 19 e 20

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